Protein-Coding Gene AnnotationTwo m

Protein-Coding Gene Annotation
Two methods were used to predict protein-coding genes: homology-based method andde novoprediction. Gene sets from four species (Ara-bidopsis thaliana, Brachypodium distachyon, Oryza sativa, and Sorghum
bicolor) were used for homology-based predictions, one species at a
time. TBLASTN was used to search the nonredundant protein sequences
of each gene set with an E-value

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

รหัสโปรตีนยีนอธิบายใช้สองวิธีในการทำนายยีนโปรตีนรหัส: วิธีที่ homology andde novoprediction ชุดยีนจากสี่สายพันธุ์ (Ara bidopsis thaliana, Brachypodium distachyon, Oryza sativa และข้าวฟ่างไบคัลเลอร์) ใช้สำหรับการคาดคะเนคะแนน homology สายพันธุ์หนึ่งที่มีครั้ง TBLASTN ใช้ในการค้นหาลำดับโปรตีน nonredundantแต่ละยีนที่ตั้งกับค่า E < 1e 2 แล้วเลือกตีที่ดีที่สุดและ regionswithhomologous บล็อกสั้น than80% thequeryproteinถูกแยกออก เราใช้ GENEWISE (v2.2.0) (Birney et al. 2004)สร้างโครงสร้างยีน ทำซ้ำตาม homology ถูกหลอกลวงในกลุ่ม และลาน (Stanke และ Waack, 2003), สแน็ปอิน (Korf2004), และ GlimmerHMM (Majoros et al. 2004) ใช้สำหรับ de novoการคาดเดาของยีน พารามิเตอร์ฝึกโดยใช้ยีน 1000 คุณภาพสูงเหมือนเดิมเปิดอ่านเฟรมที่อิง homology toPhalaenopsisequestris หลักฐานที่ได้มาจาก homology การคาดคะเน (สี่ชุด) andde novopredictions (สามชุด) รวมแล้วใน GLEANชุด togenerateaconsensusgene Basedon theseanalyses andpublishedข้อมูล transcriptome ยีน 35,567 ผ่านเกณฑ์ GLEANคำอธิบายการทำงานกำหนดฟังก์ชันยีนตามการแข่งขันที่ดีที่สุดของการจัดตำแหน่งดัง Blastp ที่ใช้ฐานข้อมูล SwissProt และ TrEMBL สำคัญและโดเมนของยีนที่ถูกกำหนด โดย InterProScan (Zdobnovและ Apweiler, 2001) กับฐานข้อมูลของโปรตีนรวมทั้ง ProDomพิมพ์ Pfam สมาร์ท เสือ และ PROSITE ID ยีนภววิทยามาจาก SwissProt ที่สอดคล้องกันสำหรับแต่ละยีน และTrEMBL รายการ ยีนทั้งหมดสอดคล้องกับโปรตีน KEGG และทางเดินซึ่งยีนอาจเกี่ยวข้องได้มาจากการจับคู่ยีนใน KEGG (Kanehisa และ Goto, 2000)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

