แนวทางในการแก้ไขปัญหาการก่อการร้ายเอาไว้ดังนี้ (หนังสือพิมพ์ผู้จัดการรายวัน วันที่ 14 พฤศจิกายน พ.ศ. 2546) การก่อการร้ายคือการกระทำของผู้ซึ่งมีกำลังน้อยกว่า ไม่สามารถจะต่อสู้กันอย่างซึ่งหน้าได้ จึงใช้วิธีตีหัวเข้าบ้าน ทำนองเดียวกับการต่อสู้แบบกองโจร พื้นฐานสำคัญของการก่อการร้ายก็คือการแสดงอำนาจของการทำลาย (power of destruction) โดยคนหยิบมือหนึ่งซึ่งยินดีสละชีวิตหรือเสี่ยงภัยสามารถจะสร้างความเสียหายด้วยการทำลายล้าง เช่น ระเบิดพลีชีพ เป็นต้น ผู้ซึ่งถูกกระทำมักจะเป็นผู้ซึ่งมีอำนาจ มีฐานะทางเศรษฐกิจดีกว่า และมีโอกาสที่จะได้รับความเสียหายจากการกระทำ เมื่อเป็นเช่นนี้การก่อการร้ายจึงเป็นการกระทำทางการเมืองที่สัมฤทธิ์ผล ทำให้ความเสียเปรียบถูกลดน้อยลง ความได้เปรียบก็คือแรงทำลายของระเบิดแบบใหม่ซึ่งสามารถสร้างความสูญเสียได้อย่างมากมาย ขณะเดียวกันผู้กระทำการย่อมหลบหลีกการถูกจับกุมหรือฝ่าแนวป้องกันได้ ผู้ซึ่งคอยติดตามผู้กระทำความผิดเสมือนตำรวจที่คอยจับโจรย่อมเสียเปรียบ เพราะผู้ก่อการร้ายจะอยู่ในฐานะที่จะเลือกเวลาและสถานที่และชนิดของกิจกรรม ส่วนผู้ซึ่งต้องคอยป้องกันนั้นมีอาณาเขตที่ต้องคอยดูแลกว้างใหญ่ไพศาลยากที่จะไม่ให้มีการเล็ดลอดออกไปจากสายตาหรือแนวป้องกันได้
การปราบปรามผู้ก่อการร้ายจึงเป็นเรื่องยาก วิธีที่ดีที่สุดก็คือการค้นหาสาเหตุของการก่อการร้ายและพยายามแก้ที่สาเหตุดังกล่าว เมื่อเป็นเช่นนี้การแก้ปัญหาผู้ก่อการร้ายจึงมีสองมิติ ถ้าเป็นการ ก่อการร้ายที่เกิดขึ้นในแต่ละประเทศก็ต้องหาสาเหตุของปัญหาที่นำไปสู่ความพยายามที่จะก่อการร้ายขึ้น เช่น ถ้าเป็นเรื่องความขัดแย้งของเชื้อชาติและเผ่าพันธุ์ ก็ต้องพยายามหาทางสร้างความสมานฉันท์ด้วยนโยบายและการแก้กฎหมายให้มีสิทธิเสรีภาพเท่าเทียมกัน เป็นต้น แต่ถ้าเป็นการก่อการร้ายที่มีผลมาจากความแตกต่างในเรื่องอุดมการณ์ทางการเมือง ความขัดแย้งทางศาสนา ฯลฯ ซึ่งมีลักษณะสากล การก่อการร้ายอาจมิได้มุ่งทำร้ายประเทศที่มีการกระทำการก่อการร้ายโดยตรง แต่อาจจะมุ่งเน้นทำลายอาคารที่เป็นบริษัทของชาติที่เป็นศัตรู สถานทูต ฯลฯ ซึ่งจะส่งผลในทางลบกับประเทศที่เป็นเป้าหมาย รวมทั้งประเทศที่มีอาคารและสถานทูตตั้งอยู่ ผลก็จะออกมาเป็นการก่อการร้ายที่มีผลกระทบในทางลบในระดับสากล
