Transcriptomics studies the set of

Transcriptomics studies the set of all RNA molecules, including mRNA, rRNA, tRNA, and other non-coding RNA, including their structures and functions (Kiechle and Holland-Staley, 2003 and Skalsky and Cullen, 2010). In Mycobacterium tuberculosis infections, mycobacterial mRNA better reflect viability, thereby being valuable as a reliable marker of bacteriologic clearance in response to antituberculosis therapies ( Li et al., 2010 and Mdivani et al., 2009). The transcriptome also includes small, noncoding RNAs, which have emerged as key regulators of gene expression, genome stability and chromatin modification ( Moazed, 2009). High-throughput sequencing of RNA transcripts (RNA-seq), which uses next-generation sequencing technologies to generate transcriptome profiling in both pathogen and hosts ( Nagalakshmi et al., 2008 and Westermann et al., 2012), gradually comes into the medical microbiology research and practice. RNA-seq allows the investigation of the diverse physiologies from uncultured microorganisms in their natural habitat ( Bomar et al., 2011 and Frias-Lopez et al., 2008). Bomar et al reported the use of RNA-seq for characterizing the metatranscriptome of the simple gut microbiome from the medicinal leech Hirudo verbana and for utilizing this information to design a medium for cultivating members of the microbiome (Bomar et al., 2011).
Proteomics is a large-scale study of the entire complement of proteins, including the modifications made to a particular set of proteins, produced by an organism or system. The application of proteomic technology in biomarker discovery has recently been extensively reviewed (Fournier and Raoult, 2011 and Ghafourian et al., 2013). A proteomic profiling of serologic response to Candida albicans may bring to light potential candidates for diagnosis, prognosis, risk stratification, clinical follow-up, therapeutic monitoring, and immunotherapy of candidiasis, especially of its life-threatening systemic forms ( Pitarch et al., 2009). Matrix-assisted laser desorption/ionization-time of flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) has emerged as a rapid and powerful tool for microbial species identification in the diagnostic arena ( Welker, 2011). In addition, MALDI-TOF MS has been used directly to determine mechanisms of antibiotic resistance ( Hrabak et al., 2011). Using proteomic techniques including C18 reverse-phase liquid chromatography/MALDI mass spectrometry, Russo et al reported that plasmepsin V recognizes the PEXEL motif and cleaves it at the correct site, which is essential for Plasmodium falciparum viability and endoplasmic reticulum residence is essential for its function ( Russo et al., 2010). Irving et al recently performed HPLC and mass spectrometry analysis of outer membrane vesicles (OMVs) from pathogenic bacteria including Helicobacter pylori and Pseudomonas aeruginosa as a physiological mechanism to deliver peptidoglycan into the host cell cytosol and revealed that OMVs induced autophagosome formation and inflammatory IL-8 responses in epithelial cells in a NOD1- and RIP2-dependent manner ( Irving et al., 2014).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

