A variant produced by inserting a ลำดับนิวคลีโอไทด์ having a การลอกรหัส-repressing activity into the region involved in the การลอกรหัส of the LMR-DYRK gene of a green alga may also be used.
30
(3) Method of Suppressing การแปลรหัส of LMR-DYRK Gene and
Reducing การแปลรหัส Efficiency of Gene
An example of the method of suppressing the การแปลรหัส of the LMR-DYRK gene is a method using an แอนติเซนส์ RNA (for example, the RNAi method). That is, a gene from which แอนติเซนส์ RNA complementary to the mRNA of the LMR-DYRK gene is transcribed is incorporated into a
5 green algal genome, and the แอนติเซนส์ RNA is overexpressed. The การแปลรหัส of the mRNA of the LMR-DYRK gene is suppressed.
[0040]
Specifically, the variant of the green alga with a reduced LM.R-DYRK
activity according to the การเปิดเผยนี้ can be produced in accordance
1 O with the following procedures. That is, a mutagenic substance is acted on a parental green algal สายพันธุ์, and then a variant with increased ไลปิด content is chosen by screening. It is confirmed that a mutation has been introduced in the LMR-DYRK gene of the obtained variant. In this manner, the variant of the green alga can be produced.
15 [0041]
Alternatively, the variant of the green alga with a reduced LMR-DYRK activity according to the การเปิดเผยนี้ can be produced more efficiently through the following two-stage gene manipulation.
(i) Determination of Partial ลำดับนิวคลีโอไทด์ of LMR-DYRK Gene
20 A partial ลำดับนิวคลีโอไทด์ of the LMR-DYRK gene of a target green alga whose ผลิตภาพไลปิด is to be improved is determined by the following procedures. Proteins belongingto the DYRK ซับแฟมิลี่, ที่รวมถึง the LMR-DYRK encoded by the gene having the ลำดับนิวคลีโอไทด์ of
SEQ ID NO:1 derived from P. ellipsoidea สายพันธุ์ Obi, share a highly conserved
25 amino acid sequence. Thus, a DNA fragment is amplified by PCR การเพิ่มปริมาณ using PCR primers designed based on the conserved amino acid sequence and is cloned in Escherichia coli. Then, the ลำดับนิวคลีโอไทด์ of the DNA fragment is determined. Examples of the primers used for the PCR การเพิ่มปริมาณ are shown in รูป 2. The forward primer
30 (SEQ ID NO: 5) in รูป 2 is designed based on the conserved amino acid . sequence (iHCDLKPEN). On the other hand, the reverse primers {SEQ ID NOs: 6 and 7) are designed based on an amino acid sequence (IDMWSLGC). It is expected that one of the two reverse primers achieves the PCR
การเพิ่มปริมาณ. The ลำดับนิวคลีโอไทด์ is determined according to the
IUPAC standard.
[0042]
Incidentally, the sequence of SEQ ID NO: 5 is, from the 5' end,
5 ATCCACTGCG ACCTNAARCC NGARAA. The sequence of SEQ ID NO: 6 is, from the 5' end, CAGCCCARRCTCCACATRTC DAT. The sequence of SEQ ID NO: 7 is, from the 5' end, CAGCCCARNGACCACATRTC DAT.
[0043]
In some cases, an organism has multiple DYRK genes. Direct
1 O sequencing of the PCR-amplified DNA fragments should be avoided. When the partial DYRK gene sequence thus obtained is extended, the inverse PCR method (Huang SH. (1994) Inverse polymerase chain reaction. An efficient approach to cloning cDNA ends. Mal Biotechnol. 12:15-22.) or ที่คล้ายกัน may
be used. Recently, next-generation sequencing methods have made
15 progress, and determination of whole genome sequences has become very easy. Thus, the whole genome sequence of the target green alga may be determined first, and a sequence which is the closest to the P. ellipsoidea สายพันธุ์ Obi-derived LMR-DYRK gene sequence of SEQ ID NO: 1 may be selected from the genome sequence as a candidate LMR-DYRK gene.
20 (ii) Knockout of Candidate LMR-DYRK Gene
When the ลำดับนิวคลีโอไทด์ of a candidate LMR-DYRK gene has been determined, a variant having a defect in the gene can be produced using the gene knockout method called ZFN, TALEN or CRISPR/Cas (Gaj T, Gersbach CA, Barbas CF 3rd. (2013) ZFN, TALEN, and CRISPR/Cas-based
25 methods for genome engineering. Trends Biotechnol. 31 :397-405.).
