Microsatellites (or SSRs) have been

Microsatellites (or SSRs) have been used as a resource for random
candidate markers in population genetic studies. Only 148 D. officinale
SSR sequences have been reported in the NCBI database based on
Sanger sequencing data. To better understand the natural diversity
of D. officinale and to develop strategies for its sustainable utilization,
we identified additional SSR motifs in our 454 EST dataset. A number
of these EST SSRs were tightly linked to functional genes that
may control certain agronomic characteristics, including bioactive
compound biosynthesis. In this study, a total of 1061 SSRs were identified
from 36,407 unigenes. The majority, 961 (90.5%), of these
SSR-containing unique putative transcripts had a single SSR per sequence,
while 63 (6.5%) putative transcripts contained two or more
SSRs per sequence. Overall, 38 (3.6%) SSRs were present in genes involved
in compound formation. The frequency of unigenes observed
was 2.9%, and the distribution density was 45.8 per Mb. As shown
in Table 4, the most abundant repeat type was a dinucleotide
(51.7%, 550), and the most common repeat number was 6–10 tandem
repeats (39.3%, 417).
The relative frequency of repeats with different dinucleotide compositions
was biased towards one of the four possible repeat classes
(Supplementary Table 8). Among the dinucleotide repeat classes,
AG (119) repeats were the most common dimer motif, followed by
GA (105). GT (10) repeats were very infrequent. Among the trinucleotide
repeats, AAG/CTT (72, 27.4%) and AAT/ATT (72, 27.4%) were the
largest repeat class followed by ATC/ATG (32, 12.2%). The unique putative
transcription-derived SSR markers generated in this study provide
a valuable genetic resource for future studies of this species and
other related species.
Of genes containing SSRs, 665 genes could be ascribed to KEGGpathways
and 179 genes were associatedwithmetabolic pathways (Supplementary
Table 9), including one G10H (contig11000, (AAC)8), one SCS
(contig04905, (AG)11). Of these, Genetic Information Processing
(39.9%) andMetabolism (38.7%) were the top two KEGG terms, whereas
other KEGG terms were poorly represented. In Genetic Information
Processing, the class folding, sorting, and degradation (37.1%)was highly
represented, followed by translation (26.9%) and transcription
(17.9%). In Metabolism, amino acid metabolism (35.4%) was the most
frequent category. Primer pairs for each SSR conforming to a series of
primer-designing parameters are offered in Supplementary Table 10
for further investigation of the potential of these SSR repeats as genetic
markers. The development of EST-SSR markers in D. officinale should
greatly facilitate marker-assisted selection, germplasm breeding, adulterated
species identification, and genetic diversity studies in these cultivated
medicinal species.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

