PubMed Abstract:Selenocysteine (Sec

PubMed Abstract:
Selenocysteine (Sec) is translationally incorporated into proteins in response to the UGA codon. The tRNA specific to Sec (tRNA(Sec)) is first ligated with serine by seryl-tRNA synthetase (SerRS). In the present study, we determined the 3.1 Å crystal structure of the tRNA(Sec) from the bacterium Aquifex aeolicus, in complex with the heterologous SerRS from the archaeon Methanopyrus kandleri. The bacterial tRNA(Sec) assumes the L-shaped structure, from which the long extra arm protrudes. Although the D-arm conformation and the extra-arm orientation are similar to those of eukaryal/archaeal tRNA(Sec)s, A. aeolicus tRNA(Sec) has unique base triples, G14:C21:U8 and C15:G20a:G48, which occupy the positions corresponding to the U8:A14 and R15:Y48 tertiary base pairs of canonical tRNAs. Methanopyrus kandleri SerRS exhibited serine ligation activity toward A. aeolicus tRNA(Sec) in vitro. The SerRS N-terminal domain interacts with the extra-arm stem and the outer corner of tRNA(Sec). Similar interactions exist in the reported tRNA(Ser) and SerRS complex structure from the bacterium Thermus thermophilus. Although the catalytic C-terminal domain of M. kandleri SerRS lacks interactions with A. aeolicus tRNA(Sec) in the present complex structure, the conformational flexibility of SerRS is likely to allow the CCA terminal region of tRNA(Sec) to enter the SerRS catalytic site.

Keywords:
Euryarchaeota, Models, Molecular, Nucleic Acid Conformation, RNA, Bacterial, RNA, Transfer, Amino Acid-Specific, Serine-tRNA Ligase, Transfer RNA Aminoacylation

Organizational Affiliation:
Department of Biophysics and Biochemistry, Graduate School of Science, The University of Tokyo, 7-3-1 Hongo, Bunkyo-ku, Tokyo 113-0033, Japan.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

PubMed บทคัดย่อ:Translationally มีรวม Selenocysteine (วินาที) เข้าไปในโปรตีนในรหัสพันธุกรรมมหาวิทยาลัยจอร์เจีย TRNA เฉพาะวินาที (tRNA(Sec)) เป็นครั้งแรกควบกับแถ โดย seryl-tRNA synthetase (SerRS) ในการศึกษาปัจจุบัน เรากำหนดโครงสร้างผลึกÅ 3.1 ของ tRNA(Sec) จากแบคทีเรีย Aquifex aeolicus ในคอมเพล็กซ์กับ SerRS heterologous จาก archaeon Methanopyrus kandleri TRNA(Sec) แบคทีเรียสันนิษฐานรูป L โครงสร้าง ที่ protrudes แขนยาวพิเศษ แม้ conformation D-แขนและวางแขนเพิ่มใกล้เคียงกับ s tRNA (วินาที) eukaryal/archaeal, A. aeolicus tRNA(Sec) มีเฉพาะฐาน triples, G14:C21:U8 และ C15:G20a:G48 ซึ่งครองตำแหน่งที่สอดคล้องกับ U8:A14 และ R15:Y48 ต่อฐานคู่ของมาตรฐาน tRNAs Methanopyrus kandleri SerRS จัดแสดงกิจกรรมไข่แถไปทาง A. aeolicus tRNA(Sec) ใน โดเมน SerRS N-เทอร์มินัลที่โต้ตอบกับก้านแขนเสริมและมุมด้านนอกของ tRNA(Sec) โต้ตอบที่คล้ายกันมีอยู่ในรายงานของ tRNA(Ser) และ SerRS โครงสร้างซับซ้อนจากแบคทีเรีย Thermus thermophilus แม้ว่าโดเมนเทอร์มินัลซีตัวเร่งปฏิกิริยาของม. kandleri SerRS ขาดโต้ตอบกับอ. aeolicus tRNA(Sec) ในปัจจุบันโครงสร้างซับซ้อน ความยืดหยุ่น conformational ของ SerRS มีแนวโน้มให้ภูมิภาคสถานี CCA ของ tRNA(Sec) ป้อนไซต์ตัวเร่งปฏิกิริยา SerRS คำสำคัญ: Euryarchaeota รุ่น โมเลกุล Nucleic Conformation กรด อาร์เอ็นเอ แบคทีเรีย อาร์เอ็น เอ โอนย้าย กรดอะมิโนเฉพาะ tRNA แถ Ligase, Aminoacylation อาร์เอ็นเอถ่ายโอน เข้าสังกัดองค์กร: ชีวเคมี และแผนกชีวฟิสิกส์ได้ศึกษาโรงเรียนวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยโตเกียว 7-3-1 ฮอนโก Bunkyo-คู โตเกียว 113-0033 ญี่ปุ่น

