Australia) was amended with salicyl

Australia) was amended with salicylic acid (SA), abscisic acid
(ABA), methyl jasmonate (MeJA), and ethylene (ET). We opted to
use a potting mix as a ‘model soil’ as it is routinely used in
horticulture as a plant-supporting substrate. SA and ABA were
applied as liquid sprays, while MeJA and ET were delivered in the
volatile/gaseous form. Briefly, SA and ABA treatments were applied
by spraying a 5 mM solution of SA and a 100 mM solution of ABA
dissolved in 5% and 0.1% ethanol, respectively. For the MeJA
treatment application, a cottonwool ball containing 300 mL of a
0.5% MeJA solution in ethanol was taped to the inner wall of the
plastic lid of a 20 L container and then the tray was wrapped with
two transparent plastic bags. The ET treatment was applied by
injecting a 4 mL volume of ET gas into a 20 L container where the
model soil was kept in an air-sealed system. The control model soil
as well as each treatment were treated in exactly the same way as
the other hormone treatments, but MeJA, SA, ABA, or ET was not
added. This included a cotton ball with ethanol taped onto the wall
of the chamber as well as spraying with 5% ethanol. These mock
treatments were applied to all experiments to allow direct
comparisons. A total of three biological replicates were analysed.
Each biological replicate comprised a pool of two model soil
samples collected from different locations within the tray where
the treatments were applied. During liquid spray applications,
eight–twelve leaf shoots of Arabidopsis thaliana ecotype Col-0 were
placed on the model soil surface to ensure that the exposed area
would mimic incidental spraying. Shoots were then removed
immediately after the application of treatments.
2.2. Sample collection, DNA extraction and amplification of 16S rRNA
genes
Samples of the model soil were collected with a 12 mm borer
72 h after hormonal treatments and stored in LifeguardTM Soil
Preservation Solution (MO BIO Laboratories, Carlsbad, CA) at
20
C. Total DNA was extracted from these samples using the
PowerSoil1 DNA Isolation kit according to the manufacturer's
instructions (MO BIO Laboratories, Carlsbad, CA). The quality of the
extracted DNA was assessed on a 1% agarose gel. Extracted DNA
concentrations were determined using a QubitTM fluorometer with
Quant-iT dsDNA BR Assay Kits (Invitrogen, Carlsbad, CA) and then
normalised to 10 ng ml1. Universal 16S rRNA genes were amplified
by PCR in 50 ml volumes containing 20 ng DNA, molecular biology
grade water, 1X PCR buffer minus Mg, 50 nM of each of the dNTPs,
1.5 mM MgCl2, 0.3 mg BSA, 0.02 U Taq DNA Polymerase, 8 mM each
of the primers 803F and 1392R modified on the 50 end to contain
the 454 FLX Titanium Lib L adapters B and A, respectively
(Engelbrektson et al., 2010). These primers amplify both bacteria
and archaea. The reverse primers also contained a 5–6 base
barcode sequence positioned between the primer sequence and
the adapter. A unique bar-code was used for each sample.
Thermocycling conditions were as follows: 95
C for 3 min; then
30 cycles of 95
C for 30 s, 55
C for 45 s, 72
C for 90 s; and then
72
C for 10 min. Amplicons were purified using a QIAquick PCR
purification kit (Qiagen, Hilden, Germany), quantified using a
QubitTM fluorometer with a Quant-iT dsDNA BR Assay Kit and then
normalised to 25 ng ml1 and pooled for 454 pyrosequencing.
Sequencing was performed by the Australian Centre for Ecogenomics
at the University of Queensland (Brisbane, Australia).
