2.3.3. Static alignmentsStatic alig

2.3.3. Static alignments
Static alignments, i.e., alignments with fixed homology
statements, were also constructed to explore the
sensitivity of the results to alternative phylogenetic
treatments of gaps and alternative phylogenetic inference
frameworks. Static alignments for the ribosomal
genes were constructed following the method of Hedin
and Maddison (2001). Multiple automatic alignments
corresponding to different combinations of gap opening
and gap extension costs (8/2, 8/4, 20/2, 24/4, and 24/6,
transition weight fixed to 0.5) were built with ClustalX
(Thompson et al., 1997). Alignments for each particular
set of parameters were built using a single guide tree as
currently implemented in Clustal and as it is the common
practice in the literature. However, it is well known
that automatic alignments are order-dependent and a
different addition series of taxa may result in different
alignments. Moreover, many equally optimal alignments
may exist for the same set of sequences (Giribet
et al., 2002). The use of a single guide tree precludes the
exploration of such alternative alignments. We chose
gap opening/extension cost ratios that favored both
relatively gappy (e.g., 8/2) and compressed (e.g., 24/6

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

2.3.3. คงจัดแนวคงจัดแนว การจัดแนว มี homology ถาวรงบ นอกจากนี้ยังได้ถูกสร้างขึ้นเพื่อสำรวจการความไวของผลให้ทาง phylogeneticรักษาของช่องว่างและทาง phylogenetic กล่าวกรอบ จัดแนวแบบคงที่สำหรับการ ribosomalยีนที่ถูกสร้างขึ้นตามวิธีการของ Hedinและ Maddison (2001) จัดแนวอัตโนมัติหลายสอดคล้องกับช่องว่างที่เปิดรวมกันและช่องว่างต่อต้นทุน (8/2, 8/4, 20/2, 24/4 และ 24/6เปลี่ยนน้ำหนักคงไป 0.5) ถูกสร้าง ด้วย ClustalX(Thompson et al. 1997) จัดแนวสำหรับเฉพาะแต่ละชุดของพารามิเตอร์ถูกสร้างขึ้นโดยใช้ต้นไม้แนะนำเดี่ยวเป็นขณะนี้ดำเนินการใน Clustal และมันเป็นการทั่วไปปฏิบัติในวรรณคดี อย่างไรก็ตาม เป็นที่รู้จักจัดแนวอัตโนมัติขึ้นอยู่กับการสั่งซื้อ และการแตกต่างจากชุดของแท็กซ่าอาจส่งผลแตกต่างกันจัดแนวนี้ นอกจากนี้ จัดแนวที่เหมาะสมกันมากอาจมีลำดับ (Giribet ชุดเดียวกันet al. 2002) ไม่สามารถใช้ต้นเดียวคู่มือการการสำรวจดังกล่าวจัดแนวอื่น เราเลือกช่องว่างของส่วนขยายของเปิดอัตราส่วนต้นทุนที่ชื่นชอบทั้งสองค่อนข้าง gappy (เช่น 8/2) และการบีบอัด (เช่น 24/6

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

2.3.3 การจัดแนวคง
จัดแนวแบบคงที่เช่นการจัดแนวกับที่คล้ายคลึงกันคง
งบก็ถูกสร้างขึ้นมาเพื่อสำรวจ
ความไวของผลไปยังสายวิวัฒนาการทางเลือก
การรักษาช่องว่างและทางเลือกในการอนุมาน phylogenetic
กรอบ การจัดแนวแบบคงที่สำหรับโซมอล
ยีนที่ถูกสร้างขึ้นตามวิธีของ Hedin
และ Maddison (2001) การจัดแนวอัตโนมัติหลาย
ที่สอดคล้องกับการรวมกันของการเปิดช่องว่าง
และค่าใช้จ่ายในการขยายช่องว่าง (8/2 8/4, 20/2, 24/4 และ 24/6,
น้ำหนักเปลี่ยนแปลงคงที่ 0.5) ถูกสร้างขึ้นด้วย ClustalX
( ธ อมป์สัน, et al ., 1997) การจัดแนวโดยเฉพาะอย่างยิ่งสำหรับแต่ละ
ชุดของพารามิเตอร์ที่ถูกสร้างขึ้นโดยใช้ต้นไม้คู่มือเดียว
ดำเนินการอยู่ในปัจจุบัน Clustal และมันเป็นเรื่องธรรมดา
การปฏิบัติในวรรณคดี แต่ก็เป็นที่รู้จักกันดี
ว่าการจัดแนวอัตโนมัติเพื่อขึ้นอยู่กับและ
ชุดที่แตกต่างกันนอกจากนี้แท็กซ่าอาจส่งผลที่แตกต่างกัน
การจัดแนว นอกจากนี้หลายจัดแนวที่ดีที่สุดอย่างเท่าเทียมกัน
อาจมีอยู่สำหรับชุดเดียวกันของลำดับ (Giribet
et al., 2002) การใช้ต้นไม้คู่มือติ๊ดเดียว
การสำรวจของทางเลือกเช่นการจัดแนว เราเลือก
อัตราส่วนช่องว่างเปิด / ค่าใช้จ่ายส่วนขยายที่ได้รับการสนับสนุนทั้งสอง
ค่อนข้าง Gappy (เช่น 8/2) และบีบอัด (เช่น 24/6

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

2.3.3 . การจัดแนวแบบคงที่สถิตการ เช่น การแก้ไขโรคด้วยข้อความถูกสร้างขึ้นเพื่อสำรวจความไวของผล ซึ่งทางเลือกการรักษาช่องว่างและการอนุมานชนิดอื่นกรอบ . การจัดแนวแบบคงที่สำหรับไรโบโซมอลยีนที่ถูกสร้างขึ้นตามวิธีการของ hedinและ แมดดิสัน ( 2001 ) อัตโนมัติ การหลายสอดคล้องกับการเปิดช่องว่างที่แตกต่างกันและค่าใช้จ่ายในการขยายช่องว่าง ( 8 / 2 8 / 4 20 / 2 , 24 / 4 และ 24 / 6การเปลี่ยนแปลงแก้ไขน้ำหนัก 0.5 ) ที่ถูกสร้างขึ้นด้วย clustalx( Thompson et al . , 1997 ) การสำหรับแต่ละชุดของพารามิเตอร์ที่ถูกสร้างขึ้นโดยใช้แนวทางเดียวกับต้นไม้ปัจจุบันใช้ใน clustal และมันเป็น ทั่วไปการปฏิบัติในวรรณคดี อย่างไรก็ตาม มันเป็นที่รู้จักกันดีว่า การจะสั่งแบบอัตโนมัติและชุดเพิ่มความสูงต่างกันอาจส่งผลแตกต่างกันการจัดแนว นอกจากนี้ การที่เหมาะสมกันมากอาจจะอยู่ในชุดเดียวกัน ลำดับ ( giribetet al . , 2002 ) การใช้คู่มือต้นไม้ precludes การเดียวการสำรวจทางเลือกเช่นการจัดแนว เราเป็นคนเลือกการเปิด / ขยายช่องว่างค่าใช้จ่ายอัตราส่วนที่ชื่นชอบ ทั้งค่อนข้าง gappy ( เช่น 8 / 2 ) และบีบอัด ( เช่น 24 / 6