- ข้อความ
- ประวัติศาสตร์
(e-value,1023) with genes identifie
(e-value,10
23
) with genes identified to date in any other species.
This large number of orphan genes may reflect high rates of false
positive gene predictions or distinctive properties of the aphid
genome, or both.
Beyond these comparisons—which are based on BLAST
searches of aphid genes against other insect gene sets—we
employed a phylogeny-based homology prediction pipeline
[19,43] to generate the pea aphid phylome: a phylogenetic tree
and orthology prediction for every predicted, non-orphanA. pisum
protein. Although rampant duplications have produced large gene
families (see below), phylogeny-based orthology predictions
allowed us to directly transfer GO annotations to 4,058 pea aphid
genes that display one-to-one orthology relationships with
annotatedDrosophila melanogastergenes.
A wave of gene duplication. Analysis of the pea aphid
phylome revealed 2,459 gene families that appear to have
undergone aphid lineage-specific duplications, a number greater
than that of any other sequenced insect genome (Figure 4A). Only
the genome of the crustacean Daphnia pulexappears to have
experienced a similar level of lineage-specific duplications [17].
The largest gene family expansions, involving 19 families with 50
to 200 members, encode reverse transcriptase and transposase
domains probably representing pieces of transposable elements
(TEs). However, most gene family expansions do not involve TEs.
Notable examples include approximately 200 lineage-specific
paralogs of the Drosophilagene kelch, which encodes an actinbinding protein involved in ovarian follicle cell migration and
oogenesis (Gene tree ACYPI51424-PA in phylomeDB), and 19
paralogs of a putative Acetyl-CoA transporter (Figure 4B). This
high level of gene duplication in the pea aphid genome is
widespread among different types of genes, and numerous
additional examples are discussed below.
To provide a time scale for the origin of aphid-specific
duplications, we estimated the synonymous distances (dS values)
among all paralog pairs, which were identified using a withingenome reciprocal best blast hit. Because the sequenced line
showed some heterozygosity, divergence between truly paralogous
gene pairs could be confounded with allelic variation, but this
should be a problem only for very close pairs of paralogs, since
divergence values for allelic variants in most systems are generally
very low (,1%). The large majority of gene pairs have higher
divergence (dS.0.05) than this allelic variant cut-off value, and
thus can be assumed to represent true paralogs. Paralog pairs
display a wide range of dS values, suggesting that gene duplication
has occurred for an extended time in the pea aphid lineage. The
elevated gene duplication rate appears to have started early in
aphid evolution, since the oldest paralog pairs within the pea aphid
genome show dS values that are comparable to the dS values for
ortholog pairs between pea aphid andAphis gossypii, a species from
a different aphid subfamily (Figure 5).
Telomeres. The pea aphid, similar to other non-dipteran
insects, possesses a single candidate telomerase gene and the
canonical arthropod telomere repeat of TTAGG [44].
Examination of raw read mate pairs revealed long stretches of
TTAGG repeats at presumptive chromosome ends. Of the
expected eight telomeres, we identified simple TTAGG repeats
at the ends of five scaffolds: two contain relatively long repeat
stretches of apparently true TTAGG simple repeat telomeres,
while three are similar to the telomeres ofBombyxandTribolium
and contain non-LTR retrotransposon insertions [42,45].
TEs. Approximately 38% of the assembled genome is
composed of TEs. We identified 13,911 consensus TE sequences
in the pea aphid genome using REPET, a TE annotation pipeline.
The consensus TE sequences were grouped by sequence similarity
and classified according to their structural and coding features into
1,883 TE families (consisting of two or more consensus sequences)
and 1,672 singletons. Within the 1,883 TE families, we manually
curated 85 families including the largest families representative of
widespread TE groups, such as LTRs, LINEs, SINEs, TIRs, and
Helitrons (Table 2). The curated repeats account for 4% of the
genome, and less complex repeat families with few sequence
variants remain uncurated and account for 34% of the pea aphid
genome. Of the curated repeats, most super-families represent old
invasions, as indicated by the distribution of nucleotide identities
between sequences within TE families (Figure 6).
Chromatin modifications. Like the hymenopteran honey
bee and parasitic wasp Nasoniaand unlike other insects with
sequenced genomes, the pea aphid has a full complement of DNA
Table 1.Summary of pea aphid gene model sets.
Gene Modeling Software Prediction Type
Gene
Models mRNAs
Number of
Exons Per
mRNA
Average
mRNA
Length
Average
Exon
Length
Total
Number of
Exons
Total
Exon
Length
NCBI RefSeq Evidence 11,089 11,308 7.6 1,908 bp 251 bp 86,018 21.6 Mb
NCBI Gnomon ab initio 37,994 37,994 3.9 887 bp 222 bp 149,183 33.3 Mb
Augustus ab initioplus evidence 33,713 40,594 5.3 982 bp 223 bp 147,909 33.1 Mb
Fgenesh ab initio 30,846 30,846 4.5 1,048 bp 232 bp 139,357 32.3 Mb
Fgenesh++ ab initioplus evidence 26,773 26,773 4.9 1,148 bp 236 bp 130,509 30.7 Mb
Maker ab initioplus evidence 23,145 23,145 6 854 bp 142 bp 138,596 19.8 Mb
Geneid ab initio 62,259 62,259 2.9 553 bp 194 bp 177,361 34.5 Mb
Genscan ab initio 32,320 32,320 3.5 844 bp 241 bp 112,777 27.3 Mb
Glean consensus 36,606 36,606 4.3 943 bp 220 bp 156,578 34.5 Mb
GLEAN(-refseq) consensus 24,355 24,355 2.8 657 bp 233 bp 68,632 16.0 Mb
OGS 1.0 NCBI RefSeq+non redundant GLEAN 34,604 34,821 4.3 1,024 bp 241 bp 148,081 35.7 Mb
NCBI RefSeq models are subdivided into 10,249 protein coding models completely or partially based on EST or protein alignments, plus 840 pseudogene models
containing debilitating frameshift or nonsense codons and noncoding RNAs. For alternative transcripts, primary transcript variant in RefSeq and Augustus were used in
mRNA/exon calculation. All exon calculations are based on coding sequences only. Average mRNA length does not include UTR sequences. OGS, Official Gene Set
(RefSeq coding genes +non-redundant GLEAN).
doi:10.1371/journal.pbio.1000313.t001
Aphid Genome
23
) with genes identified to date in any other species.
This large number of orphan genes may reflect high rates of false
positive gene predictions or distinctive properties of the aphid
genome, or both.
Beyond these comparisons—which are based on BLAST
searches of aphid genes against other insect gene sets—we
employed a phylogeny-based homology prediction pipeline
[19,43] to generate the pea aphid phylome: a phylogenetic tree
and orthology prediction for every predicted, non-orphanA. pisum
protein. Although rampant duplications have produced large gene
families (see below), phylogeny-based orthology predictions
allowed us to directly transfer GO annotations to 4,058 pea aphid
genes that display one-to-one orthology relationships with
annotatedDrosophila melanogastergenes.
A wave of gene duplication. Analysis of the pea aphid
phylome revealed 2,459 gene families that appear to have
undergone aphid lineage-specific duplications, a number greater
than that of any other sequenced insect genome (Figure 4A). Only
the genome of the crustacean Daphnia pulexappears to have
experienced a similar level of lineage-specific duplications [17].
The largest gene family expansions, involving 19 families with 50
to 200 members, encode reverse transcriptase and transposase
domains probably representing pieces of transposable elements
(TEs). However, most gene family expansions do not involve TEs.
Notable examples include approximately 200 lineage-specific
paralogs of the Drosophilagene kelch, which encodes an actinbinding protein involved in ovarian follicle cell migration and
oogenesis (Gene tree ACYPI51424-PA in phylomeDB), and 19
paralogs of a putative Acetyl-CoA transporter (Figure 4B). This
high level of gene duplication in the pea aphid genome is
widespread among different types of genes, and numerous
additional examples are discussed below.
To provide a time scale for the origin of aphid-specific
duplications, we estimated the synonymous distances (dS values)
among all paralog pairs, which were identified using a withingenome reciprocal best blast hit. Because the sequenced line
showed some heterozygosity, divergence between truly paralogous
gene pairs could be confounded with allelic variation, but this
should be a problem only for very close pairs of paralogs, since
divergence values for allelic variants in most systems are generally
very low (,1%). The large majority of gene pairs have higher
divergence (dS.0.05) than this allelic variant cut-off value, and
thus can be assumed to represent true paralogs. Paralog pairs
display a wide range of dS values, suggesting that gene duplication
has occurred for an extended time in the pea aphid lineage. The
elevated gene duplication rate appears to have started early in
aphid evolution, since the oldest paralog pairs within the pea aphid
genome show dS values that are comparable to the dS values for
ortholog pairs between pea aphid andAphis gossypii, a species from
a different aphid subfamily (Figure 5).
Telomeres. The pea aphid, similar to other non-dipteran
insects, possesses a single candidate telomerase gene and the
canonical arthropod telomere repeat of TTAGG [44].
Examination of raw read mate pairs revealed long stretches of
TTAGG repeats at presumptive chromosome ends. Of the
expected eight telomeres, we identified simple TTAGG repeats
at the ends of five scaffolds: two contain relatively long repeat
stretches of apparently true TTAGG simple repeat telomeres,
while three are similar to the telomeres ofBombyxandTribolium
and contain non-LTR retrotransposon insertions [42,45].
TEs. Approximately 38% of the assembled genome is
composed of TEs. We identified 13,911 consensus TE sequences
in the pea aphid genome using REPET, a TE annotation pipeline.
The consensus TE sequences were grouped by sequence similarity
and classified according to their structural and coding features into
1,883 TE families (consisting of two or more consensus sequences)
and 1,672 singletons. Within the 1,883 TE families, we manually
curated 85 families including the largest families representative of
widespread TE groups, such as LTRs, LINEs, SINEs, TIRs, and
Helitrons (Table 2). The curated repeats account for 4% of the
genome, and less complex repeat families with few sequence
variants remain uncurated and account for 34% of the pea aphid
genome. Of the curated repeats, most super-families represent old
invasions, as indicated by the distribution of nucleotide identities
between sequences within TE families (Figure 6).
Chromatin modifications. Like the hymenopteran honey
bee and parasitic wasp Nasoniaand unlike other insects with
sequenced genomes, the pea aphid has a full complement of DNA
Table 1.Summary of pea aphid gene model sets.
