The starting point of MD simulation

The starting point of MD simulation is an initial set of coordinates (obtained form X-ray or NMR experimental data). This structure is normally geometry minimized prior to the MD simulation in order to remove bad contacts and initial strain, which might disturb the subsequent MD. Once assigning velocities , typically representing a low-temperature Maxwell distribution, the simulation is started by calculating the acceleration for each atom i according to Newton’s law.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

การเริ่มต้นจุด MD จำลองถูกเป็นชุดเริ่มต้นพิกัด (รับแบบฟอร์มข้อมูลการทดลอง NMR หรือเอ็กซ์เรย์) โครงสร้างนี้โดยปกติเป็นเรขาคณิตย่อก่อนการจำลอง MD เพื่อลบผู้ติดต่อที่ไม่ดีและต้องใช้ที่เริ่มต้น ซึ่งอาจรบกวน MD. ต่อมา เมื่อกำหนดตะกอน โดยทั่วไปแสดงการกระจายตัวอุณหภูมิต่ำแมกซ์เวลล์ เริ่มต้นการจำลอง โดยคำนวณอัตราเร่งในแต่ละอะตอมฉันตามกฎหมายของนิวตัน

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

จุดเริ่มต้นของการจำลอง MD เป็นชุดเริ่มต้นของพิกัด (ที่ได้รับรูปแบบ X-ray หรือข้อมูลการทดลอง NMR) โครงสร้างนี้เป็นปกติเรขาคณิตลดลงก่อนที่จะมีการจำลอง MD เพื่อลบรายชื่อที่ไม่ดีและสายพันธุ์เริ่มต้นซึ่งอาจรบกวนต่อ MD เมื่อการกำหนดความเร็วโดยทั่วไปที่เป็นตัวแทนของอุณหภูมิต่ำแมกซ์เวลกระจายจำลองจะเริ่มต้นโดยการคำนวณอัตราเร่งสำหรับแต่ละอะตอมฉันตามกฎหมายของนิวตัน

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

จุดเริ่มต้นของการจำลอง MD เป็นชุดเริ่มต้นของพิกัด ( ได้รับแบบฟอร์มการเอ็กซ์เรย์หรือ NMR ผลการทดลอง ) โครงสร้างนี้เป็นปกติเรขาคณิตย่อก่อน MD จำลองเพื่อลบรายชื่อที่ไม่ดีและสายพันธุ์เริ่มต้นซึ่งอาจรบกวนตามมา . เมื่อกำหนดความเร็วมักจะเป็นตัวแทนของอุณหภูมิเวลกระจายการเริ่มต้นโดยการคำนวณความเร่งของแต่ละอะตอมผมตามกฎหมายของนิวตัน