Illumina library construct design.

Illumina library construct design. The Illumina library was created with a two-step
protocol to add cluster binding and sequencing primer sites to the construct in the
second round of PCR amplification. First-step PCR amplification primers
(PE16S_V4_U515_F, 5′-ACACG ACGCT CTTCC GATCT YRYRG TGCCA
GCMGC CGCGG TAA-3′ and PE16S_V4_E786_R, 5′-CGGCA TTCCT GCTGA
ACCGC TCTTC CGATC TGGAC TACHV GGGTW TCTAAT-3′) contain primers
U515F and E786R targeting the V4 region of the 16S rRNA gene, as described
previously20,42. Additionally, a complexity region in the forward primer (5′-YRYR-3′)
was added to aid image-processing software used during Illumina next-generation
sequencing. The second-step primers incorporate the Illumina adapter sequences
and a 9-bp barcode for library recognition (PE-III-PCR-F, 5′-AATGA TACGG
CGACC ACCGA GATCT ACACT CTTTC CCTAC ACGAC GCTCT TCCGA
TCT-3′; PEIII-PCR-001-096, 5′-CAAGC AGAAG ACGGC ATACG AGATN
NNNNN NNNCG GTCTC GGCAT TCCTG CTGAA CCGCT CTTCC GATCT-3′,
where N indicates sample barcode position). Libraries from 2008 were created with
the primer skipping protocol, as previously described41

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

การออกแบบก่อสร้างไลบรารี Illumina สร้างไลบรารี Illumina กับแบบสองขั้นตอนโพรโทคอลการเพิ่มคลัสเตอร์ผูก และรองพื้นที่ไซต์ก่อสร้างในการจัดลำดับรอบสองของกระบือ ไพรเมอร์ขยาย PCR ขั้นตอนแรก(PE16S_V4_U515_F, 5 ′-ACACG ACGCT CTTCC GATCT YRYRG TGCCAแห GCMGC CGCGG-3′ และ PE16S_V4_E786_R, GCTGA TTCCT CGGCA 5 ′ACCGC TCTTC CGATC TGGAC TACHV GGGTW TCTAAT-3′) ประกอบด้วยไพรเมอร์U515F และ E786R กำหนดเป้าหมายภูมิภาค V4 ของ rRNA ยีน 16S ตามที่อธิบายไว้previously20, 42 นอกจากนี้ ความซับซ้อนบริเวณพื้นข้างหน้า (5 ′-YRYR-3′)เพิ่มเพื่อช่วยให้ซอฟต์แวร์ประมวลผลที่ใช้ระหว่าง Illumina เนอการจัดลำดับ ไพรเมอร์ขั้นที่สองรวมลำดับที่อะแดปเตอร์ Illuminaและบาร์โค้ด 9 bp สำหรับไลบรารีการรับรู้ (PE-III-PCR-F, 5 ′-AATGA TACGGCGACC ACCGA GATCT ACACT CTTTC CCTAC ACGAC GCTCT TCCGATCT-3′ PEIII-PCR-001-096, 5 ′-CAAGC AGAAG ACGGC ATACG AGATNNNNNN NNNCG GTCTC GGCAT TCCTG CTGAA CCGCT CTTCC GATCT-3′ที่ N แสดงตัวอย่างบาร์โค้ดตำแหน่ง) สร้างไลบรารีจาก 2008 ด้วยรองพื้นข้ามโพรโทคอล เป็น described41 ก่อนหน้านี้

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

การออกแบบสร้างห้องสมุด Illumina ห้องสมุด Illumina ถูกสร้างขึ้นด้วยสองขั้นตอน
โปรโตคอลที่จะเพิ่มคลัสเตอร์ที่มีผลผูกพันและเว็บไซต์ไพรเมอร์ลำดับที่จะสร้างใน
รอบที่สองของขยาย PCR ขั้นตอนแรกไพรเมอร์ขยาย PCR
(PE16S_V4_U515_F, 5'-ACACG ACGCT CTTCC GATCT YRYRG TGCCA
GCMGC CGCGG TAA-3 'และ PE16S_V4_E786_R, 5'-CGGCA TTCCT GCTGA
ACCGC TCTTC CGATC TGGAC TACHV GGGTW TCTAAT-3') ประกอบด้วยไพรเมอร์
U515F และการกำหนดเป้าหมาย E786R ภูมิภาค V4 ของยีน 16S rRNA ตามที่อธิบายไว้
previously20,42 นอกจากนี้พื้นที่ที่ซับซ้อนในไพรเมอร์ไปข้างหน้า (5'-YRYR-3 ')
ถูกเพิ่มเข้ามาเพื่อช่วยซอฟต์แวร์ประมวลผลภาพที่ใช้ในระหว่าง Illumina รุ่นต่อไป
ลำดับ ไพรเมอร์ขั้นตอนที่สองรวม Illumina ลำดับอะแดปเตอร์
และบาร์โค้ด 9 bp สำหรับการรับรู้ห้องสมุด (PE-III-PCR-F, 5'-AATGA TACGG
CGACC ACCGA GATCT ACACT CTTTC CCTAC ACGAC GCTCT TCCGA
TCT-3 '; PEIII-PCR -001-096, 5'-CAAGC AGAAG ACGGC ATACG AGATN
nnnnn NNNCG GTCTC GGCAT TCCTG CTGAA CCGCT CTTCC GATCT-3 '
โดยที่ N แสดงถึงตำแหน่งบาร์โค้ดตัวอย่าง) ห้องสมุดจาก 2008 ถูกสร้างขึ้นด้วย
ไพรเมอร์โพรโทคอข้ามเป็น described41 ก่อนหน้านี้