2.3. Data analyses
Sequence data were processed as described in (Dennis et al.,
2013). Briefly, sequences were quality
filtered and dereplicated
using the QIIME script split_libraries.py with the homopolymer
filter deactivated (Caporaso et al., 2010) and then checked for
chimeras against the GreenGenes database (De Santis et al., 2006

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ออสเตรเลีย) ถูกแก้ไข ด้วยกรดซาลิไซลิ (SA), กรดแอบไซซิก(ABA), methyl jasmonate (MeJA), และเอทิลีน (ET) เราเลือกที่จะใช้เป็นประจำได้ใช้ในผสม potting เป็น 'รุ่นดิน'พืชสวนเป็นพื้นผิวโรงงานสนับสนุน SA และ ABAใช้ของเหลวเป็นสเปรย์ ในขณะที่ MeJA และ ET ถูกจัดส่งในการแบบฟอร์มการระเหย/เป็นต้น ใช้เวลาสั้น ๆ SA และ ABAโดยพ่นโซลูชัน 5 มม.ของ SA และโซลูชั่น 100 มม.ของ ABAละลายใน 5% และ 0.1% เอทานอล ตามลำดับ สำหรับ MeJAแอพลิเคชันการรักษา ประกอบด้วย 300 mL ของลูก cottonwool การ0.5 โซลูชัน MeJA %ในเอทานอลถูกฝากับผนังด้านในของฝาพลาสติกคอนเทนเนอร์ 20 L แล้วถาดที่ห่อด้วยถุงใสพลาสติก 2 ใช้รักษา ET โดยinjecting ปริมาตร 4 mL ของแก๊ส ET เป็นคอนเทนเนอร์ 20 L ที่การแบบจำลองดินถูกเก็บไว้ในระบบอากาศปิดผนึก การควบคุมแบบจำลองดินและการรักษาแต่ละได้รับการรักษาในรูปเป็นฮอร์โมน บำบัด แต่ MeJA, SA, ABA หรืออื่น ET ไม่เพิ่ม นี้รวมลูกฝ้ายกับเอทานอลฝาบนผนังของหอการค้าตลอดจนพ่น ด้วยเอทานอล 5% จำลองเหล่านี้การรักษาใช้การทดลองทั้งหมดให้โดยตรงเปรียบเทียบ ทั้งหมดเหมือนกับชีวภาพสามถูก analysedทำซ้ำแต่ละชีวภาพประกอบด้วยกลุ่มของดินรุ่นสองตัวอย่างที่เก็บรวบรวมจากสถานต่าง ๆ ภายในถาดที่การรักษาใช้ ในระหว่างการใช้งานสเปรย์ของเหลวใบแปดสิบสองหน่อของ Arabidopsis thaliana ecotype 0 คอลัมน์ได้วางบนพื้นผิวดินแบบจำลองเพื่อให้แน่ใจว่าบริเวณที่สัมผัสจะเลียนแบบการพ่นเบ็ดเตล็ด ถ่ายภาพแล้วออกทันทีหลังจากใช้บริการ2.2. ตัวอย่างคอลเลกชัน การสกัดดีเอ็นเอ และขยายของ 16S rRNAยีนตัวอย่างของแบบจำลองดินถูกเก็บรวบรวม ด้วย borer 12 มม.72 h หลังจากรักษาฮอร์โมน และเก็บไว้ในดิน LifeguardTMวิธีอนุรักษ์ (ห้องปฏิบัติการชีวภาพ MO คาร์ลส CA) ที่20 C. รวมดีเอ็นเอที่สกัดจากตัวอย่างเหล่านี้โดยใช้การชุดแยกดีเอ็นเอ PowerSoil1 ตามของผู้ผลิตคำแนะนำ (ห้องปฏิบัติการชีวภาพ MO คาร์ลส CA) คุณภาพของการแยกดีเอ็นเอถูกประเมินในเจ 1% agarose แยกดีเอ็นเอความเข้มข้นที่กำหนดใช้ fluorometer QubitTM ด้วยDsDNA quant เป็นชุดทดสอบ BR (Invitrogen คาร์ลส CA) แล้วnormalised กับ ng 10 ml 1 มีขยายยีนสากล 16S rRNAโดย PCR ในปริมาณ 50 ml ประกอบด้วย 20 ng DNA อณูชีววิทยาเกรดน้ำ บัฟเฟอร์ X PCR 1 ลบมิลลิกรัม 50 nM ของ dNTPs แต่ละ1.5 mM MgCl2, 0.3 มิลลิกรัมบีเอสเอ 0.02 U Taq DNA พอลิเมอเรส 8 มม.