Transcriptomics ศึกษาชุดของโมเลกุลอาร์เอ็นเอทั้งหมด รวมทั้ง mRNA, rRNA, tRNA และอื่น ๆ ไม่ใช่รหัสอาร์ เอ็น รวมถึงการโครงสร้างและหน้าที่ (Kiechle และฮอลแลนด์ Staley, 2003 และ Skalsky และคัล เลน 2010) ในการติดเชื้อมัยโคแบคทีเรียวัณโรค mycobacterial mRNA ดีสะท้อนชีวิต จึงจะมีคุณค่าเป็นเครื่องหมายความน่าเชื่อถือของเคลียร์ bacteriologic ตอบสนองต่อการรักษาต้านเชื้อวัณโรค (Li et al., 2010 และ Mdivani et al., 2009) Transcriptome ยังมีขนาดเล็ก noncoding RNAs ซึ่งมีชุมนุมเป็นเร็คกูเลเตอร์หลักของยีน จีโนมเสถียรภาพ และปรับเปลี่ยนโครมาติน (Moazed, 2009) อัตราความเร็วสูงจัดลำดับของใบแสดงผลอาร์เอ็นเอ (อาร์เอ็นเอลำดับ), ซึ่งใช้เทคโนโลยีลำดับรุ่นต่อไปเพื่อสร้าง transcriptome สร้างโพรไฟล์ในการศึกษาทั้งสอง และโฮสต์ (Nagalakshmi et al., 2008 และ Westermann et al., 2012) ค่อย ๆ มาวิจัยจุลชีววิทยาทางการแพทย์และปฏิบัติ อาร์เอ็นเอลำดับให้สืบสวน physiologies หลากหลายจากจุลินทรีย์ uncultured เอม (Bomar et al., 2011 และโลเปซ Frias et al., 2008) Bomar et al รายงานการใช้ของอาร์เอ็นเอลำดับ สำหรับกำหนดลักษณะ metatranscriptome ของ microbiome ลำไส้ง่ายจาก verbana Hirudo ทากยา และใช้ข้อมูลนี้ในการออกแบบสื่อสำหรับสมาชิกที่เพาะปลูกของ microbiome (Bomar et al., 2011)โปรตีโอมิกส์เป็นการศึกษาขนาดใหญ่ของส่วนประกอบทั้งหมดของโปรตีน รวมถึงการแก้ไขที่ทำชุดเฉพาะของโปรตีน ผลิตสิ่งมีชีวิตหรือระบบ เมื่อเร็ว ๆ นี้ได้รับการประยุกต์ใช้เทคโนโลยี proteomic ในการค้นพบไบโอมาร์คเกอร์สรุปอย่างกว้างขวาง (Fournier และ Raoult, 2011 และ Ghafourian et al., 2013) การ proteomic สร้างโพรไฟล์ของ Candida albicans serologic ตอบอาจนำมาสู่แสงผู้ที่มีศักยภาพในการวินิจฉัย คาดคะเน สาระความเสี่ยง การติดตามผลทางคลินิก รักษาตรวจสอบ และ immunotherapy candidiasis โดยเฉพาะอย่างยิ่งของการคุกคามชีวิตระบบฟอร์ม (Pitarch et al., 2009) เลเซอร์ช่วยเมตริกซ์ desorption/ionization-เวลาบินโตรเมทรี (MALDI TOF MS) ได้ผงาดขึ้นเป็นเครื่องมืออย่างรวดเร็ว และมีประสิทธิภาพสำหรับการระบุชนิดจุลินทรีย์ในเวทีการวินิจฉัย (Welker, 2011) นอกจากนี้ MALDI TOF MS มีการใช้โดยตรงเพื่อกำหนดกลไกของการต้านทานยาปฏิชีวนะ (Hrabak et al., 2011) โดยใช้เทคนิค proteomic C18 กลับเฟสของเหลว chromatography/MALDI รเมท สง et al รายงานว่า plasmepsin V รู้จักแปลน PEXEL และแยกออกที่ถูกต้อง ซึ่งเป็นสิ่งจำเป็นสำหรับชีวิต falciparum เดียม และลัม endoplasmic เรสซิเดนซ์เป็นสิ่งจำเป็นสำหรับฟังก์ชันของ (สง et al., 2010) เออร์วิง et al เพิ่งดำเนินการ HPLC และการวิเคราะห์สเปกโตรเมทเยื่อนอกอสุจิ (OMVs) จากแบคทีเรียอุบัติรวม pylori กระเพาะและ Pseudomonas aeruginosa เป็นกลไกสรีรวิทยาส่งเปบทิโดไกลแคนเป็นโฮสต์เซลล์ไซโตซอล และเปิดเผยว่า OMVs เกิดกำเนิด autophagosome และ IL-8 คำตอบที่อักเสบในเซลล์ epithelial อย่าง NOD1 และ RIP2-ขึ้นอยู่กับ (เออร์วิง et al., 2014)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

Transcriptomics ศึกษาชุดของทุกโมเลกุล RNA รวมทั้ง mRNA, rRNA, tRNA และ RNA อื่น ๆ ที่ไม่ใช่การเข้ารหัสรวมทั้งโครงสร้างและการทำงานของพวกเขา (Kiechle และฮอลแลนด์สเตลีย์, 2003 และ Skalsky และคัลเลน, 2010) ในการติดเชื้อวัณโรค, mRNA แบคทีเรียที่ดีขึ้นสะท้อนให้เห็นถึงความมีชีวิตจึงเป็นที่มีคุณค่าเป็นเครื่องหมายที่เชื่อถือได้ของการกวาดล้าง bacteriologic ในการตอบสนองต่อการรักษาด้วยยา antituberculosis (Li et al., 2010 และ Mdivani et al., 2009) ยีนนอกจากนี้ยังมีขนาดเล็ก RNAs noncoding ซึ่งได้กลายเป็นหน่วยงานกำกับดูแลที่สำคัญการแสดงออกของยีนเสถียรภาพจีโนมและการปรับเปลี่ยนโครมาติ (Moazed, 2009) ลำดับสูงผ่านจิตบำบัดของอาร์เอ็นเอ (RNA-seq) ซึ่งใช้เทคโนโลยีการจัดลำดับรุ่นต่อไปในการสร้างโปรไฟล์ยีนทั้งเชื้อโรคและไพร่พล (Nagalakshmi et al., 2008 และ Westermann et al., 2012) ค่อย ๆ เข้ามาในทางการแพทย์ การวิจัยทางจุลชีววิทยาและการปฏิบัติ RNA-seq ช่วยให้การตรวจสอบของ physiologies หลากหลายจากจุลินทรีย์ที่ไม่มีมารยาทในที่อยู่อาศัยตามธรรมชาติของพวกเขา (Bomar et al., 2011 และ Frias-Lopez et al., 2008) Bomar et al, รายงานการใช้ RNA-seq สำหรับพัฒนาการ metatranscriptome ของ microbiome ลำไส้ง่ายจากปลิงยา Hirudo verbana และใช้ข้อมูลนี้ในการออกแบบสื่อกลางในการปลูกฝังสมาชิกของ microbiome (Bomar et al., 2011).
