Molecular identification of yeastsT

Molecular identification of yeasts
The chromosomal DNA was purified from cultures of
each yeast isolate and the D1/D2 region of 26S rDNA
and the ITS1-5.8S- ITS2 (hereafter designated the ITS
region for simplicity) regions of the rDNA were amplified
by PCR. The amplicons obtained were purified
from gels and sequenced on both strands. Isolates
showing 100% identity in both rDNA sequences were
grouped and their DNA sequences were submitted to
GenBank under the accession numbers listed in
Table 1. Species identification was performed by comparison
with the GenBank references, using as criterion
the Blast-hits with ≤ 0.5% difference with the
query [14]. In 84% of the isolates the closest Blast-hits
obtained for both rDNA sequences were coincident.
When this was not the case, the D1/D2 results were
used for identification because they yielded higher
identity percentages than did the ITS (see Additional
file 1). 76% of the isolates could be identified to species
level by this molecular analysis. 22 species belonging
to12 genera were identified, of which 80 and 20%
were Basidiomycetes and Ascomycetes, respectively.





The genera containing the highest number of species
were Mrakia (5 species) and Cryptococcus (4 species).
However, the species Sporidiobolus salmonicolor was
the most abundant, being identified in 24 isolates from
13 different sampling sites. Mrakia gelida was the only
yeast species present in both water and soil samples.
Of the three isolates identified as Leuconeurospora sp.,
two of them (T11Cd2 and T27Cd2) possessed identical
D1/D2 and ITS sequences, both of which differed from
the third (T17Cd1) by 0.7%. However, the macromorphological
characteristics of the three isolates, including
pigmentation, differed markedly under identical
culture conditions (see Additional file 2). Because of
these discrepancies, the molecular and morphological
analyses were repeated several times, but the results
were highly consistent. The carbon source assimilation
pattern also differed between the isolates, as will be
discussed later.



Physiological characteristics and extracellular enzyme
activities
The isolates were grown at six temperatures (range 4 to
37°C). Almost 70% of the yeast isolates could grow at
22°C or higher, and generally grew optimally at 15°C
(38%) or 22°C (31%) (Table 2). These results were
accounted for in the physiological characterizations of
the strains. The isolates identified as Candida sake,
Wickerhamomyces anomalus and the four Mrakia species,
tested positive in glucose fermentation assays. The
yeast isolates were tested for the assimilation of 29 different
carbon sources (for the detailed results see Additional
file 3). Besides glucose, the yeasts primarily
consumed D-xylose, D-melezitose, D-saccharose, Dtrehalose
and 2-ketogluconate, while lactose, levulinic
acid and erythritol were less assimilated. Some yeasts
could assimilate glucose alone (Glaciozyma antarctica,
formerly Leucosporidium antarcticum), but others
assimilated as many as 27 carbon sources (Cryptococcus
victoriae and Mrakia sp.). The assimilation tests were
performed for the isolates obtained from different sampling
sites and identified molecularly as the same yeast
species, with concordant results in most cases. However,
the two isolates identified as Mrakia psychrophila
differed in their assimilation of rhamnose and in the
esculin test, while three isolates identified as Leuconeurospora
sp., two of which were identical at molecular
level, differed significantly in their utilization of
seven carbon sources. For those isolates that were molecularly
identified to genera level only, the carbon assimilation
profiles supported their differentiation from
the closest Blast-hits in each case: Cryptococcus sp. differed
from Cr. terricola (98.2% identity) in the assimilation
of L-arabinose, trehalose, lactose, L-rhamnnose,