Gene Modeling Software Prediction Type
Gene
Models mRNAs
Number of
Exons Per
mRNA
Average
mRNA
Length
Average
Exon
Length
Total
Number of
Exons
Total
Exon
Length
NCBI RefSeq Evidence 11,089 11,308 7.6 1,908 bp 251 bp 86,018 21.6 Mb
NCBI Gnomon ab initio 37,994 37,994 3.9 887 bp 222 bp 149,183 33.3 Mb
Augustus ab initioplus evidence 33,713 40,594 5.3 982 bp 223 bp 147,909 33.1 Mb
Fgenesh ab initio 30,846 30,846 4.5 1,048 bp 232 bp 139,357 32.3 Mb
Fgenesh++ ab initioplus evidence 26,773 26,773 4.9 1,148 bp 236 bp 130,509 30.7 Mb
Maker ab initioplus evidence 23,145 23,145 6 854 bp 142 bp 138,596 19.8 Mb
Geneid ab initio 62,259 62,259 2.9 553 bp 194 bp 177,361 34.5 Mb
Genscan ab initio 32,320 32,320 3.5 844 bp 241 bp 112,777 27.3 Mb
Glean consensus 36,606 36,606 4.3 943 bp 220 bp 156,578 34.5 Mb
GLEAN(-refseq) consensus 24,355 24,355 2.8 657 bp 233 bp 68,632 16.0 Mb
OGS 1.0 NCBI RefSeq+non redundant GLEAN 34,604 34,821 4.3 1,024 bp 241 bp 148,081 35.7 Mb
NCBI RefSeq models are subdivided into 10,249 protein coding models completely or partially based on EST or protein alignments, plus 840 pseudogene models
containing debilitating frameshift or nonsense codons and noncoding RNAs. For alternative transcripts, primary transcript variant in RefSeq and Augustus were used in
mRNA/exon calculation. All exon calculations are based on coding sequences only. Average mRNA length does not include UTR sequences. OGS, Official Gene Set
(RefSeq coding genes +non-redundant GLEAN).
doi:10.1371/journal.pbio.1000313.t001
Aphid Genome
0/5000
(e-value, 10
23
) ที่มียีนที่ระบุวันที่ในสายพันธุ์อื่น ๆ .
นี้จำนวนมากของยีนเด็กกำพร้าอาจสะท้อนให้เห็นถึงอัตราสูงเท็จ
บวกการคาดการณ์ของยีนหรือคุณสมบัติที่โดดเด่นของเพลี้ยจีโนม
หรือทั้งสองอย่าง.
เหล่านี้อยู่นอกเหนือการเปรียบเทียบซึ่งจะขึ้นอยู่กับการระเบิด
การค้นหาของยีนกับยีนเพลี้ยแมลงอื่น ๆ ชุดเรา
จ้างตามเชื้อชาติที่คล้ายคลึงกันท่อทำนาย
[19,43] เพื่อสร้าง phylome เพลี้ยอ่อนถั่ว:
phylogenetic ต้นไม้และการทำนาย orthology สำหรับทุกคำทำนายไม่ orphana pisum
โปรตีน แม้ว่าที่ซ้ำซ้อนกันอาละวาดได้มีการผลิตขนาดใหญ่ของยีนครอบครัว
(ดูด้านล่าง) เชื้อชาติตามการคาดการณ์ orthology
ช่วยให้เราสามารถถ่ายโอนโดยตรงประกอบไป 4,058 ยีน
เพลี้ยอ่อนถั่วแสดงผลที่หนึ่งต่อหนึ่งความสัมพันธ์กับ orthology
annotateddrosophila melanogastergenes.
คลื่นของยีนการทำสำเนา การวิเคราะห์ของเพลี้ยอ่อนถั่ว
phylome เปิดเผย 2,459 ครอบครัวยีนที่ดูเหมือนจะประสบ
ซ้ำซ้อนกันเชื้อสายเฉพาะเพลี้ย
จำนวนมากกว่าที่อื่น ๆ ของจีโนมติดใจแมลง (4a รูป) เพียง
จีโนมของกุ้งไร pulexappears จะมี
ประสบความสำเร็จในระดับที่ใกล้เคียงกันซ้ำซ้อนกันเชื้อสายเฉพาะ [17].
ขยายยีนที่ใหญ่ที่สุดในครอบครัวที่เกี่ยวข้องกับครอบครัว 19 กับ 50
ถึง 200 สมาชิก, เข้ารหัส reverse transcriptase และ transposase
โดเมนอาจจะเป็นชิ้นส่วนขององค์ประกอบ transposable
(TES) แต่การขยายตัวมากที่สุดยีนครอบครัวไม่เกี่ยวข้องกับ TES.
เด่นเช่นประมาณ 200 เชื้อสายเฉพาะ
paralogs ของ drosophilagene kelch ซึ่ง encodes โปรตีน actinbinding มีส่วนร่วมในการอพยพรังไข่เซลล์รูขุมขนและการสร้างไข่
(ต้นไม้ยีน acypi51424-PA ใน phylomedb) และ 19 paralogs
จากการขนย้าย acetyl-COA สมมุติ (4b รูป) นี้
ระดับสูงของการทำสำเนาของยีนในจีโนมของเพลี้ยอ่อนถั่วเป็น
แพร่หลายในหมู่ประเภทที่แตกต่างกันของยีนและหลาย
ตัวอย่างเพิ่มเติมจะกล่าวถึงด้านล่าง
เพื่อให้มาตราส่วนเวลาสำหรับต้นกำเนิดของเพลี้ยเฉพาะที่ซ้ำซ้อนกัน
เราคาดว่าระยะทางที่ความหมายเหมือนกัน (ค่า DS)
ในหมู่คู่ paralog ทั้งหมดซึ่งถูกระบุว่าใช้ withingenome ระเบิดที่ดีที่สุดซึ่งกันและกันตี เพราะ
สายติดใจ heterozygosity แสดงให้เห็นบางความแตกต่างอย่างแท้จริงระหว่าง paralogous
คู่ยีนที่อาจจะสับสนกับการเปลี่ยนแปลง allelic แต่ตอนนี้
ควรจะเป็นปัญหาเฉพาะสำหรับคู่อย่างใกล้ชิดจาก paralogs ตั้งแต่
ค่าความแตกต่างสำหรับสายพันธุ์ allelic ในระบบส่วนใหญ่มักจะมี
ต่ำมาก (1%) ส่วนใหญ่ของคู่ยีนมีความแตกต่างสูงขึ้น
(ds.0.05) กว่าค่านี้ allelic ตัวแปรตัดและ
จึงสามารถสันนิษฐานให้เป็นตัวแทน paralogs จริง คู่ paralog
แสดงที่หลากหลายของค่า ds แนะนำการทำสำเนายีนที่
ได้เกิดขึ้นสำหรับการขยายเวลาในเชื้อสายเพลี้ยถั่ว
ยีนอัตราการยกระดับการทำสำเนาปรากฏขึ้นเพื่อให้ได้เริ่มต้นในช่วงต้นของวิวัฒนาการเพลี้ย
ตั้งแต่คู่ paralog ที่เก่าแก่ที่สุดภายในเพลี้ยอ่อนถั่ว
จีโนมแสดงค่า ds ว่าจะเปรียบกับค่า ds สำหรับคู่ ortholog
ระหว่างเพลี้ย andaphis ถั่ว gossypii สายพันธุ์จาก
อนุวงศ์เพลี้ยแตกต่างกัน (รูปที่ 5). telomeres
เพลี้ยอ่อนถั่วเหมือนกับคนอื่น ๆ ที่ไม่ dipteran แมลง
ครอบครองผู้สมัครยีนเดียวและ telomerase
ซ้ำบัญญัติ arthropod telomere ของ ttagg [44]. การตรวจสอบของ
ดิบคู่คู่อ่านเปิดเผยยาวนานซ้ำ ttagg
ที่โครโมโซมสันนิษฐานสิ้นสุด จากที่คาดไว้
แปด telomeres เราระบุซ้ำ ttagg ง่าย
ที่ปลายของนั่งร้านห้า: สองมีซ้ำค่อนข้างยาว
เหยียดจากความจริงที่เห็นได้ชัด ttagg telomeres ซ้ำง่าย
ในขณะที่สามมีความคล้ายคลึงกับ telomeres ofbombyxandtribolium
และมีการแทรก retrotransposon ไม่ลิตร [42,45]. TES
ประมาณ 38% ของจีโนมที่ประกอบเป็น
ประกอบด้วย TES เราระบุ 13,911 ลำดับ Te
ฉันทามติในจีโนมของเพลี้ยอ่อนถั่วใช้ repet, ท่อบันทึกย่อ Te.
ลำดับ Te ฉันทามติได้รับการจัดกลุ่มโดย
ลำดับกันและจำแนกตามโครงสร้างและคุณสมบัติของพวกเขาในการเข้ารหัส
1,883 ครอบครัว Te (ประกอบด้วยสองคนหรือมากกว่าลำดับฉันทามติ)
และ 1,672 singletons ภายใน 1,883 ครอบครัว Te เราด้วยตนเอง
curated 85 ครอบครัวรวมทั้งตัวแทนครอบครัวที่ใหญ่ที่สุดของกลุ่ม
Te แพร่หลายเช่นลิตรเส้นส์, tirs และ
helitrons (ตารางที่ 2) บัญชีซ้ำ curated สำหรับ 4% ของจีโนม
, และมีความซับซ้อนน้อยกว่าครอบครัวซ้ำกับลำดับไม่กี่สายพันธุ์ที่ยังคงอยู่
uncurated และบัญชีสำหรับ 34% ของเพลี้ยอ่อนถั่ว
จีโนม ซ้ำ curated ส่วนใหญ่ครอบครัวซุปเปอร์เป็นตัวแทนของการรุกราน
เก่าตามที่ระบุโดยการกระจายตัวของอัตลักษณ์
เบื่อหน่ายระหว่างลำดับภายในครอบครัว Te (รูปที่ 6).
