DiscussionStrains TAl7, 23 and 24 f

Discussion
Strains TAl7, 23 and 24 form a distinct cluster, as well
by phenotypical comparison (Fig. 1) as by their high
DNA homologies (Table 2). They differ considerably
from the other oxalate-oxidizing bacteria tested for comparison
[31]. Although well differentiated phenotypically
from these strains, the unpigmented strain TA25 shares
more than 50% DNA homology with them, and could
belong to a distinct, but closely related taxon.
Strains TA17, 23 and 24 share the glycolate pathway
for oxalate assimilation with the Ralstonia eutropha
group (including R. oxalatica), with Variovorax paradoxus,
with Xanthobacter and with strain TA25. In comparison
with most other oxalate-oxidizers studied so far,
they are neither able to assimilate any C1 compound, nor
they grow autotrophically with H2 or formate as electron
source. In comparison with most Pseudomonads, they
present a very limited carbon substrate spectrum: only
9 out of 157 substrates tested are utilized.
Other yellow-pigmented, oxalate-utilizing bacteria
were described in the literature: Pseudomonas YOx, isolated
by Chandra and Shethna [7] differs by its ability to
grow on formate, whereas it is oxidase negative and produces
H2S. Moreover, the absorption spectrum of the pigment
is different. Jayasuriya [13] isolated an oxalate oxidizer
that produces a yellow pigment on nutrient agar.
The poor description of this organism does not allow
comparing it with our strains. After this paper was prepared
for publication, a yellow-pigmented oxalate-oxidizing
strain NS13 reported by Sahin et al. [24]. The strain NS13 is phenotypically and physiologically very
similar (SSM 87%) to the strain TA17. The cellular lipid
composition and pigment spectra are also very similar,
implying that strain NS13 is closely related strain and
perhaps identical. This strain has been deposited in the
BCCM/LMG Bacteria Collection, Gent, Belgium (= LMG
21572) and the Collection of Microorganisms, University
of Neuchatel, Switzerland (= NEU1220).
The pigments of the yellow hydrogen-oxidizing bacteria
able to oxidize oxalate, i.e. V. paradoxus and Xanthobacter
autotrophicus have different absorption bands
in acetone-methanol (Fig. 3). However, the pigment from
Hydrogenophaga pseudoflava, a bacterium unable to utilize
oxalate, has a spectrum similar to that of strains
TA17, 23 and 24, with a peak at 430 nm and shoulders at
404 and 455 nm.
A relationship between isolates TA17, 23 and 24 and
other taxa of yellow-pigmented, non oxalate-oxidizing
Gram-negative aerobes can be excluded: Flavobacterium
spp. have G+C contents of 31–42%. Xanthomonas spp
are strict plant pathogens, are auxotrophic, utilize sugars
and do not accumulate PHB [6]. Their pigments, xanthomonadins,
have absorption maxima about 440–445
nm and they are rarely found in soils [29].
Sphingomonas echinoides (formerly Pseudomonas echinoides)
[8] have quite different absorption bands in aceton-
methanol (Fig. 2). Brevundimonas vesicularis is auxotrophic
and grows on sugars and on alcohols.
Stenotrophomonas maltophilia and Pseudomonas mendocina
do not accumulate PHB and utilize sugars. Moreover,
the latter is a denitrifier. The pigments of Hydrogenophaga
palleronii (peak at 410 nm and shoulders at
about 385 and 430 nm) and of Sphingomonas paucimobilis
(shoulder at 425 nm, peaks at 452 and 479 nm) are
different, and both species have a much broader substrate
spectrum and utilize D-glucose as sole carbon source.
According to 16S rDNA sequence phylogenetic analysis,
TA17 was positioned in the beta subclass of the Proteobacteria
with a ultramicrobacterium strain ND5 [18]
as nearest phylogenetic neighbour (93.2%) and shares
some phenotypical similarities, such as pigmentation and
cell volume. Mean cell volume was determined as
0.4 × 0.9–1.4 μm for strain TA17, and 0.42 × 0.98 μm for
isolate ND5 [18]. Closely related “Matsuebacter” strains
have not been published as a valid genus at the time of
this study. Phylogenetic analysis revealed that, the other
closest genera are Janthinobacterium, Duganella (formerly
Zooglea), Herbaspirillum and Burkholderia (Fig. 4).
