ประมาณร้อยละ85-90 ยังไม่ทราบสาเหตุที่แท้จริง แต่ประมาณร้อยละ 15 เกิดจาก
1. การติดเชื้อของมารดา พบว่า มารดาติดเชื้อ
(rubella) เป็นต้น
2. มารดาได้รับยาขณะตั้งครรภ์ เช่น ยาระงับชัก
ยาสงบประสาท กลุ่มยาฮอร์โมน หรือมารดาดื่มสุราทำให้
เด็กเป็นโรคหัวใจได้หลายๆ โรค เช่น (ventricular septal defect, VSD) ผ (atrial septal defect, ASD) (pulmonary stenosis, PS) (transposition of
great arteries, TGA)
3. ความเจ็บป่วยของมารดา เช่น มารดาเป็น
เบาหวาน หรือมารดาเป็นโรคหัวใจ
แต่กำเนิด จะทำให้มีบุตรเป็นโรคหัวใจแต่กำเนิด ร้อยละ 3 – 4
เป็นต้น
4. ความผิดปกติด้านพันธุกรรม เช่น การแบ่งตัว
ของโครโมโซมที่ผิดปกติ