การปรับเปลี่ยนโครมาติเหมือนน้ำผึ้ง hymenopteran
ผึ้งและตัวต่อ nasoniaand ปรสิตเหมือนแมลงอื่น ๆ ที่มีจีโนมติดใจ
, เพลี้ยอ่อนถั่วมีเต็มรูปแบบของดีเอ็นเอ
1.summary ตารางของเพลี้ยชุดรูปแบบยีนถั่ว. ยีนการสร้างแบบจำลอง
ซอฟต์แวร์ประเภทการทำนาย
ยีนรุ่น mRNAs จำนวน
จาก exons ต่อ mRNA
mRNA เฉลี่ยระยะเวลา
เฉลี่ยเอกซ์ซอนชั่น
จำนวนรวมของ
ทั้งหมด exons เอกซ์ซอน
ระยะเวลาในหลักฐาน NCBI RefSeq 11,089 11,308 76 1,908 bp 251 bp 86,018 21.6 เมกะไบต์
เริ่มแรก NCBI แสงแดด AB 37,994 3.9 37,994 887 bp 222 bp 149,183 33.3 เมกะไบต์
หลักฐานออกัสตั AB initioplus 33,713 5.3 40,594 982 bp 223 bp 147,909 33.1 เมกะไบต์
เริ่มแรก fgenesh AB 30,846 30,846 4.5 1,048 bp 232 bp 139,357 32.3 เมกะไบต์
หลักฐาน fgenesh AB initioplus 26,773 26,773 4.9 1,148 bp 236 bp 130,509 30.7 เมกะไบต์
ผลิตหลักฐาน AB initioplus 23,145 23,145 6 854 bp 142 bp 138,596 19.8 เมกะไบต์
เริ่มแรก GeneID AB 62,259 62,259 2.9 553 bp 194 bp 177,361 34.5 เมกะไบต์
เริ่มแรก genscan AB 32,320 3.5 32,320 844 bp 241 bp 112,777 27.3 เมกะไบต์
รวบรวมมติ 36,606 36,606 4.3 943 bp 220 bp 156,578 34.5 เมกะไบต์
รวบรวม (-RefSeq) ฉันทามติ 24,355 24,355 2.8 657 bp 233 bp 68,632 16.0 เมกะไบต์
Ogs 1.0 NCBI RefSeq ไม่ซ้ำซ้อนรวบรวม 34,604 34,821 4.3 1,024 bp 241 bp 148,081 35.7 เมกะไบต์
รุ่น NCBI RefSeq จะแบ่งออกเป็นรูปแบบการเข้ารหัส 10,249 โปรตีนขึ้นอยู่ทั้งหมดหรือบางส่วนเมื่อ EST หรือการจัดแนวโปรตีนบวก 840 รุ่น pseudogene
มี frameshift บั่นทอนหรือ codons เรื่องไร้สาระและ RNAs noncoding สำหรับใบแสดงผลการเลือกตัวแปรหลักในการบันทึก RefSeq และออกัสถูกนำมาใช้ในการคำนวณ mRNA
/ เอกซ์ซอนทั้งหมดการคำนวณเอกซ์ซอนจะขึ้นอยู่กับลำดับการเข้ารหัสเฉพาะ ระยะเวลาใน mRNA เฉลี่ยไม่รวมถึงการลำดับ UTR Ogs ชุดยีนอย่างเป็นทางการ
(RefSeq รหัสพันธุกรรมที่ไม่ซ้ำซ้อนรวบรวม)
ดอย:. 10.1371/journal.pbio.1000313.t001
จีโนมของเพลี้ย
23
) ที่มียีนที่ระบุวันที่ในสายพันธุ์อื่น ๆ .
นี้จำนวนมากของยีนเด็กกำพร้าอาจสะท้อนให้เห็นถึงอัตราสูงเท็จ
บวกการคาดการณ์ของยีนหรือคุณสมบัติที่โดดเด่นของเพลี้ยจีโนม
หรือทั้งสองอย่าง.
เหล่านี้อยู่นอกเหนือการเปรียบเทียบซึ่งจะขึ้นอยู่กับการระเบิด
การค้นหาของยีนกับยีนเพลี้ยแมลงอื่น ๆ ชุดเรา
จ้างตามเชื้อชาติที่คล้ายคลึงกันท่อทำนาย
[19,43] เพื่อสร้าง phylome เพลี้ยอ่อนถั่ว:
phylogenetic ต้นไม้และการทำนาย orthology สำหรับทุกคำทำนายไม่ orphana pisum
โปรตีน แม้ว่าที่ซ้ำซ้อนกันอาละวาดได้มีการผลิตขนาดใหญ่ของยีนครอบครัว
(ดูด้านล่าง) เชื้อชาติตามการคาดการณ์ orthology
ช่วยให้เราสามารถถ่ายโอนโดยตรงประกอบไป 4,058 ยีน
เพลี้ยอ่อนถั่วแสดงผลที่หนึ่งต่อหนึ่งความสัมพันธ์กับ orthology
annotateddrosophila melanogastergenes.
คลื่นของยีนการทำสำเนา การวิเคราะห์ของเพลี้ยอ่อนถั่ว
phylome เปิดเผย 2,459 ครอบครัวยีนที่ดูเหมือนจะประสบ
ซ้ำซ้อนกันเชื้อสายเฉพาะเพลี้ย
จำนวนมากกว่าที่อื่น ๆ ของจีโนมติดใจแมลง (4a รูป) เพียง
จีโนมของกุ้งไร pulexappears จะมี
ประสบความสำเร็จในระดับที่ใกล้เคียงกันซ้ำซ้อนกันเชื้อสายเฉพาะ [17].
ขยายยีนที่ใหญ่ที่สุดในครอบครัวที่เกี่ยวข้องกับครอบครัว 19 กับ 50
ถึง 200 สมาชิก, เข้ารหัส reverse transcriptase และ transposase
โดเมนอาจจะเป็นชิ้นส่วนขององค์ประกอบ transposable
(TES) แต่การขยายตัวมากที่สุดยีนครอบครัวไม่เกี่ยวข้องกับ TES.
เด่นเช่นประมาณ 200 เชื้อสายเฉพาะ
paralogs ของ drosophilagene kelch ซึ่ง encodes โปรตีน actinbinding มีส่วนร่วมในการอพยพรังไข่เซลล์รูขุมขนและการสร้างไข่
(ต้นไม้ยีน acypi51424-PA ใน phylomedb) และ 19 paralogs
จากการขนย้าย acetyl-COA สมมุติ (4b รูป) นี้
ระดับสูงของการทำสำเนาของยีนในจีโนมของเพลี้ยอ่อนถั่วเป็น
แพร่หลายในหมู่ประเภทที่แตกต่างกันของยีนและหลาย
ตัวอย่างเพิ่มเติมจะกล่าวถึงด้านล่าง
เพื่อให้มาตราส่วนเวลาสำหรับต้นกำเนิดของเพลี้ยเฉพาะที่ซ้ำซ้อนกัน
เราคาดว่าระยะทางที่ความหมายเหมือนกัน (ค่า DS)
ในหมู่คู่ paralog ทั้งหมดซึ่งถูกระบุว่าใช้ withingenome ระเบิดที่ดีที่สุดซึ่งกันและกันตี เพราะ
สายติดใจ heterozygosity แสดงให้เห็นบางความแตกต่างอย่างแท้จริงระหว่าง paralogous
คู่ยีนที่อาจจะสับสนกับการเปลี่ยนแปลง allelic แต่ตอนนี้
ควรจะเป็นปัญหาเฉพาะสำหรับคู่อย่างใกล้ชิดจาก paralogs ตั้งแต่
ค่าความแตกต่างสำหรับสายพันธุ์ allelic ในระบบส่วนใหญ่มักจะมี
ต่ำมาก (1%) ส่วนใหญ่ของคู่ยีนมีความแตกต่างสูงขึ้น
(ds.0.05) กว่าค่านี้ allelic ตัวแปรตัดและ
จึงสามารถสันนิษฐานให้เป็นตัวแทน paralogs จริง คู่ paralog
แสดงที่หลากหลายของค่า ds แนะนำการทำสำเนายีนที่
ได้เกิดขึ้นสำหรับการขยายเวลาในเชื้อสายเพลี้ยถั่ว
ยีนอัตราการยกระดับการทำสำเนาปรากฏขึ้นเพื่อให้ได้เริ่มต้นในช่วงต้นของวิวัฒนาการเพลี้ย
ตั้งแต่คู่ paralog ที่เก่าแก่ที่สุดภายในเพลี้ยอ่อนถั่ว
จีโนมแสดงค่า ds ว่าจะเปรียบกับค่า ds สำหรับคู่ ortholog
ระหว่างเพลี้ย andaphis ถั่ว gossypii สายพันธุ์จาก
อนุวงศ์เพลี้ยแตกต่างกัน (รูปที่ 5). telomeres
เพลี้ยอ่อนถั่วเหมือนกับคนอื่น ๆ ที่ไม่ dipteran แมลง
ครอบครองผู้สมัครยีนเดียวและ telomerase
ซ้ำบัญญัติ arthropod telomere ของ ttagg [44]. การตรวจสอบของ
ดิบคู่คู่อ่านเปิดเผยยาวนานซ้ำ ttagg
ที่โครโมโซมสันนิษฐานสิ้นสุด จากที่คาดไว้
แปด telomeres เราระบุซ้ำ ttagg ง่าย
ที่ปลายของนั่งร้านห้า: สองมีซ้ำค่อนข้างยาว
เหยียดจากความจริงที่เห็นได้ชัด ttagg telomeres ซ้ำง่าย
ในขณะที่สามมีความคล้ายคลึงกับ telomeres ofbombyxandtribolium
และมีการแทรก retrotransposon ไม่ลิตร [42,45]. TES
ประมาณ 38% ของจีโนมที่ประกอบเป็น
ประกอบด้วย TES เราระบุ 13,911 ลำดับ Te
ฉันทามติในจีโนมของเพลี้ยอ่อนถั่วใช้ repet, ท่อบันทึกย่อ Te.
ลำดับ Te ฉันทามติได้รับการจัดกลุ่มโดย
ลำดับกันและจำแนกตามโครงสร้างและคุณสมบัติของพวกเขาในการเข้ารหัส
1,883 ครอบครัว Te (ประกอบด้วยสองคนหรือมากกว่าลำดับฉันทามติ)
และ 1,672 singletons ภายใน 1,883 ครอบครัว Te เราด้วยตนเอง
curated 85 ครอบครัวรวมทั้งตัวแทนครอบครัวที่ใหญ่ที่สุดของกลุ่ม
Te แพร่หลายเช่นลิตรเส้นส์, tirs และ
helitrons (ตารางที่ 2) บัญชีซ้ำ curated สำหรับ 4% ของจีโนม
, และมีความซับซ้อนน้อยกว่าครอบครัวซ้ำกับลำดับไม่กี่สายพันธุ์ที่ยังคงอยู่
uncurated และบัญชีสำหรับ 34% ของเพลี้ยอ่อนถั่ว
จีโนม ซ้ำ curated ส่วนใหญ่ครอบครัวซุปเปอร์เป็นตัวแทนของการรุกราน
เก่าตามที่ระบุโดยการกระจายตัวของอัตลักษณ์
เบื่อหน่ายระหว่างลำดับภายในครอบครัว Te (รูปที่ 6).