But, they are distant enough to warrant placing as a new
taxon, which is also supported by the phenotypic characteristics
such as: Utilization of carbohydrates, relative low
temperature maximum of 32 °C and violacein production
(Janthinobacterium); and utilization of amino acids, alcohols
and certain aromatic compounds (benzoate, toluate)
and zoogloeae production (Duganella). Strain TA17
should not be grouped to the genus Herbaspirillum because
it is rod-shaped, not associated with plants and do
not utilize sugars. Due to the its unique carbon substrate
utilization and pigment spectra strain TA17 could not resemble
to any known species of the genus Burkholderia.
The level of sequence similarity between strain TA17 and
their respective closest relatives ranged from 88–93%
(data not shown). Seque

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

อภิปรายTAl7 สายพันธุ์ 23 และ 24 ฟอร์มแตกคลัสเตอร์ เช่นโดย phenotypical การเปรียบเทียบ (รูปที่ 1) เป็นตามความสูงดีเอ็นเอ homologies (ตาราง 2) แตกต่างกันมากจากการออกซิไดซ์ออกซาเลตแบคทีเรียอื่น ๆ ผ่านทดสอบเปรียบเทียบ[31] แม้ว่าจะแตกต่างกัน phenotypicallyจากสายพันธุ์เหล่านี้ สายพันธุ์ unpigmented TA25 หุมากกว่า 50% DNA homology กับพวกเขา และอาจเป็นของมันแตกต่างกัน แต่ที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดสายพันธุ์ TA17, 23 และ 24 ร่วมเดิน glycolateสำหรับดูดซึมออกซาเลตด้วย Ralstonia eutrophaกลุ่ม (รวมอาร์ oxalatica), กับ Variovorax paradoxusกับ Xanthobacter และสายพันธุ์ TA25 ในการเปรียบเทียบมีมากที่สุดอื่น ๆ ออกซาเลต-oxidizers ศึกษาฉะนี้พวกเขาจะไม่สามารถดูดซึมสารประกอบใด ๆ C1 และ ไม่พวกเขาเติบโต autotrophically กับ H2 หรือรูปแบบเอกสารเป็นอิเล็กตรอนแหล่งที่มา เมื่อเปรียบเทียบกับ Pseudomonads ส่วนใหญ่ พวกเขาปัจจุบันคลื่นพื้นผิวเป็นคาร์บอนจำกัด: เท่านั้น9 จาก 157 พื้นผิวทดสอบถูกนำมาใช้แบคทีเรียอื่น ๆ พ่น สีเหลือง ใช้ออกซาเลตอธิบายไว้ในวรรณคดี: Pseudomonas YOx แยกโดยจันทราและ Shethna [7] ที่แตกต่าง โดยความสามารถในการเติบโตในรูปแบบเอกสาร ในขณะที่มันเป็นลบ oxidase และสร้างH2S นอกจากนี้ สเปกตรัมการดูดซึมของสีจะแตกต่างกัน Jayasuriya [13] แยกเป็น oxidizer ออกซาเลตที่ผลิตเม็ดสีเหลืองบนอาหารวุ้นคำอธิบายที่ดีของชีวิตนี้ไม่อนุญาตให้เปรียบเทียบกับสายพันธุ์ของเรา หลังจากจัดทำเอกสารนี้สำหรับสิ่งพิมพ์ การพ่นสีเหลืองออกซาเลตออกซิไดซ์สายพันธุ์ NS13 ที่รายงานโดย Sahin et al. [24] สายพันธุ์ NS13 เป็น phenotypically และสรีรวิทยามากคล้าย (SSM 87%) โหม TA17 ไขมันเซลลูลาร์องค์ประกอบและสีสเปกตรัมก็คล้ายกันมากนัยว่าสายพันธุ์ที่เป็น NS13 อย่างใกล้ชิดที่เกี่ยวข้องกับความเครียด และบางทีเหมือนกัน สายพันธุ์นี้ได้รับฝากไว้ในการคอลเลกชันของแบคทีเรีย BCCM/ปืน กลเบา Gent เบลเยียม (=ปืนกลเบา21572) และการเก็บรวบรวมจุลินทรีย์ มหาวิทยาลัยของนอยชาเทิล สวิตเซอร์แลนด์ (= NEU1220)สีของแบคทีเรียออกซิไดซ์ไฮโดรเจนสีเหลืองสามารถออกซิไดซ์ออกซาเลต เช่น V. paradoxus และ Xanthobacterautotrophicus มีวงดนตรีต่าง ๆ การดูดซึมในอะซีโตนเมทานอ (3 รูป) อย่างไรก็ตาม เม็ดสีจากHydrogenophaga