Molecular methods are among the mos

Molecular methods are among the most precise tools for differentiation between species and
identification of new strains/isolates collected from infected samples. They differ regarding discriminatory power, reproducibility, ease of use and interpretation. DNA fingerprinting of Fusarium has been successfully used for characterization of individual isolates and grouping them into standard racial classes and groups. This is particularly useful when any unknown fungal sample is to be identified. A comparison at the DNA sequence level provides accurate classification of fungal species and is beginning to elucidate the evolutionary and ecological relationships among diverse species (Mule et al. 2005). The sequences most commonly used to distinguish Fusarium spp. are portions of the genomic sequences encoding the translocation elongation factor 1-α (TEF) (Wulff et al. 2010), β-tubulin (tub2) (O’Donnell et al. 1998), calmodulin (O’Donnell et al. 2000), internally transcribed spacer regions in the ribosomal repeat region (ITS1 and ITS2) (Waalwijk et al. 1996; O’Donnell and Cigelnik 1997) and the intergenic spacer region (IGS) (Yli-Mattila and Gagkaeva 2010). Other molecular techniques such as RAPDs (Du-Teau and Leslie 1991; Mitter et al. 2002; Voigt et al. 1995), mitochondrial RFLPs (Correll et al. 1992), AFLPs (Chulze et al. 2000; Zeller et al. 2003) and CHEF-gel karyotypes (Xu et al. 1995) have been also used to differentiate members of the G. fujikuroi species complex. Based on the results of these analyses, the G. fujikuroi complex has been delineated into three lineages, designated as the African, Asian and American clades (O’Donnell et al. 1998). Not all sequences work equally well for all species. TEF1 gene (primer ef1 (5′-ATGGGTAAGGA (A⁄G) GACAAGA C-3′) and primer ef2 (5′- GGA (G⁄A) GTACCAGT (G⁄ C) ATCATGTT-3′) the most widely accepted across the genus. Phylogenetic analysis of ITS region produced dendogram consisted of three different clades in India (Bashyal and Aggarwal 2013). Clade I comprised of F. verticillioides isolates. Clade II consisted of F. fujikuroi and clade III was formed by F. proliferatum strains with 100 % bootstrap support (Fig. 27.4).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

วิธีโมเลกุลยังมีเครื่องมือที่แม่นยำที่สุดสำหรับความแตกต่างระหว่างสายพันธุ์ และรหัสของใหม่สายพันธุ์/แยกเก็บจากตัวอย่างที่ติดเชื้อ พวกเขาแตกต่างเกี่ยวกับการแบ่งแยกอำนาจ แสดง ความง่ายในการใช้และการตีความ ลายพิมพ์ดีเอ็นเอของ Fusarium สำเร็จใช้สำหรับจำแนกลักษณะของแต่ละแยกและจัดกลุ่มเข้าเรียนมาตรฐานทางเชื้อชาติและกลุ่มไป นี้เป็นประโยชน์อย่างยิ่งเมื่อตัวอย่างเชื้อราใด ๆ ไม่ทราบจะระบุ การเปรียบเทียบในระดับลำดับดีเอ็นเอให้จำแนกความถูกต้องของสายพันธุ์เชื้อรา และเป็นจุดเริ่มต้นเพื่อ elucidate ความสัมพันธ์เชิงวิวัฒนาการ และนิเวศวิทยาระหว่างหลากหลายพันธุ์ (ล่อ et al. 2005) ส่วนลำดับออกเข้ารหัสพันธุ์ยืดตัว (TEF) (Wulff et al. 2010), 1-αβ-tubulin (tub2) มีลำดับที่นิยมใช้เพื่อแยกออกซิเจน Fusarium calmodulin (โก et al. 1998), (โก et al. 2000), สเปเซอร์ทับภายในภูมิภาคในภูมิภาคซ้ำ ribosomal (ITS1 และ ITS2) (Waalwijk et al. 1996 โกและ Cigelnik 1997) และภูมิภาค intergenic spacer (IGS) (Yli-Mattila และ Gagkaeva 2010) เทคนิคอื่น ๆ โมเลกุลเช่น RAPDs (Du Teau และเลสลี่ 1991 ชุดขาวเล็ง et al. 2002 Voigt et al. 1995), RFLPs ยล (Correll et al. 1992) AFLPs (Chulze et al. 2000 Zeller et al. 2003) และ karyotypes เชฟเจล (Xu et al. 1995) ได้ถูกนำมาใช้แยกพันธุ์ G. fujikuroi ซับซ้อน จากผลการวิเคราะห์เหล่านี้ fujikuroi G. ที่ซับซ้อนมีการ delineated เป็นสามเชื้อชาติ เป็น clades แอฟริกา เอเชีย และอเมริกา (โก et al. 1998) ลำดับทั้งหมดไม่ทำงานอย่างเท่าเทียมกันสำหรับทุกสายพันธุ์ ยีน TEF1 (ef1 ไพรเมอร์ (5 ′-ATGGGTAAGGA (A⁄G) GACAAGA C-3′) และไพรเมอร์ ef2 (5 ′ - GGA (G⁄A) GTACCAGT (G⁄ C) ATCATGTT-3′) ที่ยอมรับอย่างกว้างขวางที่สุดในสกุลนี้ ผลวิเคราะห์ของภูมิภาคผลิต dendogram ประกอบด้วยสาม clades ต่าง ๆ ในอินเดีย (Bashyal และ Aggarwal 2013) Clade ฉันประกอบด้วย F. verticillioides แยก Clade II ประกอบด้วย F. fujikuroi และ clade III ถูกสร้างขึ้น โดย F. proliferatum สายพันธุ์ 100% เริ่มต้นสนับสนุน (27.4 มะเดื่อ)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

