2.3. SSR data analysisThe software

2.3. SSR data analysis
The software PowerMarker v.3.25 (Liu and Muse, 2005) was
used to estimate the observed heterozygosity (Ho), gene diversity
(He) values, and the inbreeding coefficient (f) in each inbred line
across loci. Ho is the proportion of heterozygous individuals in the
population. At a single locus, it is estimated as 1 − k
u=1Pluu. He is
defined as the probability that 2 randomly chosen alleles from the
population are different. An unbiased estimator of gene diversity
at the lth locus is
1 − k
u=1Plu2
/
1 − (1 + f/n)

, where f is the
inbreeding coefficient, which ranges theoretically from −1 to 1.
The PowerMarker package was used to estimate inbreeding
within the papaya inbred lines by calculating the Wright’s withinpopulation
inbreeding coefficient FIS, which is defined as the
correlation of alleles within individuals within population (Weir,
1996). The expectation-maximization (EM) algorithm to find the
maximum likelihood estimation (MLE) of FIS was used. In addition,
the within-population inbreeding estimates were calculated
for each locus and overall loci using the FSTAT computer program
version 2.9.3.2. (Goudet, 2001).
2

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

2.3. SSR วิเคราะห์ข้อมูลแก้ไข v.3.25 PowerMarker ซอฟต์แวร์ (หลิวและ Muse, 2005)ใช้ในการประเมินการสังเกตพันธุศาสตร์คลาสสิก (โฮจิมินห์), ความหลากหลายของยีนค่า (he) และค่าสัมประสิทธิ์ inbreeding (f) ในแต่ละบรรทัดที่เสถียรในตำแหน่งที่อ่อนแอ โฮจิมินห์ คือสัดส่วนของ heterozygous บุคคลในการประชากร เวลาเป็นทีเดียว มันเป็นที่คาดเป็น 1 − ku = 1Pluu เขาเป็นกำหนดเป็นความน่าเป็น alleles สุ่มเลือกที่ 2 จากการประชากรแตกต่างกัน ประมาณการกลางของความหลากหลายของยีนการ lth ทีเป็น1 − ku = 1Plu2/1 − (1 + f/n), f อยู่สัมประสิทธิ์ที่ inbreeding ซึ่งในทางทฤษฎีตั้งแต่− 1 1ใช้แพคเกจ PowerMarker ประเมิน inbreedingภายในเส้นมะละกอที่เสถียรโดยการคำนวณของไรท์ withinpopulationสัมประสิทธิ์การ inbreeding FIS ว่าเป็นความสัมพันธ์ของ alleles ในบุคคลภายในประชากร (ฝาย1996) . อัลกอริทึมความคาดหวัง-maximization (EM) เพื่อค้นหาการมีใช้การประเมินความเป็นไปได้สูงสุด (MLE) FIS นอกจากนี้คำนวณการประเมิน inbreeding ภายในประชากรสำหรับแต่ละทีและตำแหน่งโดยรวมอ่อนแอโดยใช้โปรแกรมคอมพิวเตอร์ FSTATรุ่น 2.9.3.2 (Goudet, 2001)2

