The RV144 HIV vaccine trial in Thai

The RV144 HIV vaccine trial in Thailand elicited two different antibody responses to the
envelope of HIV-1, which correlated significantly with the risk of HIV-1 acquisition. HLA class II
molecules are essential in antigen presentation to CD4 T cells for activation of B cells to
produce antibodies. We genotyped the classical HLA-DRB1, DQB1 and DPB1 genes in 450
individuals from the placebo arm of the RV144 study to determine the background allele and
haplotype frequencies of these genes in this cohort. Understanding the interaction of HLA class
II genes with the immune correlates in RV144 could shed light on mechanisms that mediate
humoral responses and impact vaccine efficacy.
High-resolution 4 and 6-digit class II HLA typing data was generated using sequencing
based methods. The observed diversity for the HLA loci was 33 HLA-DRB1, 15 HLA-DQB1, and
26 HLA-DPB1 alleles. Common alleles with frequencies greater than 10% were DRB1*07:01,
DRB1*09:01, DRB1*12:02, DRB1*15:02, DQB1*02:01, DQB1*03:01, DQB1*03:03,
DQB1*05:01, DQB1*05:02, DPB1*04:01:01, DPB1*05:01:01 and DPB1*13:01:01. We identified
28 rare alleles with frequencies of less than 1% in the Thai individuals. Ambiguity for HLADPB1*
28:01 in exon 2 was resolved to HLA-DPB1*296:01 by sequencing all exons. The two
and three-loci haplotypes were reported for all three class II genes.
This is the first comprehensive report of allele and haplotype frequencies of all three
HLA class II genes from a Thai population. A high-resolution genotyping method like nextgeneration
sequencing avoids missing rare alleles and resolves ambiguous calls. The HLA
class II genotyping data generated in this study will be beneficial not only for future disease
association/vaccine efficacy studies related to the RV144 study, but also for similar studies in
other diseases in the Thai population, as well as population genetics and transplantation
studies.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

วัคซีน RV144 เอชไอวีที่ทดลองในประเทศไทย elicited สองแอนติบอดีแตกต่างตอบสนองต่อการ
ซองจดหมายของเอชไอวี-1 ซึ่ง correlated อย่างมีนัยสำคัญกับความเสี่ยงของเชื้อเอชไอวี-1 มา HLA คลาส II
โมเลกุลมีความสำคัญในการนำเสนอการตรวจหาเซลล์ CD4 T สำหรับเปิดใช้งานของเซลล์ B
ผลิตแอนตี้ เรา genotyped คลาสสิก HLA DRB1, DQB1 และ DPB1 ยีนใน 450
บุคคลจากยาหลอกแขน RV144 การศึกษาเพื่อกำหนด allele พื้นหลัง และ
haplotype ความถี่ของยีนเหล่านี้ในการนี้ผู้ผ่านการ เข้าใจปฏิสัมพันธ์ของ HLA คลาส
ยีน II ด้วยสัมพันธ์กับภูมิคุ้มกันใน RV144 สามารถหลั่งน้ำตาแสงในกลไกที่บรรเทา
ตอบ humoral และผลกระทบต่อประสิทธิภาพวัคซีนได้
ความละเอียดสูง 4 และ เลข 6 คลาส II HLA พิมพ์ข้อมูลโดยลำดับ
ตามวิธีการ มีหลากหลายสังเกตสำหรับ HLA loci 33 HLA DRB1, HLA 15-DQB1 และ
alleles HLA-DPB1 26 Alleles ทั่วไป มีความถี่มากกว่า 10% มี DRB1 * 07:01,
DRB1 * 09:01, DRB1 * 12:02, DRB1 * 15:02, DQB1 * 02:01, DQB1 * 03:01, DQB1 * 03:03,
DQB1 * 05:01, DQB1 * 05:02, DPB1 * 04: 01:01, DPB1 * 05: 01:01 และ DPB1 * 13:01:01. ที่เราระบุ
alleles 28 หายากที่ มีความถี่น้อยกว่า 1% ในคนไทย ย่อสำหรับ HLADPB1
28:01 ใน exon 2 ได้รับการแก้ไขให้ HLA-DPB1 * 296:01 โดยลำดับเบส exons ทั้งหมด สอง
และ 3 loci haplotypes มีรายงานสำหรับทั้งสามระดับยีน II.
เป็นรายงานแรกที่ครอบคลุมความถี่ allele และ haplotype ทั้งสาม
HLA คลาส II ยีนจากประชากรไทย วิธี genotyping ความละเอียดสูงเช่น nextgeneration
ลำดับหลีกเลี่ยงยาก alleles ที่ขาดหายไป และแก้ไขชัดเจนโทร HLA
ชั้นข้อมูล genotyping II ที่สร้างขึ้นในการศึกษานี้จะเป็นประโยชน์ไม่เฉพาะสำหรับโรคในอนาคต
ศึกษาประสิทธิภาพวัคซีน/สมาคมที่เกี่ยวข้องกับ การศึกษา RV144 แต่ยัง สำหรับศึกษาคล้าย
อื่น ๆ โรคในประชากรไทย พันธุศาสตร์เชิงประชากรและปลูก
การศึกษา

