3.3. Culture-independent assessment

3.3. Culture-independent assessment of archaeal diversity in food-grade
salts
All culture-based techniques have the important drawback that a
medium with a define composition may not suit the requirement of all species. To overcome this constraint, a metagenomic analysis was performed to provide complementary information about the archaeal diversity in food-grade salts. A preliminary optimization of the DNA extraction stepwas performed. Themost efficient extractionmethod involved the dissolution of food-grade salt in SW 12%, cell concentration on a 0.2 μm filter, lysis with a solution containing SDS 10% and proteinase K, followed by the DNA purification with phenol/chloroform and precipitation with isopentanol (data not shown). This method successfully achieved 16S rRNA geneamplification for eight food-grade salts: La Baleine coarse, Lac Rose, Palm Island black, Camargue, Dead Sea, Hâlen Môn, Maras and Black Sea salts. The PowerSoil® DNA isolation kit

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

3.3 วัฒนธรรมการประเมินที่เป็นอิสระของความหลากหลายใน archaeal อาหารเกรดเกลือทั้งหมดเทคนิคการเพาะเลี้ยงที่ใช้มีอุปสรรคที่สำคัญที่ขนาดกลางที่มีองค์ประกอบที่กำหนดอาจจะไม่เหมาะกับความต้องการของทุกชนิด เพื่อเอาชนะข้อ จำกัด นี้การวิเคราะห์ Metagenomic ได้ดำเนินการที่จะให้ข้อมูลที่สมบูรณ์เกี่ยวกับความหลากหลาย archaeal เกลือในอาหารเกรด เพิ่มประสิทธิภาพในเบื้องต้นของการสกัดดีเอ็นเอ stepwas ดำเนินการ extractionmethod มีประสิทธิภาพ Themost ที่เกี่ยวข้องกับการสลายตัวของเกลืออาหารเกรดใน SW 12% ความเข้มข้นของเซลล์ใน 0.2 ไมครอนกรอง lysis กับการแก้ปัญหาที่มี SDS 10% และโปร K ตามด้วยการทำให้บริสุทธิ์ของดีเอ็นเอที่มีฟีนอลคลอโรฟอร์ม / และฝนกับ isopentanol ( ไม่ได้แสดงข้อมูล) วิธีนี้สำเร็จ 16S rRNA geneamplification แปดเกลืออาหารเกรด: La Baleine หยาบ Lac โรสเกาะปาล์มสีดำ Camargue, ทะเลเดดซี Halen Mon, มาร์เรสและสีดำเกลือทะเล ชุดการแยกดีเอ็นเอPowerSoil®

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

3.3 . วัฒนธรรมอิสระประเมิน archaeal ความหลากหลายในอาหารเกลือเกรด

ทุกวัฒนธรรมพื้นฐานเทคนิคมีอุปสรรค์สำคัญที่
ขนาดกลางกับนิยามองค์ประกอบ อาจไม่เหมาะกับความต้องการของทุกชนิด เพื่อเอาชนะข้อจำกัดนี้ การวิเคราะห์เมตาจีโนมิคได้ให้เสริมข้อมูลเกี่ยวกับความหลากหลาย archaeal ในเกลือเกรดอาหารการเพิ่มประสิทธิภาพในการสกัดดีเอ็นเอคือการปฏิบัติ extractionmethod มีประสิทธิภาพมากที่สุดที่เกี่ยวข้องกับการละลายของเกลือในอาหารเกรด SW 12 % เซลล์ความเข้มข้น 0.2 M μกรอง , การสลายด้วยโซลูชั่นที่มี SDS 10 % และโปรตีน K ตามด้วยดีเอ็นเอบริสุทธิ์กับฟีนอล / คลอโรฟอร์มและการตกตะกอนด้วย isopentanol ( ข้อมูลไม่แสดง )วิธีนี้ประสบความสําเร็จ geneamplification เบส 16S rRNA 8 เกลืออาหารเกรด : ลา baleine หยาบ แลค โรส เกาะปาล์มดำ กามาร์ก ตายทะเล H â Len M เป็นการ N Maras และเกลือทะเลสีดำ การ powersoil ®ดีเอ็นเอแยกชุด