2. Materials and methods2.1. Rice m

2. Materials and methods
2.1. Rice materials

A total of 96 rice accessions were collected by Bangladesh Institute of Nuclear Agriculture (BINA) and used in this study. They included 86 landraces from southern Bangladesh, 9 indica varieties and lines, and salt tolerant Nona Bokra, the donor of SKC1, was used as the tolerant control (Table S1).

2.2. Screening for salinity tolerance

Hydroponic system based on the IRRI protocol [16] was used in the glasshouse at BINA to evaluate the salt tolerance responses of rice genotypes at the seedling stage. Three replications of 20 plants were tested under salt stress of 12 dS m− 1. The modified standard evaluation score (SES) of IRRI [17] was used to assess visual symptoms of salt toxicity 21 days after sowing. Binadhan-8 was used as a second tolerant control and Binadhan-7 was the susceptible control.

2.3. Marker genotyping

DNA was extracted from 6–8 individuals in each accession following the method of Zheng et al. [18]. To facilitate marker-assisted selection (MAS), sequence tagged site (STS) markers, rather than single nucleotide polymorphism (SNP) markers, were developed based on Insertion/Deletions (InDels) between the Nipponbare and 9311 genome sequences at the SKC1 (Chr. 1) [6], SalT (Chr. 1) [8] and DST (Chr. 3) [19] loci. Primers ( Table 1) were designed using Oligo 7.0 software. Eight STS markers were developed, 2 for SKC1, 3 for SalT and 3 for DST ( Table 1). Wn11463 and Wn11466 were designed based on 4 bp and 17 bp InDels downstream of SKC1 (LOC_Os01g20160); Wn13900 was based on a 4 bp InDel upstream of SalT (LOC_Os01g24710); Wn13902 and Wn13903 were based on 7 bp and 8 bp InDels in the SalT coding region; Th32637 was based on a 3 bp InDel upstream in DST (LOC_Os03g57240); and Th32638 and Th32369 were based on 12 bp and 18 bp InDels in the coding region of DST.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

2. วัสดุและวิธีการ2.1 ข้าววัสดุจำนวน 96 ข้าว accessions ถูกรวบรวมโดยเทศสถาบันนิวเคลียร์เกษตร (BINA) และใช้ในการศึกษานี้ พวกเขารวม 86 landraces จากประเทศบังกลาเทศ 9 พันธุ์ indica และบรรทัด และเกลือทนกับ Nona Bokra ผู้บริจาคของ SKC1 ถูกใช้เป็นตัวควบคุมที่ป้องกันความผิดพลาด (ตาราง S1)2.2 การตรวจคัดกรองสำหรับค่าเผื่อเค็มใช้ระบบสีที่ใช้โพรโทคอล IRRI [16] ในเรือนกระจกสำหรับปลูกต้นไม้ที่ BINA ประเมินตอบยอมรับเกลือของข้าวในขั้นแหล่ง ระยะที่สามของพืช 20 ได้ทดสอบภายใต้ความเครียดเกลือของ 12 dS m− 1 การประเมินมาตรฐานที่ปรับเปลี่ยนคะแนน (SES) ของ IRRI [17] ถูกใช้เพื่อประเมินอาการแสดงของความเป็นพิษของเกลือวันที่ 21 หลังจาก sowing Binadhan-8 ถูกใช้เป็นตัวควบคุมป้องกันความผิดพลาดที่สอง และ Binadhan-7 ถูกควบคุมไวต่อ2.3 เครื่อง genotypingดีเอ็นเอที่สกัดจาก 6-8 คนในแต่ละทะเบียนตามวิธีของเจิ้ง et al. [18] เพื่อช่วยในการเลือกเครื่องช่วย (มาส) ลำดับเครื่องหมายไซต์ติดแท็ก (STS) แทนที่เครื่องหมายเดียวนิวคลีโอไทด์โพลีมอร์ฟิซึม (SNP) ได้รับการพัฒนาแทรกตามลบ (InDels) ระหว่างการ Nipponbare และ 9311 จีโนมลำดับที่ SKC1 (Chr. 1) [6], เกลือ (Chr. 1) [8] และ DST (Chr. 3) [19] loci ไพรเมอร์ (ตาราง 1) ถูกออกแบบโดยใช้ซอฟต์แวร์ Oligo 7.0 เครื่องหมายแปด STS ได้พัฒนา 2 สำหรับ SKC1, 3 สำหรับเกลือและ 3 สำหรับ DST (ตารางที่ 1) Wn11463 และ Wn11466 ถูกออกแบบตาม 4 bp และ 17 bp InDels น้ำของ SKC1 (LOC_Os01g20160); Wn13900 เป็นไปตาม 4 bp InDel ต้นน้ำเกลือ (LOC_Os01g24710); Wn13902 และ Wn13903 ได้ตาม 7 bp และ 8 bp InDels เกลือรหัสภูมิภาค Th32637 เป็นไปตาม 3 เป็น bp InDel ต้นน้ำใน DST (LOC_Os03g57240); และ Th32638 และ Th32369 จาก 12 bp และ 18 bp InDels ในภูมิภาครหัสของ DST