การปรับเปลี่ยนโครมาติเหมือนน้ำผึ้ง hymenopteran
ผึ้งและตัวต่อ nasoniaand ปรสิตเหมือนแมลงอื่น ๆ ที่มีจีโนมติดใจ
, เพลี้ยอ่อนถั่วมีเต็มรูปแบบของดีเอ็นเอ
1.summary ตารางของเพลี้ยชุดรูปแบบยีนถั่ว. ยีนการสร้างแบบจำลอง
ซอฟต์แวร์ประเภทการทำนาย
ยีนรุ่น mRNAs จำนวน
จาก exons ต่อ mRNA
mRNA เฉลี่ยระยะเวลา
เฉลี่ยเอกซ์ซอนชั่น
จำนวนรวมของ
ทั้งหมด exons เอกซ์ซอน
ระยะเวลาในหลักฐาน NCBI RefSeq 11,089 11,308 76 1,908 bp 251 bp 86,018 21.6 เมกะไบต์
เริ่มแรก NCBI แสงแดด AB 37,994 3.9 37,994 887 bp 222 bp 149,183 33.3 เมกะไบต์
หลักฐานออกัสตั AB initioplus 33,713 5.3 40,594 982 bp 223 bp 147,909 33.1 เมกะไบต์
เริ่มแรก fgenesh AB 30,846 30,846 4.5 1,048 bp 232 bp 139,357 32.3 เมกะไบต์
หลักฐาน fgenesh AB initioplus 26,773 26,773 4.9 1,148 bp 236 bp 130,509 30.7 เมกะไบต์
ผลิตหลักฐาน AB initioplus 23,145 23,145 6 854 bp 142 bp 138,596 19.8 เมกะไบต์
เริ่มแรก GeneID AB 62,259 62,259 2.9 553 bp 194 bp 177,361 34.5 เมกะไบต์
เริ่มแรก genscan AB 32,320 3.5 32,320 844 bp 241 bp 112,777 27.3 เมกะไบต์
รวบรวมมติ 36,606 36,606 4.3 943 bp 220 bp 156,578 34.5 เมกะไบต์
รวบรวม (-RefSeq) ฉันทามติ 24,355 24,355 2.8 657 bp 233 bp 68,632 16.0 เมกะไบต์
Ogs 1.0 NCBI RefSeq ไม่ซ้ำซ้อนรวบรวม 34,604 34,821 4.3 1,024 bp 241 bp 148,081 35.7 เมกะไบต์
รุ่น NCBI RefSeq จะแบ่งออกเป็นรูปแบบการเข้ารหัส 10,249 โปรตีนขึ้นอยู่ทั้งหมดหรือบางส่วนเมื่อ EST หรือการจัดแนวโปรตีนบวก 840 รุ่น pseudogene
มี frameshift บั่นทอนหรือ codons เรื่องไร้สาระและ RNAs noncoding สำหรับใบแสดงผลการเลือกตัวแปรหลักในการบันทึก RefSeq และออกัสถูกนำมาใช้ในการคำนวณ mRNA
/ เอกซ์ซอนทั้งหมดการคำนวณเอกซ์ซอนจะขึ้นอยู่กับลำดับการเข้ารหัสเฉพาะ ระยะเวลาใน mRNA เฉลี่ยไม่รวมถึงการลำดับ UTR Ogs ชุดยีนอย่างเป็นทางการ
(RefSeq รหัสพันธุกรรมที่ไม่ซ้ำซ้อนรวบรวม)
ดอย:. 10.1371/journal.pbio.1000313.t001
จีโนมของเพลี้ย
การแปล กรุณารอสักครู่..
(ค่า e, 10
23
) กับยีนที่ระบุวันที่ในใด ๆ อื่น ๆ ชนิด
ยีนสุดท้ายของย่อหน้านี้จำนวนมากอาจสะท้อนถึงราคาสูงของเท็จ
ยีนบวกคาดคะเนหรือคุณสมบัติเด่นของ aphid
จีโนม หรือทั้งสองอย่างได้
เกินเปรียบเทียบเหล่านี้ — ซึ่งขึ้นอยู่กับระเบิด
ค้นหายีน aphid กับชุดยีนแมลงอื่น ๆ — เรา
จ้างไลน์คาดเดาตาม phylogeny homology
[19,43] เพื่อสร้าง phylome aphid ชัญ: ต้นไม้ phylogenetic
และทำนาย orthology สำหรับทุกคาดการณ์ ไม่ใช่-orphanA pisum
โปรตีน แม้ว่า duplications อาละวาดได้ผลิตยีนขนาดใหญ่
ครอบครัว (ดูด้านล่าง) คาดคะเนตาม phylogeny orthology
ให้เราโอนย้ายไปคำตรงไป aphid ชัญ 4,058
ยีนที่แสดงความสัมพันธ์แบบหนึ่งต่อหนึ่ง orthology
annotatedDrosophila melanogastergenes.
คลื่นของยีนซ้ำ วิเคราะห์ของ aphid ชัญ
ครอบครัวยีน 2,459 ที่จะมีการเปิดเผย phylome
เปลี่ยน duplications aphid ลินเนจเฉพาะ จำนวนมากกว่า
กว่าของอื่น ๆ เรียงลำดับกลุ่มแมลง (รูปที่ 4A) เฉพาะ
จีโนมของ pulexappears Daphnia crustacean มี
มีประสบการณ์ระดับคล้ายของลินเนจเฉพาะ duplications [17] .
ที่สุดยีนครอบครัวขยาย ครอบครัว 19 กับ 50 ที่เกี่ยวข้องกับ
สมาชิก 200 เข้ารหัสกลับ transcriptase และ transposase
โดเมนอาจแสดงถึงชิ้นส่วนของ transposable elements
(TEs) อย่างไรก็ตาม ยีนส่วนใหญ่ขยายครอบครัวไม่เกี่ยวข้องกับทดสอบ.
ตัวอย่างรวมประมาณ 200 คนเชื้อสายเฉพาะ
paralogs kelch Drosophilagene ซึ่งจแมปโปรตีน actinbinding ในการย้ายเซลล์ follicle ในรังไข่ และ
การสร้างไข่ (ยีนต้นไม้ ACYPI51424 PA ใน phylomeDB), และ 19
paralogs ขนส่ง Acetyl-CoA เป็น putative (รูปที่ 4B) นี้
ระดับสูงของยีนซ้ำในจีโนม aphid ชัญ
อย่างแพร่หลายในหมู่แตกต่างกันของยีน และอีกมากมาย
ตัวอย่างเพิ่มเติมอธิบายไว้ด้านล่าง
ให้สเกลเวลาในจุดเริ่มต้นของ aphid เฉพาะ
duplications เราประเมินความพ้อง (ค่า dS)
ระหว่าง paralog คู่ ที่ระบุโดยใช้ withingenome ซึ่งกันและกันดีระเบิดตีกัน เนื่องจากบรรทัดตามลำดับ
พบบาง heterozygosity, divergence ระหว่าง paralogous แท้จริง
สามารถ confounded คู่ยีนผันแปร allelic แต่นี้
ควรจะเป็นปัญหาเฉพาะสำหรับ paralogs มีคู่ตั้งแต่
divergence ค่าสำหรับตัวแปร allelic ในระบบส่วนใหญ่เป็น
ต่ำมาก ( 1%) ใหญ่ของคู่ยีนมีสูง
divergence (dS.0.05) มากกว่าค่านี้แปรตัด allelic และ
จึง สามารถสันนิษฐานถึง paralogs ที่แท้จริงได้ คู่ Paralog
แสดงค่า dS แนะนำสำเนายีนที่หลากหลาย
เกิดหาเวลาเพิ่มเติมในลินเนจ aphid ดอกอัญชัญ
อัตราซ้ำของยีนสูงเหมือน ได้เริ่มต้นใน
วิวัฒนาการ aphid ตั้งแต่คู่ paralog เก่าแก่ภายใน aphid ชัญ
จีโนมแสดงค่า dS ที่เปรียบเทียบได้กับค่าของ dS
ortholog คู่ระหว่าง gossypii andAphis ชัญ aphid พันธุ์จาก
subfamily aphid แตกต่างกัน (รูปที่ 5) .
Telomeres ดอกอัญชัญ aphid คล้ายกับอื่น ๆ ไม่ใช่-dipteran
แมลง มียีน telomerase ผู้เดียวและ
telomere มาตรฐานสัตว์ขาปล่องทำซ้ำของ TTAGG [44] .
ยาวเปิดเผยตรวจสอบคู่คู่ดิบอ่าน
TTAGG ซ้ำที่ปลายโครโมโซม presumptive ของ
คาดว่า telomeres แปด เราระบุทำซ้ำ TTAGG ง่าย
ลง scaffolds ห้า: สองประกอบด้วยซ้ำค่อนข้างยาว
เหยียดของจริงเห็นได้ชัด TTAGG ง่ายซ้ำ telomeres,
ในขณะที่สามจะคล้ายกับ telomeres ofBombyxandTribolium
และประกอบด้วยแทรก retrotransposon LTR ไม่ [42,45] .
ทดสอบ คือประมาณ 38% ของจีโนมประกอบ
ประกอบทดสอบ เราระบุลำดับติมติ 13,911
ในจีโนม aphid ถั่ว โดยใช้ REPET ไปป์ไลน์ติอธิบาย
ลำดับติมติที่ถูกจัดกลุ่มตามลำดับคล้าย
และจำแนกตามโครงสร้างของพวกเขา และการกำหนดคุณลักษณะเป็น
1, 883 ติครอบครัว (ประกอบด้วยลำดับมติอย่าง น้อยสอง)
1,672 singletons และ ภายในครอบครัวติ 1,883 เราเอง
curated 85 ครอบครัวรวมถึงตัวแทนของครอบครัวที่ใหญ่ที่สุด
ติกลุ่มแพร่ LTRs บรรทัด ไซน์ TIRs และ
Helitrons (ตารางที่ 2) ที่ curated ซ้ำบัญชี 4%
จีโนม และครอบครัวซับซ้อนน้อยซ้ำกับลำดับที่สาม
ย่อยยังคง uncurated และบัญชี 34% ของ aphid ชัญ
กลุ่ม ของการทำซ้ำ curated ครอบครัวซุปเปอร์ส่วนใหญ่เป็นตัวแทนเก่า
รุกราน ตามที่ระบุ โดยการกระจายของข้อมูลเฉพาะตัวของนิวคลีโอไทด์
ระหว่างลำดับภายในครอบครัว TE (รูปที่ 6) .