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

รหัสโมเลกุลของ yeasts
DNA ของโครโมโซมที่บริสุทธิ์จากวัฒนธรรมของ
ละยีสต์แยกและภูมิภาคง 1/D2 ของ 26S rDNA
ITS1 และ -5.8S-ITS2 (ปรโลกกำหนดของ
ภูมิภาคราย) ได้ขยายขอบเขตของ rDNA
โดย PCR Amplicons รับได้บริสุทธิ์
จากเจ และตามลำดับในทั้งสอง แยก
แสดงตัวตน 100% ทั้งสองลำดับ rDNA ถูก
จัดกลุ่ม และลำดับดีเอ็นเอของพวกเขาถูกส่งไปที่
GenBank ภายใต้หมายเลขทะเบียนที่แสดงรายการอยู่ใน
1 ตาราง ชนิดรหัสถูกดำเนินการโดยการเปรียบเทียบ
อ้างอิง GenBank ใช้เป็นเงื่อนไข
ฮิตระเบิดกับ≤ 0.5% ความแตกต่างกับ
สอบถาม [14] 84% ของการแยกใกล้ระเบิดฮิต
รับสำหรับทั้งสองลำดับ rDNA ถูกตรง
เมื่อนี้ไม่ใช่กรณี ง 1/D2 ก็
ใช้สำหรับรหัสเนื่องจากพวกเขาให้ผลสูง
เปอร์เซ็นต์ตัวมากกว่าของไม่ได้ (ดูเพิ่มเติม
ไฟล์ 1) สามารถระบุ 76% ของการแยกการพันธุ์
ระดับ โดยวิเคราะห์ระดับโมเลกุลนี้ได้ 22 สปีชีส์ของ
to12 สกุลระบุ 80 ที่ และ 20%
ถูก Basidiomycetes และ Ascomycetes ตามลำดับ.


สกุลที่ประกอบด้วยจำนวนสูงสุดของสายพันธุ์
ถูก Mrakia (5 ชนิด) และ Cryptococcus (4 ชนิด) .
ไร พันธุ์ Sporidiobolus salmonicolor ถูก
ที่อุดมสมบูรณ์มากที่สุด มีการระบุใน 24 แยกจาก
13 ไซต์สุ่มที่แตกต่างกัน Mrakia gelida เดียว
แสดงสายพันธุ์ยีสต์ในน้ำและดินตัวอย่าง
ของสามแยกเป็น Leuconeurospora sp.,
สองของพวกเขา (T11Cd2 และ T27Cd2) ต้องเหมือนกัน
ง 1/D2 และลำดับของ ซึ่งทั้งสองแตกต่างจาก
สาม (T17Cd1) 0.7% อย่างไรก็ตาม macromorphological
ลักษณะของสามแยก รวม
ผิวคล้ำ แตกต่างอย่างเด่นชัดภายใต้เหมือนกัน
วัฒนธรรมเงื่อนไข (ดูแฟ้มเพิ่มเติม 2) เนื่องจาก
ความขัดแย้งเหล่านี้ โมเลกุล และสัณฐาน
วิเคราะห์ได้ซ้ำหลายครั้ง แต่ผล
สูงสอด ผสมแหล่งคาร์บอน
รูปยังแตกต่างระหว่างแยกได้ เท่าที่จะเป็น
กล่าวถึงในภายหลัง


