ดร.ชวลิต วิทยานนท์ (ชื่อเล่น: แฟรงก์) เกิดที่กรุงเทพมหานคร ในปี พ.ศ. 2502 จบการศึกษาในระดับประถมและมัธยมจากโรงเรียนกรุงเทพคริสเตียนวิทยาลัย สำเร็จการศึกษาระดับปริญญาตรีและโททางวิทยาศาสตร์ทางทะเล จากมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ และจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย สำเร็จการศึกษาระดับปริญญาเอกจากมหาวิทยาลัยวิทยาศาสตร์ทางทะเลและเทคโนโลยี โตเกียว กรุงโตเกียว ประเทศญี่ปุ่น