The 5′-end portion of mitochondrial

The 5′-end portion of mitochondrial cox1 gene was suggested by Hebert et al. (2003) as standard DNA barcode region for metazoans.This region does not assure a complete taxonomic resolution, but it does promise proximity (Hebert & Gregory, 2005). Based on preliminary results on cox1 discriminatory power, specimens have been correctly identified at the species level with a success rate ranging from 98 to 100% in birds (Hebert, Stoeckle, Zemlak, & Francis, 2004),fish (Ward, Zemlak, Innes, Last, & Hebert, 2005), and in several other animal groups (Ferri et al., 2009; Galimberti, Martinoli, Russo,Mucedda, & Casiraghi, 2010; Galimberti et al., 2012; Hajibabaei et al.,2006). Nowadays, this region is considered the universal DNA barcode for metazoans, and is used to better distinguish even closely related taxa (see Uthicke, Byrne, & Conand, 2010; Wong et al., 2011), or to identify organisms from their parts, and also from traces of biological material (Dawnay, Ogden, McEwing, Carvalho, & Thorpe, 2007;Shokralla, Singer, & Hajibabaei, 2010; Vargas et al., 2009). In terrestrial plants, mitochondrial DNA has slower substitution rates than in metazoans,and shows intra-molecular recombination (Mower, Touzet,
Gummow, Delph, & Palmer, 2007), therefore limiting its resolution in identification. The research for an analogous of cox1 in terrestrial plants has focused on the plastid genome. Several plastidial genes, such as the most conserved rpoB, rpoC1 and rbcL or a section of matK, which shows a fast evolution rate, have been proposed as barcode regions (Shaw,Lickey, Schilling, & Small, 2007). Intergenic spacers such as trnH-psbA,atpF-atpH and psbK-psbI were also tested, because of their fast evolution rate (Fazekas et al., 2008, 2009). In 2009, the CBoL (Consortium for the Barcode of Life) Plant Working Group (Hollingsworth et al.,2009), suggested the use of 2-locus combination of rbcL and matK as core-barcode regions, because of the straightforward recovery rate of rbcL, and the high resolution of matK. Unfortunately, matK is difficult to amplify by using a single primer pair (Dunning & Savolainen,2010). On the contrary, despite its limited resolution, rbcL is less problematic in terms of amplification, sequencing and alignment, and provides a useful backbone in the creation of plant DNA barcode datasets (De Mattia et al., 2012). Among other sequences, the trnH-psbA intergenic spacer is straightforward to amplify, and has a high genetic variability among closely related taxa (Bruni et al., 2010; Kress et al.,2010; Shaw et al., 2007). The nuclear ITS region was also indicated as supplementary DNA barcode region (Li et al., 2011). Although there is still debate on the effectiveness of these markers especially when users are dealingwith closely related taxa, DNA barcoding showed consistent results when used to identify unknown specimens based on the comparison with reference sequences (Burgess et al., 2011; De Mattia et al., 2012).