โปรตีน Coding หมายเหตุยีน
สองวิธีที่ถูกนำมาใช้ในการทำนายยีนโปรตีนเข้ารหัส: คล้ายคลึงกันตามวิธีการ andde novoprediction ชุดยีนจากสี่ชนิด (thaliana Ara-bidopsis, Brachypodium distachyon, Oryza sativa และข้าวฟ่าง
สี) ถูกนำมาใช้สำหรับการคาดการณ์ที่คล้ายคลึงกันตามชนิดหนึ่งที่
เวลา TBLASTN ถูกใช้ในการค้นหาลำดับโปรตีน nonredundant
ของยีนแต่ละชุดที่มี E-value <1E 2 ตีที่ดีที่สุดได้รับเลือกแล้ว
และบล็อก regionswithhomologous สั้น than80% ของ thequeryprotein
ได้รับการยกเว้น จากนั้นเราจะใช้ GENEWISE (v2.2.0) (Birney et al., 2004) ในการ
สร้างโครงสร้างยีน ซ้ำที่คล้ายคลึงกันตามถูกหลอกลวงใน
จีโนมและ AUGUSTUS (Stanke และ Waack, 2003), SNAP (Korf,
2004) และ GlimmerHMM (Majoros et al., 2004) ถูกนำมาใช้สำหรับ Novo
ทำนายยีน พารามิเตอร์ได้รับการฝึกฝนการใช้ 1000 ยีนที่มีคุณภาพสูง
ที่มีกรอบการอ่านเหมือนเดิมเปิดอยู่บนพื้นฐานที่คล้ายคลึงกัน toPhalaenopsis
Equestris หลักฐานที่ได้มาจากการคาดการณ์ที่คล้ายคลึงกันตาม (สี่
ชุด) andde novopredictions (สามชุด) ถูกรวมแล้วรวบรวม
togenerateaconsensusgene ตั้ง Basedon theseanalyses andpublished
ข้อมูลยีน, 35,567 ยีนผ่านเกณฑ์การรวบรวม.
Functional หมายเหตุ
ฟังก์ชั่นยีนที่ได้รับมอบหมายให้เป็นไปตามการแข่งขันที่ดีที่สุดของการจัด-ments ใช้ Blastp ไปยังฐานข้อมูล SwissProt และ TrEMBL ลวดลาย
และโดเมนของยีนที่ถูกกำหนดโดย InterProScan (Zdobnov
และ Apweiler, 2001) กับฐานข้อมูลรวมทั้งโปรตีน ProDom,
ภาพพิมพ์, Pfam สมาร์ท PANTHER และ PROSITE ยีนอภิปรัชญารหัส
ที่ได้รับสำหรับแต่ละยีนจากที่สอดคล้องกันและ SwissProt
TrEMBL รายการ ยีนทั้งหมดถูกจัดชิดกับ KEGG โปรตีนและ
ทางเดินที่ยีนที่อาจจะเกี่ยวข้องกับการได้มาจาก
ยีนจับคู่ใน KEGG (Kanehisa และ Goto, 2000)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

หมายเหตุการเข้ารหัสโปรตีนที่ยีน2 วิธีคือใช้ทำนายการเข้ารหัสโปรตีนจากยีนวิธี homology andde novoprediction . ยีนชุดจาก 4 ชนิด ( ARA bidopsis thaliana brachypodium distachyon , ข้าวฟ่าง , ข้าว , และสี ) ใช้สำหรับการคาดการณ์ตามลำดับ หนึ่งชนิดที่เวลา tblastn ถูกใช้เพื่อค้นหา nonredundant ลำดับโปรตีนแต่ละชุดของยีนที่มีประโยชน์ < 1e2 . ตีดีที่สุดก็เลือกและ regionswithhomologous บล็อกสั้นคือ % ของ thequeryproteinยังไม่รวม เราก็ใช้ genewise ( v2.2.0 ) ( เบอร์นีย์ et al . , 2004 )สร้างยีนโครงสร้าง ซึ่งตามซ้ำเป็นหน้ากากในจีโนม และออกัสตัส ( stanke และ waack , 2003 ) , ( korf snap ,2004 ) และ glimmerhmm ( majoros et al . , 2004 ) ถูกใช้อีกครั้งจีนพยากรณ์ พารามิเตอร์ที่ได้รับการฝึกโดยใช้ที่มีคุณภาพสูง 1 , 000 ยีนกับยังคงเปิดอ่านเฟรมตามลำดับ tophalaenopsisequestris . หลักฐานที่ได้จากการคาดการณ์ตามลำดับ ( สี่ชุด ) andde novopredictions ( 3 ชุด ) รวมแล้วในการได้รับtogenerateaconsensusgene ชุด โดย theseanalyses andpublishedข้อมูลทราน ริปโตม 35567 ยีนผ่านการเก็บเกี่ยว , เกณฑ์การจัดการการทำงานการทำงานของยีนที่ได้รับมอบหมายตามคู่ที่ดีที่สุดของการจัดการ swissprot ments blastp และฐานข้อมูล trembl . ลวดลายและโดเมนของยีนที่ถูกกำหนดโดย interproscan ( zdobnovและ apweiler , 2001 ) กับฐานข้อมูลรวมทั้ง prodom โปรตีน ,พิมพ์ pfam , สมาร์ท , เสือดำ และ prosite . ยีนอภิปรัชญา บัตรประชาชนได้สำหรับแต่ละยีนจาก swissprot สอดคล้องกันและtrembl รายการ ทั้งหมดสอดคล้องกับยีนโปรตีน KEGG เป็นต้น และเส้นทางที่อาจจะเกี่ยวข้องกับยีนที่ได้มาจากจับคู่กับยีนใน KEGG เป็นต้น ( kanehisa และข้ามไป , 2000 )