ของไพรเมอร์ที่ 803F และ 1392R ที่ปรับเปลี่ยนใน 50 มีการ์ด FLX ไทเทเนียม Lib L 454 A และ B ตามลำดับ(Engelbrektson et al., 2010) ไพรเมอร์เหล่านี้ขยายทั้งแบคทีเรียและอาร์เคีย ไพรเมอร์กลับยังประกอบด้วยฐาน 5-6ลำดับบาร์โค้ดตำแหน่งระหว่างลำดับรองพื้น และอะแดปเตอร์ เฉพาะบาร์โค้ดใช้สำหรับแต่ละตัวอย่างThermocycling เงื่อนไขได้ดังนี้: C 95 ใน 3 นาที แล้วรอบ 30 ของ 95 C สำหรับ 30 s, C 55 สำหรับ 45 s, C 72 สำหรับ 90 s แล้ว72 C สำหรับ 10 นาที Amplicons ได้บริสุทธิ์โดยใช้ QIAquick PCRฟอกชุด (Qiagen, Hilden เยอรมนี), quantified โดยใช้การFluorometer QubitTM กับ dsDNA มัน Quant BR Assay Kit แล้วnormalised กับ ng 25 ml 1 และทางถูกพูสำหรับ 454 pyrosequencingลำดับที่ดำเนินการ โดยศูนย์ออสเตรเลียสำหรับ Ecogenomicsที่ในมหาวิทยาลัยของรัฐควีนส์แลนด์ (บริสเบน ออสเตรเลีย)2.3. ข้อมูลวิเคราะห์ลำดับข้อมูลถูกประมวลผลใน (เดนนิส et al.,2013) กันสั้น ๆ ลำดับได้คุณภาพกรอง และ dereplicatedใช้ split_libraries.py สคริปต์ QIIME homopolymerตัวกรองถูกปิดใช้งาน (Caporaso et al., 2010) และตรวจสอบแล้วchimeras กับฐานข้อมูล GreenGenes (De Santis et al., 2006

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ออสเตรเลีย) แก้ไขเพิ่มเติมด้วยกรดซาลิไซลิ (SA), กรดแอบไซซิก
(ABA), เมธิล jasmonate (เชื้อร) และเอทิลีน (ET) เราเลือกที่จะ
ใช้ผสม potting เป็น 'ดินจำลอง' ในขณะที่มันถูกนำมาใช้เป็นประจำใน
สวนเป็นสารตั้งต้นพืชสนับสนุน SA และ ABA ถูก
นำไปใช้เป็นสเปรย์ที่มีสภาพคล่องในขณะที่เชื้อร ET และถูกส่งใน
ระเหย / รูปแบบก๊าซ สั้น ๆ , SA และการรักษา ABA ถูกนำไปใช้
โดยการฉีดพ่นเป็นทางออกที่ 5 มิลลิของ SA และเป็นทางออกที่ 100 มิลลิเมตรของ ABA
ละลายใน 5% และเอทานอล 0.1% ตามลำดับ สำหรับเชื้อร
ปพลิเคชันการรักษาลูก cottonwool มี 300 มิลลิลิตร
0.5% การแก้ปัญหาเชื้อรในเอทานอลได้รับการบันทึกเทปไปที่ผนังด้านในของ
ฝาพลาสติกของภาชนะ L 20 แล้วถาดถูกห่อด้วย
สองถุงพลาสติกใส การรักษา ET ถูกนำมาใช้โดย
การฉีดปริมาณมล 4 ของก๊าซ ET ลงในภาชนะ L 20 ที่
ดินแบบถูกเก็บไว้ในระบบอากาศที่ปิดสนิท ดินรูปแบบการควบคุม
เช่นเดียวกับการรักษาแต่ละได้รับการรักษาในตรงทางเดียวกับ
การรักษาฮอร์โมนอื่น ๆ แต่เชื้อร, SA, ABA หรือ ET ไม่ได้
เพิ่ม รวมสำลีกับเอทานอลแปะบนผนัง
ของห้องเช่นเดียวกับการฉีดพ่นด้วยเอทานอล 5% เหล่านี้จำลอง
การรักษาที่ถูกนำไปใช้กับทุกการทดลองเพื่อให้ตรง
เปรียบเทียบ ทั้งหมดสามซ้ำชีวภาพที่ได้มาวิเคราะห์.