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

2. วัสดุและวิธีการ
2.1 วัสดุข้าวทั้งหมด 96 สายข้าวที่เก็บรวบรวมโดยบังคลาเทศสถาบันนิวเคลียร์เกษตรกรรม (BINA) และนำมาใช้ในการศึกษาครั้งนี้ พวกเขารวม 86 พันธุ์พื้นเมืองจากทางใต้ของบังคลาเทศ, 9 พันธุ์ indica และเส้นและทนเค็ม Nona Bokra ผู้บริจาคของ SKC1 ที่ถูกนำมาใช้เป็นตัวควบคุมที่ใจกว้าง (ตาราง S1). 2.2 การคัดกรองความเค็มความอดทนของระบบไฮโดรโปนิขึ้นอยู่กับโปรโตคอล IRRI [16] ถูกใช้ในเรือนกระจกที่ BINA การประเมินการตอบสนองทนเค็มของยีนข้าวในขั้นต้นกล้า สามซ้ำ 20 พืชได้มีการทดสอบภายใต้ความเครียดเกลือ 12 dS m- 1. คะแนนการประเมินผลมาตรฐานการปรับเปลี่ยน (SES) ของ IRRI [17] ถูกนำมาใช้ในการประเมินอาการภาพของความเป็นพิษเกลือ 21 วันหลังหยอดเมล็ด Binadhan-8 ถูกนำมาใช้เป็นตัวควบคุมใจกว้างที่สองและ Binadhan-7 คือการควบคุมความเสี่ยงที่. 2.3 genotyping เครื่องหมายดีเอ็นเอถูกสกัด6-8 คนในแต่ละภาคยานุวัติต่อไปนี้วิธีการของเจิ้งเหอและอัล [18] เพื่ออำนวยความสะดวกการเลือกเครื่องหมายช่วย (MAS) ลำดับที่ติดแท็กเว็บไซต์ (STS) เครื่องหมายมากกว่าความแตกต่างเบื่อหน่ายเดียว (SNP) เครื่องหมายได้รับการพัฒนาอยู่บนพื้นฐานของการแทรก / ลบ (InDels) ระหว่าง Nipponbare และ 9311 ลำดับจีโนมที่ SKC1 (Chr 1). [6] เกลือ (Chr. 1) [8] และเวลา (Chr. 3) [19] ตำแหน่ง ไพรเมอร์ (ตารางที่ 1) ได้รับการออกแบบโดยใช้ซอฟแวร์ Oligo 7.0 แปดเครื่องหมายเอสทีได้รับการพัฒนา 2 SKC1 3 เกลือและ 3 เวลา (ตารางที่ 1) Wn11463 Wn11466 และได้รับการออกแบบขึ้นอยู่กับ 4 bp และ 17 bp InDels ล่อง SKC1 (LOC_Os01g20160); Wn13900 อยู่บนพื้นฐานของต้นน้ำ Indel bp 4 ของเกลือ (LOC_Os01g24710); Wn13902 Wn13903 และอยู่บนพื้นฐานของ bp 7 และ 8 bp InDels ในภูมิภาคเข้ารหัสเกลือ; Th32637 อยู่บนพื้นฐานของ Indel 3 bp ต้นน้ำในเวลา (LOC_Os03g57240); และ Th32638 Th32369 และอยู่บนพื้นฐานของ 12 bp และ 18 bp InDels ในภูมิภาคการเข้ารหัสของเวลา