ลักษณะสรีรวิทยาและเอนไซม์ extracellular
กิจกรรม
แยกได้เติบโตที่อุณหภูมิ 6 (ช่วง 4
37° C) เกือบ 70% ของแยกยีสต์สามารถเจริญเติบโตที่
22° C หรือสูงก ว่า และโดยทั่วไปเพิ่มขึ้นอย่างเหมาะสม 15°C
(38%) หรือ 22° C (31%) (ตาราง 2) ผลลัพธ์เหล่านี้ได้
ลงบัญชีสำหรับใน characterizations สรีรวิทยาของ
สายพันธุ์ การแยกเป็นแคนสาเก,
Wickerhamomyces anomalus และ พันธุ์ Mrakia 4,
ทดสอบบวกใน assays หมักน้ำตาลกลูโคส ใน
ยีสต์แยกทดสอบสำหรับผสมของต่าง ๆ 29
แหล่งคาร์บอน (สำหรับผลลัพธ์รายละเอียดดูเพิ่มเติม
3 แฟ้ม) นอกจากน้ำตาลกลูโคส yeasts หลัก
ใช้ D xylose, D melezitose, D-saccharose, Dtrehalose
2-ketogluconate ในขณะที่ย่อยแลคโตส levulinic และ
erythritol และกรดได้น้อยขนบธรรมเนียมประเพณี Yeasts บาง
สามารถสะท้อนกลูโคสเพียงอย่างเดียว (Glaciozyma แอนตาร์กติกา,
เดิม Leucosporidium antarcticum), แต่คนอื่น ๆ
ขนบธรรมเนียมประเพณีเป็น 27 แหล่งคาร์บอน (Cryptococcus
victoriae และ Mrakia sp.) การทดสอบอันถูก
สำหรับแยกได้จากสุ่มตัวอย่างที่แตกต่างกัน
ไซต์ และระบุ molecularly เป็นยีสต์เหมือนกัน
พันธุ์ ผล concordant ใหญ่ อย่างไรก็ตาม,
สองแยกเป็น Mrakia psychrophila
แตกต่างในความผสมกลมกลืน ของ rhamnose และในการ
esculin ทดสอบ ขณะที่สามแยกเป็น Leuconeurospora
sp., เคยเหมือนกันที่โมเลกุล
ระดับ แตกต่างอย่างมีนัยสำคัญในการใช้ประโยชน์ของ
7 แหล่งคาร์บอน สำหรับที่แยกได้ที่ molecularly
ระบุระดับสกุลเท่านั้น ผสมคาร์บอน
โพรไฟล์ได้รับการสนับสนุนการสร้างความแตกต่างจาก
ระเบิดฮิตสุดในแต่ละกรณี: sp. Cryptococcus แตกต่าง
จาก Cr terricola (รหัสประจำตัว 98.2%) ในการผสมกลมกลืน
L arabinose, trehalose ย่อยแลคโต ส L rhamnnose,

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การระบุโมเลกุลของดีเอ็นเอของโครโมโซมของยีสต์บริสุทธิ์จาก

แต่ละวัฒนธรรมของยีสต์ไอโซเลทและ D1 / D2 ภูมิภาค 26 ชนิด และ its1-5.8s
- its2 ( ต่อเขตของเขตภูมิภาค
ความเรียบง่าย ) ของ rDNA ถูกขยาย
โดย PCR ที่ได้มีความบริสุทธิ์ amplicons
จากเจลและลำดับในการถัก ไอโซเลต
แสดง 100% ตัวตนทั้งสองชนิดถูก
จัดกลุ่มและลำดับ DNA ของพวกเขาถูกส่งไปยัง
5% ภายใต้การครอบครองตัวเลขที่ระบุไว้ใน
โต๊ะ 1 การจำแนกสายพันธุ์โดยใช้การเปรียบเทียบกับขนาด

ใช้เป็นเกณฑ์อ้างอิง ฮิตระเบิด≤ 0.5% ความแตกต่างกับ
query [ 14 ] ใน 84% ของสายพันธุ์ที่ใกล้ฮิตระเบิด
ได้ทั้งชนิดมีเหตุบังเอิญ .
เมื่อนี้ไม่ได้กรณีD1 / D2 ผลลัพธ์
ใช้รหัสเพราะพวกเขาให้ค่าที่สูงกว่าแล้วค่า
ตัวตนของมัน ( ดูแฟ้มเพิ่มเติม
1 ) 76% ของเชื้อจะถูกระบุในระดับสปีชีส์
โดยการวิเคราะห์ระดับโมเลกุลนี้ 22 ชนิดที่ถูกระบุ
– 12 สกุล ซึ่ง 80 และ 20 %
) และ