แต่ละซ้ำชีวภาพประกอบด้วยสระว่ายน้ำของทั้งสองดินแบบ
ตัวอย่างที่เก็บรวบรวมจากสถานที่แตกต่างกันภายในถาดที่
การรักษาที่ถูกนำไปใช้ ในระหว่างการใช้งานสเปรย์ของเหลว
8-12 หน่อใบ Arabidopsis thaliana พันธุ์เทือกเขา-0 ถูก
วางไว้บนพื้นผิวจำลองดินเพื่อให้แน่ใจว่าพื้นที่สัมผัส
จะเลียนแบบฉีดพ่นที่เกิดขึ้น ข้าวกล้าถูกถอดออกแล้ว
ทันทีหลังจากที่แอพลิเคชันของการรักษา.
2.2 การเก็บตัวอย่างและการสกัด DNA และการขยายของ 16S rRNA
ยีน
ตัวอย่างของดินรูปแบบที่ถูกเก็บรวบรวมด้วย 12 มมหนอนเจาะ
72 ชั่วโมงหลังจากการรักษาฮอร์โมนและเก็บไว้ในดิน LifeguardTM
โซลูชั่นรักษา (MO BIO ห้องปฏิบัติการ, คาร์ลส, CA) ที่
? 20? C ดีเอ็นเอทั้งหมดถูกสกัดจากตัวอย่างเหล่านี้โดยใช้
ชุดดีเอ็นเอ PowerSoil1 แยกตามของผู้ผลิต
คำแนะนำ (MO BIO ห้องปฏิบัติการ, คาร์ลส, CA) คุณภาพของ
DNA ที่สกัดได้รับการประเมินในเจล agarose 1% ดีเอ็นเอที่สกัด
ความเข้มข้นได้รับการพิจารณาโดยใช้ fluorometer QubitTM กับ
ควอนท์-iT dsDNA BR ชุดทดสอบ (Invitrogen, Carlsbad, CA) แล้ว
ปกติ 10 มล. จำนวน 1 ยูนิเวอร์แซยีน 16S rRNA ถูกขยาย
โดยวิธี PCR ใน 50 มล. ปริมาณที่มี 20 ng ดีเอ็นเอชีววิทยาระดับโมเลกุล
น้ำเกรดบัฟเฟอร์ 1X PCR ลบ Mg, 50 นาโนเมตรของแต่ละ dNTPs,
1.5 มิลลิ MgCl2 0.3 มิลลิกรัม BSA, 0.02 U Taq DNA Polymerase, 8 มิลลิแต่ละ
ของไพร 803F และ 1392R เมื่อวันที่ 50 ปลายจะมี
454 FLX ไทเทเนียม Lib L อะแดปเตอร์และ B ตามลำดับ
(Engelbrektson et al., 2010) ไพรเมอร์เหล่านี้ขยายทั้งแบคทีเรีย
และเคีย ไพรเมอร์กลับยังมีฐาน 5-6
ลำดับบาร์โค้ดอยู่ระหว่างลำดับไพรเมอร์และ
อะแดปเตอร์ ที่ไม่ซ้ำกันบาร์โค้ดที่ใช้สำหรับแต่ละตัวอย่าง.
