4.2. Characterization of mixed food

4.2. Characterization of mixed food products
The DNA barcode region(s) and the primers used from DNA amplification are universal (Hebert et al., 2003). Given these assumptions,PCR amplifications performed on DNA samples deriving from mixed food matrices produce several DNA barcode fragments, which correspond to different species. Hence, Sanger-based DNA sequencing, although being effective when used for DNA barcode, is not a feasible approach for mixed food, unless preceded by a cloning approach,which could introduce biases, because of the co-amplification of DNA fragments from different individuals or taxa. Several techniques, such as digestion with specific restriction enzymes (i.e. RFLP), or electrophoretic analysis (Colombo, Chess, Cattaneo, & Bernardi, 2011; Mane et al.,2009; Teletchea, 2009) were used to separate different DNA fragments before the sequencing process. However, these methods are effective only when the food matrix is made of few species, and when they have relatively relevant differences in their DNA barcodes (i.e. different target regions for restriction enzymes, and sequences of different length). In other cases, amplicons should be cloned into plasmid vectors and introduced into bacterial competent cells (Zeale, Butlin,Barker, Lees, & Jones, 2011), in order to obtain single fragments. To date, this procedure has been used in dietary studies devoted to some animals, such as mammals and birds, or to identify plants present in the intestinal samples of mammoths (Van Geel et al., 2011).A possible effective approach in applying DNA barcoding to complex food matrices could be the 454 pyrosequencing methodology,which produces several hundreds of thousands sequences per run,corresponding to the whole mix of DNA molecules extracted from the matrix. This approach allows to identify all raw materials including contaminants, or elements occurring in traces only.Pyrosequencing was used for several DNA barcoding analyses (see Hajibabaei, Shokralla, Zhou, Singer, & Baird, 2011; Valentini et al.,2009), including the identification of raw material of the diet of several animals (Raye et al., 2011; Soininen et al., 2009), as well as for analysing ancient DNA extracted from museum specimens (Shokralla et al., 2011). The restriction of this approach is the reduced length of barcode sequences, which range from 250 to 400 bp (Valentini et al., 2009). This limit has been partially resolved using minibarcodes: shorter fragments of cox1 of about 150 bp (Hellberg & Morrisey, 2011; Meusnier et al., 2008; Shokralla et al., 2011),which can be also obtained through 454 pyrosequencing. The minibarcode approach provides enough information to identify species from different matrices (Hajibabaei, Singer, Clare, & Hebert,2007; Hajibabaei et al., 2006, 2011; Meusnier et al., 2008), as well as to identify the content of seafood products (Becker et al., 2011;Botti & Giuffra, 2010; Rasmussen et al., 2009). However, the reduced length of minibarcode sequences may be not informative enough to identify closely related species.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