pseudoflava แบคทีเรียที่ไม่ใช้ออกซาเลต มีสเปกตรัมที่คล้ายกับที่ของสายพันธุ์TA17, 23 และ 24 สูงสุดที่ 430 nm และไหล่ที่404 และ 455 nmความสัมพันธ์ระหว่างแยก TA17, 23 และ 24 และเหลืองอื่น ๆ ของพ่น สีเหลือง ไม่ออกซาเลตออกซิไดซ์แกรมลบ aerobes สามารถยกเว้น: Flavobacteriumออกซิเจนมี G + C เนื้อหา 31-42% ทดสอบพันธุ์อ้อย sppเชื้อโรคพืชเข้มงวด มี auxotrophic ใช้น้ำตาลและไม่สะสม PHB [6] เม็ดสีของพวกเขา xanthomonadinsมีการดูดซึมแมกเกี่ยวกับ 440 – 445nm และพวกเขาไม่ค่อยพบในดิน [29]Echinoides Sphingomonas (เดิมคือ Pseudomonas echinoides)[8] มีวงแตกต่างกันมากการดูดซึมใน aceton-เมทานอล (2 รูป) Brevundimonas vesicularis เป็น auxotrophicและเติบโต บนน้ำตาล และแอลกอฮอล์Stenotrophomonas maltophilia และ Pseudomonas mendocinaสะสม PHB และใช้น้ำตาล นอกจากนี้หลังมีการ denitrifier สีของ Hydrogenophagapalleronii (ได้สูงสุดที่ 410 nm และไหล่ที่ประมาณ 385 และ 430 nm) และ Sphingomonas paucimobilis(ไหล่ที่ 425 nm ยอดเขาที่ 452 และ 479 nm) มีแตกต่างกัน และทั้งสองชนิดมีพื้นผิวกว้างมากคลื่นความถี่ และใช้ D-กลูโคสเป็นแหล่งคาร์บอนแต่เพียงผู้เดียวตาม 16S rDNA ผลวิเคราะห์วาง TA17 ในย่อยเบต้าของ Proteobacteriaกับ ultramicrobacterium เป็นสายพันธุ์ ND5 [18]ณที่ใกล้ที่สุดทางเพื่อนบ้าน (93.2%) และหุ้นphenotypical ความคล้ายคลึงบาง เช่นผิวคล้ำ และปริมาณเซลล์ หมายถึง ปริมาณเซลล์ถูกกำหนดเป็น0.4 × 0.9-1.4 ไมครอนสำหรับสายพันธุ์ TA17 และμ m × 0.98 0.42 สำหรับแยก ND5 [18] สายพันธุ์ "Matsuebacter" เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดไม่ได้ถูกประกาศเป็นสกุลที่ถูกต้องในเวลาการศึกษาครั้งนี้ เปิดเผยผลวิเคราะห์ที่ อื่น ๆสกุลที่ใกล้เคียงคือ Janthinobacterium, Duganella (ชื่อเดิมZooglea), Herbaspirillum และ Burkholderia (4 รูป)แต่ พวกเขาจะห่างไกลพอที่จะรับประกันวางเป็นใหม่มัน ซึ่งยังได้รับการสนับสนุน โดยลักษณะฟีโนไทป์เช่น: การใช้ประโยชน์จากคาร์โบไฮเดรต สัมพัทธ์ต่ำอุณหภูมิสูงสุด 32 ° C และ violacein การผลิต(Janthinobacterium); และการใช้ประโยชน์ของกรดอะมิโน แอลกอฮอล์และแน่นอนสารหอม (benzoate, toluate)และผลิต zoogloeae (Duganella) สายพันธุ์ TA17การไม่จัดกลุ่มสกุล Herbaspirillum เนื่องจากมันเป็นรูปก้าน ไม่เกี่ยวข้องกับพืชและทำไม่ใช้น้ำตาล จากการพื้นผิวของคาร์บอนเฉพาะการใช้ประโยชน์และเม็ดสีสเปกตรัมความเครียด TA17 อาจไม่มีลักษณะกับสายพันธุ์ใด ๆ รู้จักสกุล Burkholderiaระดับของลำดับความคล้ายกันระหว่างสายพันธุ์ TA17 และญาติที่ใกล้เคียงที่เกี่ยวข้องตั้งแต่ 88-93%(ข้อมูลไม่แสดง) Seque

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

อภิปราย
สายพันธุ์ TAl7, 23 และ 24 ในรูปแบบคลัสเตอร์ที่แตกต่างกันได้เป็นอย่างดี
โดยเปรียบเทียบ phenotypical (รูปที่ 1). โดยสูงของพวกเขา
homologies ดีเอ็นเอ (ตารางที่ 2) พวกเขาแตกต่างอย่างมาก
จากเชื้อแบคทีเรียออกซาเลตออกซิไดซ์อื่น ๆ การทดสอบสำหรับการเปรียบเทียบ
[31] แม้ว่าจะมีความแตกต่างกันลักษณะภายนอก
จากสายพันธุ์เหล่านี้ unpigmented หุ้นสายพันธุ์ TA25
มากกว่า 50% ที่คล้ายคลึงกันดีเอ็นเอกับพวกเขาและอาจจะ
เป็นของที่แตกต่างกัน แต่ที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดแท็กซอน.