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การ rv144 วัคซีนเอดส์ทดลองในประเทศไทยโดยใช้สองการตอบสนองแอนติบอดีที่แตกต่างกัน
ซองของเชื้อเอชไอวี ซึ่งมีความสัมพันธ์กับความเสี่ยงของการซื้อกิจการ 1 . มาตรา 2
โมเลกุลมีความสำคัญในการนำเสนอแอนติเจนกับ CD4 T เซลล์สำหรับการกระตุ้นของ B เซลล์
ผลิตแอนติบอดี เรา genotyped ที่ความถี่ยีน HLA-DRB1 และคลาสสิก , 0201 450
บุคคลจากยาหลอกที่แขนของ rv144 การศึกษาเพื่อกำหนดพื้นหลังและความถี่ของยีนยีน
พบเหล่านี้ในการติดตามนี้ เข้าใจปฏิสัมพันธ์ของมาตรา
2 ยีนกับภูมิคุ้มกันที่เกี่ยวข้องใน rv144 สามารถหลั่งไฟบนกลไกที่เป็นการตอบสนองและประสิทธิภาพวัคซีน humoral

ผลกระทบ .ความละเอียดสูง 4 ชั้น 2 6-digit พิมพ์ข้อมูล DQB1 ถูกสร้างขึ้นใช้วิธีการจัดลำดับ

และความหลากหลายสำหรับ hla คือ 33 ของ HLA-DRB1 , 15 hla-dqb1 และ
26 อัลลีล hla-dpb1 . ความถี่อัลลีลปกติมากกว่าร้อยละ 10 07:01 DRB1 *
* 09:01 , การศึกษา , การศึกษา 15:02 12:02 DRB1 * , * , * 02:01 0201 , 03:01 0201 * 0201 03:03
* , , * 0201 * 0201 05 : 01 05 : 02 , DQA1 * 04:01:01 , DQA1 * 05:01:01 , DQA1 * 13 : และ01:01 . เราระบุกับความถี่ของอัลลีล
28 หายากน้อยกว่าร้อยละ 1 ในคนไทย . โปรแกรมสำหรับ hladpb1 *
28:01 ใน exon 2 มติ hla-dpb1 * 296:01 ทั้งหมดที่มีของ 2
3 ผล โดยรายงานของชั้น 2 ทั้ง 3 ยีน
นี่คือรายงานที่ครอบคลุมแรกของความถี่ของอัลลีล และพบมาตรา 3
2 ยีนจากประชากรไทย .ความละเอียดสูง เช่น การส่งเสริมการใช้ nextgeneration
อัลลีลที่หายาก และจะโทรไปไม่ชัดเจน การสร้างเขตข้อมูลการต
Class II ในการศึกษานี้จะเป็นประโยชน์ไม่เพียง แต่สำหรับสมาคม ผลการศึกษาที่เกี่ยวข้องกับ rv144 การศึกษาวัคซีนโรค
ในอนาคต แต่ยังเพื่อการศึกษาที่คล้ายกันใน
โรคอื่น ๆ ในประชากรไทยรวมทั้งพันธุศาสตร์ประชากรและการปลูกถ่าย
ศึกษา