เงื่อนไขเทอร์โมมีดังนี้? 95 C เป็นเวลา 3 นาที; จากนั้น
วันที่ 30 รอบ 95 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 30 วินาที, 55 C เป็นเวลา 45 วินาที, 72 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 90 S?; และจากนั้น
72 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 10 นาที Amplicons ถูกทำให้บริสุทธิ์โดยใช้วิธี PCR QIAquick
ชุดฟอก (Qiagen, ฮิลเดน, เยอรมนี), ปริมาณการใช้
fluorometer QubitTM กับ dsDNA ควอนท์-iT BR ชุดทดสอบแล้ว
ปกติ 25 มล. จำนวน 1 และสำรองสำหรับ 454 pyrosequencing.
ลำดับได้ดำเนินการโดย ศูนย์ออสเตรเลียสำหรับ Ecogenomics
ที่มหาวิทยาลัยควีนส์แลนด์ (บริสเบน, ออสเตรเลีย).
2.3 ข้อมูลการวิเคราะห์
ข้อมูลลำดับที่ถูกประมวลผลตามที่อธิบายไว้ใน (เดนนิส et al.,
2013) สั้น ๆ ลำดับที่มีคุณภาพได้รับการ
กรองและ dereplicated
ใช้ split_libraries.py สคริปต์ QIIME กับโฮโม
กรองปิดการใช้งาน (Caporaso et al., 2010) และจากนั้นตรวจสอบ
chimeras กับฐานข้อมูล GreenGenes (De Santis et al., 2006

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ออสเตรเลีย ) แก้ไขเพิ่มเติม ด้วย salicylic acid ( SA ) กรดแอบไซซิก
( ABA ) , เมทิลจั มเนต ( ตาราง ) และเอทิลีน ( ET ) เราเลือกใช้

ใช้ potting ผสมเป็นแบบจำลองดิน ' ' มันถูกใช้ใน
พืชสวนเป็นพืชที่สนับสนุนหลากหลาย ซา และ ABA คือ
ใช้เป็นสเปรย์ของเหลว ในขณะที่ตารางและ ET ถูกส่งใน
ระเหยก๊าซ / แบบฟอร์ม สั้น ๆ , และการรักษาใช้
2 สาโดยการฉีดพ่นสารละลาย 5 มม. และ 100 มม. ของซาโซลูชั่น ABA
ละลายในเอทานอล 5% และ 0.1% ตามลำดับ สำหรับตารางการรักษาโปรแกรม
, cottonwool บอลที่มี 300 มิลลิลิตรของสารละลายเอทานอล
0.5 ตารางถูกแปะไว้ที่ผนังด้านในของฝาของภาชนะพลาสติก
20 ลิตร แล้วถาดก็ห่อด้วย
2 ถุง พลาสติกใส โดยการประยุกต์โดย
ร้อยเอ็ดฉีด 4 มล. ปริมาตรของแก๊สในถัง 20 ลิตร และที่ดิน
แบบเก็บในอากาศปิดผนึกระบบ การควบคุมแบบจำลองดิน
เช่นเดียวกับการรักษาแต่ละคนได้รับการรักษาในแบบเดียวกับ
รักษาอื่นๆ ฮอร์โมน แต่ตาราง , SA , ABA หรือ ET ไม่ได้
เพิ่ม นี้รวมลูกฝ้ายกับเอทานอลแปะบนผนัง
ของห้อง รวมทั้งการพ่นด้วยเอทานอล 5% เหล่านี้เลียนแบบ
การทดลองใช้กับการทดลอง เพื่อให้เปรียบเทียบโดยตรง

ทั้งหมดสามแบบชีวภาพวิเคราะห์ .
แต่ละชีวภาพเลียนแบบประกอบด้วยสระสองตัวอย่างดินที่เก็บจากสถานที่ที่แตกต่างกันในรูปแบบ

ถาดที่การทดลองใช้ ในระหว่างการฉีดของเหลว ,
8 – 12 ใบต้น Arabidopsis thaliana พันธุ์ col-0 ถูก
อยู่ในรูปแบบพื้นผิวดินเพื่อให้แน่ใจว่าพื้นที่ exposed
จะเลียนแบบโดยการฉีดพ่น ยิงแล้วลบออก
ทันทีหลังจากการรักษา .