Proteomics คือการศึกษาขนาดใหญ่ของส่วนประกอบทั้งหมดของโปรตีนรวมทั้งการปรับเปลี่ยนที่เกิดขึ้นกับการตั้งค่าเฉพาะของโปรตีนที่ผลิตโดยสิ่งมีชีวิตหรือระบบ การประยุกต์ใช้เทคโนโลยีในการค้นพบโปรตีน biomarker เพิ่งได้รับการตรวจสอบอย่างกว้างขวาง (เยร์และ Raoult, 2011 และ Ghafourian et al., 2013) โปรไฟล์โปรตีนของการตอบสนองในการศึกษาเรื่องเซรุ่มเชื้อ Candida albicans อาจนำมาให้ผู้สมัครที่มีศักยภาพแสงสำหรับการวินิจฉัยโรค, การแบ่งชั้นความเสี่ยงทางคลินิกการติดตามตรวจสอบการรักษาและภูมิคุ้มกันของ candidiasis โดยเฉพาะอย่างยิ่งเป็นอันตรายต่อชีวิตของตนในรูปแบบระบบ (Pitarch et al., 2009) เมทริกซ์ช่วยเลเซอร์ desorption / ไอออนไนซ์เวลาของมวลสารบิน (MALDI-TOF MS) ได้กลายเป็นเครื่องมืออย่างรวดเร็วและมีประสิทธิภาพสำหรับการระบุสายพันธุ์จุลินทรีย์ในเวทีการวินิจฉัย (เกอร์ 2011) นอกจากนี้ MALDI-TOF MS ได้รับมาใช้โดยตรงในการกำหนดกลไกการต้านทานยาปฏิชีวนะ (Hrabak et al., 2011) การใช้เทคนิคโปรตีนรวมทั้ง C18 เฟสกลับของเหลว chromatography / MALDI มวลสารรัสเซียและคณะรายงานว่า plasmepsin V ตระหนักถึงบรรทัดฐาน PEXEL และแข็งกระด้างได้ที่เว็บไซต์ที่ถูกต้องซึ่งเป็นสิ่งจำเป็นสำหรับการมีชีวิต Plasmodium falciparum และที่อยู่อาศัย endoplasmic reticulum เป็นสิ่งจำเป็นสำหรับการทำงานของมัน (รัสเซีย et al., 2010) เออร์วิงและคณะดำเนินการเมื่อเร็ว ๆ นี้ HPLC และการวิเคราะห์มวลสารของถุงเยื่อหุ้มชั้นนอก (OMVs) จากเชื้อแบคทีเรียที่ทำให้เกิดโรครวมทั้งเชื้อ Helicobacter pylori และ Pseudomonas aeruginosa เป็นกลไกทางสรีรวิทยาที่จะส่งมอบ peptidoglycan เข้าไปในเซลล์โฮสต์เซลล์และเผยให้เห็นว่าการก่อ OMVs เหนี่ยวนำให้เกิดการอักเสบ autophagosome และ IL-8 การตอบสนองในเซลล์เยื่อบุผิวในลักษณะ NOD1- และ RIP2 ขึ้นอยู่กับ (เออร์วิง et al., 2014)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ทราน ริปโตมิกการศึกษาชุดของโมเลกุลอาร์เอ็นเอทั้งหมดรวมทั้งของแบคทีเรียการเมารถ , , , และไม่อื่น ๆนี้นะครับ รวมทั้งโครงสร้างและหน้าที่ ( kiechle ฮอลแลนด์ Staley , 2003 และ skalsky และ คัลเลน , 2010 ) ในการแยกเชื้อวัณโรค , ดีเอ็นเอ mRNA ดีขึ้นสะท้อนความมีชีวิตจึงเป็นคุณค่าที่เป็นเครื่องหมายของความน่าเชื่อถือของ bacteriologic พิธีการในการตอบสนองการรักษา antituberculosis ( Li et al . , 2010 และ mdivani et al . , 2009 ) ส่วนทราน ริปโตมยังมีขนาดเล็ก noncoding