4.2 ลักษณะของผลิตภัณฑ์อาหารผสม
ภูมิภาคบาร์โค้ด dna (s) และไพรเมอร์ที่ใช้จากการขยาย dna เป็นสากล (เบิร์ตอัล., 2003) กำหนดสมมติฐานเหล่านี้ amplifications pcr ดำเนินการกับตัวอย่างดีเอ็นเอมาจากการฝึกอบรมอาหารผสมผลิตชิ้นส่วนหลายบาร์โค้ด dna ซึ่งสอดคล้องกับสายพันธุ์ที่แตกต่างกัน จึงแซงเจอร์ตาม dna ลำดับแม้ว่าจะมีประสิทธิภาพเมื่อใช้สำหรับบาร์โค้ดดีเอ็นเอไม่ได้เป็นวิธีการที่เป็นไปได้สำหรับอาหารผสมเว้นแต่นำหน้าด้วยวิธีการโคลนซึ่งสามารถนำอคติเพราะร่วมการขยายของชิ้นส่วนดีเอ็นเอจากบุคคลที่แตกต่างกันหรือแท็กซ่า เทคนิคหลายอย่างเช่นการย่อยด้วยเอนไซม์ที่เฉพาะเจาะจง จำกัด (เช่น RFLP) หรือการวิเคราะห์ electrophoretic (โคลัมโบ, หมากรุก, Cattaneo,& Bernardi, 2011. แผงคอและคณะ, 2009; teletchea, 2009) ถูกนำมาใช้เพื่อแยกชิ้นส่วนดีเอ็นเอที่แตกต่างกันก่อนที่กระบวนการลำดับ แต่วิธีการเหล่านี้จะมีประสิทธิภาพก็ต่อเมื่อเมทริกซ์อาหารที่ทำจากไม่กี่สายพันธุ์และเมื่อพวกเขามีความแตกต่างกันที่เกี่ยวข้องในบาร์โค้ดดีเอ็นเอของพวกเขา (ภูมิภาคเป้าหมายที่แตกต่างกันเช่นเอนไซม์ข้อ จำกัด และลำดับของความยาวที่แตกต่างกัน) ในกรณีอื่น ๆamplicons ควรจะโคลนเข้าไปในพลาสมิดพาหะและนำเข้าสู่เซลล์แบคทีเรียที่มีความสามารถ (zeale, butlin, ร้อง, ตะกอน, & jones, 2011) เพื่อที่จะได้รับชิ้นส่วนเดียว วันที่ขั้นตอนนี้ได้รับการใช้ในการศึกษาอาหารที่อุทิศให้กับสัตว์บางอย่างเช่นการเลี้ยงลูกด้วยนมและนกหรือการระบุพืชที่มีอยู่ในตัวอย่างลำไส้ของมม็อ ธ (รถตู้ geel และคณะ. 2011)แนวทางที่มีประสิทธิภาพที่เป็นไปได้ในการประยุกต์ใช้บาร์โค้ด dna การฝึกอบรมอาหารที่ซับซ้อนอาจจะเป็นวิธีการ pyrosequencing 454 ซึ่งผลิตหลายร้อยหลายพันของลำดับต่อการทำงานสอดคล้องกับการผสมผสานทั้งของโมเลกุลดีเอ็นเอที่สกัดจากเมทริกซ์ วิธีการนี​​้จะช่วยในการระบุวัตถุดิบทั้งหมดรวมทั้งสารปนเปื้อนหรือองค์ประกอบที่เกิดขึ้นในเพียงร่องรอยpyrosequencing ที่ใช้สำหรับการวิเคราะห์ดีเอ็นเอบาร์โค้ดหลาย (ดู hajibabaei, shokralla, โจวนักร้อง&บาร์ด, 2011. วาเลนติเอตอัล, 2009) รวมถึงการกำหนดวัตถุดิบของอาหารของสัตว์หลาย (raye et al, 2011. .. Soininen et al, 2009) เช่นเดียวกับการวิเคราะห์ดีเอ็นเอโบราณที่สกัดจากตัวอย่างพิพิธภัณฑ์ (shokralla et al, 2011)ข้อ จำกัด ของวิธีนี้คือความยาวที่ลดลงของลำดับบาร์โค้ดซึ่งช่วง 250-400 bp (Valentini และคณะ. 2009) ขีด จำกัด นี้ได้รับการแก้ไขบางส่วนใช้ minibarcodes: เศษสั้น cox1 ประมาณ 150 bp (Hellberg & Morrisey, 2011; meusnier et al, 2008; shokralla et al, 2011..) ซึ่งสามารถรับได้ผ่านทาง 454 pyrosequencingวิธี minibarcode ให้ข้อมูลเพียงพอที่จะระบุชนิดได้จากการฝึกอบรมที่แตกต่างกัน (hajibabaei, นักร้อง, แคลร์, &เบิร์ต 2007; hajibabaei et al, 2006, 2011;.. meusnier et al, 2008) เช่นเดียวกับระบุเนื้อหาของอาหารทะเล ผลิตภัณฑ์ (เบคเกอร์และคณะ, 2011;. Botti & giuffra 2010. รัสมุสเอตอัล, 2009) อย่างไรก็ตามระยะเวลาที่ลดลงของลำดับ minibarcode อาจจะไม่ให้ข้อมูลเพียงพอที่จะระบุชนิดที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิด.