2.2 . ตัวอย่างคอลเลกชัน , การสกัดดีเอ็นเอและเพิ่มปริมาณยีน 16S rRNA

ตัวอย่างของแบบจำลองดินการเก็บรวบรวม 12 มม. เจาะ
72 ชั่วโมงหลังจากการรักษาด้วยฮอร์โมน และเก็บไว้ในดิน lifeguardtm
โซลูชั่นรักษา ( โมไบห้องปฏิบัติการ , Carlsbad , CA )
 20
C รวมดีเอ็นเอจากตัวอย่างเหล่านี้ใช้
powersoil1 การสกัดดีเอ็นเอชุดตามคำแนะนำของผู้ผลิต
( โมไบห้องปฏิบัติการ , Carlsbad , CA ) คุณภาพของ
สกัดดีเอ็นเอการประเมิน เจล ( 1 ) ดีเอ็นเอที่สกัดได้มาใช้ความเข้มข้น

qubittm ฟลู โรมิเตอร์กับจํานวนมัน dsdna br โดยอิสระ ( Invitrogen Carlsbad , CA ) แล้ว เท่ากับ 10 นาโนกรัม 
1 สากลเบส 16S rRNA ยีนฮีโม
โดยวิธี PCR ใน 50 มิลลิลิตร ปริมาณบรรจุ 20 นาโนดีเอ็นเอ , ชีววิทยาระดับโมเลกุล
เกรดน้ำ , 1x PCR buffer ลบมิลลิกรัม 50 nm ของแต่ละ dntps
ชุด , 1.5 มม. ขนาด 0.3 มิลลิกรัม 0.02 วูทัค DNA polymerase 8 มม. แต่ละ
ของไพรเมอร์ 803f 1392r ดัดแปลงและ ใน 50 สิ้นสุดประกอบด้วย
454 flx ไทเทเนียม lib ผมอะแดปเตอร์ B และ A ตามลำดับ
( engelbrektson et al . , 2010 ) ไพรเมอร์เหล่านี้ขยายทั้งแบคทีเรียและอาร์เคีย
. กลับจากยังมี 5 – 6 ฐาน
บาร์โค้ดดับที่อยู่ระหว่างลำดับ
รองพื้นและอะแดปเตอร์ บาร์โค้ดพิเศษใช้สำหรับแต่ละตัวอย่าง ดังนี้
ผื่นแดงสภาพ 95
C เป็นเวลา 3 นาที จากนั้น
30 รอบ 95
เป็นเวลา 30 วินาที55
C 45 S , 72
C 90 s ; แล้ว
0
C 10 นาที amplicons ได้ทำให้บริสุทธิ์โดยใช้ qiaquick PCR
ฟอก Kit ( QIAGEN Hilden , เยอรมัน ) , ปริมาณการใช้
qubittm ฟลู โรมิเตอร์กับจํานวนมัน dsdna br 3 ชุดแล้ว เท่ากับ 25 นาโนกรัมต่อ 
1 และรวมสำหรับ 454 ไพโรซีเควนซิง .
ลำดับถูกดำเนินการโดยศูนย์ออสเตรเลียสำหรับ ecogenomics
ที่มหาวิทยาลัยควีนส์แลนด์ ( บริสเบน ออสเตรเลีย )
2.3 การวิเคราะห์ข้อมูล
ลำดับข้อมูลที่ถูกประมวลผลตามที่อธิบายไว้ใน ( เดนนิส et al . ,
2013 ) สั้น ๆ ดังนี้ คือ คุณภาพ และ dereplicated

กรองใช้ qiime สคริปต์ split_libraries.py กับโฮโมพอลิเมอร์
กรองปิด ( caporaso et al . , 2010 ) และจากนั้นตรวจสอบ
ไคเมร่ากับ greengenes ฐานข้อมูล ( เดอ ซานติส et al . , 2006