สายพันธุ์ TA17, 23 และ 24 ส่วนแบ่งทางเดิน glycolate
สำหรับการดูดซึมออกซาเลตกับ Ralstonia eutropha
กลุ่ม (รวมถึงอาร์ oxalatica) กับ Variovorax paradoxus,
กับ Xanthobacter และความเครียด TA25 ในการเปรียบเทียบ
กับส่วนใหญ่ออกซาเลต-ออกซิไดเซอร์อื่น ๆ การศึกษาเพื่อให้ห่างไกล
ที่พวกเขาจะไม่สามารถดูดซึมสารใด ๆ C1 หรือ
พวกเขาเติบโต autotrophically กับ H2 หรือรูปแบบเป็นอิเล็กตรอน
แหล่งที่มา ในการเปรียบเทียบกับ pseudomonads ที่สุดที่พวกเขา
นำเสนอที่ จำกัด มากตั้งต้นคาร์บอนสเปกตรัมเพียง
9 จาก 157 พื้นผิวการทดสอบจะใช้.
สีเหลืองสีแบคทีเรียออกซาเลต-ใช้อื่น ๆ
ได้อธิบายไว้ในวรรณกรรม: Pseudomonas YOx โดดเดี่ยว
โดยจันทราและ Shethna [7 ] แตกต่างจากความสามารถในการ
เติบโตในรูปแบบในขณะที่มันเป็นลบ oxidase และผลิต
H2S นอกจากนี้สเปกตรัมการดูดซึมของเม็ดสี
ที่แตกต่างกัน Jayasuriya [13] แยกสันดาปออกซาเลต
ที่ผลิตเม็ดสีเหลืองบนอาหารเลี้ยงเชื้อ.
คำอธิบายที่น่าสงสารของสิ่งมีชีวิตนี้ไม่อนุญาตให้
เปรียบเทียบกับสายพันธุ์ของเรา หลังจากที่บทความนี้ถูกจัดทำขึ้น
สำหรับการตีพิมพ์เป็นสีเหลืองสีออกซาเลตออกซิไดซ์
NS13 ความเครียดรายงานโดยริซาฮิน, et al [24] NS13 ความเครียดเป็นลักษณะภายนอกและทางสรีรวิทยามาก
คล้ายกัน (SSM 87%) กับสายพันธุ์ TA17 ไขมันเซลลูลาร์
องค์ประกอบและเม็ดสีสเปกตรัมนอกจากนี้ยังคล้ายกันมาก
หมายความว่าสายพันธุ์ NS13 เป็นสายพันธุ์ที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดและ
บางทีอาจจะเหมือนกัน สายพันธุ์นี้ได้รับการฝากไว้ใน
BCCM / LMG แบคทีเรีย Collection, Gent เบลเยียม (= LMG
21,572) และคอลเลกชันของจุลินทรีย์มหาวิทยาลัย
ของ Neuchatel วิตเซอร์แลนด์ (= NEU1220).
เม็ดสีของสีเหลืองแบคทีเรียไฮโดรเจนออกซิไดซ์
สามารถออกซิไดซ์ออกซาเลต คือ paradoxus โวลต์และ Xanthobacter
autotrophicus มีวงดนตรีที่ดูดซึมที่แตกต่างกัน
ในอะซีโตนเมทานอล (รูปที่. 3) อย่างไรก็ตามเม็ดสีจาก
Hydrogenophaga pseudoflava ซึ่งเป็นแบคทีเรียไม่สามารถที่จะใช้
ออกซาเลตมีคลื่นความถี่ที่คล้ายกับที่ของสายพันธุ์
TA17, 23 และ 24 โดยมีจุดสูงสุดที่ 430 นาโนเมตรและไหล่ที่
404 และ 455 นาโนเมตร.