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

2 . วัสดุและวิธีการ
2.1 . วัสดุ

ข้าวทั้งหมด 96 สายพันธุ์ข้าวครั้งนี้ บังกลาเทศ สถาบันการเกษตร นิวเคลียร์ ( Bina ) และที่ใช้ในการศึกษาครั้งนี้ พวกเขารวม 86 landraces จากตอนใต้ของบังคลาเทศ , 9 3 พันธุ์และสายพันธุ์ทนเค็มและ Nona bokra , ผู้บริจาค skc1 ถูกใช้เป็นตัวควบคุมใจกว้าง ( ตาราง S1 ) .

. . การคัดกรอง

ทนความเค็มระบบ hydroponic จาก IRRI โปรโตคอล [ 16 ] ใช้ในเรือนกระจกที่ Bina เพื่อประเมินการตอบสนองของข้าวพันธุ์ทนเค็มที่กล้าขึ้นเวที สามซ้ำ 20 พืชทดสอบภายใต้เค็ม 12 DS m − 1 แก้ไขคะแนนประเมินมาตรฐาน ( SES ) ของ IRRI [ 17 ] ถูกใช้เพื่อประเมินอาการภาพความเป็นพิษของเกลือ 21 วัน หลังหยอดเมล็ดbinadhan-8 ถูกใช้เป็นตัวควบคุมใจกว้างที่สองและ binadhan-7 คือการควบคุมเสี่ยง

2.3 เครื่องหมายเขต

ดีเอ็นเอจาก 6 – 8 บุคคลในแต่ละชนิดตามวิธีการของเจิ้ง et al . [ 18 ] เพื่อความสะดวกในการใช้เครื่องหมายดีเอ็นเอช่วยในการคัดเลือก ( MAS ) ลำดับแท็กเว็บไซต์ ( STS ) เครื่องหมายมากกว่าซิงเกิลนิวคลีโอไทด์โพลีมอร์ฟิซึม ( SNP ) เครื่องหมายถูกพัฒนาขึ้นจากการแทรก / ลบ ( indels ) ระหว่าง nipponbare 9311 จีโนมและลำดับที่ skc1 ( Chr . 1 ) [ 6 ] , เกลือ ( Chr . 1 ) [ 8 ] และเวลา ( Chr . 3 ) [ 19 ] สถานะ . ไพรเมอร์ ( ตารางที่ 1 ) ได้รับการออกแบบโดยใช้โอลิโก 7.0 ซอฟแวร์ แปด STS เครื่องหมายถูกพัฒนา 2 skc1 3 สำหรับเกลือและ 3 เวลา ( ตารางที่ 1 )และ wn11463 wn11466 ถูกออกแบบบนพื้นฐาน 4 BP และ 17 BP indels ท้ายน้ำ skc1 ( loc_os01g20160 ) ; wn13900 ยึด 4 BP INDEL น้ำเกลือ ( loc_os01g24710 ) ; wn13902 และ wn13903 ขึ้นอยู่กับ 7 BP และ 8 indels BP ในเกลือเขตนะครับ ; th32637 ยึด 3 BP INDEL ต้นน้ำในเวลา ( loc_os03g57240 )และ และ th32638 th32369 ขึ้นอยู่กับ 12 BP และ 18 indels BP ในรหัสภูมิภาคของเวลา .