(iii) Knockdown of Candidate LMR-DYRK Gene
Alternatively, the expression of the LMR-DYRK can be repressed using the RNAi method (Cerutti H, Ma X, Msanne J, Repas T. (2011)
RNA-mediated silencing in Algae: biological roles and tools for analysis of
30 gene function. Eukaryot Cell. 10:1164-1172.). [0044]
The ผลิตภาพไลปิด of the variant of the green alga thus obtained is measured by the method or ที่คล้ายกัน described in Example 1. When the
improvement of the ผลิตภาพไลปิด is confirmed, the production of the variant of the green alga with a reduced LMR-DYRK activity according to the present disclosure is completed.
[0045]
5 In the variant of the green alga according to the การเปิดเผยนี้, the การผลิตไลปิด per unit time and per unit culture area is significantly (for example, 1.1 times or more, ทททคือ 1.3 times or more) higher than in the parental สายพันธุ์ or the สายพันธุ์ไวด์ไทป์.
เป็นตัวแปรที่ผลิตโดยการใส่ลำดับนิวคลีโอไทด์ที่มีกิจกรรมการลอกรหัส -repressing เข้ามาในภูมิภาคที่เกี่ยวข้องในการลอกรหัสของยีน LMR-DYRK ของสาหร่ายสีเขียวนอกจากนี้อาจใช้. 30 (3) วิธีการ ปราบปรามการแปลรหัสของ LMR-DYRK ยีนและการลดการแปลรหัสประสิทธิภาพของยีนตัวอย่างของวิธีการในการปราบปรามที่การแปลรหัสของยีน LMR-DYRK เป็นวิธีการที่ใช้แอนติเซนส์อาร์เอ็นเอ (เช่นที่ วิธี RNAi) นั่นคือยีนจากการที่แอนติเซนส์ RNA ประกอบกับ mRNA ของยีน LMR-DYRK ถูกถ่ายทอดเป็นนิติบุคคลที่จัดตั้งเป็น5 จีโนมของสาหร่ายสีเขียวและแอนติเซนส์ RNA แสดงออก การแปลรหัสของ mRNA ของยีน LMR-DYRK ถูกระงับ. [0040] โดยเฉพาะแตกต่างจากสาหร่ายสีเขียวที่มี LM.R-DYRK ลดกิจกรรมตามการเปิดเผยนี้สามารถผลิตได้ตาม1 โอด้วย ขั้นตอนต่อไป นั่นคือเป็นสารก่อกลายพันธุ์จะทำหน้าที่ในสาหร่ายสีเขียวของผู้ปกครองสายพันธุ์และจากนั้นแตกต่างกับที่เพิ่มขึ้นไลปิดเนื้อหาถูกเลือกโดยการตรวจคัดกรอง มีการยืนยันว่าการกลายพันธุ์ได้รับการแนะนำในการแสดงออกของยีน LMR-DYRK ของตัวแปรได้ ในลักษณะนี้แตกต่างจากสาหร่ายสีเขียวสามารถผลิต. 15 [0041] อีกทางเลือกหนึ่งที่แตกต่างจากสาหร่ายสีเขียวที่มีกิจกรรม LMR-DYRK ลดลงตามที่การเปิดเผยนี้สามารถผลิตได้อย่างมีประสิทธิภาพมากขึ้นผ่านการดังต่อไปนี้สองขั้นตอน ยีนจัดการ. (i) การกำหนดบางส่วนลำดับนิวคลีโอไทด์ของ LMR-DYRK ยีน20 บางส่วนลำดับนิวคลีโอไทด์ของยีน