ความสัมพันธ์ระหว่างแยก TA17 23 และ 24 และ
แท็กซ่าอื่น ๆ ของสีเหลืองสีไม่ออกซาเลตออกซิไดซ์
แกรมลบ aerobes สามารถยกเว้น: Flavobacterium
เอสพีพี มีเนื้อหา G + C ของ 31-42% Xanthomonas spp
มีเชื้อสาเหตุโรคพืชที่เข้มงวดเป็น auxotrophic, ใช้น้ำตาล
และไม่สะสม PHB [6] เม็ดสีของพวกเขา xanthomonadins,
มีการดูดซึมสูงสุดประมาณ 440-445
นาโนเมตรและพวกเขาจะไม่ค่อยพบในดิน [29].
Sphingomonas echinoides (เดิม echinoides Pseudomonas)
[8] มีวงดนตรีที่ดูดซึมแตกต่างกันมากใน aceton-
เมทานอล (รูปที่. 2) Brevundimonas vesicularis เป็น auxotrophic
และเติบโตน้ำตาลและแอลกอฮอล์.
maltophilia Stenotrophomonas และ Pseudomonas mendocina
ไม่สะสม PHB และใช้น้ำตาล นอกจากนี้
หลังเป็น denitrifier สีของ Hydrogenophaga
palleronii (สูงสุดที่ 410 นาโนเมตรและไหล่ที่
385 และ 430 นาโนเมตร) และ Sphingomonas paucimobilis
(ไหล่ที่ 425 นาโนเมตรยอดเขาที่ 452 และ 479 นาโนเมตร) มีความ
แตกต่างกันและทั้งสองชนิดมีพื้นผิวที่กว้างมาก
คลื่นความถี่และใช้ประโยชน์ D-กลูโคสเป็นแหล่งคาร์บอน แต่เพียงผู้เดียว.
ตามที่ 16S rDNA ลำดับ phylogenetic วิเคราะห์,
TA17 ได้รับตำแหน่งในประเภทรองเบต้าของ Proteobacteria
กับความเครียด ultramicrobacterium ND5 [18]
เป็นเพื่อนบ้านที่ใกล้ที่สุด phylogenetic (93.2%) และหุ้น
บางส่วนคล้ายคลึงกัน phenotypical เช่น ผิวคล้ำและ
เซลล์ปริมาณ หมายถึงปริมาณเซลล์ถูกกำหนดเป็น
0.4 × 0.9-1.4 ไมโครเมตรสำหรับสายพันธุ์ TA17 และ 0.42 × 0.98 ไมโครเมตร
แยก ND5 [18] เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิด "Matsuebacter" สายพันธุ์ที่
ยังไม่ได้รับการตีพิมพ์เป็นประเภทที่ถูกต้องในเวลาที่
การศึกษาครั้งนี้ phylogenetic วิเคราะห์เปิดเผยว่าที่อื่น ๆ
จำพวกที่ใกล้เคียงที่สุดเป็น Janthinobacterium, Duganella (เดิม
Zooglea) HERBASPIRILLUM และ Burkholderia (รูปที่. 4).
แต่พวกเขาจะห่างไกลพอที่จะรับประกันการวางเป็นใหม่
แท็กซอนซึ่งได้รับการสนับสนุนโดยลักษณะฟีโนไทป์
ดังกล่าว เช่นการใช้ประโยชน์ของคาร์โบไฮเดรตต่ำเมื่อเทียบ
อุณหภูมิสูงสุด 32 องศาเซลเซียสและการผลิต violacein
(Janthinobacterium); และการใช้ประโยชน์ของกรดอะมิโน, แอลกอฮอล์
และสารประกอบอะโรมาติกบางอย่าง (เบนโซเอต, toluate)
และ zoogloeae ผลิต (Duganella) สายพันธุ์ TA17
ไม่ควรจะถูกจัดกลุ่มเพื่อ HERBASPIRILLUM ประเภทเพราะ
มันเป็นรูปแท่งไม่เกี่ยวข้องกับพืชและไม่
ได้ใช้น้ำตาล เนื่องจากสารตั้งต้นคาร์บอนที่ไม่ซ้ำกัน
ใช้ประโยชน์และเม็ดสีสเปกตรัมความเครียด TA17 ไม่สามารถมีลักษณะคล้ายกับ
สายพันธุ์ที่รู้จักกันใด ๆ ของสกุล Burkholderia.
ระดับของความคล้ายคลึงกันระหว่างลำดับ TA17 ความเครียดและ
ญาติสนิทของตนอยู่ในช่วง 88-93%
(ไม่ได้แสดงข้อมูล) Seque