ABSTRACTSummary: The reconstruction

ABSTRACT
Summary: The reconstruction of population processes from
DNA sequence variation requires the coordinated implementation
of several coalescent-based methods, each bound
by specific assumptions and limitations. In practice, the
application of these coalescent-based methods for parameter
estimation is difficult because they make strict assumptions
that must be verified a priori and their parameter-rich
nature makes the estimation of all model parameters very
complex and computationally intensive. A further complication
is their distribution as console applications that require
the user to navigate through console menus or specify
complex command-line arguments. To facilitate the implementation
of these coalescent-based tools we developed
SNAP Workbench, a Java program that manages and coordinates
a series of programs. The workbench enhances population
parameter estimation by ensuring that the assumptions
and program limitations of each method are met and by
providing a step-by-step methodology for examining population
processes that integrates both summary-statistic methods
and coalescent-based population genetic models.
Availability: SNAP Workbench is freely available at
http://snap.cifr.ncsu.edu. The workbench and tools can be
downloaded for Mac, Windows and Unix operating systems.
Each package includes installation instructions, program
documentation and a sample dataset.
Contact: [e-mail]
Supplementary information: A description of system
requirements and installation instructions can be found at
http://snap.cifr.ncsu.edu

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

บทคัดย่อสรุป: การฟื้นฟูประชากรกระบวนการจากเปลี่ยนแปลงของลำดับดีเอ็นเอต้องการดำเนินการประสานงานวิธีใช้ coalescent หลาย แต่ละผูกโดยการระบุสมมติฐานและข้อจำกัด ในทางปฏิบัติ การประยุกต์ใช้วิธีการเหล่านี้ coalescent ใช้สำหรับพารามิเตอร์การประเมินเป็นเรื่องยาก เพราะพวกเขาทำให้สมมติฐานที่เข้มงวดที่ต้องตรวจนิรนัย และพารามิเตอร์อุดมไปด้วยธรรมชาติทำให้การประมาณค่าพารามิเตอร์ของแบบจำลองทั้งหมดมากซับซ้อน และเข้มข้น computationally อาการแทรกซ้อนเพิ่มเติมมีการแจกจ่ายโปรแกรมประยุกต์คอนโซลที่ต้องผู้ใช้สามารถนำทางผ่านเมนูคอนโซล หรือระบุอาร์กิวเมนต์บรรทัดคำสั่งที่ซับซ้อน เพื่อความสะดวกในการใช้งานเครื่องมือเหล่านี้ coalescent ตามที่เราพัฒนาโต๊ะ โปรแกรมจาวาที่จัดการ และพิกัดชุดของโปรแกรม ปฏิบัติเพิ่มประชากรการประมาณค่าพารามิเตอร์ โดยให้มั่นใจว่าสมมติฐานและตามข้อจำกัดของโปรแกรมของแต่ละวิธี และโดยให้ทีละขั้นตอนวิธีสำหรับการตรวจสอบประชากรกระบวนการที่ผสมผสานทั้งสองวิธีสรุปสถิติและรูปแบบทางพันธุกรรมประชากร coalescent คะแนนความพร้อม: สแนปโต๊ะมีอิสระที่http://snap.cifr.ncsu.edu โต๊ะและเครื่องมือสามารถดาวน์โหลดสำหรับ Mac, Windows และ Unix ระบบปฏิบัติการรวมแต่ละแพคเกจการติดตั้ง โปรแกรมเอกสารและชุดข้อมูลตัวอย่างติดต่อ: [e-mail]ข้อมูลเพิ่มเติม: คำอธิบายของระบบความต้องการและติดตั้งได้ที่http://snap.cifr.ncsu.edu