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

4.2 การจำแนกผลิตภัณฑ์อาหารผสม
ไพรเมอร์ที่ใช้ขยายดีเอ็นเอและ region(s) บาร์โค้ดดีเอ็นเอเป็นสากล (Hebert และ al., 2003) กำหนดสมมติฐานเหล่านี้ amplifications PCR ที่ดำเนินการในตัวอย่างดีเอ็นเอที่บริษัทฯ จากเมทริกซ์อาหารผสมผลิตกระจายหลายดีเอ็นเอบาร์โค้ดตัว ซึ่งสอดคล้องกับสายพันธุ์ต่าง ๆ ดังนั้น DNA Sanger ตามลำดับ แม้ว่าจะมีผลบังคับใช้เมื่อใช้สำหรับบาร์โค้ดดีเอ็นเอ จะไม่เป็นแนวทางที่เป็นไปได้สำหรับผสมอาหาร ถ้านำหน้า ด้วยวิธี cloning ซึ่งสามารถแนะนำยอม เนื่องจากขยายร่วมเอ็น fragments จากบุคคลอื่นหรือ taxa เทคนิคต่าง ๆ เช่นย่อยอาหารเอนไซม์จำกัดเฉพาะ (เช่น RFLP), หรือวิเคราะห์ด้วย (โคลอมโบ หมากรุก Cattaneo & Bernardi, 2011 แผงคอและ al., 2009 Teletchea, 2009) ใช้ในการแยกชิ้นส่วนดีเอ็นเอแตกต่างกันก่อนการจัดลำดับ อย่างไรก็ตาม วิธีการเหล่านี้มีประสิทธิภาพ เมื่อเมตริกซ์อาหารทำไม่กี่พันธุ์เท่านั้น และ เมื่อมีความแตกต่างค่อนข้างเกี่ยวข้องในการบาร์โค้ดดีเอ็นเอ (แตกต่างกันเช่นภูมิภาคเอนไซม์จำกัด และลำดับของความยาวแตกต่างกัน) ในบางกรณี amplicons ควร cloned เป็น plasmid เวกเตอร์ และนำเข้าสู่เซลล์แบคทีเรียมีอำนาจ (Zeale, Butlin บาร์ คเกอร์ ลีส์ &โจนส์ 2011), เพื่อ ให้ได้ชิ้นส่วนเดียวกัน วันที่ ได้มีการใช้กระบวนการนี้ในการศึกษาอาหารที่อุทิศให้กับสัตว์บาง เลี้ยงลูกด้วยนมและนก หรือระบุ พืชแสดงในตัวอย่างลำไส้ของ mammoths (Van Geel et al., 2011)วิธีการมีประสิทธิภาพเป็นไปได้ในการใช้ซอฟต์แวร์ดีเอ็นเอกับเมทริกซ์อาหารซับซ้อนอาจจะวิธี 454 pyrosequencing ผลิตผลใดลำดับหลายร้อยหลายพันต่อรัน ที่สอดคล้องกับส่วนผสมทั้งหมดของโมเลกุลดีเอ็นเอที่สกัดจากเมทริกซ์ได้ วิธีการนี้ช่วยให้การระบุวัสดุวัตถุดิบทั้งหมดรวมทั้งสารปนเปื้อน หรือองค์ประกอบที่เกิดขึ้นในร่องรอยเท่านั้นใช้สำหรับวิเคราะห์โค้ดีเอ็นเอหลาย Pyrosequencing (ดู Hajibabaei, Shokralla โจว นักร้อง & Baird, 2011 Valentini et al., 2009), รวมทั้งรหัสของวัตถุดิบของอาหารสัตว์หลาย (Raye et al., 2011 Soininen et al., 2009), และด้วยเป็นการวิเคราะห์ DNA โบราณสกัดจากพิพิธภัณฑ์ไว้เป็นตัวอย่าง (Shokralla et al., 2011) ข้อจำกัดของวิธีนี้คือ ลดความยาวของลำดับ เครื่องอ่านบาร์โค้ดซึ่งช่วง 250-400 bp (Valentini et al., 2009) ขีดจำกัดนี้ได้รับการบางส่วนแก้ไขใช้ minibarcodes: ชิ้นส่วนที่สั้นของ cox1 ประมาณ 150 bp (Hellberg & Morrisey, 2011 Meusnier et al., 2008 Shokralla et al., 2011), ซึ่งยังได้ผ่าน 454 pyrosequencing วิธี minibarcode ให้ข้อมูลเพียงพอระบุพันธุ์จากเมทริกซ์ต่าง ๆ (Hajibabaei นักร้อง แคลร์ & Hebert, 2007 Hajibabaei และ al., 2006, 2011 Meusnier et al., 2008), และด้วยระบุเนื้อหาของผลิตภัณฑ์อาหารทะเล (Becker et al., 2011บอตตี& Giuffra, 2010 Rasmussen et al., 2009) อย่างไรก็ตาม ลดความยาวของลำดับ minibarcode อาจจะได้ข้อมูลเพียงพอที่จะระบุชนิดที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดได้

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

4.2 . แสดงลักษณะของการผสมผสานอาหารสินค้า