Microsatellites (หรือ SSRs) มีการใช้ทรัพยากรสำหรับสุ่มเครื่องหมายผู้สมัครในการศึกษาพันธุกรรมของประชากร Officinale 148 D. เท่านั้นลำดับยังคงมีการรายงานในฐานข้อมูล NCBI อิงข้อมูลลำดับ Sanger เพื่อให้เข้าใจความหลากหลายของธรรมชาติD. officinale และพัฒนากลยุทธ์สำหรับการใช้ประโยชน์อย่างยั่งยืนเราสามารถระบุเพิ่มเติมยังคงมีลวดลายในชุดข้อมูล EST ของเรา 454 หมายเลขของ SSRs EST เหล่านี้ถูกเชื่อมโยงอย่างใกล้ชิดในการทำงานของยีนที่อาจควบคุมลักษณะบางลักษณะทางการเกษตร รวมกรรมการกการสังเคราะห์สาร ในการศึกษานี้ ระบุจำนวน 1061 SSRsจาก 36,407 unigenes ส่วนใหญ่ 961 (90.5%), เหล่านี้ยังคงประกอบด้วยใบเฉพาะอ้างว่าฝามียังคงเดียวต่อลำดับในขณะที่ 63 (6.5%) อ้างว่าฝาใบมีอยู่สองตัวSSRs ต่อลำดับ โดยรวม 38 (3.6%) SSRs มีอยู่ในยีนที่เกี่ยวข้องในการก่อตัวผสม ความถี่ของการตรวจสอบ unigenes2.9% และความหนาแน่นการกระจาย 45.8 ต่อ Mb ดังที่ในตาราง 4 มากที่สุดซ้ำชนิดถูก dinucleotide(51.7%, 550), และทั่วไปมากที่สุดซ้ำเลขถูกควบคู่ 6-10ทำซ้ำ (39.3%, 417)ความถี่สัมพัทธ์ของการทำซ้ำมีองค์ประกอบอื่น dinucleotideไม่ลำเอียงไปทางหนึ่งในสี่ชั้นเรียนซ้ำได้(เสริมตาราง 8) ระหว่าง dinucleotide การซ้ำชั้นเรียนAG (119) ทำซ้ำได้ลายผลิตของ dimer ทั่ว ตามด้วยGA (105) GT (10) ทำซ้ำได้ไม่บ่อยมากนัก ระหว่าง trinucleotideทำซ้ำ เอเอ จี/CTT (72, 27.4%) และ AAT/ATT (72, 27.4%) มีการซ้ำชั้นที่ใหญ่ที่สุดตาม ด้วย ATC/ใกล้ ATG (32, 12.2%) เอกลักษณ์อ้างว่าฝาให้มาถอดยังคงเครื่องหมายที่สร้างขึ้นในการศึกษานี้ทรัพยากรพันธุกรรมมีคุณค่าสำหรับการศึกษาในอนาคตของสายพันธุ์นี้ และสายพันธุ์อื่น ๆ ที่เกี่ยวข้องของยีนที่ประกอบด้วย SSRs, 665 ยีนอาจจากนี้ไป KEGGpathwaysและยีน 179 ทาง associatedwithmetabolic (เสริมทางตารางที่ 9), รวมทั้งหนึ่ง G10H (contig11000, (AAC) 8), SCS หนึ่ง(contig04905, (AG) 11) เหล่านี้ ประมวลผลข้อมูลทางพันธุกรรม(39.9%) andMetabolism (38.7%) ด้านบนสอง KEGG เงื่อนไข ในขณะที่เงื่อนไขอื่น ๆ KEGG ไม่ดีแทน ข้อมูลทางพันธุกรรมประมวลผล การพับชั้น เรียงลำดับ และลด (37.1%)was สูงแทน ตาม ด้วยแปล (26.9%) และการถอดรหัส(17.9%) ในการเผาผลาญ เผาผลาญกรดอะมิโน (35.4%) ถูกที่สุดประเภทประจำ คู่รองพื้นสำหรับแต่ละสอดคล้องกับชุดของสาธารณรัฐสังคมนิยมโซเวียตพารามิเตอร์ออกแบบไพรเมอร์มี 10 ตารางเสริมสำหรับการสืบสวนเพิ่มเติมศักยภาพเหล่านี้ยังคงซ้ำเป็นพันธุกรรมเครื่องหมาย การพัฒนาเครื่องหมายยังคง EST ใน D. officinale ควรอย่างมากให้ช่วยเครื่องหมายตัวเลือก เพาะพันธุ์ germplasm เจือปนชนิด และศึกษาความหลากหลายทางพันธุกรรมเหล่านี้ปลูกยาชนิดนี้

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ไมโคร (หรือ SSRs) ได้ถูกนำมาใช้เป็นแหล่งข้อมูลสำหรับการสุ่ม
เครื่องหมายผู้สมัครในการศึกษาทางพันธุกรรมของประชากร เพียง 148 D. officinale
ลำดับ SSR ได้รับรายงานในฐานข้อมูล NCBI อยู่บนพื้นฐานของ
ข้อมูลลำดับแซงเจอร์ เพื่อทำความเข้าใจความหลากหลายทางธรรมชาติ
ของ D. officinale และพัฒนากลยุทธ์สำหรับการใช้ประโยชน์อย่างยั่งยืนของ
เราระบุลวดลาย SSR เพิ่มเติมในชุด EST 454 ของเรา จำนวน
เหล่านี้ EST SSRs ถูกเชื่อมโยงกับยีนที่ทำงานที่
อาจจะควบคุมลักษณะทางการเกษตรบางอย่างรวมถึงออกฤทธิ์ทางชีวภาพ
สังเคราะห์สารประกอบ ในการศึกษานี้มีทั้งหมด 1,061 SSRs ถูกระบุ
จาก 36,407 unigenes ส่วนใหญ่, 961 (90.5%) ของเหล่านี้
SSR ที่มีใบรับรองผลการเรียนสมมุติที่ไม่ซ้ำกันมี SSR เดียวต่อลำดับ
ขณะที่ 63 (6.5%) ใบรับรองผลการเรียนสมมุติมีสองคนหรือมากกว่า
SSRs ต่อลำดับ โดยรวม, 38 (3.6%) SSRs มีอยู่ในยีนที่เกี่ยวข้อง
ในการก่อตัวของสารประกอบ ความถี่ของการ unigenes สังเกต
เป็น 2.9% และเป็นความหนาแน่นของการกระจาย 45.8 Mb ต่อ ดังแสดง
ในตารางที่ 4 ชนิดที่ซ้ำมากที่สุดเป็น dinucleotide
(51.7%, 550) และจำนวนซ้ำที่พบมากที่สุดคือ 6-10 ตีคู่
ซ้ำ (39.3% 417).