การแก้ปัญหาการก่อการร้ายจึงต้องมุ่งไปที่สาเหตุ และถ้าเป็นกรณีความขัดแย้งที่เกิดขึ้นระหว่างกลุ่มประเทศที่เป็นฝักเป็นฝ่าย เช่น มหาอำนาจตะวันตกกับกลุ่มประเทศที่นับถืออิสลาม ก็คงต้องมีการเจรจาระดับระหว่างประเทศและนานาชาติ โดยความร่วมมือขององค์กรต่างๆ หาทางแก้ไขปัญหาความขัดแย้ง อย่างไรก็ตามปัญหาบางเรื่องก็เป็นปัญหาที่ซับซ้อนมีประวัติความเป็นมายาวนานเช่นปัญหาความขัดแย้งในเรื่องข้อพิพาททางดินแดนซึ่งเกี่ยวพันกับประชากรซึ่งมีเผ่าพันธุ์และเชื้อชาติศาสนาที่แตกต่างกัน เป็นเรื่องยากที่จะแก้ไขปัญหาได้อย่างรวดเร็วและฉับพลันเช่นกรณีปาเลสไตน์ เป็นต้น ดังนั้น ประเทศเหล่านี้ก็จะมุ่งมั่นทำลายล้างซึ่งกันและกัน ทั้งโดยการรบแบบประจันหน้าหรือโดยการ ก่อการร้ายด้วยการวางระเบิดแบบพลีชีพ ดังนั้น จนกว่าความขัดแย้งที่กล่าวมาเบื้องต้นจะมีการแก้ไขได้อย่างสัมฤทธิ์ผล การก่อการร้ายก็จะดำเนินอยู่ต่อไป
การแก้ปัญหาการก่อการร้ายอีกวิธีหนึ่งซึ่งเป็นวิธีการที่กำลังทำอยู่ในขณะนี้ก็คือการสร้างข้อตกลงกับกลุ่มประเทศต่างๆ โดยมีมาตรการร่วมกันที่จะป้องกันและปราบปรามอย่างรุนแรงในลักษณะตาต่อตา ฟันต่อฟัน เพื่อให้เกิดความรู้สึกว่าการพยายามก่อการร้ายนั้นจะไม่สมประสงค์และผลลัพธ์ที่ตามมาจะก่อให้เกิดความเสียหายพอๆ กัน ทั้งนี้เพื่อให้เกิดความเข็ดขยาดหรือมีลักษณะเป็นการป้องปรามมิให้เกิดความเหิมเกริมของผู้ที่มีกระบวนการก่อการร้าย
สิ่งที่น่าเป็นห่วงก็คือ การก่อการร้ายซึ่งสร้างความเสียหายกับประเทศที่ถูกกระทำนั้น ได้นำไปสู่พฤติกรรมการปฏิบัติซึ่งแปลกแยกไปจากหลักการและประเพณีการปฏิบัติดั้งเดิม เช่น การวางระเบิดที่เกาะบาหลีเป็นผลให้เกิดการเสียชีวิตของชาวออสเตรเลียเป็นจำนวนร้อยๆ คนนั้น ทำให้มีการประกาศนโยบาย Pre-emptive strike หรือการโจมตีเพื่อป้องกันก่อนที่จะมีเหตุร้ายเกิดขึ้น ซึ่งหมายความว่าถ้ามีข้อมูลแจ้งชัดว่าจะมีการวางระเบิดสถานที่แห่งหนึ่งซึ่งคนของประเทศนั้นๆ พำนักอยู่ เช่น ในโรงแรม เป็นต้น ประเทศซึ่งประชาชนของตนจะได้รับอันตรายสามารถที่จะยกกองกำลังข้ามแดนเข้าไปโจมตีกลุ่มบุคคลที่กำลังจะวางระเบิดโรงแรมนั้น ซึ่งถ้าหากมีเหตุการณ์อันนี้เกิดขึ้นโดยข้อตกลงระหว่างประเทศไม่แน่ชัด ก็จะเข้าข่ายการละเมิดอำนาจอธิปไตยของประเทศหนึ่ง กลายเป็นเหตุการณ์ระหว่างประเทศที่ใหญ่โตขึ้นได้ ที่สำคัญเป็นการกระทำที่ขัดต่อประเพณีและระเบียบความสัมพันธ์ระหว่างประเทศ รวมทั้งกฎหมายระหว่างประเทศ ผลจากการก่อการร้ายจึงมีผลที่รุนแรงไม่เพียงแต่การก่อให้เกิดความเสียหายต่อชีวิตและทรัพย์สินเท่านั้น แต่ยังมีผลต่อระเบียบปฏิบัติในความสัมพันธ์ระหว่างประเทศอีกด้วย
การแก้ปัญหาการก่อการร้ายจึงต้องมองจากหลายมิติ ที่สำคัญที่สุดต้องแก้ปัญหาที่สาเหตุหรือที่เรียกว่ามูลเหตุอันเป็นรากฐาน การใช้วิธีการรุนแรงป้องปรามเป็นความจำเป็นที่หลีกเลี่ยงไม่ได้ แต่นั่นไม่ใช่เป็นการแก้ปัญหาอย่างถาวร การผสมผสานระหว่างการป้องปรามและการเจรจาหาข้อตกลงที่ทั้งสองฝ่ายพอใจน่าจะเป็นทางออกที่ที่สุด