Sequencing Small RNA from Oncidium

Sequencing Small RNA from Oncidium Roots after Cocultivation with P. indica Roots colonized or not colonized by P. indica for 8 weeks were chosen for small RNAs sequencing. This time point was analyzed because a growth-promoting effect of the fungus is visible. After removal of the low quality contaminant and adapter reads, 24,570,250 and 24,744,141 clean read sequences were obtained from the libraries of control and colonized roots (Accession: SRP031471). The clean read sequences represented 97.15% and 99.66% of all reads, respectively. Their lengths range from 13 to 30 nucleotides (nt). Small RNAs of 20 to 24 nt represented 95.02% and 75.66%, respectively (Figure S1), of all small RNAs, indicating that both libraries are of high quality and can be used for further miRNA studies. For both libraries, 17,036,953 unique sequences were obtained from a total of 49,314,391 clean reads. Among them, 62.56% were specific for the control roots, 27.47% were specific for the library of P. indica-colonized roots, and 9.97% overlapped in both libraries. After alignment to the Rfam 10.1 and Genbank databases, rRNA, snRNA and other no-coding RNA sequences were removed. The remaining 43,190 and 33,619 unique sequences in the two libraries were considered as potential miRNAs. However, most of the remaining unique sequences were still un-annotated. They accounted for 99.09% and 97.40% in the two libraries, respectively (Table 1). The high percentage of unannotated small RNAs is mostly due to the insufficient genomic information of the Oncidium orchid.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ลำดับ RNA ขนาดเล็กจาก Oncidium รากหลังจาก Cocultivation กับ P. indica ราก colonized หรืออาณานิคม P. indica ไม่สำหรับ 8 สัปดาห์ได้รับเลือกสำหรับ RNAs เล็กลำดับ จุดนี้เวลาถูกวิเคราะห์เนื่องจากผลที่ส่งเสริมการเจริญเติบโตของเชื้อราจะปรากฏ หลังจากกำจัดสิ่งปลอมปนคุณภาพต่ำและอะแดปเตอร์อ่าน 24,570,250 และ 24,744,141 สะอาดอ่านลำดับได้รับมาจากไลบรารีของตัวควบคุมและยึดครองราก (ทะเบียน: SRP031471) ตัวอ่านลำดับแสดง 97.15% และ 99.66% อ่านทั้งหมด ตามลำดับ ความยาวของพวกเขาในช่วงตั้งแต่ 13 ถึง 30 นิวคลีโอไทด์ (nt) RNAs เล็ก 20 ถึง 24 nt แสดง 95.02% และ 75.66% ตามลำดับ (รูป S1), ของทั้งหมด RNAs เล็ก ระบุว่า ไลบรารีทั้งสองที่มีคุณภาพสูง และสามารถใช้สำหรับการศึกษาเที่ยวต่อ สำหรับไลบรารีทั้งสอง ลำดับเฉพาะ 17,036,953 ที่ได้จากทั้งหมดอ่านสะอาด 49,314,391 ในหมู่พวกเขา 62.56% ได้เฉพาะสำหรับควบคุมราก 27.47% อยู่เฉพาะสำหรับไลบรารีของราก indica colonized P. และ 9.97% ซ้อนกันในไลบรารีทั้งสอง หลังจากจัดการฐานข้อมูล Rfam 10.1 และ Genbank, rRNA, snRNA และอาร์เอ็นเออื่น ๆ ไม่มีการเขียนโค้ด ลำดับถูกเอาออก เหลือ 43,190 และ 33,619 ลำดับเฉพาะในไลบรารีสองได้เป็น miRNAs อาจเกิดขึ้น อย่างไรก็ตาม ส่วนใหญ่คงเหลือเฉพาะลำดับยังไม่ได้ใส่คำอธิบายประกอบ พวกเขาคิด 99.09% และ 97.40% ในไลบรารีสอง ตามลำดับ (ตารางที่ 1) เปอร์เซ็นต์สูงของ RNAs เล็ก unannotated เป็นส่วนใหญ่เนื่องจากข้อมูลไม่เพียงพอการของออร์คิด Oncidium

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ลำดับ RNA ขนาดเล็กจากราก Oncidium หลังจาก Cocultivati​​on กับพีราก indica อาณานิคมหรือไม่อาณานิคมโดยพี indica เป็นเวลา 8 สัปดาห์ได้รับการแต่งตั้งสำหรับ RNAs ลำดับขนาดเล็ก จุดเวลานี้ได้รับการวิเคราะห์เพราะผลส่งเสริมการเจริญเติบโตของเชื้อราจะมองเห็นได้ หลังจากที่การกำจัดของสารปนเปื้อนที่มีคุณภาพต่ำและอะแดปเตอร์อ่าน 24570250 และ 24744141 ลำดับอ่านทำความสะอาดที่ได้รับจากห้องสมุดของการควบคุมและรากอาณานิคม (Accession: SRP031471) ลำดับอ่านสะอาดตัวแทน 97.15% และ 99.66% ของการอ่านตามลำดับ ความยาวของพวกเขาช่วง 13-30 นิวคลีโอ (NT) RNAs เล็ก ๆ ของ 20-24 NT ตัวแทน 95.02% และ 75.66% ตามลำดับ (รูปที่ S1) ของ RNAs ขนาดเล็กแสดงให้เห็นว่าทั้งห้องสมุดที่มีคุณภาพสูงและสามารถนำมาใช้สำหรับการศึกษา miRNA เพิ่มเติม สำหรับห้องสมุดทั้งสอง 17,036,953 ลำดับที่ไม่ซ้ำกันที่ได้รับจากทั้งหมด 49,314,391 สะอาดอ่าน ในหมู่พวกเขา 62.56% เป็นที่เฉพาะเจาะจงสำหรับรากควบคุม 27.47% เป็นที่เฉพาะเจาะจงสำหรับห้องสมุดของพีราก indica อาณานิคมและ 9.97% ซ้อนทับในห้องสมุดทั้ง หลังจากปรับตำแหน่งไป Rfam 10.1 และฐานข้อมูล Genbank, rRNA, snRNA และอื่น ๆ ที่ไม่มีการเข้ารหัสลำดับ RNA ถูกถอดออก ส่วนที่เหลืออีก 43,190 และ 33,619 ลำดับที่ไม่ซ้ำกันในสองห้องสมุดได้รับการพิจารณาเป็น miRNAs ที่มีศักยภาพ แต่ส่วนใหญ่ของฉากที่ไม่ซ้ำกันที่เหลือก็ยังคงยกเลิกข้อเขียน พวกเขาคิดเป็น 99.09% และ 97.40% ในช่วงสองห้องสมุดตามลำดับ (ตารางที่ 1) เปอร์เซ็นต์สูงของ RNAs ขนาดเล็ก unannotated เป็นส่วนใหญ่เนื่องจากข้อมูลจีโนมไม่เพียงพอของกล้วยไม้ Oncidium

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

相同的瓶