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

PubMed บทคัดย่อ:
Selenocysteine ​​(ก.ล.ต. ) เป็นนิติบุคคลที่จัดตั้ง translationally เข้าโปรตีนในการตอบสนองต่อ codon UGA เฉพาะเจาะจงที่จะ tRNA วินาที (tRNA (ก.ล.ต. )) จะ ligated ครั้งแรกกับซีรีนโดย synthetase seryl-tRNA (SerRS) ในการศึกษาปัจจุบันเรากำหนดโครงสร้างผลึก 3.1 ของ tRNA (ก.ล.ต. ) จากแบคทีเรีย Aquifex aeolicus ในที่ซับซ้อนกับ SerRS heterologous จาก archaeon Methanopyrus kandleri แบคทีเรีย tRNA (ก.ล.ต. ) ถือว่าโครงสร้างรูปตัว L จากที่ยื่นออกมาแขนยาวเป็นพิเศษ แม้ว่าโครงสร้าง D-แขนและทิศทางแขนพิเศษมีความคล้ายคลึงกับของ eukaryal / archaeal tRNA (ก.ล.ต. ) s, a aeolicus tRNA (ก.ล.ต. ) มีฐานอเนกประสงค์ที่ไม่ซ้ำกัน G14: C21: U8 และ C15: G20a: G48, ซึ่งครองตำแหน่งที่สอดคล้องกับ U8 นี้: A14 และ R15: Y48 ฐานคู่ในระดับอุดมศึกษาของ tRNAs ยอมรับ Methanopyrus kandleri SerRS แสดงฤทธิ์ ligation ซีรีนที่มีต่อเอ aeolicus tRNA (ก.ล.ต. ) ในหลอดทดลอง โดเมน SerRS n- ขั้วโต้ตอบกับต้นกำเนิดแขนพิเศษและที่มุมด้านนอกของ tRNA (ก.ล.ต. ) ปฏิสัมพันธ์ที่คล้ายกันที่มีอยู่ในรายงาน tRNA (Ser) และ SerRS โครงสร้างที่ซับซ้อนจากแบคทีเรีย Thermus thermophilus แม้ว่าตัวเร่งปฏิกิริยาโดเมน c- ขั้วของเอ็ม kandleri SerRS ขาดการสื่อสารกับเอ aeolicus tRNA (ก.ล.ต. ) ในโครงสร้างที่ซับซ้อนในปัจจุบันมีความยืดหยุ่นของโครงสร้าง SerRS มีโอกาสที่จะช่วยให้ภูมิภาคขั้ว CCA ของ tRNA (ก.ล.ต. ) เพื่อป้อน SerRS เว็บไซต์ของตัวเร่งปฏิกิริยา. คำสำคัญ: Euryarchaeota, รุ่น, โมเลกุล, นิวคลีอิกกรดคล้อยตาม, RNA, แบคทีเรีย, RNA โอนอะมิโนกรดเฉพาะเซอรีน-tRNA ลิกาเซโอน RNA Aminoacylation สังกัดองค์กร: กรมชีวฟิสิกส์และชีวเคมีบัณฑิตวิทยาลัยวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยโตเกียว 7-3-1 Hongo, Bunkyo-ku, Tokyo 113-0033, ญี่ปุ่น

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

PTV บทคัดย่อ :
ซีลีโนซิสตีอีน ( วินาที ) translationally รวมเข้ากับโปรตีนในการตอบสนองต่อ Uga codon . โดยเฉพาะกับการเมารถวินาที ( ทีอาร์เอ็นเอ ( วินาที ) ) เป็นครั้งแรก โดยผูกกับเอนไซม์ seryl ทีอาร์เอ็นเอเทส ( serrs ) ในการศึกษาครั้งนี้เรามุ่งมั่นที่ 3.1 •โครงสร้างผลึกของทีอาร์เอ็นเอ ( วินาที ) จากแบคทีเรีย aeolicus aquifex ,ในซับซ้อนกับ serrs ด้วยตัวเองจาก archaeon methanopyrus kandleri . ส่วนการเมารถแบคทีเรีย ( วินาที ) ถือว่าโครงสร้างรูปตัว L จากที่แขนยาวพิเศษยื่นออกมา . แม้ว่า d-arm โครงสร้างและการวางแขนเสริม จะคล้ายกับบรรดาของ eukaryal / archaeal ทีอาร์เอ็นเอ ( วินาที ) S , A . aeolicus ทีอาร์เอ็นเอ ( SEC ) ได้อเนกประสงค์ ฐานที่เป็นเอกลักษณ์เพื่อ c21 : : : : g48 และ u8 c15 g20a ,ซึ่งครอบครองตำแหน่งที่สอดคล้องกับ u8 : A11 R15 : y48 ตติยภูมิฐานและคู่ของ Canonical trnas . methanopyrus kandleri serrs จัดแสดงกิจกรรม Ligation เซอรีนต่อ . aeolicus ทีอาร์เอ็นเอ ( วินาที ) ในเด็ก ที่ถูก serrs โดเมนมีการโต้ตอบกับต้นแขนพิเศษและมุมด้านนอกของการเมารถ ( วินาที )ปฏิกิริยาที่คล้ายกันอยู่ในรายงานการเมารถ ( เซอร์ ) และ serrs โครงสร้างที่ซับซ้อนจากแบคทีเรีย The Nude Maja . แม้ว่าโดเมนเนมซึ่งเร่งของม. kandleri serrs ขาดปฏิสัมพันธ์กับ . aeolicus ทีอาร์เอ็นเอ ( วินาที ) ในโครงสร้างที่ซับซ้อนในปัจจุบัน มีความยืดหยุ่นใน serrs มีแนวโน้มที่จะช่วยให้ปลายภาค CCA ทีอาร์เอ็นเอ ( วินาที ) เข้า serrs บนเว็บไซต์

คำสำคัญ :
euryarchaeota โมเดลโมเลกุลกรดนิวคลีอิกโครงสร้าง RNA bacterial โอน RNA , กรดอะมิโนเฉพาะของเอนไซม์ไลเกสทีอาร์เอ็นเอโอน RNA aminoacylation

องค์กรสังกัด ภาควิชาฟิสิกส์ และชีวเคมี :
, บัณฑิตวิทยาลัยวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยโตเกียว 7-3-1 โงะคุ บังเคียว , โตเกียว , 113-0033 , ญี่ปุ่น .