แก้ไขโครมาติน ชอบน้ำผึ้ง hymenopteran
บีและเสียงฟู่เหมือนกาฝาก wasp Nasoniaand แตกต่างจากแมลงอื่นด้วย
genomes ตามลำดับ aphid ดอกอัญชัญมีส่วนเติมเต็มเต็มรูปแบบของดีเอ็นเอ
ตาราง 1.บทสรุปของกฟภ aphid ยีนจำลองชุด
ชนิดทำนายซอฟต์แวร์ที่โมเดลของยีน
ยีน
รุ่น mRNAs
จำนวน
Exons ต่อ
mRNA
เฉลี่ย
mRNA
ยาว
เฉลี่ย
Exon
ยาว
รวม
จำนวน
Exons
รวม
Exon
ยาว
NCBI RefSeq หลักฐาน 11,089 11,308 7bp 6 1,908 251 bp 86,018 21.6 Mb
NCBI Gnomon 37,994 37,994 ab initio 3.9 887 bp 222 bp 149,183 33.3 Mb
Augustus ab initioplus หลักฐาน 33,713 40,594 bp 5.3 982 223 bp 147,909 33.1 Mb
Fgenesh 30,846 30,846 ab initio 4.5 1,048 bp 232 bp 139,357 32.3 Mb
Fgenesh ab initioplus หลักฐาน 26,773 26,773 4.9 1,148 bp 236 bp 130,509 30.7 Mb
Maker ab initioplus หลักฐาน 23,145 23,145 6 854 bp 142 bp 138,596 19.8 Mb
Geneid 62,259 62,259 ab initio 2.9 553 bp 194 bp 177,361 34.5 Mb
Genscan 32,320 32,320 ab initio 3.5 844 bp 241 bp 112,777 27.3 Mb
รวบรวมมติ 36,606 36,606 bp 4.3 943 220 bp 156,578 34.5 Mb
GLEAN(-refseq) 24,355 24,355 มติ 2.8 657 bp 233 bp 68,632 16.0 Mb
34,604 34,821 งานได้ 1024 คน 4.3 bp 241 OGS 1.0 NCBI RefSeq ซ้ำซ้อนไม่ GLEAN บีพี 148,081 35.7 Mb
รุ่น NCBI RefSeq เป็นปฐมภูมิเป็น 10,249 โปรตีนรหัสรุ่นทั้งหมด หรือบางส่วนตามจัดแนว EST หรือโปรตีน บวก 840 pseudogene รุ่น
debilitating frameshift หรือพูดจาเหลวไหล codons และ noncoding RNAs สำหรับใช้ในใบแสดงผลสำรอง ตัวแปรเสียงบรรยายหลัก RefSeq และ Augustus
mRNA/exon คำนวณ คำนวณ exon ทั้งหมดขึ้นอยู่กับรหัสลำดับเท่านั้น ความยาวเฉลี่ย mRNA รวม UTR ลำดับ OGS ยีนตั้งอย่างเป็นทางการ
(RefSeq รหัสยีนจีโนม GLEAN).
doi:10.1371/journal.pbio.1000313.t001
Aphid ที่ไม่ซ้ำซ้อน
23
) กับยีนที่ระบุวันที่ในใด ๆ อื่น ๆ ชนิด
ยีนสุดท้ายของย่อหน้านี้จำนวนมากอาจสะท้อนถึงราคาสูงของเท็จ
ยีนบวกคาดคะเนหรือคุณสมบัติเด่นของ aphid
จีโนม หรือทั้งสองอย่างได้
เกินเปรียบเทียบเหล่านี้ — ซึ่งขึ้นอยู่กับระเบิด
ค้นหายีน aphid กับชุดยีนแมลงอื่น ๆ — เรา
จ้างไลน์คาดเดาตาม phylogeny homology
[19,43] เพื่อสร้าง phylome aphid ชัญ: ต้นไม้ phylogenetic
และทำนาย orthology สำหรับทุกคาดการณ์ ไม่ใช่-orphanA pisum
โปรตีน แม้ว่า duplications อาละวาดได้ผลิตยีนขนาดใหญ่
ครอบครัว (ดูด้านล่าง) คาดคะเนตาม phylogeny orthology
ให้เราโอนย้ายไปคำตรงไป aphid ชัญ 4,058
ยีนที่แสดงความสัมพันธ์แบบหนึ่งต่อหนึ่ง orthology
annotatedDrosophila melanogastergenes.
คลื่นของยีนซ้ำ วิเคราะห์ของ aphid ชัญ
ครอบครัวยีน 2,459 ที่จะมีการเปิดเผย phylome
เปลี่ยน duplications aphid ลินเนจเฉพาะ จำนวนมากกว่า
กว่าของอื่น ๆ เรียงลำดับกลุ่มแมลง (รูปที่ 4A) เฉพาะ
จีโนมของ pulexappears Daphnia crustacean มี
มีประสบการณ์ระดับคล้ายของลินเนจเฉพาะ duplications [17] .
ที่สุดยีนครอบครัวขยาย ครอบครัว 19 กับ 50 ที่เกี่ยวข้องกับ
สมาชิก 200 เข้ารหัสกลับ transcriptase และ transposase
โดเมนอาจแสดงถึงชิ้นส่วนของ transposable elements
(TEs) อย่างไรก็ตาม ยีนส่วนใหญ่ขยายครอบครัวไม่เกี่ยวข้องกับทดสอบ.
ตัวอย่างรวมประมาณ 200 คนเชื้อสายเฉพาะ
paralogs kelch Drosophilagene ซึ่งจแมปโปรตีน actinbinding ในการย้ายเซลล์ follicle ในรังไข่ และ
การสร้างไข่ (ยีนต้นไม้ ACYPI51424 PA ใน phylomeDB), และ 19
paralogs ขนส่ง Acetyl-CoA เป็น putative (รูปที่ 4B) นี้
ระดับสูงของยีนซ้ำในจีโนม aphid ชัญ
อย่างแพร่หลายในหมู่แตกต่างกันของยีน และอีกมากมาย
ตัวอย่างเพิ่มเติมอธิบายไว้ด้านล่าง
ให้สเกลเวลาในจุดเริ่มต้นของ aphid เฉพาะ
duplications เราประเมินความพ้อง (ค่า dS)
ระหว่าง paralog คู่ ที่ระบุโดยใช้ withingenome ซึ่งกันและกันดีระเบิดตีกัน เนื่องจากบรรทัดตามลำดับ
พบบาง heterozygosity, divergence ระหว่าง paralogous แท้จริง
สามารถ confounded คู่ยีนผันแปร allelic แต่นี้
ควรจะเป็นปัญหาเฉพาะสำหรับ paralogs มีคู่ตั้งแต่
divergence ค่าสำหรับตัวแปร allelic ในระบบส่วนใหญ่เป็น
ต่ำมาก ( 1%) ใหญ่ของคู่ยีนมีสูง
divergence (dS.0.05) มากกว่าค่านี้แปรตัด allelic และ
จึง สามารถสันนิษฐานถึง paralogs ที่แท้จริงได้ คู่ Paralog
แสดงค่า dS แนะนำสำเนายีนที่หลากหลาย
เกิดหาเวลาเพิ่มเติมในลินเนจ aphid ดอกอัญชัญ
อัตราซ้ำของยีนสูงเหมือน ได้เริ่มต้นใน
วิวัฒนาการ aphid ตั้งแต่คู่ paralog เก่าแก่ภายใน aphid ชัญ
จีโนมแสดงค่า dS ที่เปรียบเทียบได้กับค่าของ dS
ortholog คู่ระหว่าง gossypii andAphis ชัญ aphid พันธุ์จาก
subfamily aphid แตกต่างกัน (รูปที่ 5) .
Telomeres ดอกอัญชัญ aphid คล้ายกับอื่น ๆ ไม่ใช่-dipteran
แมลง มียีน telomerase ผู้เดียวและ
telomere มาตรฐานสัตว์ขาปล่องทำซ้ำของ TTAGG [44] .
ยาวเปิดเผยตรวจสอบคู่คู่ดิบอ่าน
TTAGG ซ้ำที่ปลายโครโมโซม presumptive ของ
คาดว่า telomeres แปด เราระบุทำซ้ำ TTAGG ง่าย
ลง scaffolds ห้า: สองประกอบด้วยซ้ำค่อนข้างยาว
เหยียดของจริงเห็นได้ชัด TTAGG ง่ายซ้ำ telomeres,
ในขณะที่สามจะคล้ายกับ telomeres ofBombyxandTribolium
และประกอบด้วยแทรก retrotransposon LTR ไม่ [42,45] .
ทดสอบ คือประมาณ 38% ของจีโนมประกอบ
ประกอบทดสอบ เราระบุลำดับติมติ 13,911
ในจีโนม aphid ถั่ว โดยใช้ REPET ไปป์ไลน์ติอธิบาย
ลำดับติมติที่ถูกจัดกลุ่มตามลำดับคล้าย
และจำแนกตามโครงสร้างของพวกเขา และการกำหนดคุณลักษณะเป็น
1, 883 ติครอบครัว (ประกอบด้วยลำดับมติอย่าง น้อยสอง)
1,672 singletons และ ภายในครอบครัวติ 1,883 เราเอง
curated 85 ครอบครัวรวมถึงตัวแทนของครอบครัวที่ใหญ่ที่สุด
ติกลุ่มแพร่ LTRs บรรทัด ไซน์ TIRs และ
Helitrons (ตารางที่ 2) ที่ curated ซ้ำบัญชี 4%
จีโนม และครอบครัวซับซ้อนน้อยซ้ำกับลำดับที่สาม
ย่อยยังคง uncurated และบัญชี 34% ของ aphid ชัญ
กลุ่ม ของการทำซ้ำ curated ครอบครัวซุปเปอร์ส่วนใหญ่เป็นตัวแทนเก่า
รุกราน ตามที่ระบุ โดยการกระจายของข้อมูลเฉพาะตัวของนิวคลีโอไทด์
ระหว่างลำดับภายในครอบครัว TE (รูปที่ 6) .