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ส่วน 5'-ท้ายของยีน cox1 ยลได้รับการแนะนำโดยเบิร์ตอัล (2003) เป็นพื้นที่ dna บาร์โค้ดมาตรฐานสำหรับภูมิภาค metazoans.this ไม่มั่นใจการจัดหมวดหมู่ความละเอียดสมบูรณ์แบบ แต่ก็ไม่สัญญาความใกล้ชิด (เบิร์ต& gregory, 2005) ขึ้นอยู่กับผลการศึกษาเบื้องต้นเกี่ยวกับการใช้พลังงาน cox1 พินิจพิเคราะห์ตัวอย่างที่ได้รับการระบุอย่างถูกต้องในระดับสปีชีส์ที่มีอัตราความสำเร็จตั้งแต่ 98-100% ในนก (เบิร์ต, Stoeckle, Zemlak, & francis, 2004) ปลา (วอร์ด Zemlak, อินส์สุดท้าย&เบิร์ต, 2005) และในหลายกลุ่มสัตว์อื่น ๆ (Ferri, et al, 2009;. Galimberti, martinoli, รุสโซ Mucedda อัล, & Casiraghi 2010; Galimberti et al, 2012;.. hajibabaei et al, 2006) ในปัจจุบันภูมิภาคนี้เป็นที่ยอมรับว่าบาร์โค้ด dna สากลสำหรับ metazoans และถูกนำมาใช้เพื่อให้เห็นความแตกต่างแม้แท็กซ่าที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิด (ดูการเลี้ยงปลิงทะเลบนเบิร์น, & Conand 2010. นาน et al, 2011) หรือการระบุสิ่งมีชีวิตจากส่วนของพวกเขาและยัง จากร่องรอยของวัสดุชีวภาพ (DAWNAY, อ็อกเดน McEwing Carvalho, & ธ อร์ป, 2007; shokralla, นักร้อง, & hajibabaei 2010. และอัลวาร์กัส, 2009)ในพืชบกยลดีเอ็นเอมีอัตราการทดแทนช้ากว่าใน metazoans และแสดงให้เห็นภายในโมเลกุลรวมตัวกันอีก (เครื่องตัดหญ้า, touzet
gummow, Delph, &พาลเมอร์, 2007) ดังนั้นการ จำกัด ของความละเอียดในการระบุ การวิจัยเพื่อคล้ายคลึงของ cox1 ในพืชบกมีความสำคัญกับจีโนม plastid ยีน plastidial หลายประการเช่น rpob อนุรักษ์มากที่สุดrpoc1 และ rbcl หรือส่วนของ matk ซึ่งแสดงให้เห็นอัตราการวิวัฒนาการอย่างรวดเร็วได้รับการเสนอให้เป็นภูมิภาคบาร์โค้ด (ชอว์, Lickey, ชิลลิง&ขนาดเล็ก 2007) spacers intergenic เช่น trnh-psbA, atpf-atph และ psbk psbi ถูกทดสอบด้วยเพราะอัตราการวิวัฒนาการอย่างรวดเร็วของพวกเขา (Fazekas et al,., 2008, 2009) ในปี 2009, cbol (สมาคมเพื่อบาร์โค้ดของชีวิต) พืชคณะทำงาน (Hollingsworth et al,.2009) แนะนำการใช้งานของการรวมกัน 2 สถานทีของ rbcl และ matk เป็นภูมิภาคแกนบาร์โค้ดเนื่องจากอัตราการกู้คืนตรงไปตรงมาของ rbcl และความละเอียดสูงของ matk ขออภัย matk เป็นเรื่องยากที่จะขยายโดยใช้ไพรเมอร์คู่เดียว (ติดตามหนี้& Savolainen, 2010) ในทางที่แม้จะมีความละเอียด จำกัด , rbcl เป็นปัญหาน้อยในแง่ของการขยายลำดับและการจัดตำแหน่งและให้แกนนำที่มีประโยชน์ในการสร้างชุดข้อมูลบาร์โค้ด dna พืช (เด Mattia และคณะ. 2012) ในลำดับอื่น ๆ trnh-psbA spacer intergenic ตรงไปตรงมาในการขยายและมีความผันแปรทางพันธุกรรมสูงในหมู่แท็กซ่าที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิด (bruni et al, 2010;.. kress et al, 2010. ชอ​​ว์และคณะ, 2007)ภูมิภาคนิวเคลียร์ได้รับการระบุว่าเป็นภูมิภาคบาร์โค้ด dna เสริม (li, et al., 2011) แม้ว่าจะยังคงมีการอภิปรายเกี่ยวกับประสิทธิภาพของเครื่องหมายเหล่านี้โดยเฉพาะอย่างยิ่งเมื่อผู้ใช้ dealingwith แท็กซ่าที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดดีเอ็นเอบาร์โค้ดแสดงให้เห็นผลลัพธ์ที่สอดคล้องกันเมื่อนำมาใช้ในการระบุตัวอย่างซึ่งไม่เป็นไปตามลำดับเมื่อเทียบกับการอ้างอิง (ประชากร et al, 2011;. Mattia เดตอัล .2012).