วิธีโมเลกุลเป็นหนึ่งในเครื่องมือที่แม่นยำที่สุดสำหรับความแตกต่างระหว่างชนิดและ
บัตรประจำตัวของสายพันธุ์ใหม่ / ไอโซเลทที่รวบรวมจากกลุ่มตัวอย่างที่ติดเชื้อ พวกเขาต่างกันเกี่ยวกับอำนาจพินิจพิเคราะห์การทำสำเนาสะดวกในการใช้และการตีความ พิมพ์ลายนิ้วมือดีเอ็นเอของเชื้อรา Fusarium ได้รับการใช้ประสบความสำเร็จสำหรับลักษณะของเชื้อและการจัดกลุ่มพวกเขาเข้าไปในชั้นเรียนเชื้อชาติมาตรฐานและกลุ่ม นี้จะเป็นประโยชน์อย่างยิ่งเมื่อตัวอย่างเชื้อราใด ๆ ที่ไม่รู้จักที่จะระบุได้ การเปรียบเทียบในระดับลำดับดีเอ็นเอให้การจำแนกประเภทที่ถูกต้องของสายพันธุ์ของเชื้อราและเป็นจุดเริ่มต้นเพื่ออธิบายความสัมพันธ์วิวัฒนาการและระบบนิเวศในหมู่หลากหลายสายพันธุ์ (Mule et al. 2005) ลำดับการใช้กันมากที่สุดที่จะแยกแยะ Fusarium spp มีบางส่วนของลำดับจีโนมการเข้ารหัสปัจจัยโยกย้ายยืดตัว 1-α (TEF) (Wulff et al. 2010), β-tubulin (tub2) (ดอนเนลล์ et al. 1998) calmodulin (ดอนเนลล์ et al. 2000 ) คัดลอกภายในภูมิภาค spacer ในภูมิภาคโซมอลซ้ำ (ITS1 และ ITS2) (วาลไวก์ et al, 1996. ดอนเนลล์และ Cigelnik 1997) และภาค intergenic spacer (IGS) (Yli-Mattila และ Gagkaeva 2010) เทคนิคอื่น ๆ โมเลกุลเช่น RAPDs (Du-teau และเลสลี่ 1991; Mitter et al, 2002;.. ยต์ et al, 1995) RFLPs ยล (Correll et al, 1992.) AFLPs (Chulze et al, 2000.. เซลเลอร์ et al, 2003 ) และ karyotypes เชฟเจล (Xu et al. 1995) ยังได้รับการใช้ในการแยกความแตกต่างของสมาชิกจี fujikuroi สายพันธุ์ที่มีความซับซ้อน ขึ้นอยู่กับผลของการวิเคราะห์เหล่านี้ที่ fujikuroi ซับซ้อนจีได้รับการเบี่ยงออกเป็นสาม lineages กำหนดให้เป็นแอฟริกัน, เอเชียและ clades อเมริกัน (ดอนเนลล์ et al. 1998) ไม่ได้ลำดับทุกคนทำงานอย่างเท่าเทียมกันสำหรับทุกสายพันธุ์ TEF1 ยีน (EF1 ไพรเมอร์ (5'-ATGGGTAAGGA (A/G) GACAAGA C-3) และ EF2 ไพรเมอร์ (5'- GGA (G/A) GTACCAGT (G/ C) ATCATGTT-3 ') ได้รับการยอมรับกันอย่างแพร่หลายมากที่สุดทั่ว สกุล. การวิเคราะห์วิวัฒนาการของภูมิภาค dendogram ผลิตประกอบด้วยสาม clades ที่แตกต่างกันในอินเดีย (Bashyal และ Aggarwal 2013). clade ฉันประกอบด้วย verticillioides เอฟไอโซเลต. clade ครั้งที่สองประกอบด้วยเอฟ fujikuroi และ clade III ถูกสร้างขึ้นโดยเอฟสายพันธุ์ proliferatum ด้วยการสนับสนุนเงินทุน 100% (รูปที่. 27.4)