แก้ไขโครมาติน ชอบน้ำผึ้ง hymenopteran
บีและเสียงฟู่เหมือนกาฝาก wasp Nasoniaand แตกต่างจากแมลงอื่นด้วย
genomes ตามลำดับ aphid ดอกอัญชัญมีส่วนเติมเต็มเต็มรูปแบบของดีเอ็นเอ
ตาราง 1.บทสรุปของกฟภ aphid ยีนจำลองชุด
ชนิดทำนายซอฟต์แวร์ที่โมเดลของยีน
ยีน
รุ่น mRNAs
จำนวน
Exons ต่อ
mRNA
เฉลี่ย
mRNA
ยาว
เฉลี่ย
Exon
ยาว
รวม
จำนวน
Exons
รวม
Exon
ยาว
NCBI RefSeq หลักฐาน 11,089 11,308 7bp 6 1,908 251 bp 86,018 21.6 Mb
NCBI Gnomon 37,994 37,994 ab initio 3.9 887 bp 222 bp 149,183 33.3 Mb
Augustus ab initioplus หลักฐาน 33,713 40,594 bp 5.3 982 223 bp 147,909 33.1 Mb
Fgenesh 30,846 30,846 ab initio 4.5 1,048 bp 232 bp 139,357 32.3 Mb
Fgenesh ab initioplus หลักฐาน 26,773 26,773 4.9 1,148 bp 236 bp 130,509 30.7 Mb
Maker ab initioplus หลักฐาน 23,145 23,145 6 854 bp 142 bp 138,596 19.8 Mb
Geneid 62,259 62,259 ab initio 2.9 553 bp 194 bp 177,361 34.5 Mb
Genscan 32,320 32,320 ab initio 3.5 844 bp 241 bp 112,777 27.3 Mb
รวบรวมมติ 36,606 36,606 bp 4.3 943 220 bp 156,578 34.5 Mb
GLEAN(-refseq) 24,355 24,355 มติ 2.8 657 bp 233 bp 68,632 16.0 Mb
34,604 34,821 งานได้ 1024 คน 4.3 bp 241 OGS 1.0 NCBI RefSeq ซ้ำซ้อนไม่ GLEAN บีพี 148,081 35.7 Mb
รุ่น NCBI RefSeq เป็นปฐมภูมิเป็น 10,249 โปรตีนรหัสรุ่นทั้งหมด หรือบางส่วนตามจัดแนว EST หรือโปรตีน บวก 840 pseudogene รุ่น
debilitating frameshift หรือพูดจาเหลวไหล codons และ noncoding RNAs สำหรับใช้ในใบแสดงผลสำรอง ตัวแปรเสียงบรรยายหลัก RefSeq และ Augustus
mRNA/exon คำนวณ คำนวณ exon ทั้งหมดขึ้นอยู่กับรหัสลำดับเท่านั้น ความยาวเฉลี่ย mRNA รวม UTR ลำดับ OGS ยีนตั้งอย่างเป็นทางการ
(RefSeq รหัสยีนจีโนม GLEAN).
doi:10.1371/journal.pbio.1000313.t001
Aphid ที่ไม่ซ้ำซ้อน
การแปล กรุณารอสักครู่..
( e - value, 10 ~ 23
)พร้อมด้วยยีนระบุว่าในวันที่ในทุกสายพันธุ์อื่นๆ..
ขนาดใหญ่แห่งนี้จำนวนเด็กกำพร้ายีนอาจสะท้อนให้เห็นถึงความผิดพลาดสูงอัตราดอกเบี้ยของยีน
ซึ่งจะช่วยในทางบวกต่อการทำนายหรือคุณสมบัติที่เด่นชัดของเพลี้ย
ยีน,หรือทั้งสองอย่าง.
มากกว่านี้การเปรียบเทียบซึ่งอยู่บนพื้นฐานของการระเบิด
ซึ่งจะช่วยการค้นหายีนตัวเพลี้ยกับยีนชุดอื่นๆแมลง - เรา
ซึ่งจะช่วยทำให้ phylogeny - ใช้ลักษณะซึ่งเทียบเคียงกันได้การคาดเดาท่อ
[ 19 ,43 ]เพื่อสร้างถั่วลันเตาที่ phylome เพลี้ยทรี phylogenetic
ซึ่งจะช่วยการคาดการณ์และ orthology สำหรับโปรตีนไม่ใช่ - orphana .ถั่วลันเตา
คาดว่าทุกครั้ง. แม้ว่า duplications แพร่หลายได้ทำการผลิตขนาดใหญ่ยีน
ครอบครัว(ดูด้านล่าง) phylogeny - ใช้การทำนาย orthology
ซึ่งจะช่วยทำให้เราสามารถถ่ายโอนยีนมีหมายเหตุประกอบแบบเพื่อ 4,058 ถั่วลันเตาเพลี้ย
ไปที่แสดงความสัมพันธ์ orthology แบบหนึ่งต่อหนึ่งด้วย
ตามมาตรฐานโดยตรงannotateddrosophila melanogastergenes .คลื่น
ที่ของการคัดลอกยีน การวิเคราะห์ของครอบครัวเปิดเผย 2,459 ถั่วลันเตายีนตัวเพลี้ย
phylome ที่ปรากฏในการมี
ผ่าน duplications พงศ์ - เฉพาะตัวเพลี้ยจำนวนมาก
กว่าแมลงอื่นๆเรียงซีเควนซ์ยีน(รูปที่ 4 )ที่.
เท่านั้นที่ยีนของ daphnia กุ้งที่ pulexappears มี
ตามมาตรฐานมีประสบการณ์ระดับเดียวกันที่ของพันธุ์ - เฉพาะ duplications [ 17 ]..
การขยายครอบครัวยีนที่มีขนาดใหญ่ที่สุดเกี่ยวข้องกับ 19 ครอบครัวที่พร้อมด้วย 50 ~ 200 สมาชิกเข้ารหัส transcriptase ย้อนกลับและ transposase
โดเมนอาจจะเป็นตัวแทนเป็นชิ้นเล็กชิ้นน้อยขององค์ประกอบ transposable
(เล่าจื้อ) แต่ถึงอย่างไรก็ตามการขยายครอบครัวยีนส่วนใหญ่จะไม่เกี่ยวข้องกับ, Granite Quarries .
ตัวอย่างมีชื่อเสียงรวมถึงประมาณ 200 พันธุ์ - เฉพาะ
paralogs ของ drosophilagene kelch ซึ่งเข้ารหัสที่เกี่ยวข้องกับโปรตีน actinbinding ถึงระดับฟอลลิเคิลเซลล์มะเร็งของรังไข่ในการเปลี่ยนระบบและ
oogenesis (ยีนทรี acypi 51424 - ป่าใน phylomedb ),และ 19
paralogs ในประวัติศาสตร์ที่ acetyl-co Transporter (รูปที่ 4 B )
ยีนนี้ระดับสูงของการคัดลอกยีนในตัวเพลี้ยถั่วลันเตาที่มี
ซึ่งจะช่วยกันอย่างกว้างขวางใน ประเภท ที่แตกต่างกันของยีนจำนวนมากและ
ซึ่งจะช่วยเพิ่มเติมมีตัวอย่างกล่าวถึงด้านล่าง
การให้ปรับเวลาในการที่มาของ duplications เพลี้ย - เฉพาะ
ซึ่งจะช่วยเราคาดว่าระยะไกลที่มีความหมายว่า(ค่า DS )
ท่ามกลางคู่ paralog ทั้งหมดซึ่งถูกระบุโดยใช้ยิงระเบิดที่ดีเยี่ยมซึ่งกันและกัน withingenome ที่ เพราะสายอื่นที่
ซึ่งจะช่วยแสดงให้เห็นถึง heterozygosity แตกออกไปบางส่วนระหว่างคู่
ยีน paralogous อย่างแท้จริงไม่ได้อายพร้อมด้วยการเปลี่ยนแปลง allelic แต่นี้
ควรจะเป็นปัญหาเฉพาะสำหรับคู่ของ paralogs อยู่ใกล้เป็นอย่างมากนับตั้งแต่ค่า
แตกออกไปสำหรับทัศนวิสัย allelic ในระบบมากที่สุดโดยทั่วไปมี
ต่ำมาก( 1% ) โดยส่วนใหญ่แล้วขนาดใหญ่ของคู่ยีนได้เพิ่มสูงขึ้น
แตกออกไป( ds. 0.05 )มากกว่าค่าตัด allelic นี้เบนซ์และ
ซึ่งจะช่วยทำให้สามารถได้รับการทึกทักว่าเป็นตัวแทน paralogs อย่างแท้จริง paralog คู่
ซึ่งจะช่วยแสดงความหลากหลายของค่า DS แนะนำการทำซ้ำยีนที่
มีข้อผิดพลาดเกิดขึ้นในช่วงเวลาที่อยู่ในถั่วลันเตาคือเพลี้ย
ซึ่งจะช่วยยกระดับยีนที่ทำซ้ำอัตราดอกเบี้ยจะปรากฏขึ้นเพื่อเริ่มต้นใช้งานในช่วงเช้าตรู่
ซึ่งจะช่วยพัฒนาตัวเพลี้ยตั้งแต่ที่เก่าแก่มากที่สุด paralog คู่ ภายใน ที่ถั่วลันเตาเพลี้ย
ยีนแสดง DS ค่าที่ใกล้เคียงกับที่ DS ค่าสำหรับ
ortholog คู่ระหว่างถั่วลันเตาเพลี้ย andaphis gossypii ,สายพันธุ์ที่แตกต่างกันไปจาก
เพลี้ย subfamily (รูปที่ 5 )..
telomeres . ตัวเพลี้ยถั่วลันเตาที่เหมือนกับแมลงไม่ dipteran
อื่นๆมีผู้ลงสมัครรับเลือกตั้งเพียงตัวเดียว telomerase ยีนและ arthropod
ของสงฆ์ที่ telomere ทำซ้ำของ ttagg [ 44 ].
การตรวจสอบของคู่เพื่อนอ่านวัตถุดิบเปิดเผยทอดตัวอยู่ยาวของ:เล่นซ้ำ
ttagg ทายาทสิทธิ์เปลี่ยนแปลงได้อยู่ที่ปลายโครโมโซม
ซึ่งจะช่วยการคาดว่าแปด telomeres ที่เราพบว่าแบบเรียบง่าย ttagg :เล่นซ้ำ
ที่จะสิ้นสุดลงที่ห้า scaffolds สองประกอบด้วยซ้ำเป็นระยะยาว
ทอดตัวอยู่อย่างเรียบง่าย ttagg อย่างแท้จริงเห็นได้ชัดว่าทำซ้ำ telomeres
ในขณะที่ทั้งสามมีความคล้ายคลึงกับ ofbombyxandtribolium telomeres
ซึ่งจะช่วยได้และมีไม่ใช่ลิตร retrotransposon การแทรก:[ 42,45 ].
, Granite Quarries ประมาณ 38% ของยีนที่ประกอบเป็น
ประกอบไปด้วย, Granite Quarries เราพบว่า 13,911 ฉันทามติ Te
ลำดับในยีนตัวเพลี้ยถั่วลันเตาที่ใช้ repet Te คำอธิบายประกอบท่อส่งก๊าซฯ.
