Results and DiscussionProbes design

Results and Discussion

Probes design

The final aim of this study is to develop a PNA probe for FISH detection of P. donghaiense. Screening an optimal probe among few candidate probes is crucial for this. Direct PNA probe screening must be costly, since the current price of a PNA probe is more than 10 times higher than that of its DNA analog. Therefore, we obtained the optimal probe of best hybridization performance by testing a few DNA probes, and then used its PNA analog for the further study.

So far, the probes targeting rRNA have been widely used for FISH detection of several harmful algae [12], [20], with less work done to develop rDNA-targeted probes [8], [32]. In this study, a wide range of probes were screened from the LSU D1–D2, SSU rDNA, and ITS sequences, among which both the LSU D1–D2 and SSU were used for rRNA targeting probes, while the ITS for rDNA targeting probes design. BLAST search and alignment analysis showed that different stains of P. donghaiense have identical nucleic acid sequences of LSU D1–D2, SSU rDNA and ITS (data not shown), implying that they are conservative and competent for probe design for different strains of the species. However, they display comparatively different variability within Prorocentrum. Among them, LSU D1–D2 shows higher variable degree, whereas SSU rDNA and ITS are relatively conservative to be difficult to search for specific regions. Remarkably, the conservation of the ITS sequence of P. donghaiense is out of expectation, since more findings demonstrate that many species usually have more variable ITS than their LSU and SSU [33], [34] due to the less evolutional pressure and relatively rapid divergence rates [35]. Finally, a total of 9 DNA probes, including 4 targeting LSU rRNA (DP0587A22, DP0602A23, DP0512A19 and DP0443A19), 1 targeting SSU rRNA (DP1704A23), 2 targeting ITS rDNA (DP0159A25 and DP0498A21), and 2 control probes (DU0512A18 and DU0499S18) [36]–[38], were introduced for further probes screening, as shown in Table 1

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ผลและการอภิปรายหัววัดที่ออกแบบจุดมุ่งหมายสุดท้ายของการศึกษานี้คือการ พัฒนาโพรบ PNA สำหรับตรวจจับปลาของ P. donghaiense คัดกรองการรบที่ดีที่สุดระหว่างวัดบางสมัครเป็นสิ่งสำคัญสำหรับการนี้ ตรง PNA ตรวจวัดต้องมีค่าใช้จ่าย ตั้งแต่มีมากกว่า 10 เท่าสูงกว่าของอนาล็อกของดีเอ็นเอโพรบ PNA ราคาปัจจุบัน ดังนั้น เรารับโพรบที่ดีที่สุดของประสิทธิภาพ hybridization สุด โดยทดสอบโพรบดีเอ็นเอกี่ และจากนั้น ใช้อนาล็อกของ PNA เพื่อการศึกษาฉะนี้ หัวเป้าหมาย rRNA มีการอย่างกว้างขวางใช้สำหรับตรวจจับปลาหลายอันตรายสาหร่าย [12], [20], พร้อมทำงานน้อยลงทำให้พัฒนาเป้าหมายของ rDNA หัว [8], [32] ในการศึกษานี้ แบบหัวคัด จาก D1-D2 LSU, SSU rDNA ลำดับที่ ในระหว่างที่ LSU D1-D2 และ SSU ใช้สำหรับ rRNA โพรบ ในขณะที่ของ rDNA เป้าหมายหัววัดที่ออกแบบสำหรับการกำหนดเป้าหมาย วิเคราะห์ค้นหาและการจัดตำแหน่งระเบิดพบว่า คราบต่าง ๆ ของ P. donghaiense มีกรดนิวคลีอิกเหมือนลำดับของ LSU D1-D2, SSU rDNA และ (ข้อมูลไม่แสดง), หน้าที่ว่า จะอนุรักษ์นิยม และอำนาจสอบสวนออกแบบสำหรับสายพันธุ์ที่แตกต่างของสายพันธุ์นี้ อย่างไรก็ตาม พวกเขาแสดงความแปรปรวนแตกต่างกันค่อนข้างภายใน Prorocentrum ในหมู่พวกเขา LSU D1-D2 แสดงตัวแปรระดับสูง ในขณะที่ SSU rDNA และของค่อนข้างเคร่งครัดจะยากต่อการค้นหาสำหรับภูมิภาคที่เฉพาะเจาะจง อย่างน่าทึ่ง ลำดับของ P. donghaiense การอนุรักษ์ได้จากความคาดหวัง เนื่องจากผลการวิจัยเพิ่มเติมแสดงให้เห็นว่า หลายชนิดมักจะมีตัวของ LSU และ SSU [33], [34] เนื่องจากความดัน evolutional น้อยและเศรษฐกิจค่อนข้างรวดเร็วราคาพิเศษ [35] ในที่สุด ทั้งหมด 9 ดีเอ็นเอโพรบ รวม 4, rRNA LSU (DP0587A22, DP0602A23, DP0512A19 และ DP0443A19) การกำหนดเป้าหมาย 1 เป้าหมาย 2 เป้าหมายของ rDNA (DP0159A25 และ DP0498A21), และการควบคุม 2 SSU rRNA (DP1704A23), probes (DU0512A18 และ DU0499S18) [36] – [38], ถูกนำมาใช้วัดคัดกรอง เป็นแสดงในตารางที่ 1 ต่อไป