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

2.3 การวิเคราะห์ข้อมูล SSR
v.3.25 ซอฟต์แวร์ PowerMarker (หลิวและ Muse, 2005) ได้ถูก
นำมาใช้ในการประมาณ heterozygosity สังเกต (โฮ), ยีนหลากหลาย
(เขา) ค่านิยมและค่าสัมประสิทธิ์การเจริญเติบโตนี้ (ฉ) ในแต่ละบรรทัดพันธุ์แท้
ทั่วตำแหน่ง โฮเป็นสัดส่วนของ heterozygous บุคคลในส่วน
ของประชากร ที่สถานทีเดียวก็อยู่ที่ประมาณ 1 - เค
U = 1Pluu เขาถูก
กำหนดให้เป็นความน่าจะเป็นที่ 2 อัลลีลสุ่มเลือกจาก
ประชากรที่แตกต่างกัน เป็นกลาง estimator ของความหลากหลายของยีน
ที่สถานที LTH คือ
1 - k
U = 1Plu2
/?
1? - (1 + F / N)
?
ที่ f คือ
ค่าสัมประสิทธิ์การเจริญเติบโตซึ่งช่วงทางทฤษฎีจาก -1 ถึง 1
แพคเกจ PowerMarker ถูกใช้ในการประเมินการเจริญเติบโต
ภายในมะละกอสายพันธุ์แท้โดยการคำนวณ withinpopulation ไรท์ของ
การเจริญเติบโต FIS ค่าสัมประสิทธิ์ซึ่งถูกกำหนดให้เป็น
ความสัมพันธ์ของอัลลีลภายในบุคคลภายในประชากร (ฝาย
1996) ความคาดหวังสูงสุด-(EM) ขั้นตอนวิธีการที่จะหา
การประมาณค่าความน่าจะเป็นสูงสุด (MLE) ของสถาบันการเงินถูกนำมาใช้ นอกจากนี้
ภายในประชากรประมาณการการเจริญเติบโตจะถูกคำนวณ
สำหรับแต่ละสถานทีและตำแหน่งโดยรวมโดยใช้โปรแกรมคอมพิวเตอร์ fstat
รุ่น 2.9.3.2 (Goudet, 2001)
2 ซึ่งถูกกำหนดให้เป็น ความสัมพันธ์ของอัลลีลภายในบุคคลภายในประชากร (ฝาย1996) ความคาดหวังสูงสุด-(EM) ขั้นตอนวิธีการที่จะหาการประมาณค่าความน่าจะเป็นสูงสุด (MLE) ของสถาบันการเงินถูกนำมาใช้ นอกจากนี้ภายในประชากรประมาณการการเจริญเติบโตจะถูกคำนวณสำหรับแต่ละสถานทีและตำแหน่งโดยรวมโดยใช้โปรแกรมคอมพิวเตอร์ fstat รุ่น 2.9.3.2 (Goudet, 2001) 2 ซึ่งถูกกำหนดให้เป็น ความสัมพันธ์ของอัลลีลภายในบุคคลภายในประชากร (ฝาย1996) ความคาดหวังสูงสุด-(EM) ขั้นตอนวิธีการที่จะหาการประมาณค่าความน่าจะเป็นสูงสุด (MLE) ของสถาบันการเงินถูกนำมาใช้ นอกจากนี้ภายในประชากรประมาณการการเจริญเติบโตจะถูกคำนวณสำหรับแต่ละสถานทีและตำแหน่งโดยรวมโดยใช้โปรแกรมคอมพิวเตอร์ fstat รุ่น 2.9.3.2 (Goudet, 2001) 2

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

2.3 ข้อมูลคํานําซอฟต์แวร์ powermarker v.3.25 ( หลิว และแรงบันดาลใจ , 2005 )ใช้ในการประมาณการพบเฉพาะที่ ( โฮ ) , ความหลากหลายของยีน( เขา ) ให้คุณค่า และสัมประสิทธิ์การ ( F ) ในแต่ละสายพันธุ์แท้สายผ่านทาง . โฮ คือ สัดส่วนของแต่ละบุคคลก่อนในประชากร ในสถานที่เดียว มันประมาณ 1 −เคu = 1pluu . เขาคือหมายถึงความน่าจะเป็นที่สุ่มเลือกจาก 2 อัลลีลประชากรที่แตกต่างกัน ตัวแบบกำลังสองของความหลากหลายยีนที่ lth ความเชื่อคือ1 −เคu = 1plu2/1 − 1 + F / n )ที่ F เป็นสัมประสิทธิ์การ ซึ่งช่วงทฤษฎีจาก− 1 ต่อ 1การ powermarker แพคเกจการใช้ประมาณการภายในเส้นมะละกอสายพันธุ์แท้โดยการไรท์ withinpopulationการปรับค่า ซึ่งหมายถึงความสัมพันธ์ของยีนภายในบุคคลภายในประชากร ( เวียร์1996 ) ความคาดหวังสูงสุด ( EM ) ขั้นตอนวิธีการค้นหาการประมาณความควรจะเป็นสูงสุด ( mle ) ของสถาบันการเงินที่ใช้ นอกจากนี้ภายในการทำการคำนวณประมาณการประชากรความเชื่อของแต่ละและโดยรวม โดยใช้โปรแกรม fstat คอมพิวเตอร์รุ่น 2.9.3.2 . ( goudet , 2001 )2