ที่ซีเควนซ์ของ Te ฉันทามติที่ได้จัดกลุ่มตามลำดับความเหมือน
และได้รับการจำแนกให้ตามโดดเด่นไปด้วยโครงสร้างและการเข้ารหัสของพวกเขาเข้าไปใน
1,883 ครอบครัว TE (ประกอบไปด้วยสองหรือมากกว่าซีเควนซ์ของฉันทามติ)
และ 1,672 singletons ภายใน 1,883 ครอบครัว Te
ซึ่งจะช่วยให้เราด้วยตนเอง curated 85 ครอบครัวรวมถึงตัวแทนครอบครัวที่มีขนาดใหญ่ที่สุดของกลุ่ม
Te อย่างแพร่หลายเช่นลิตรสาย sines tirs และ
helitrons (ตารางที่ 2 ) :เล่นซ้ำ curated บัญชีเป็น 4% ของ
ยีนและครอบครัวเล่นซ้ำน้อยลงคอมเพล็กซ์พร้อมด้วยความแตกต่างเพียงไม่กี่ลำดับ
uncurated ยังคงอยู่และบัญชีเป็น 34% ของถั่วลันเตาเพลี้ย
ยีน การเล่นซ้ำ curated ส่วนใหญ่ Super - ครอบครัวเป็นตัวแทนเก่า
รุกรานตามที่ระบุไว้โดยการจัดจำหน่ายของ nucleotide เอกลักษณ์
ระหว่างลำดับ ภายใน Te ครอบครัว(รูปที่ 6 )..
chromatin การแก้ไขเหมือนกับที่ hymenopteran น้ำผึ้ง
ผึ้งและกาฝากซึ่งไม่เหมือนกับที่อื่นๆต่อ nasoniaand แมลงด้วย
เรียงซีเควนซ์ genomes ,ถั่วลันเตาที่มีเพลี้ยอย่างเต็มที่สมบรูณ์แบบของดีเอ็นเอ
ตารางที่ 1 .สรุปของถั่วลันเตาเพลี้ยยีนรุ่นชุด.
ยีนการสร้างแบบจำลองซอฟต์แวร์การทำนายพิมพ์
ยีนรุ่น mrnas
exons หมายเลขของต่อ
mrna เฉลี่ย
mrna ความยาว
exon เฉลี่ย
รวมความยาว
exons จำนวน
exon รวมความยาว
ncbi refseq หลักฐาน 11,089 11,308 7 .6 1,908 BP 251 BP 86,018 21.6 MB
ncbi gnomon AB มาแต่ต้น 37,994 37,994 3.9 887 BP 222 BP 149,183 33.3 MB
Augustus AB initioplus หลักฐาน 33,713 40,594 5.3 982 BP 223 BP 147,909 33.1 MB
fgenesh AB มาแต่ต้น 30,846 30,846 4.5 1,048 BP 232 BP 139,357 32.3 MB
fgenesh AB initioplus หลักฐาน 26,773 26,773 4.9 1,148 BP 236 BP 130,509 ร้อยละ 30.7 MB
เครื่องชง AB initioplus หลักฐาน 23,145 23,145 BP 6854142 BP 138 ,code 596 19.8 MB
geneid AB มาแต่ต้น 62,259 62,259 2.9 553 BP 194 BP 177,361 34.5 MB
genscan AB มาแต่ต้น 32,320 32,320 3.5 844 BP 241 ‐ BP 112,777 27.3 MB
เก็บข้าวฉันทามติ 36,606 36,606 4.3 943 BP 220 BP 156,578 34.5 MB
เก็บข้าว( - refseq )ฉันทามติ 24,355 24,355 2.8 657 BP 233 BP 68,632 16.0 MB
ogs 1.0 ncbi refseq ไม่สำรองเก็บข้าว 34,604 34,821 4.3 1,024 BP 241 BP 148,081 35.7 MB
ncbi refseq รุ่นที่มีโปรตีน 10,249 ถูกแบ่งย่อยออกไปการเข้ารหัสอย่างสมบรูณ์แบบรุ่นหรือบางส่วนตาม Est หรือ alignments โปรตีนรวมถึง 840 รุ่น pseudogene
มี codons ไร้สาระหรือ frameshift ระโหยโรยแรงและ rnas noncoding สำหรับทรานสคริปท์เป็นทางเลือกไม่เหมือนกันทรานสคริปท์หลักใน refseq Augustus .และจะถูกใช้ในการคำนวณ exon
mrna /การคำนวณขนาดของแหล่งจ่ายไฟ exon ทั้งหมดอยู่บนพื้นฐานของลำดับการเข้ารหัสเท่านั้น ความยาว mrna โดยเฉลี่ยจะไม่รวมถึงลำดับ utr ogs อย่างเป็นทางการยีนตั้งค่า
( refseq รหัสยีนไม่มีการสำรองเก็บข้าว)..
ดอย: 10.1371 /วารสาร. pbio.1000313 . T 001
เพลี้ยยีน
)พร้อมด้วยยีนระบุว่าในวันที่ในทุกสายพันธุ์อื่นๆ..
ขนาดใหญ่แห่งนี้จำนวนเด็กกำพร้ายีนอาจสะท้อนให้เห็นถึงความผิดพลาดสูงอัตราดอกเบี้ยของยีน
ซึ่งจะช่วยในทางบวกต่อการทำนายหรือคุณสมบัติที่เด่นชัดของเพลี้ย
ยีน,หรือทั้งสองอย่าง.
มากกว่านี้การเปรียบเทียบซึ่งอยู่บนพื้นฐานของการระเบิด
ซึ่งจะช่วยการค้นหายีนตัวเพลี้ยกับยีนชุดอื่นๆแมลง - เรา
ซึ่งจะช่วยทำให้ phylogeny - ใช้ลักษณะซึ่งเทียบเคียงกันได้การคาดเดาท่อ
[ 19 ,43 ]เพื่อสร้างถั่วลันเตาที่ phylome เพลี้ยทรี phylogenetic
ซึ่งจะช่วยการคาดการณ์และ orthology สำหรับโปรตีนไม่ใช่ - orphana .ถั่วลันเตา
คาดว่าทุกครั้ง. แม้ว่า duplications แพร่หลายได้ทำการผลิตขนาดใหญ่ยีน
ครอบครัว(ดูด้านล่าง) phylogeny - ใช้การทำนาย orthology
ซึ่งจะช่วยทำให้เราสามารถถ่ายโอนยีนมีหมายเหตุประกอบแบบเพื่อ 4,058 ถั่วลันเตาเพลี้ย
ไปที่แสดงความสัมพันธ์ orthology แบบหนึ่งต่อหนึ่งด้วย
ตามมาตรฐานโดยตรงannotateddrosophila melanogastergenes .คลื่น
ที่ของการคัดลอกยีน การวิเคราะห์ของครอบครัวเปิดเผย 2,459 ถั่วลันเตายีนตัวเพลี้ย
phylome ที่ปรากฏในการมี
ผ่าน duplications พงศ์ - เฉพาะตัวเพลี้ยจำนวนมาก
กว่าแมลงอื่นๆเรียงซีเควนซ์ยีน(รูปที่ 4 )ที่.
เท่านั้นที่ยีนของ daphnia กุ้งที่ pulexappears มี
ตามมาตรฐานมีประสบการณ์ระดับเดียวกันที่ของพันธุ์ - เฉพาะ duplications [ 17 ]..
การขยายครอบครัวยีนที่มีขนาดใหญ่ที่สุดเกี่ยวข้องกับ 19 ครอบครัวที่พร้อมด้วย 50 ~ 200 สมาชิกเข้ารหัส transcriptase ย้อนกลับและ transposase
โดเมนอาจจะเป็นตัวแทนเป็นชิ้นเล็กชิ้นน้อยขององค์ประกอบ transposable
(เล่าจื้อ) แต่ถึงอย่างไรก็ตามการขยายครอบครัวยีนส่วนใหญ่จะไม่เกี่ยวข้องกับ, Granite Quarries .
ตัวอย่างมีชื่อเสียงรวมถึงประมาณ 200 พันธุ์ - เฉพาะ
paralogs ของ drosophilagene kelch ซึ่งเข้ารหัสที่เกี่ยวข้องกับโปรตีน actinbinding ถึงระดับฟอลลิเคิลเซลล์มะเร็งของรังไข่ในการเปลี่ยนระบบและ
oogenesis (ยีนทรี acypi 51424 - ป่าใน phylomedb ),และ 19
paralogs ในประวัติศาสตร์ที่ acetyl-co Transporter (รูปที่ 4 B )
ยีนนี้ระดับสูงของการคัดลอกยีนในตัวเพลี้ยถั่วลันเตาที่มี
ซึ่งจะช่วยกันอย่างกว้างขวางใน ประเภท ที่แตกต่างกันของยีนจำนวนมากและ
ซึ่งจะช่วยเพิ่มเติมมีตัวอย่างกล่าวถึงด้านล่าง
การให้ปรับเวลาในการที่มาของ duplications เพลี้ย - เฉพาะ
ซึ่งจะช่วยเราคาดว่าระยะไกลที่มีความหมายว่า(ค่า DS )
ท่ามกลางคู่ paralog ทั้งหมดซึ่งถูกระบุโดยใช้ยิงระเบิดที่ดีเยี่ยมซึ่งกันและกัน withingenome ที่ เพราะสายอื่นที่
ซึ่งจะช่วยแสดงให้เห็นถึง heterozygosity แตกออกไปบางส่วนระหว่างคู่
ยีน paralogous อย่างแท้จริงไม่ได้อายพร้อมด้วยการเปลี่ยนแปลง allelic แต่นี้
ควรจะเป็นปัญหาเฉพาะสำหรับคู่ของ paralogs อยู่ใกล้เป็นอย่างมากนับตั้งแต่ค่า
แตกออกไปสำหรับทัศนวิสัย allelic ในระบบมากที่สุดโดยทั่วไปมี
ต่ำมาก( 1% ) โดยส่วนใหญ่แล้วขนาดใหญ่ของคู่ยีนได้เพิ่มสูงขึ้น
แตกออกไป( ds. 0.05 )มากกว่าค่าตัด allelic นี้เบนซ์และ
ซึ่งจะช่วยทำให้สามารถได้รับการทึกทักว่าเป็นตัวแทน paralogs อย่างแท้จริง paralog คู่
ซึ่งจะช่วยแสดงความหลากหลายของค่า DS แนะนำการทำซ้ำยีนที่
มีข้อผิดพลาดเกิดขึ้นในช่วงเวลาที่อยู่ในถั่วลันเตาคือเพลี้ย
ซึ่งจะช่วยยกระดับยีนที่ทำซ้ำอัตราดอกเบี้ยจะปรากฏขึ้นเพื่อเริ่มต้นใช้งานในช่วงเช้าตรู่
ซึ่งจะช่วยพัฒนาตัวเพลี้ยตั้งแต่ที่เก่าแก่มากที่สุด paralog คู่ ภายใน ที่ถั่วลันเตาเพลี้ย
ยีนแสดง DS ค่าที่ใกล้เคียงกับที่ DS ค่าสำหรับ
ortholog คู่ระหว่างถั่วลันเตาเพลี้ย andaphis gossypii ,สายพันธุ์ที่แตกต่างกันไปจาก
เพลี้ย subfamily (รูปที่ 5 )..
telomeres . ตัวเพลี้ยถั่วลันเตาที่เหมือนกับแมลงไม่ dipteran
อื่นๆมีผู้ลงสมัครรับเลือกตั้งเพียงตัวเดียว telomerase ยีนและ arthropod
ของสงฆ์ที่ telomere ทำซ้ำของ ttagg [ 44 ].