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

บทคัดย่อ
สรุป: ฟื้นฟูของกระบวนการประชากรจาก
การเปลี่ยนแปลงลำดับดีเอ็นเอต้องมีการดำเนินการประสานงาน
ในหลาย ๆ วิธี Coalescent ตามแต่ละผูกพัน
โดยเฉพาะสมมติฐานและข้อ จำกัด ในทางปฏิบัติ
การประยุกต์ใช้วิธีการเหล่านี้ Coalescent-based สำหรับพารามิเตอร์
การประมาณค่าเป็นเรื่องยากเพราะพวกเขาทำให้สมมติฐานที่เข้มงวด
ที่จะต้องตรวจสอบเบื้องต้นและพารามิเตอร์ที่อุดมไปด้วยของพวกเขา
ธรรมชาติทำให้การประมาณค่าพารามิเตอร์ทุกรุ่นมาก
ที่ซับซ้อนและการคำนวณอย่างเข้มข้น โรคแทรกซ้อน
คือการกระจายการใช้งานของพวกเขาเป็นคอนโซลที่ต้อง
ให้ผู้ใช้สามารถเลื่อนดูเมนูคอนโซลหรือระบุ
อาร์กิวเมนต์บรรทัดคำสั่งที่ซับซ้อน เพื่ออำนวยความสะดวกการดำเนินการ
เหล่านี้เครื่องมือ Coalescent ตามที่เราพัฒนา
SNAP ปรับแต่งโปรแกรม Java ที่จัดการและประสาน
ชุดของโปรแกรม ปรับแต่งช่วยเพิ่มประชากร
ประมาณค่าพารามิเตอร์โดยมั่นใจว่าสมมติฐาน
และข้อ จำกัด ของโปรแกรมของแต่ละวิธีจะได้พบและโดย
การให้วิธีการขั้นตอนโดยขั้นตอนในการตรวจสอบประชากร
กระบวนการที่รวมทั้งวิธีการสรุปสถิติ
และ Coalescent ตามแบบจำลองทางพันธุกรรมประชากร.
จำหน่าย: SNAP Workbench เป็นอิสระที่มีที่
http://snap.cifr.ncsu.edu ปรับแต่งและเครื่องมือที่สามารถ
ดาวน์โหลดสำหรับ Mac, Windows และระบบปฏิบัติการ Unix.
แต่ละแพคเกจรวมถึงคำแนะนำการติดตั้งโปรแกรม
และเอกสารชุดตัวอย่าง.
ติดต่อ: [e-mail]
ข้อมูลเสริม: รายละเอียดของระบบ
ความต้องการและคำแนะนำการติดตั้งสามารถพบได้ ที่
http://snap.cifr.ncsu.edu

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

บทคัดย่อสรุป : การฟื้นฟูกระบวนการประชากรจากการเปลี่ยนแปลงลำดับดีเอ็นเอต้องประสานงานการดำเนินงานหลายที่รวมตัวตามวิธี แต่ละ ผูกพันโดยสมมติฐานที่เฉพาะเจาะจงและข้อจำกัด ในทางปฏิบัติการรวมตัวพารามิเตอร์ตามวิธีเหล่านี้การประมาณค่าเป็นเรื่องยากเพราะพวกเขาตั้งสมมติฐานอย่างเข้มงวดที่ต้องตรวจสอบ priori และพารามิเตอร์ของพวกเขารวยธรรมชาติทำให้การประมาณค่าพารามิเตอร์ของตัวแบบทั้งหมดมากที่ซับซ้อนและ computationally เข้มข้น ภาวะแทรกซ้อนเพิ่มเติมคือการกระจายของพวกเขาเป็นคอนโซลโปรแกรมที่ต้องการผู้ใช้สามารถนำทางผ่านเมนูคอนโซล หรือ ระบุอาร์กิวเมนต์บรรทัดคำสั่ง ที่ซับซ้อน เพื่อความสะดวกในการใช้ของเหล่านี้รวมตัวตามเครื่องมือที่เราพัฒนาตะครุบ Workbench , Java โปรแกรมที่จัดการและประสานงานชุดของโปรแกรม โต๊ะทำงานช่วยเพิ่มประชากรการประมาณค่าพารามิเตอร์ โดยมั่นใจว่า สมมติฐานโปรแกรมและข้อจำกัดของแต่ละวิธีจะพบและโดยวิธีการตรวจสอบประชากรให้ทีละขั้นตอนกระบวนการที่บูรณาการทั้งสรุปสถิติและการรวมตัวตามประชากรทางพันธุศาสตร์ห้องพัก : ตะครุบโต๊ะสามารถใช้ได้อย่างอิสระที่http://snap.cifr.ncsu.edu . โต๊ะทำงานและอุปกรณ์สามารถดาวน์โหลดสำหรับ Mac , Windows และระบบปฏิบัติการยูนิกซ์แต่ละแพคเกจรวมถึงการติดตั้ง , โปรแกรมเอกสารและตัวอย่างข้อมูล .ติดต่อ : [e-mail]ข้อมูลเพิ่มเติม : รายละเอียดของระบบความต้องการและคําแนะนําในการติดตั้งสามารถพบได้ในhttp://snap.cifr.ncsu.edu