Analysis of a sugarcane (Saccharum

Analysis of a sugarcane (Saccharum spp.) EST (expressed sequence tag) library of 8678 sequences revealed approximately 250 microsatellite or simple sequence repeats (SSRs) sequences. A diversity of dinucleotide and trinucleotide SSR repeat motifs were present although most were of the (CGG)n trinucleotide motif. Primer sets were designed for 35 sequences and tested on five sugarcane genotypes. Twenty-one primer pairs produced a PCR product and 17 pairs were polymorphic. Primer pairs that produced polymorphisms were mainly located in the coding sequence with only a single pair located within the 5′ untranslated region. No primer pairs producing a polymorphic product were found in the 3′ untranslated region. The level of polymorphism (PIC value) in cultivars detected by these SSRs was low in sugarcane (0.23). However, a subset of these markers showed a significantly higher level of polymorphism when applied to progenitor and related genera (Erianthus sp. and Sorghum sp.). By contrast, SSRs isolated from sugarcane genomic libraries amplify more readily, show high levels of polymorphism within sugarcane with a higher PIC value (0.72) but do not transfer to related species or genera well.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

วิเคราะห์อ้อย (โอกำแพงแสน) ไลบรารี (ลำดับการแสดงป้าย) EST ลำดับ 8678 เปิดเผยประมาณ 250 ชนิด microsatellite หรือลำดับซ้ำลำดับ (SSRs) ความหลากหลายของ dinucleotide trinucleotide SSR ทำซ้ำลงได้อยู่แม้ว่าส่วนใหญ่อยู่ที่แปลน n trinucleotide (CGG) ชุดรองพื้นได้มาลำดับที่ 35 และทดสอบในการศึกษาจีโนไทป์อ้อย 5 เมืองทองธานีรองพื้นคู่ผลิตผลิตภัณฑ์ PCR และ 17 คู่มี polymorphic ส่วนใหญ่คู่พื้นที่ผลิต polymorphisms ได้อยู่ในลำดับที่รหัส มีเพียงคู่เดียวอยู่ภายในภูมิภาค untranslated 5′ คู่รองพื้นไม่ผลิตผลิตภัณฑ์ polymorphic พบในภูมิภาค untranslated 3′ ระดับของโพลีมอร์ฟิซึม (PIC ค่า) ในพันธุ์ที่ตรวจพบ โดย SSRs เหล่านี้อยู่ในระดับต่ำในอ้อย (0.23) อย่างไรก็ตาม ชุดย่อยของเครื่องหมายเหล่านี้แสดงให้เห็นว่าระดับสูงขึ้นอย่างมีนัยสำคัญเมื่อใช้ progenitor โพลิมอร์ฟิซึม และเกี่ยวข้องสกุล (Erianthus sp.และ sp ข้าวฟ่าง) โดยคมชัด SSRs ที่แยกต่างหากจากไลบรารี genomic อ้อยขยายมากขึ้น แสดงระดับสูงของโพลิมอร์ฟิซึมภายในอ้อยกับ PIC ค่า (0.72) แต่ไม่โอนไปยังสายพันธุ์ที่เกี่ยวข้องหรือสกุลดี

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

การวิเคราะห์ของอ้อย (Saccharum spp.) EST (แท็กลำดับแสดง) ห้องสมุด 8678 ลำดับเปิดเผยประมาณ 250 ไมโครหรือลำดับที่เรียบง่ายซ้ำ (SSRs) ลำดับ ความหลากหลายของ dinucleotide และ trinucleotide SSR ลวดลายซ้ำอยู่ในปัจจุบันถึงแม้ว่าส่วนใหญ่เป็นของ (CGG) n บรรทัดฐาน tr​​inucleotide ชุดไพรเมอร์ได้รับการออกแบบสำหรับ 35 ลำดับและทดสอบในห้าสายพันธุ์อ้อย ยี่สิบเอ็ดคู่ไพรเมอร์ที่ผลิตผลิตภัณฑ์ PCR และ 17 คู่เป็น polymorphic คู่ไพรเมอร์ที่ผลิตหลากหลายส่วนใหญ่ตั้งอยู่ในลำดับการเข้ารหัสที่มีเพียงคู่เดียวที่ตั้งอยู่ในภูมิภาค 5 'ไม่ได้แปล ไม่มีคู่ไพรเมอร์การผลิตสินค้า polymorphic ถูกพบในภาค 3 'ไม่ได้แปล ระดับของความแตกต่าง (ค่า PIC) ในสายพันธุ์ที่ตรวจพบโดย SSRs เหล่านี้อยู่ในระดับต่ำในอ้อย (0.23) แต่ส่วนหนึ่งของเหล่านี้แสดงให้เห็นว่าตัวบ่งชี้ระดับที่สูงขึ้นอย่างมีนัยสำคัญของความแตกต่างเมื่อนำไปใช้รากเหง้าและจำพวกที่เกี่ยวข้องกัน (Erianthus Sp. และข้าวฟ่าง Sp.) ในทางตรงกันข้าม SSRs ที่แยกได้จากห้องสมุดจีโนมขยายอ้อยมากขึ้นอย่างรวดเร็วแสดงระดับสูงของความแตกต่างภายในอ้อยที่มีมูลค่าสูงขึ้น PIC (0.72) แต่ไม่ได้ถ่ายโอนไปยังสายพันธุ์ที่เกี่ยวข้องหรือจำพวกเดียว

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การวิเคราะห์ของอ้อย ( อ้อย spp . ) EST ( แสดงแท็กลำดับ ) ห้องสมุด 8678 ลำดับ พบประมาณ 250 ชนิด หรือลำดับง่ายซ้ำ ( ssrs ) ดังนี้ และความหลากหลายของไดนิวคลีโอไทด์ทัศนคติ SSR ย้ำลวดลายอยู่ในปัจจุบันถึงแม้ว่าส่วนใหญ่ของ ( CGG ) N ทัศนคติบรรทัดฐาน ชุดรองพื้นถูกออกแบบมาสำหรับ 35 ลำดับและทดสอบในห้าอ้อยพันธุ์ .ยี่สิบหนึ่งคู่ไพรเมอร์ที่ผลิตผลิตภัณฑ์ PCR และ 17 คู่ที่สร้างความแตกต่าง ไพรเมอร์คู่ที่ผลิตพันธุ์ส่วนใหญ่ตั้งอยู่ในรหัสลำดับมีเพียงคู่เดียว ตั้งอยู่ภายในเขต 5 ได้รับการแปล . ไม่มีไพรเมอร์คู่การผลิตผลิตภัณฑ์ที่มีการแปลนั้นพบใน 3 ภูมิภาคระดับของความหลากหลาย ( ค่า PIC ) ในพันธุ์ที่พบโดย ssrs เหล่านี้ต่ำในน้ำตาล ( 0.23 ) อย่างไรก็ตาม ส่วนหนึ่งของเครื่องหมายเหล่านี้มีระดับสูงกว่าของ polymorphism เมื่อใช้กับแหล่งกำเนิด และที่เกี่ยวข้องกับสกุล ( erianthus sp . และข้าวฟ่าง sp . ) โดยคมชัด , ssrs แยกจากอ้อยจีโนมห้องสมุดขยายเพิ่มเติมพร้อมแสดงระดับสูงของ polymorphism ในอ้อยมีมูลค่าที่สูง ( รูป 4 ) แต่ไม่โอนไปยังชนิดหรือสกุลดี