2.10. Statistical analysesAll stati

2.10. Statistical analyses

All statistical analyses were performed in RStudio (version 0.99 (http://www.rstudio.com) using R version 3.2 (R Core Team, 2015)) using the R CRAN packages: ampvis (v1.13) (Albertsen et al., 2015), vegan (Oksanen et al., 2013), ggplot2 (Wickham, 2009), and the Bioconductor package Phyloseq (McMurdie and Holmes, 2013). Microbial community composition and structure were explored using heatmaps. Microbial richness and evenness were visualized using Chao1 and Shannon-Weaver indices. Beta diversity was investigated using principal component analysis on square root transformed abundance counts. Constrained redundancy analysis (RDA) was applied to the polishing MBR sequence data in order to identify correlations between removal data and OTU abundances.

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

2.10 สถิติวิเคราะห์

วิเคราะห์ทางสถิติทั้งหมดได้ดำเนินการใน RStudio (เวอร์ชั่น 0.99 (http://www.rstudio.com) โดยใช้ R รุ่น 3.2 (R แกนทีม 2015)) โดยใช้แพคเกจ R CRAN: ampvis (v1.13) (Albertsen et al., 2015), มังสวิรัติ (Oksanen et al., 2013), ggplot2 (Wickham 2009) และแพคเกจ Bioconductor Phyloseq (McMurdie และโฮล์มส์, 2013) องค์ประกอบชุมชนจุลินทรีย์และโครงสร้างได้รับการสำรวจโดยใช้ heatmaps ความร่ำรวยจุลินทรีย์และสมดุลได้รับการมองเห็นโดยใช้ Chao1 และแชนนอน-ประกอบดัชนี ความหลากหลายเบต้าถูกตรวจสอบโดยใช้การวิเคราะห์องค์ประกอบหลักในรากเปลี่ยนข้อหาความอุดมสมบูรณ์ การวิเคราะห์ความซ้ำซ้อน จำกัด (RDA) ถูกนำไปใช้ข้อมูลลำดับขัด MBR ในเพื่อที่จะระบุความสัมพันธ์ระหว่างข้อมูลการขนย้ายและปริมาณ OTU

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

2.10 . การวิเคราะห์ทางสถิติสถิติที่ใช้ในการวิเคราะห์มีการปฏิบัติใน rstudio ( เวอร์ชั่น 0.99 ( http://www.rstudio.com ) โดยใช้ R รุ่น 3.2 ( ทีมหลัก r 2015 ) โดยใช้ R เครนแพคเกจ : ampvis ( v1.13 ) ( albertsen et al . , 2015 ) , วีแกน ( oksanen et al . , 2013 ) , ggplot2 ( วิคแฮม , 2009 ) , และ bioconductor แพคเกจ phyloseq ( mcmurdie และโฮล์มส์ , 2013 ) องค์ประกอบและโครงสร้างชุมชนจุลินทรีย์มีการสํารวจโดยใช้ heatmaps . ความสมดุลคือการใช้จุลินทรีย์และมองเห็น chao1 แชนนอน วีเวอร์ และดัชนี ความหลากหลายของเบต้า ถูกสอบสวน โดยใช้การวิเคราะห์องค์ประกอบหลักในกรณฑ์เปลี่ยนมากมายนับ จำกัดการวิเคราะห์ความซ้ำซ้อน ( RDA ) คือใช้ขัด ( ลำดับข้อมูลเพื่อระบุความสัมพันธ์ระหว่างข้อมูลการกำจัดและ otu abundances .