LMR-DYRK ของสาหร่ายสีเขียวเป้าหมายที่มีผลิตภาพไลปิดคือการเป็น การปรับปรุงจะถูกกำหนดโดยขั้นตอนต่อไป โปรตีน belongingto DYRK ซับแฟมิลี่, ที่รวมถึง LMR-DYRK เข้ารหัสโดยยีนที่มีลำดับนิวคลีโอไทด์ของSEQ ID NO: 1 มาจากพี ellipsoidea สายพันธุ์โอบี, ร่วมกันอนุรักษ์สูง25 อะมิโน ลำดับกรด ดังนั้นส่วนดีเอ็นเอขยายโดยวิธี PCR การเพิ่มปริมาณการใช้ไพรเมอร์ PCR การออกแบบบนพื้นฐานของการอนุรักษ์ลำดับกรดอะมิโนและเป็นโคลนใน Escherichia coli จากนั้นลำดับนิวคลีโอไทด์ของชิ้นดีเอ็นเอที่ถูกกำหนด ตัวอย่างของไพรเมอร์ที่ใช้สำหรับ PCR การเพิ่มปริมาณจะแสดงในรูปที่ 2 ไปข้างหน้าไพรเมอร์30 (SEQ ID NO: 5) ในรูปที่ 2 ได้รับการออกแบบบนพื้นฐานของกรดอะมิโนอนุรักษ์ ลำดับ (iHCDLKPEN) บนมืออื่น ๆ , ไพรเมอร์กลับ {SEQ ID NOS: 6 และ 7) ได้รับการออกแบบขึ้นอยู่กับลำดับกรดอะมิโน (IDMWSLGC) เป็นที่คาดว่าหนึ่งในสองของไพรเมอร์กลับประสบความสำเร็จใน PCR การเพิ่มปริมาณ ลำดับนิวคลีโอไทด์จะถูกกำหนดให้เป็นไปตามมาตรฐาน IUPAC. [0042] อนึ่งลำดับของ SEQ ID ไม่: 5 คือจากปลาย 5 ', 5 ATCCACTGCG ACCTNAARCC NGARAA ลำดับของ SEQ ID NO: 6 จาก 5 'สิ้นสุด CAGCCCARRCTCCACATRTC DAT ลำดับของ SEQ ID. No: 7 จาก 5 'สิ้นสุด CAGCCCARNGACCACATRTC DAT [0043] ในบางกรณีมีชีวิตมีหลายยีน DYRK ตรง1 โอลำดับของ PCR-amplified ดีเอ็นเอควรหลีกเลี่ยง เมื่อลำดับ DYRK ยีนบางส่วนจึงได้มีการขยายผกผัน PCR วิธี (.. หวาง SH (1994) ผกผันวิธี Polymerase chain reaction วิธีการที่มีประสิทธิภาพในการโคลนยีนจบลง Mal Biotechnol 12:.. 15-22.) หรือที่คล้ายกันอาจถูกนำมาใช้ เมื่อเร็ว ๆ นี้วิธีการลำดับรุ่นต่อไปได้ทำให้15 ความคืบหน้าและความมุ่งมั่นของลำดับจีโนมทั้งหมดได้กลายเป็นเรื่องง่ายมาก ดังนั้นลำดับจีโนมทั้งหมดของสาหร่ายสีเขียวเป้าหมายอาจได้รับการพิจารณาครั้งแรกและลำดับซึ่งเป็นที่อยู่ใกล้ The พี ellipsoidea สายพันธุ์ที่ได้มาจากโอบี LMR-DYRK ลำดับของยีน SEQ ID NO: 1 อาจจะถูกเลือกจากจีโนม ลำดับเป็นผู้สมัคร LMR-DYRK ยีน. 20 (ii) สิ่งที่น่าพิศวงของผู้สมัคร LMR-DYRK ยีนเมื่อลำดับนิวคลีโอไทด์ของผู้สมัคร LMR-DYRK ยีนได้รับการพิจารณาเป็นตัวแปรที่มีข้อบกพร่องในยีนที่สามารถ ผลิตโดยใช้วิธีการแสดงออกของยีนที่น่าพิศวงที่เรียกว่า ZFN, TALEN หรือ CRISPR / Cas (ไ้ T, Gersbach CA, Barbas CF 3 (2013) ZFN, TALEN และ CRISPR / Cas-based. 25 วิธีการทางวิศวกรรมจีโนมแนวโน้ม Biotechnol 31:.. 397 -405.). (iii) ล้มลงของผู้สมัคร LMR-DYRK ยีนอีกวิธีหนึ่งคือการแสดงออกของ LMR-DYRK สามารถอดกลั้นโดยใช้วิธี RNAi (Cerutti H, Ma X, Msanne เจ Repas T. (2011) อาร์เอ็นเอพึ่ง ห้ามไม่ให้พูดในสาหร่าย: บทบาททางชีวภาพและเครื่องมือสำหรับการวิเคราะห์ของ. ฟังก์ชั่น 30 ยีน Eukaryot มือถือ 10:.. 1164-1172) [0044] ผลิตภาพไลปิดของตัวแปรของสาหร่ายสีเขียวได้รับจึงเป็นวัดโดยวิธีหรือที่คล้ายกันอธิบายไว้ในตัวอย่าง 1. เมื่อการปรับปรุงผลิตภาพไลปิดรับการยืนยันการผลิตที่แตกต่างจากที่ สาหร่ายสีเขียวที่มีกิจกรรม LMR-DYRK ลดลงตามการเปิดเผยข้อมูลในปัจจุบันเป็นที่เรียบร้อยแล้ว. [0045] 5 แตกต่างจากสาหร่ายสีเขียวให้เป็นไปตามการเปิดเผยนี้ที่การผลิตไลปิดต่อหน่วยเวลาและต่อพื้นที่วัฒนธรรมหน่วยเป็นอย่างมีนัยสำคัญ (ตัวอย่างเช่น 1.1 เท่าหรือมากกว่าทททคือ 1.3 เท่าหรือมากกว่า) สูงกว่าในสายพันธุ์ของผู้ปกครองหรือสายพันธุ์ไวด์ไทป์
การแปล กรุณารอสักครู่..
ตัวแปรที่ผลิตโดยการใส่ลำดับนิวคลีโอไทด์มีการลอกรหัส - กิจกรรมในภูมิภาคได้มีส่วนร่วมในการลอกรหัสของ lmr-dyrk ยีนของสาหร่ายสีเขียว นอกจากนี้ยังอาจจะใช้30( 3 ) วิธีการการแปลรหัสของยีน lmr-dyrk และลดประสิทธิภาพการแปลรหัสของยีนตัวอย่างของวิธีการเพื่อการแปลรหัสของ lmr-dyrk ยีน เป็นวิธีที่ใช้แอนติเซนส์ RNA ( ตัวอย่างเช่น หาวิธี ) คือ ยีนที่แอนติเซนส์อาร์เอ็นเอ ประกอบกับ mRNA ของยีนและ lmr-dyrk รวมเป็น5 สีเขียวสาหร่าย จีโนม และแอนติเซนส์ RNA เป็นกับ . การการแปลรหัสของ mRNA ของยีน lmr-dyrk ปราบปราม[ 0040 ]โดยเฉพาะ แตกต่างจากสาหร่ายสีเขียว ลด lm.r-dyrkกิจกรรมตามการเปิดเผยนี้สามารถผลิตตาม1 โอ โดยมีขั้นตอนดังนี้ นั่นคือ สารอาหารจะทำบนของสาหร่ายสีเขียวสายพันธุ์แล้วตัวแปรที่เพิ่มขึ้นไลปิดเนื้อหาที่ถูกเลือกโดยคัดกรอง มันได้รับการยืนยันว่า การกลายพันธุ์ที่ได้รับการแนะนำใน lmr-dyrk ยีนของการวิเคราะห์ตัวแปร ในลักษณะนี้ แตกต่างจากสาหร่ายสีเขียวที่สามารถผลิต15 [ 0041 ]หรือตัวแปรของสาหร่ายสีเขียว ลด lmr-dyrk กิจกรรมไปตามการเปิดเผยนี้สามารถผลิตได้อย่างมีประสิทธิภาพผ่านการจัดการยีนสองขั้นตอนต่อไปนี้( I ) การกำหนดลำดับนิวคลีโอไทด์บางส่วนของยีน lmr-dyrk20 ลำดับนิวคลีโอไทด์บางส่วนของ lmr-dyrk ยีนเป้าหมายสีเขียวสาหร่ายที่มีผลิตภาพไลปิดจะปรับปรุงจะถูกกำหนดโดยมีขั้นตอนดังนี้ โปรตีนที่ dyrk ซับแฟมิลี่ belongingto , lmr-dyrk ที่รวมถึงที่เข้ารหัสโดยมีลำดับนิวคลีโอไทด์ของยีนseq