The reverse phase protein array (RP

The reverse phase protein array (RPPA) approach was employed for a quantitative analysis of 71 cancer-relevant proteins and phosphoproteins in 84 non-small cell lung cancer (NSCLC) cell lines and by monitoring the activation state of selected receptor tyrosine kinases, PI3K/AKT and MEK/ERK1/2 signaling, cell cycle control, apoptosis, and DNA damage. Additional information on NSCLC cell lines such as that of transcriptomic data, genomic aberrations, and drug sensitivity was analyzed in the context of proteomic data using supervised and non-supervised approaches for data analysis. First, the unsupervised analysis of proteomic data indicated that proteins clustering closely together reflect well-known signaling modules, e.g. PI3K/AKT- and RAS/RAF/ERK-signaling, cell cycle regulation, and apoptosis. However, mutations of EGFR, ERBB2, RAF, RAS, TP53, and PI3K were found dispersed across different signaling pathway clusters. Merely cell lines with an amplification of EGFR and/or ERBB2 clustered closely together on the proteomic, but not on the transcriptomic level. Secondly, supervised data analysis revealed that sensitivity towards anti-EGFR drugs generally correlated better with high level EGFR phosphorylation than with EGFR abundance itself. High level phosphorylation of RB and high abundance of AURKA were identified as candidates that can potentially predict sensitivity towards the aurora kinase inhibitor VX680. Examples shown demonstrate that the RPPA approach presents a useful platform for targeted proteomics with high potential for biomarker discovery. This article is part of a Special Issue entitled: Biomarkers: A Proteomic Challenge.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ระยะกลับถูกจ้างวิธีอาร์เรย์ (RPPA) โปรตีนสำหรับการวิเคราะห์เชิงปริมาณของโปรตีนโรคมะเร็งที่เกี่ยวข้องและ phosphoproteins ใน 84 ไม่ใช่เล็กเซลล์ปอด (NSCLC) มะเร็งเซลล์รายการ และตรวจสอบสถานะเปิดใช้งานของตัวรับเลือก tyrosine kinases, 71 PI3K/AKT และเม็ก ERK1/2 ตามปกติ การควบคุมวงจรเซลล์ apoptosis และดีเอ็นเอเสียหาย ข้อมูลเพิ่มเติมเกี่ยวกับบรรทัดเซลล์ NSCLC เช่นข้อมูล transcriptomic, genomic aberrations และความไวของยาถูกวิเคราะห์ในบริบทของข้อมูล proteomic ใช้ไม่ได้แบบมีผู้สอน และมีวิธีการวิเคราะห์ข้อมูล ครั้งแรก การวิเคราะห์ข้อมูล proteomic unsupervised ระบุว่า โปรตีนคลัสเตอร์สนิทสะท้อนรู้จักสัญญาณโมดู เช่น PI3K/AKT- และ RAS/RAF/ERK-ตามปกติ การควบคุมวงจรเซลล์ และ apoptosis อย่างไรก็ตาม การกลายพันธุ์ของ EGFR, ERBB2, RAF รา TP53 และ PI3K พบกระจายในคลัสเตอร์ของทางเดินที่ตามปกติแตกต่างกัน เพียงบรรทัดที่เซลล์ มีการขยายของ EGFR หรือ ERBB2 จับกลุ่มกันอย่างใกล้ชิด ในการ proteomic แต่ไม่ได้อยู่ ในระดับ transcriptomic ประการที่สอง วิเคราะห์ข้อมูลที่มีเปิดเผยว่า ความไวต่อยาต้าน EGFR โดยทั่วไป correlated ดีกับ EGFR phosphorylation ระดับสูงกว่า มีความอุดมสมบูรณ์ของ EGFR เอง Phosphorylation ระดับสูงของ RB และมาย AURKA สูงได้ระบุเป็นผู้สมัครที่อาจสามารถทำนายความไวต่อสารยับยั้ง kinase ออโรรา VX680 แสดงตัวอย่างแสดงให้เห็นว่า วิธี RPPA แสดงเป็นเวทีที่มีประโยชน์สำหรับโปรตีโอมิกส์เป้าหมาย มีศักยภาพสูงสำหรับการค้นพบไบโอมาร์คเกอร์ บทความนี้เป็นส่วนหนึ่งของปัญหาพิเศษที่ได้รับ: Biomarkers: A Proteomic ท้าทาย

