cDNA Library Construction and Analy

cDNA Library Construction and Analysis
Total RNA extracted using the standard TRIzol Plus method
(Invitrogen). Extracts were enriched for mRNA using standard
RNeasymRNA mini kit (Qiagen) protocol.mRNA was reverse
transcribed, fragmented, and ligated to a unique 10-base multiplex
identifier (MID) tag prepared using standard protocols and
applied to one PicoTitrePlate (PTP) for simultaneous amplification
and sequencing on a Roche 454 GS FLX? Titanium
platform (Australian Genome Research Facility). 50,000
sequences for each sample were read. Automated grouping and
analysis of sample-specific MID reads informatically separated
sequences from the other transcriptomes on the plates, which
were then post-processed to remove low quality sequences
before de novo assembly into contiguous sequences (contigs)
using v 3.4.0.1 of the MIRA software program. Assembled
contigs were processed using CLC Main Work Bench (CLCBio)
and Blast2GO bioinformatic suite (Gotz et al. 2011, 2008)
to provide Gene Ontology, BLAST and domain/Interpro
annotation. The above analyses assisted in the rationalisation of

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ก่อสร้างห้องสมุด cDNA และการวิเคราะห์อาร์เอ็นเอทั้งหมดที่สกัดโดยใช้วิธีบวก TRIzol(Invitrogen) สารสกัดอุดมไปใน mRNA ที่ใช้มาตรฐานRNeasymRNA ชุดมินิ (Qiagen) protocol.mRNA ถูกย้อนกลับทับศัพท์ มีการกระจายตัว และการควบการล็ก 10 ฐานเฉพาะป้ายระบุ (MID) ที่ใช้โพรโทคอลมาตรฐาน และใช้ไปหนึ่ง PicoTitrePlate (PTP) สำหรับขยายงานพร้อมกันและลำดับในการ Roche 454 GS FLX ไทเทเนียมแพลตฟอร์ม (ออสเตรเลียกลุ่มวิจัยสินเชื่อ) 50000ลำดับสำหรับแต่ละตัวอย่างที่ได้อ่าน อัตโนมัติการจัดกลุ่ม และการวิเคราะห์ตัวอย่างเฉพาะ MID อ่านแยก informaticallyลำดับจาก transcriptomes บนแผ่น ที่ถูกแล้วหลังประมวลผลเอาลำดับคุณภาพต่ำก่อน de novo ประกอบเป็นลำดับต่อเนื่อง (contigs)ใช้วี 3.4.0.1 ของโปรแกรมซอฟต์แวร์มิร่า ประกอบcontigs ถูกประมวลผลโดยใช้ CLC ม้านั่งทำงานหลัก (CLCBio)น้ำ Blast2GO ผลเชิงวิวัฒนาการ (Gotz et al. 2011, 2008)ให้ยีนภววิทยา ระเบิด และโด เมน/Interproคำอธิบาย การวิเคราะห์ข้างต้นช่วยใน rationalisation ของ

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การสร้างและวิเคราะห์ cDNA ห้องสมุด
อาร์เอ็นเอทั้งหมดสกัดโดยใช้มาตรฐาน trizol บวกวิธี
( Invitrogen ) อุดมด้วยสารสกัดเป็น mRNA โดยใช้มาตรฐาน
rneasymrna Mini Kit ( เพิ่ม ) protocol.mrna ถูกย้อนกลับ
การทับศัพท์ , การแยกส่วนและผูกให้เฉพาะ 10 ฐาน multiplex
Identifier ( กลาง ) แท็กที่เตรียมโดยใช้โปรโตคอลมาตรฐานและ
ใช้ไปหนึ่ง picotitreplate ( PTP ) พร้อมกัน (
และการหาลำดับเบสในโรช 454 GS flx ? ไทเทเนียม
แพลตฟอร์ม ( ศูนย์วิจัยจีโนมของออสเตรเลีย ) 50 , 000
ลำดับสำหรับแต่ละตัวอย่างถูกอ่าน แบบอัตโนมัติและการวิเคราะห์ตัวอย่างเฉพาะกลาง

อ่าน informatically แยกลำดับจาก transcriptomes อื่น ๆบนจาน ซึ่ง
แล้วโพสต์การประมวลผลเพื่อเอาคุณภาพต่ำลำดับ
ก่อนอีกครั้ง ประกอบเป็นลำดับต่อเนื่อง ( สูง )
v 3.4.0.1 ใช้ของมิร่า โปรแกรมซอฟต์แวร์ สูงประกอบ
ถูกประมวลผลโดยใช้ศูนย์หลักงานฝึกฝีมือ ( clcbio )
blast2go และไบโอ นฟ ์เมติกแต่งงาน ( gotz et al . 2011 ธันวาคม 2008 )
ให้ยีนอภิปรัชญา , ระเบิดและโดเมน InterPro
/ บันทึกย่อ .การวิเคราะห์ข้างต้นช่วยในการใช้เหตุผลตัดสินของ