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

สิ้นสุด 5′ ส่วนของยีน mitochondrial cox1 ถูกแนะนำโดย Hebert et al. (2003) เป็นภูมิภาคบาร์โค้ดดีเอ็นเอมาตรฐานสำหรับ metazoansภูมิภาคนี้ให้ความละเอียดอนุกรมวิธานสมบูรณ์ แต่ก็สัญญาว่า ความใกล้ชิด (Hebert &เกรกอรี 2005) ตามผลลัพธ์เบื้องต้นพลังโจ่งแจ้ง cox1 ไว้เป็นตัวอย่างได้อย่างถูกต้องระบุระดับสายพันธุ์กับอัตราความสำเร็จตั้งแต่ 98 100% ในนก (Hebert, Stoeckle, Zemlak &ฟรานซิส 2004), ปลา (Ward, Zemlak, Innes ล่าสุด & Hebert, 2005), และ ในหลายสัตว์กลุ่มอื่น ๆ (Ferri et al., 2009 Galimberti, Martinoli สง Mucedda รี ย& 2010 Galimberti et al., 2012 Hajibabaei และ al., 2006) ในปัจจุบัน ภูมิภาคนี้ถือว่าดีเอ็นเอบาร์โค้ดสากลสำหรับ metazoans และใช้เพื่อแยก taxa ที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดได้ดี (ดู Uthicke, Byrne & Conand, 2010 วง et al., 2011), หรือระบุสิ่งมีชีวิต จากส่วนของพวกเขา และ จากร่องรอยของวัสดุชีวภาพ (Dawnay, Ogden, McEwing, Carvalho &โธร์ป 2007Hajibabaei Shokralla นักร้อง & 2010 ผับร้อยเอ็ด al., 2009) ในพืชบกทั้งหลาย mitochondrial DNA มีอัตราทดแทนช้ากว่า metazoans และแสดง recombination ระหว่างโมเลกุล (เครื่องตัด Touzet,
Gummow, Delph &พาล์มเมอร์ 2007), ดังนั้น จำกัดความละเอียดในการระบุ การวิจัยสำหรับคู่ของ cox1 ในพืชบกทั้งหลายได้เน้นกลุ่มพลาสติด หลายยีน plastidial เช่น rpoB นำมากที่สุด rpoC1 และ rbcL หรือส่วนของ matK ซึ่งแสดงอัตราการวิวัฒนาการอย่างรวดเร็ว ได้รับการเสนอชื่อเป็นขอบเขตของบาร์โค้ด (Schilling ชอว์ Lickey &เล็ก 2007) Spacers intergenic เช่น trnH psbA, atpF atpH และ psbK psbI ถูกยังทดสอบ เนื่องจากอัตราการวิวัฒนาการอย่างรวดเร็ว (Fazekas et al., 2008, 2009) ในปี 2552, CBoL (Consortium โค้ดชีวิต) กลุ่มการทำงานโรงงาน (Hollingsworth et al.,2009), แนะนำการใช้ชุด 2-โลกัสโพล rbcL และ matK เป็นบาร์โค้ดหลักภูมิภาค อัตราการกู้คืนตรง rbcL และความละเอียดสูงของ matK อับ matK ยากที่จะขยาย โดยใช้คู่เดียวพื้น (Dunning & Savolainen, 2010) ดอก แม้ มีความละเอียดจำกัด rbcL ไม่น้อยมีปัญหาในด้านการขยาย จัดลำดับและการจัดตำแหน่ง และกระดูกสันหลังมีประโยชน์ในการสร้างพืช datasets บาร์โค้ดดีเอ็นเอ (เด Mattia et al., 2012) ลำดับอื่น ๆ เป็นตัวเว้นวรรค intergenic trnH psbA คือตรงไปตรงมาขยาย และมีความแปรผันทางพันธุกรรมความสูงระหว่างสัมพันธ์ taxa (บรูนี et al., 2010 Kress et al., 2010 ชอว์ et al., 2007) ภูมิภาคของนิวเคลียร์ยังระบุเป็นภาคเสริมดีเอ็นเอบาร์โค้ด (Li et al., 2011) แม้ว่ายังมีอภิปรายเกี่ยวกับประสิทธิผลของเครื่องหมายเหล่านี้โดยเฉพาะอย่างยิ่งเมื่อผู้ใช้มี dealingwith สัมพันธ์ taxa โค้ดีเอ็นเอพบผลสอดคล้องกันเมื่อใช้ในการระบุไว้เป็นตัวอย่างไม่รู้จักที่ใช้เปรียบเทียบกับข้อมูลอ้างอิงลำดับ (แอ et al., 2011 เดอ Mattia et al., 2012) .