ความถี่สัมพัทธ์ซ้ำที่มีองค์ประกอบที่แตกต่างกัน dinucleotide
เป็น ลำเอียงต่อหนึ่งในสี่ของการเรียนซ้ำไปได้
(ตารางที่เสริม 8) ในหมู่ชนชั้น dinucleotide ซ้ำ
AG (119) ซ้ำเป็นบรรทัดฐานที่พบมากที่สุด dimer ตามด้วย
จอร์เจีย (105) GT (10) ซ้ำก็ไม่บ่อยมาก ท่ามกลาง trinucleotide
ซ้ำ AAG / CTT (72, 27.4%) และ AAT / ATT (72, 27.4%) เป็น
ระดับซ้ำที่ใหญ่ที่สุดตามด้วย ATC / ATG (32, 12.2%) ที่ไม่ซ้ำกันสมมุติ
ถอดความมาจากเครื่องหมาย SSR สร้างขึ้นในการศึกษาครั้งนี้ให้
เป็นแหล่งข้อมูลทางพันธุกรรมที่มีคุณค่าสำหรับการศึกษาในอนาคตของสายพันธุ์นี้และ
สายพันธุ์อื่น ๆ ที่เกี่ยวข้อง.
ของยีนที่มี SSRs 665 ยีนอาจจะกำหนด KEGGpathways
และ 179 ยีนก็ทุลักทุเล associatedwithmetabolic (เสริม
ตารางที่ 9 ) รวมถึงหนึ่ง G10H (contig11000 (AAC) 8) หนึ่ง SCS
(contig04905 (AG) 11) ของเหล่านี้ทางพันธุกรรมการประมวลผลข้อมูล
(39.9%) andMetabolism (38.7%) เป็นชั้นสองแง่ KEGG ขณะ
แง่ KEGG อื่น ๆ แทนได้ไม่ดี ในทางพันธุกรรมข้อมูล
การประมวลผล, การพับชั้นเรียงลำดับและการย่อยสลาย (37.1%) คือการขอ
เป็นตัวแทนตามด้วยการแปล (26.9%) และการถอดรหัส
(17.9%) ในการเผาผลาญการเผาผลาญกรดอะมิโน (35.4%) เป็นส่วนใหญ่
หมวดบ่อย คู่ไพรเมอร์สำหรับแต่ละ SSR สอดคล้องกับชุดของ
พารามิเตอร์การออกแบบไพรเมอร์จะถูกนำเสนอในตารางที่ 10 เสริม
สำหรับการตรวจสอบต่อไปของศักยภาพของ SSR เหล่านี้ซ้ำเป็นทางพันธุกรรม
เครื่องหมาย การพัฒนาเครื่องหมาย EST-SSR ใน D. officinale ควร
ช่วยอำนวยความสะดวกการเลือกเครื่องหมายช่วยพันธุ์ขยายพันธุ์ปลอมปน
บัตรประจำตัวชนิดและการศึกษาความหลากหลายทางพันธุกรรมในสิ่งเหล่านี้ได้รับการปลูกฝัง
สายพันธุ์สมุนไพร