การตรวจสอบของคู่เพื่อนอ่านวัตถุดิบเปิดเผยทอดตัวอยู่ยาวของ:เล่นซ้ำ
ttagg ทายาทสิทธิ์เปลี่ยนแปลงได้อยู่ที่ปลายโครโมโซม
ซึ่งจะช่วยการคาดว่าแปด telomeres ที่เราพบว่าแบบเรียบง่าย ttagg :เล่นซ้ำ
ที่จะสิ้นสุดลงที่ห้า scaffolds สองประกอบด้วยซ้ำเป็นระยะยาว
ทอดตัวอยู่อย่างเรียบง่าย ttagg อย่างแท้จริงเห็นได้ชัดว่าทำซ้ำ telomeres
ในขณะที่ทั้งสามมีความคล้ายคลึงกับ ofbombyxandtribolium telomeres
ซึ่งจะช่วยได้และมีไม่ใช่ลิตร retrotransposon การแทรก:[ 42,45 ].
, Granite Quarries ประมาณ 38% ของยีนที่ประกอบเป็น
ประกอบไปด้วย, Granite Quarries เราพบว่า 13,911 ฉันทามติ Te
ลำดับในยีนตัวเพลี้ยถั่วลันเตาที่ใช้ repet Te คำอธิบายประกอบท่อส่งก๊าซฯ.
ที่ซีเควนซ์ของ Te ฉันทามติที่ได้จัดกลุ่มตามลำดับความเหมือน
และได้รับการจำแนกให้ตามโดดเด่นไปด้วยโครงสร้างและการเข้ารหัสของพวกเขาเข้าไปใน
1,883 ครอบครัว TE (ประกอบไปด้วยสองหรือมากกว่าซีเควนซ์ของฉันทามติ)
และ 1,672 singletons ภายใน 1,883 ครอบครัว Te
ซึ่งจะช่วยให้เราด้วยตนเอง curated 85 ครอบครัวรวมถึงตัวแทนครอบครัวที่มีขนาดใหญ่ที่สุดของกลุ่ม
Te อย่างแพร่หลายเช่นลิตรสาย sines tirs และ
helitrons (ตารางที่ 2 ) :เล่นซ้ำ curated บัญชีเป็น 4% ของ
ยีนและครอบครัวเล่นซ้ำน้อยลงคอมเพล็กซ์พร้อมด้วยความแตกต่างเพียงไม่กี่ลำดับ
uncurated ยังคงอยู่และบัญชีเป็น 34% ของถั่วลันเตาเพลี้ย
ยีน การเล่นซ้ำ curated ส่วนใหญ่ Super - ครอบครัวเป็นตัวแทนเก่า
รุกรานตามที่ระบุไว้โดยการจัดจำหน่ายของ nucleotide เอกลักษณ์
ระหว่างลำดับ ภายใน Te ครอบครัว(รูปที่ 6 )..
chromatin การแก้ไขเหมือนกับที่ hymenopteran น้ำผึ้ง
ผึ้งและกาฝากซึ่งไม่เหมือนกับที่อื่นๆต่อ nasoniaand แมลงด้วย
เรียงซีเควนซ์ genomes ,ถั่วลันเตาที่มีเพลี้ยอย่างเต็มที่สมบรูณ์แบบของดีเอ็นเอ
ตารางที่ 1 .สรุปของถั่วลันเตาเพลี้ยยีนรุ่นชุด.
ยีนการสร้างแบบจำลองซอฟต์แวร์การทำนายพิมพ์
ยีนรุ่น mrnas
exons หมายเลขของต่อ
mrna เฉลี่ย
mrna ความยาว
exon เฉลี่ย
รวมความยาว
exons จำนวน
exon รวมความยาว
ncbi refseq หลักฐาน 11,089 11,308 7 .6 1,908 BP 251 BP 86,018 21.6 MB
ncbi gnomon AB มาแต่ต้น 37,994 37,994 3.9 887 BP 222 BP 149,183 33.3 MB
Augustus AB initioplus หลักฐาน 33,713 40,594 5.3 982 BP 223 BP 147,909 33.1 MB
fgenesh AB มาแต่ต้น 30,846 30,846 4.5 1,048 BP 232 BP 139,357 32.3 MB
fgenesh AB initioplus หลักฐาน 26,773 26,773 4.9 1,148 BP 236 BP 130,509 ร้อยละ 30.7 MB
เครื่องชง AB initioplus หลักฐาน 23,145 23,145 BP 6854142 BP 138 ,code 596 19.8 MB
geneid AB มาแต่ต้น 62,259 62,259 2.9 553 BP 194 BP 177,361 34.5 MB
genscan AB มาแต่ต้น 32,320 32,320 3.5 844 BP 241 ‐ BP 112,777 27.3 MB
เก็บข้าวฉันทามติ 36,606 36,606 4.3 943 BP 220 BP 156,578 34.5 MB
เก็บข้าว( - refseq )ฉันทามติ 24,355 24,355 2.8 657 BP 233 BP 68,632 16.0 MB
ogs 1.0 ncbi refseq ไม่สำรองเก็บข้าว 34,604 34,821 4.3 1,024 BP 241 BP 148,081 35.7 MB
ncbi refseq รุ่นที่มีโปรตีน 10,249 ถูกแบ่งย่อยออกไปการเข้ารหัสอย่างสมบรูณ์แบบรุ่นหรือบางส่วนตาม Est หรือ alignments โปรตีนรวมถึง 840 รุ่น pseudogene
มี codons ไร้สาระหรือ frameshift ระโหยโรยแรงและ rnas noncoding สำหรับทรานสคริปท์เป็นทางเลือกไม่เหมือนกันทรานสคริปท์หลักใน refseq Augustus .และจะถูกใช้ในการคำนวณ exon
mrna /การคำนวณขนาดของแหล่งจ่ายไฟ exon ทั้งหมดอยู่บนพื้นฐานของลำดับการเข้ารหัสเท่านั้น ความยาว mrna โดยเฉลี่ยจะไม่รวมถึงลำดับ utr ogs อย่างเป็นทางการยีนตั้งค่า
( refseq รหัสยีนไม่มีการสำรองเก็บข้าว)..
ดอย: 10.1371 /วารสาร. pbio.1000313 . T 001
เพลี้ยยีน
การแปล กรุณารอสักครู่..
ภาษาอื่น ๆ
การสนับสนุนเครื่องมือแปลภาษา: กรีก, กันนาดา, กาลิเชียน, คลิงออน, คอร์สิกา, คาซัค, คาตาลัน, คินยารวันดา, คีร์กิซ, คุชราต, จอร์เจีย, จีน, จีนดั้งเดิม, ชวา, ชิเชวา, ซามัว, ซีบัวโน, ซุนดา, ซูลู, ญี่ปุ่น, ดัตช์, ตรวจหาภาษา, ตุรกี, ทมิฬ, ทาจิก, ทาทาร์, นอร์เวย์, บอสเนีย, บัลแกเรีย, บาสก์, ปัญจาป, ฝรั่งเศส, พาชตู, ฟริเชียน, ฟินแลนด์, ฟิลิปปินส์, ภาษาอินโดนีเซี, มองโกเลีย, มัลทีส, มาซีโดเนีย, มาราฐี, มาลากาซี, มาลายาลัม, มาเลย์, ม้ง, ยิดดิช, ยูเครน, รัสเซีย, ละติน, ลักเซมเบิร์ก, ลัตเวีย, ลาว, ลิทัวเนีย, สวาฮิลี, สวีเดน, สิงหล, สินธี, สเปน, สโลวัก, สโลวีเนีย, อังกฤษ, อัมฮาริก, อาร์เซอร์ไบจัน, อาร์เมเนีย, อาหรับ, อิกโบ, อิตาลี, อุยกูร์, อุสเบกิสถาน, อูรดู, ฮังการี, ฮัวซา, ฮาวาย, ฮินดี, ฮีบรู, เกลิกสกอต, เกาหลี, เขมร, เคิร์ด, เช็ก, เซอร์เบียน, เซโซโท, เดนมาร์ก, เตลูกู, เติร์กเมน, เนปาล, เบงกอล, เบลารุส, เปอร์เซีย, เมารี, เมียนมา (พม่า), เยอรมัน, เวลส์, เวียดนาม, เอสเปอแรนโต, เอสโทเนีย, เฮติครีโอล, แอฟริกา, แอลเบเนีย, โคซา, โครเอเชีย, โชนา, โซมาลี, โปรตุเกส, โปแลนด์, โยรูบา, โรมาเนีย, โอเดีย (โอริยา), ไทย, ไอซ์แลนด์, ไอร์แลนด์, การแปลภาษา.
- 얼마나 많은 승객?
- กุ้งบอกถ้าฉันไม่ไปเธอโกรธ
- ในระหว่างนั้นพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเ
- สร้าง
- No Trespassing
- 승객?
- การสร้างสะพานให้ขบวนรถไฟแล่นข้ามห้วยเหวก
- การทำความสะอาดสัตว์เลี้ยงก็ต้องเลือกที่จ
- ฉันแค่ไม่อยากบอกคุณ
- ฉันไม่ค่อยเก่งภาษาจีน
- ฉันเรียนจบสถาปัตยกรรมศาสตร์การเมืองการปก
- ฉันไม่ค่อยเก่งภาษาจีน
- ผัดคะน้าหมู
- ไอ้ชาติหมา
- ผัดคะน้าหมูสด
- ช่วยทำใบเสนอราคาตามรายการด้านล่าง
- ฉันสมัครเเพกเก็จอินเทอร์เน็ทไว้
- More specifically, the incidence of over
- ทำใบเสนอราคาตามรายการด้านล่าง
- Patronizing the Royal Folk Arts and Craf
- how many passenger?
- ฉันเรียนจบสถาปัตยกรรมศาสตร์,การเมืองการป
- ทำใบเสนอราคาตามรายการด้านล่าง
- ประธานแจ้งให้ทำตัวอย่างให้ผ่านตาม Spec.แ