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ผลลัพธ์และการอภิปรายProbes ออกแบบจุดมุ่งหมายสุดท้ายของการศึกษาครั้งนี้คือการพัฒนาหัววัด PNA สำหรับการตรวจจับปลาพี donghaiense การตรวจคัดกรองโพรบที่ดีที่สุดในหมู่ผู้สมัครไม่กี่ probes เป็นสิ่งสำคัญสำหรับการนี้ ตรง PNA การตรวจคัดกรองการสอบสวนจะต้องมีค่าใช้จ่ายสูงเนื่องจากราคาปัจจุบันของการสอบสวน PNA เป็นมากกว่า 10 ครั้งสูงกว่าอนาล็อกดีเอ็นเอ ดังนั้นเราจึงได้รับการสอบสวนที่ดีที่สุดของประสิทธิภาพการผสมพันธุ์ที่ดีที่สุดโดยการทดสอบดีเอ็นเอโพรบน้อยและจากนั้นก็ใช้อนาล็อก PNA สำหรับการศึกษาต่อไป. เพื่อให้ห่างไกล probes การกำหนดเป้าหมาย rRNA ได้รับการใช้กันอย่างแพร่หลายสำหรับการตรวจจับปลาสาหร่ายที่เป็นอันตรายหลาย [12] [20] กับการทำงานน้อยทำเพื่อพัฒนา rDNA กำหนดเป้าหมายจากยานสำรวจ [8] [32] ในการศึกษานี้ที่หลากหลายของยานสำรวจได้รับการคัดเลือกจาก LSU D1-D2, ซุ rDNA และลำดับ ITS ในระหว่างที่ทั้ง LSU D1-D2 และซุถูกนำมาใช้สำหรับ rRNA probes กำหนดเป้าหมายในขณะที่สำหรับ rDNA กำหนดเป้าหมายการออกแบบยานสำรวจ . ค้นหาระเบิดและการวิเคราะห์การจัดตำแหน่งที่แสดงให้เห็นว่าคราบที่แตกต่างกันของพี donghaiense มีเหมือนลำดับนิวคลีอิกกรดของ LSU D1-D2, ซุ rDNA และ (ไม่ได้แสดงข้อมูล) หมายความว่าพวกเขามีความอนุรักษ์นิยมและมีอำนาจในการออกแบบการสอบสวนสำหรับสายพันธุ์ที่แตกต่างกันของสายพันธุ์ . อย่างไรก็ตามพวกเขาแสดงความแปรปรวนที่แตกต่างกันเมื่อเทียบกับภายใน Prorocentrum ในหมู่พวกเขา LSU D1-D2 แสดงให้เห็นว่าการศึกษาระดับปริญญาตัวแปรที่สูงขึ้นในขณะที่ซุ rDNA และค่อนข้างอนุรักษ์นิยมจะเป็นเรื่องยากที่จะค้นหาพื้นที่เฉพาะ น่าทึ่งอนุรักษ์ลำดับของพี donghaiense จะออกจากความคาดหวังเนื่องจากผลการวิจัยมากขึ้นแสดงให้เห็นว่าหลายชนิดมักจะมีที่ไม่คงที่มากกว่า LSU และซุของพวกเขา [33] [34] เนื่องจากความดัน evolutional น้อยลงและค่อนข้างรวดเร็ว อัตราความแตกต่าง [35] สุดท้ายจำนวน 9 ดีเอ็นเอโพรบรวมทั้ง 4 การกำหนดเป้าหมาย LSU rRNA (DP0587A22, DP0602A23, DP0512A19 และ DP0443A19) 1 การกำหนดเป้าหมายซุ rRNA (DP1704A23) 2 กำหนดเป้าหมาย rDNA ITS (DP0159A25 และ DP0498A21) และ 2 ฟิวส์ควบคุม (DU0512A18 และ DU0499S18 ) [36] - [38], ถูกนำมาใช้สำหรับการคัดกรองยานสำรวจเพิ่มเติมดังแสดงในตารางที่ 1