id : 1 ได้มาจากหน้า ellipsoidea สายพันธุ์โอบิ ร่วมกันอนุรักษ์สูง25 ลำดับกรดอะมิโน . ดังนั้น , ดีเอ็นเอจะถูกขยายโดยวิธี PCR โดยใช้ไพรเมอร์ที่ออกแบบโดยการเพิ่มปริมาณตามศึกษาลำดับกรดอะมิโนและโคลนใน Escherichia coli แล้ว ลำดับนิวคลีโอไทด์ของชิ้นส่วนดีเอ็นเอที่ถูกกำหนด ตัวอย่างของไพรเมอร์ที่ใช้สำหรับการตรวจการเพิ่มปริมาณแสดงในรูป 2 รองพื้นไปข้างหน้า30 ( seq id : 5 ) ในรูป 2 ถูกออกแบบบนพื้นฐานการอนุรักษ์กรดอะมิโน ลำดับ ( ihcdlkpen ) บนมืออื่น ๆ , reverse primers { seq id หมายเลข 6 และ 7 ) ออกแบบตามลำดับกรดอะมิโน ( idmwslgc ) คาดว่าอีกสองกลับใช้ PCR ไพรเมอร์การเพิ่มปริมาณ . การลำดับนิวคลีโอไทด์มุ่งมั่นไปตามสากลมาตรฐาน[ 0042 ]อนึ่ง ลำดับหมายเลข seq 5 คือ จากปลาย 5 "5 atccactgcg acctnaarcc ngaraa . ลำดับของ seq id : 6 จาก 5 " จบ cagcccarrctccacatrtc ดิ ลำดับหมายเลข seq 7 คือจาก 5 " จบ cagcccarngaccacatrtc ดิ[ 0043 ]ในบางกรณี สิ่งมีชีวิตที่มียีน dyrk หลาย โดยตรง1 . ลำดับของชิ้นส่วนของ DNA PCR ควรหลีกเลี่ยง เมื่อบางส่วนของ dyrk ลำดับจึงได้ขยาย วิธี PCR ผกผัน ( Huang . ( 1994 ) วิธีปฏิกิริยาลูกโซ่โพลีเมอร์เรส . วิธีที่มีประสิทธิภาพเพื่อการโคลนนิ่ง cDNA สิ้นสุดลง มัล biotechnol . 12:15-22 ) หรือที่คล้ายกันอาจจะใช้ เมื่อเร็ว ๆนี้วิธีการจัดลำดับรุ่นต่อไปได้15 ความคืบหน้าและการกำหนดลำดับจีโนมทั้งหมดได้กลายเป็นเรื่องง่ายมาก ดังนั้น ทั้งจีโนมลำดับเป้าหมายสีเขียวสาหร่ายอาจได้รับการพิจารณาก่อน และลําดับที่ใกล้เคียงกับหน้า ellipsoidea สายพันธุ์ Obi ที่มา lmr-dyrk ยีน ลำดับหมายเลข seq 1 อาจเลือกจากจีโนมลำดับเป็นผู้สมัคร lmr-dyrk ยีน20 ( 2 ) ของผู้สมัคร โดย lmr-dyrk ยีนเมื่อลำดับนิวคลีโอไทด์ของผู้สมัคร lmr-dyrk ยีนได้กำหนดตัวแปรมีความบกพร่องของยีน สามารถผลิตได้โดยใช้วิธีการที่เรียกว่า ยีน โดย zfn ทะเล้น , หรือ crispr / CAS ( กัช T , gersbach CA , CF barbas 3 ( 2013 ) zfn สู่ท่าเลนและ crispr / CAS , ตาม25 วิธีการวิศวกรรมพันธุกรรม . แนวโน้ม biotechnol . 31 : 397-405 . )( iii ) การน็อคของผู้สมัคร lmr-dyrk ยีนอีกวิธีหนึ่งคือ การแสดงออกของ lmr-dyrk สามารถระงับการใช้ RNAi วิธี ( Cerutti H , Ma x , msanne J , repas ( 2011 ) .RNA เพื่อปิดปากในสาหร่าย : บทบาททางชีวภาพและเครื่องมือสำหรับการวิเคราะห์ของ30 ยีนฟังก์ชัน eukaryot เซลล์ 10:1164-1172 . ) [ 0044 ]การผลิตภาพไลปิดของ
การแปล กรุณารอสักครู่..