RNAs ซึ่งได้กลายเป็นคีย์ควบคุมการแสดงออกของยีน เสถียรภาพของจีโนมและการปรับเปลี่ยน ( moazed , 2009 ) สูง throughput การ RNA ( RNA transcripts seq )ซึ่งใช้เทคโนโลยีสำหรับการสร้างทราน ริปโตมโปรไฟล์ทั้งเชื้อโรคและโยธา ( nagalakshmi et al . , 2008 และเวสเตอร์เมิ่น et al . , 2012 ) , ค่อยๆเข้ามาในการปฏิบัติการวิจัยจุลชีววิทยาทางการแพทย์และ อาร์เอ็นเอ seq ให้สอบสวนของ physiologies ไร้การศึกษาหลากหลายจากจุลินทรีย์ในที่อยู่อาศัยตามธรรมชาติของพวกเขา ( โบม่าร์ et al . ,2011 และ frias โลเปซ et al . , 2008 ) โบมาร์ et al , รายงานการใช้ยา metatranscriptome seq บ่งบอกลักษณะของไมโครไบโไส้ง่ายจากสมุนไพรปลิง hirudo verbana และใช้ข้อมูลนี้ในการออกแบบสื่อเพื่อปลูกฝังสมาชิกของไมโครไบโ ( โบม่าร์ et al . , 2011 ) .
proteomics เป็นการศึกษาขนาดใหญ่ขององค์ประกอบทั้งหมดของโปรตีนรวมถึงการสร้างการตั้งค่าเฉพาะของโปรตีนที่ผลิตจากสิ่งมีชีวิตหรือระบบ การประยุกต์ใช้เทคโนโลยีส์ในการค้นพบไบโอมาร์คเกอร์ ช่วงนี้ดูอย่างกว้างขวาง ( Fournier และ ราอูลท 2554 และ ghafourian et al . , 2013 ) เป็นลักษณะของการตอบสนองต่อโปรตีน test แต่ต้นทุน Candida albicans อาจนำแสง ผู้สมัครที่มีศักยภาพสำหรับการวินิจฉัย าย ,การติดตามความเสี่ยงการตรวจรักษาโรค คลินิกและ immunotherapy ของเชื้อรา โดยเฉพาะชีวิตของระบบรูปแบบ ( pitarch et al . , 2009 ) เมทริกซ์ช่วยดูดซับอิออนเลเซอร์ / เวลาของมวลสารเที่ยวบิน ( maldi-tof MS ) ได้เกิดขึ้นเป็นอย่างรวดเร็วและมีประสิทธิภาพเครื่องมือสำหรับการระบุชนิดของจุลินทรีย์ในเวทีการวินิจฉัย ( เวลเกอร์ , 2011 ) นอกจากนี้maldi-tof MS ได้รับการใช้โดยตรงเพื่อตรวจสอบกลไกของความต้านทานยาปฏิชีวนะ ( hrabak et al . , 2011 ) การใช้เทคนิคส์ รวมทั้ง c18 โทษของเหลว / มา ดิแมสรุสโซ et al รายงานว่า plasmepsin วี จำ pexel ที่มีคลีฟส์ที่เว็บไซต์ที่ถูกต้องพลาสโมเดียม ฟัลซิปารัม ซึ่งเป็นสิ่งจำเป็นสำหรับชีวิตและจับได้ไล่ทัน เรสซิเดนซ์ เป็นสิ่งจำเป็นสำหรับการทำงานของมัน ( รุสโซ et al . , 2010 )เออร์วิง et al เมื่อเร็ว ๆนี้ดำเนินการโดยการวิเคราะห์และมวลสารของเยื่อหุ้มชั้นนอกเล็ก ( omvs ) รวมทั้ง Helicobacter pylori แบคทีเรียก่อโรค และ Pseudomonas aeruginosa เป็นกลไกทางสรีรวิทยาเพื่อส่งเปปติโดไกลแคนเข้าไปในเซลล์โฮสต์ออกไปและพบว่า omvs ชักนำ autophagosome การพัฒนาและการตอบสนองการอักเสบนี้เซลล์เยื่อใน nod1 - และลักษณะ ( Irving et al .