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ส่วน 5 ' - สิ้นสุดที่ยีน mitochondrial Cox 1 เป็นที่แนะนำโดย hebert et al . ( 2003 )เป็นบาร์โค้ดมาตรฐานดีเอ็นเอเขตพื้นที่สำหรับ metazoans .เขตพื้นที่แห่งนี้ไม่ได้สร้างความมั่นใจความละเอียด taxonomic เสร็จสมบูรณ์แต่ไม่ให้คำมั่นต่อพื้นที่ใกล้เคียง( hebert &เกรกอรี่ 2005 ) โดยขึ้นอยู่กับผลเบื้องต้นใน Cox 1 กำลังเลือกปฏิบัติเป็นตัวอย่างได้รับอย่างถูกต้องระบุในระดับสายพันธุ์ที่มีอัตราความสำเร็จตั้งแต่ 98 ถึง 100% ในนก( hebert , stoeckle , zemlak ,& Francis , 2004 ),ปลา(คุก, zemlak , innes ,ล่าสุด,& hebert , 2005 ),และสัตว์อื่นๆในหลายกลุ่ม(เหล็ก et al ., 2009 ; galimberti , martinoli , russo , mucedda ,& casiraghi , 2010 ; galimberti et al ., 2012 ; hajibabaei et al ., 2006 ) ในปัจจุบันนี้เขตพื้นที่แห่งนี้ได้รับการพิจารณาให้ Universal ดีเอ็นเอบาร์โค้ดสำหรับ metazoans ,และใช้ในการสร้างความแตกต่างได้ดียิ่งขึ้นแม้จะเกี่ยวข้อง taxa (ดู uthicke ,นายเฮล,& conand , 2010 ,วง et al ., 2011 )หรือเพื่อระบุสิ่งมีชีวิตจากชิ้นส่วน,และจากร่องรอยของทางชีววิทยาวัสดุ( dawnay , Ogden , J ., mcewing , carvalho ,&และ Thorpe , 2007 ; shokralla ,นักร้อง,& hajibabaei , 2010 ,ชาวเป et al ., 2009 )ในโรงงานของโลกดีเอ็นเอ mitochondrial มีอัตราการทดแทนช้ากว่าใน metazoans และแสดง recombination ภายใน โมเลกุล(ยืม touzet
gummow delph & Palmer 2007 )ดังนั้นการจำกัดความละเอียดในการระบุตัวตน สำหรับการวิจัยที่คล้ายคลึงกันกับที่ของ Cox 1 ในโรงงานของโลกให้ความสำคัญกับยีนที่ plastid plastidial ยีนหลากหลายเช่นส่วนใหญ่ rpob สงวนไว้ได้rpoc 1 และ rbcl หรือส่วนของ matk ซึ่งแสดงให้เห็นว่าการลงทุนพัฒนาการได้อย่างรวดเร็วและได้รับการเสนอเป็นเขตพื้นที่บาร์โค้ด(, Shaw มองเห็น Lickey Hills ได้ schilling &ขนาดเล็ก 2007 ) ใช้ตัวกั้นระยะ intergenic เช่น trnh - psba atpf - atph และ psbk - psbi รับการทดสอบเพราะอัตราการพัฒนาอย่างรวดเร็ว( fazekas et al . 20082009 ) ในปี 2009 cbol (กลุ่มสำหรับบาร์โค้ดของชีวิต)ที่โรงงานการทำงานกลุ่ม( hollingsworth et al .2009 )ที่แนะนำการใช้ 2 - การผสมผสาน สภาพ ของพื้นที่และ rbcl matk เป็นแกนหลัก - บาร์โค้ดเพราะมีอัตราการกู้คืนข้อมูลที่ใช้งานง่ายของ rbcl และความละเอียดสูงของ matk เป็นที่น่าเสียดายว่า matk เป็นการยากที่จะเพิ่มโดยใช้เชื้อปะทุตัวเดียว( dunning & savolainen, 2010 ) ในทางตรงกันข้ามที่แม้จะมีความละเอียด rbcl จำกัด(มหาชน)ที่มีน้อยลงปัญหาในด้านของการขยายสัญญาณเสียงการจัดเรียงและจัดลำดับและจัดให้บริการสันที่เป็นประโยชน์ในการสร้าง datasets บาร์โค้ดดีเอ็นเอ( de mattia et al . 2012 ) ในลำดับอื่น spacer graphic trnh - psba intergenic ที่เป็นเรื่องง่ายในการเพิ่มและมีได้ทางพันธุกรรมสูงท่ามกลางอย่างใกล้ชิดที่เกี่ยวข้อง taxa ( bruni et al . 2010 kress et al . 2010 , Shaw et al . 2007 )เขตพื้นที่โรงงานนิวเคลียร์ของตนที่ถูกระบุเป็นส่วนเสริมดีเอ็นเอบาร์โค้ด ภูมิภาค ( Li et al . 2011 ) แม้ว่าจะยังมีการถกเถียงกันในความมี ประสิทธิภาพ ของเครื่องหมายเหล่านี้โดยเฉพาะเมื่อมีผู้ที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิด dealingwith taxa barcoding แสดงให้เห็นผลดีเอ็นเออย่างต่อเนื่องเมื่อใช้ในการระบุเป็นตัวอย่างที่ไม่รู้จักซึ่งใช้ในการเปรียบเทียบกับซีเควนซ์ของการอ้างอิง(ชาวเมือง et al . 2011 de mattia et al .2012 )..