อันตรายอื่นๆจากยาปฏิชีวนะ แตกต่างกันตามชนิดของยา เช่นเป็นอันตรายต่อการเจริญของกระดูกและฟันของเด็กอายุน้อยกว่า ๘ ปี ทำให้ไขกระดูกฝ่อ อาจทำให้เกิดลมพิษ หรือช็อกจากการแพ้ยา อาจทำให้เกิดภาวะไตวายหรือหูหนวกได้
ยาทุกชนิดสามารถทำให้เกิดอันตรายได้ทั้งนั้น ดังนั้นสิ่งที่ดีที่สุดก็คือใช้ยาเฉพาะกรณีที่จะได้รับประโยชน์หรือทำให้หายโรค ซึ่งจะคุ้มกับความเสี่ยงอันตรายจากยาหากจะเกิดขึ้น และที่ดีที่สุดคือควรจะปรึกษาแพทย์หรือเภสัชกรที่มีความรู้ก่อนจะใช้ยาปฏิชีวนะ