Basidiomycetes แอ คไมซีตีส ตามลำดับสกุลที่มีจำนวนสูงสุดของสายพันธุ์
ถูก mrakia ( 5 ชนิด ) และคริปโตคอคคัส ( 4 ชนิด ) .
แต่ชนิด sporidiobolus salmonicolor คือ
ชุกชุมมากที่สุด มีการระบุใน 24 ไอโซเลทจาก
13 ที่แตกต่างกัน 2 เว็บไซต์ mrakia gelida เป็นยีสต์ชนิดปัจจุบันเท่านั้น
ทั้งในน้ำและดิน .
ของ 3 สายพันธุ์ที่ระบุว่าเป็น leuconeurospora sp . ,
สองของพวกเขา ( และ t11cd2 t27cd2 D1 / D2
) สิงเหมือนกันและลำดับทั้งสองซึ่งแตกต่างจาก
3 ( t17cd1 ) โดย 0.7% อย่างไรก็ตาม ลักษณะของ macromorphological
3 สายพันธุ์ รวมทั้ง
สี แตกต่างอย่างเด่นชัดภายใต้เงื่อนไขวัฒนธรรมเหมือนกัน
( ดูแฟ้มเพิ่มเติม 2 ) เพราะ
ความขัดแย้งเหล่านี้ ระดับโมเลกุลและสัณฐานวิทยา
วิเคราะห์ข้อมูลซ้ำหลายๆ ครั้ง แต่ผลลัพธ์
มีความสอดคล้องอย่างมาก แหล่งคาร์บอนที่แตกต่างกันระหว่างการ
รูปแบบยังสามารถที่จะกล่าวถึงในภายหลัง




สรีรวิทยาและกิจกรรมเอนไซม์

และไอโซเลทโต 6 ( ช่วงที่อุณหภูมิ 37 องศา C 4

) เกือบ 70% ของยีสต์ไอโซเลทสามารถเติบโตที่
22 ° C หรือสูงกว่าและโดยทั่วไปเติบโตได้อย่างดีที่สุดที่ 15 ° C
( 38% ) หรือ 22 ° C ( 30 % ) ( ตารางที่ 2 ) ผลลัพธ์เหล่านี้
คิดในการศึกษาคุณสมบัติทางสรีรวิทยาของ
สายพันธุ์ การระบุสายพันธุ์ Candida เถอะ
wickerhamomyces anomalus และสี่ mrakia ชนิด
ทดสอบเป็นบวกในการหมักกลูโคส ) .
ยีสต์ไอโซเลท มาทดสอบการผสมกลมกลืนของแตกต่างกัน
29แหล่งคาร์บอน ( สำหรับรายละเอียดผลลัพธ์เห็นแฟ้มเพิ่มเติม
3 ) นอกจากกลูโคส , ยีสต์ใช้เป็นหลัก
d-xylose d-melezitose d-saccharose dtrehalose
, , , และ 2-ketogluconate ในขณะที่กรดแลคโตส และ LEVULINIC
อีริทริตอลน้อยเหมือน . บางคนอาจดูดซึมกลูโคสยีสต์
คนเดียว ( glaciozyma แอนตาร์กติกา
เดิม leucosporidium antarcticum ) แต่คนอื่น
เป็นเหมือนแหล่งคาร์บอนมากเท่าที่ 27 ( ล. และ
victoriae mrakia sp . ) การผสมผสานแบบที่ได้จากการแยก

แตกต่างกันตัวอย่างเว็บไซต์และระบุโมเลกุลเป็นชนิดยีสต์
เดียวกันกับผลลัพธ์ที่สอดคล้องกันในกรณีส่วนใหญ่ อย่างไรก็ตาม ,
2 ไอโซเลทที่ระบุว่าเป็น mrakia psychrophila
แตกต่างในการดูดซึมของพวกเขาและ rhamnose ใน
esculin ทดสอบในขณะที่สามแยกระบุเป็น leuconeurospora
sp . , สองที่เหมือนกันในระดับโมเลกุล
, ความแตกต่างอย่างมีนัยสำคัญในการใช้ของพวกเขา
7 แหล่งคาร์บอน สำหรับสายพันธุ์ที่ประกอบด้วยโมเลกุล
ระบุสกุลระดับเท่านั้น การรองรับความแตกต่างของโปรไฟล์คาร์บอน

ใกล้จากฮิตระเบิดในแต่ละกรณีแตกต่างกัน
จาก CR : ล. .terricola ( แบบ % ตัวตน ) ในการผสมผสานของการ l-arabinose
, ,
l-rhamnnose แลคโตส ,