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

อาเรย์โปรตีนขั้นตอนการย้อนกลับ (RPPA) วิธีการได้รับการใช้สำหรับการวิเคราะห์เชิงปริมาณของโปรตีน 71 มะเร็งที่เกี่ยวข้องและ phosphoproteins ใน 84 โรคมะเร็งปอดที่ไม่ใช่เซลล์ขนาดเล็ก (NSCLC) เซลล์และโดยการตรวจสอบการทำงานของรัฐที่เลือกรับไคเนสซายน์, PI3K / AKT MEK/ERK1/2 และการส่งสัญญาณควบคุมวงจรเซลล์ตายและความเสียหายของดีเอ็นเอ ข้อมูลเพิ่มเติมเกี่ยวกับ NSCLC เซลล์เช่นว่าข้อมูล transcriptomic, ความผิดปรกติจีโนมและความไวยาเสพติดได้รับการวิเคราะห์ในบริบทของข้อมูลเกี่ยวกับโปรตีนโดยใช้วิธีการภายใต้การดูแลและไม่ภายใต้การดูแลในการวิเคราะห์ข้อมูล ก่อนที่การวิเคราะห์หากินของข้อมูลเกี่ยวกับโปรตีนชี้ให้เห็นว่าโปรตีนที่จัดกลุ่มกันอย่างใกล้ชิดสะท้อนให้เห็นถึงที่รู้จักกันดีโมดูลการส่งสัญญาณเช่น PI3K/AKT- และ RAS / เอเอฟ / ERK-การส่งสัญญาณการควบคุมวัฏจักรของเซลล์และการตายของเซลล์ แต่การกลายพันธุ์ของ EGFR, ERBB2, เอเอฟ, RAS, TP53 และ PI3K พบแยกย้ายกันไปทั่วกลุ่มทางเดินสัญญาณที่แตกต่างกัน เพียงเซลล์ที่มีการขยายของ EGFR และ / หรือ ERBB2 กลุ่มอย่างใกล้ชิดร่วมกันในโปรตีน แต่ไม่ได้อยู่ในระดับ transcriptomic ประการที่สองการกำกับดูแลการวิเคราะห์ข้อมูลพบว่ามีความไวต่อยาต้าน EGFR ความสัมพันธ์โดยทั่วไปดีขึ้นมีระดับสูง EGFR phosphorylation กว่าด้วยตัวเอง EGFR อุดมสมบูรณ์ phosphorylation ระดับสูงของ RB และความอุดมสมบูรณ์สูงของ Aurka ถูกระบุว่าเป็นผู้สมัครที่อาจจะสามารถทำนายความไวต่อสารยับยั้งไคเนสออโรร่า VX680 ตัวอย่างที่ปรากฏแสดงให้เห็นว่าวิธีการ RPPA นำเสนอแพลตฟอร์มที่มีประโยชน์สำหรับโปรตีนเป้าหมายที่มีศักยภาพสูงสำหรับการค้นพบไบโอมาร์คเกอร์ บทความนี้เป็นส่วนหนึ่งของรุ่นพิเศษสิทธิ: Biomarkers: Proteomic ท้าทาย

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

กลับเฟสโปรตีนอาร์เรย์ ( rppa ) แบบที่ใช้สำหรับการวิเคราะห์เชิงปริมาณของโปรตีนและ phosphoproteins 71 โรคมะเร็งที่เกี่ยวข้องใน 84 มะเร็งปอดเซลล์ขนาดเล็ก ( NSCLC ) และการกระตุ้นเซลล์โดยการตรวจสอบสถานะของการเลือกยาซีน , และ pi3k / akt เม็ก / erk1 / 2 สัญญาณ วงจรควบคุมเซลล์ ( และความเสียหาย ดีเอ็นเอข้อมูลเพิ่มเติมเกี่ยวกับการใช้โทรศัพท์สายเช่นที่ transcriptomic ข้อมูลจีโนมและการวิเคราะห์ความไวของยาในบริบทของการดูแลและการใช้ข้อมูลโปรตีนไม่ใช่แนวทางการวิเคราะห์ข้อมูล ก่อนการวิเคราะห์ข้อมูลพบว่า โปรตีนโปรตีน unsupervised ของการจัดกลุ่มร่วมกันอย่างใกล้ชิดสะท้อนสัญญาณโมดูลที่รู้จักกันดี เช่นpi3k / akt - RAS / อากาศ / กา ���ส่งสัญญาณ , ระเบียบ , วัฏจักรเซลล์และเซลล์ . อย่างไรก็ตาม ความผิดปกติของ egfr erbb2 , อากาศ , RAS , ของ , และ , pi3k พบกระจายในกลุ่มที่แตกต่างกันการส่งสัญญาณทาง เส้นเพียงเซลล์ ด้วยการเพิ่ม egfr และ / หรือ erbb2 จับกลุ่มกันอย่างใกล้ชิดในโปรตีน แต่ไม่ใช่ในระดับ transcriptomic . ประการที่สองควบคุมการวิเคราะห์ข้อมูล พบว่า ความไวต่อยาต้าน egfr โดยทั่วไป มีความสัมพันธ์ที่ดีกับฟอสโฟริเลชัน egfr ระดับสูงกว่าความอุดมสมบูรณ์ egfr นั่นเอง ปฏิกิริยาฟอสโฟรีเลชันระดับสูงของ RB และสูงมากมาย aurka ถูกระบุว่าเป็นผู้ที่สามารถทำนายความไวต่อ Aurora kinase inhibitor vx680 .ตัวอย่างที่แสดง แสดงให้เห็นว่า rppa วิธีการนำเสนอแพลตฟอร์มที่มีประโยชน์สำหรับเป้าหมายที่มีศักยภาพสูงสำหรับการค้นพบไบโอมาร์คเกอร์โปรตีนโอมิกส์ . บทความนี้เป็นส่วนหนึ่งของฉบับพิเศษ เรื่องใหม่ : ความท้าทายส์ .