ดีเอ็นเอบาร์โค้ด ภูมิภาค ( s )และ primers ที่ใช้จากการขยายเสียงดีเอ็นเอเป็นสากล( hebert et al . 2003 ) ได้รับเหล่านี้ pcr amplifications ทำตัวอย่างดีเอ็นเอจนบางครั้งไม่สามารถแยกออกจากมดลูกอาหารผสมผลิตเศษบาร์โค้ดหลากหลายดีเอ็นเอซึ่งสอดคล้องกับสายพันธุ์ที่แตกต่างกันไป ดังนั้นการจัดลำดับดีเอ็นเอ sanger - ใช้แม้ว่าจะมีการใช้งานได้อย่างคุ้มค่าเมื่อใช้สำหรับบาร์โค้ดดีเอ็นเอไม่ใช่การเข้าถึงเป็นไปได้สำหรับอาหารแบบผสมเว้นแต่คริปท์นำหน้าด้วยการโคลนซึ่งจะแนะนำเพราะอคติของความร่วมมือการขยายสัญญาณเสียงในดีเอ็นเอจากเศษ taxa หรือบุคคลอื่น. เทคนิคหลายประการเช่นระบบย่อยอาหารพร้อมด้วยเอนไซม์การจำกัดเฉพาะ(เช่น rflp )หรือ electrophoretic การวิเคราะห์(โคลัมโบหมากรุก cattaneo&ฝ่าย 2011 แผง et al . 2009 teletchea 2009 )ได้ถูกนำมาใช้เพื่อแยกเศษดีเอ็นเอแตกต่างกันก่อนที่กระบวนการการจัดลำดับที่. อย่างไรก็ตามวิธีการเหล่านี้จะมีผลบังคับใช้เท่านั้นเมื่อ Matrix Storage อาหารที่ทำมาจากสายพันธุ์และเมื่อเขามีความแตกต่างกันค่อนข้างมากในบาร์โค้ตที่เกี่ยวข้องของดีเอ็นเอ(เช่นเขตพื้นที่เป้าหมายที่แตกต่างสำหรับซีเควนซ์ของเอ็นไซม์และข้อจำกัดของความยาวที่แตกต่างกัน) ในกรณีอื่นๆamplicons ควรจะจำลองไว้ในองค์ประกอบ plasmid และนำเสนอเข้าสู่เซลล์มีอำนาจเกิดจากเชื้อแบคทีเรีย( zeale butlin Barker ตะกอน&โจนส์ 2011 )ในการสั่งซื้อเพื่อขอรับเศษเดียว วันที่ขั้นตอนนี้ได้รับการนำมาใช้ในการศึกษาการ บริโภค อาหารได้อุทิศตัวเพื่อสัตว์บางชนิดเช่นนกและสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมหรือในการจำแนกพันธุ์ไม้ในตัวอย่างเกี่ยวกับลำไส้ของ mammoths (รถตู้ geel et al . 2011 )วิธีการที่มี ประสิทธิภาพ เป็นไปได้ในการนำดีเอ็นเอ barcoding แม็ตทริกซ์ในอาหารคอมเพล็กซ์จะเป็น 454 วิธีการ pyrosequencing ซึ่งผลิตหลายร้อยหลายพันคนในลำดับต่อรันที่เกี่ยวข้องทั้งหมดเพื่อการผสมผสานของโมเลกุลของดีเอ็นเอที่ถูกดึงมาจากตารางที่ วิธีนี้ช่วยให้สามารถระบุวัตถุดิบทั้งหมดรวมถึงสิ่งปนเปื้อนหรือองค์ประกอบในลายวงจรขาดเกิดขึ้นเท่านั้นpyrosequencing ได้ถูกใช้เพื่อการวิเคราะห์หลาย barcoding ดีเอ็นเอ(ดู hajibabaei shokralla Zhou นักร้อง& baird 2011 valentini et al . 2009 )ซึ่งรวมถึงการระบุตัวตนของวัตถุดิบของอาหารของสัตว์หลาย( raye et al . 2011 soininen et al . 2009 )และสำหรับวิเคราะห์ดีเอ็นเอโบราณมาจากตัวอย่าง Museum ( shokralla et al . 2011 )การจำกัดสิทธิของวิธีการนี้คือลดความยาวของลำดับบาร์โค้ดที่หลากหลายตั้งแต่ 250 ถึง 400 BP ( valentini et al . 2009 ) การจำกัดนี้ได้รับการแก้ไขแล้วบางส่วนโดยใช้ minibarcodes เศษสั้นลงของ Cox 1 ใน 150 BP ( hellberg & morrisey 2011 meusnier et al . 2008 shokralla et al . 2011 )ซึ่งนอกจากนั้นยังสามารถเป็นได้รับผ่านทาง pyrosequencing 454วิธีการ minibarcode จัดให้บริการข้อมูลพอที่จะระบุสายพันธุ์จากแม็ตทริกซ์แตกต่างกันไป( hajibabaei นักร้อง Clare & hebert, 2007 hajibabaei et al . 20062011 meusnier et al . 2008 )เป็นอย่างดีเป็นการระบุเนื้อหาของ ผลิตภัณฑ์ อาหารทะเล(แกรี่เบคเคอร์ et al . 2011 botti & giuffra 2010 Helen Rasmussen and et al . 2009 ) แต่ถึงอย่างไรก็ตามลดความยาวของลำดับ minibarcode อาจจะไม่ได้รับความรู้พอที่จะระบุสายพันธุ์ที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิด.