nternal transcribed spacer (ITS) re

nternal transcribed spacer (ITS) refers to the spacer DNA (non-coding DNA) situated between the small-subunit ribosomal RNA (rRNA) and large-subunit rRNA genes in the chromosome or the corresponding transcribed region in the polycistronic rRNA precursor transcript. In bacteria and archaea, ITS is located between the 16S and 23S rRNA genes. On the other hand, there are two ITS's in eukaryotes; ITS1 is located between 18S and 5.8S rRNA genes, while ITS2 is between 5.8S and 25S (in plants, or 28S in animals) rRNA genes. ITS1 corresponds to the ITS in bacteria and archaea, while ITS2 originated as an insertion that interrupted the ancestral 23S rRNA gene.[1][2]

Genes encoding ribosomal RNA and spacers occur in tandem repeats that are thousands of copies long, each separated by regions of non-transcribed DNA termed intergenic spacer (IGS) or non-transcribed spacer (NTS). Sequence comparison of the ITS region is widely used in taxonomy and molecular phylogeny because it a) is easy to amplify even from small quantities of DNA (due to the high copy number of rRNA genes), and b) has a high degree of variation even between closely related species. This can be explained by the relatively low evolutionary pressure acting on such non-functional sequences.[citation needed]

For example, ITS has proven especially useful for elucidating relationships among congeneric species and closely related genera in Asteraceae[3] as well as clinically important yeast species.[4]

The ITS region is the most widely sequenced DNA region in molecular ecology of fungi[5] and has been recommended as the universal fungal barcode sequence.[6] It has typically been most useful for molecular systematics at the species level, and even within species (e.g., to identify geographic races). Because of its higher degree of variation than other genic regions of rDNA (for small- and large-subunit rRNA), variation among individual rDNA repeats can sometimes be observed within both the ITS and IGS regions. In addition to the standard ITS1+ITS4 primers[7] used by most labs, several taxon-specific primers have been described that allow selective amplification of fungal sequences (e.g., see Gardes & Bruns 1993 paper describing amplification of basidiomycete ITS sequences from mycorrhiza samples).[8]

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

nternal ทับศัพท์เป็นตัวเว้นวรรค (ของ) หมายถึงการเป็นตัวเว้นวรรคดีเอ็นเอ (ไม่ใช่รหัสดีเอ็นเอ) อยู่ระหว่างเล็กย่อย ribosomal อาร์เอ็นเอ (rRNA) และใหญ่ย่อย rRNA ยีนในโครโมโซมหรือภูมิภาคทับสอดคล้องกันในเสียงบรรยาย polycistronic rRNA สารตั้งต้น ของจะไม่อยู่ระหว่าง 16S และ 23S rRNA ยีนในแบคทีเรียและอาร์เคีย บนมืออื่น ๆ มีสองของใน eukaryotes ITS1 อยู่ระหว่าง 18S และ 5.8S ยีน rRNA ขณะ ITS2 ระหว่าง 5.8S และ 25S (ในพืช หรือ 28S สัตว์) ยีนใน rRNA ITS1 ตรงกับของในแบคทีเรียและอาร์เคีย ขณะ ITS2 มาเป็นแทรกที่ขัดจังหวะการโบราณ 23S rRNA ยีน [1] [2]ยีนที่เข้ารหัสอาร์เอ็นเอ ribosomal และ spacers เกิดขึ้นในการทำซ้ำตัวตามกันไปที่พันสำเนานาน แต่ละแยกตามภูมิภาคของดีเอ็นเอไม่ใช่ทับศัพท์เรียกว่าเป็นตัวเว้นวรรค intergenic (IGS) หรือไม่ใช่ทับศัพท์เป็นตัวเว้นวรรค (สุด) เปรียบเทียบลำดับของภูมิภาคจะใช้ในระบบ phylogeny โมเลกุลได้) เพื่อขยายได้จากปริมาณเล็กน้อยของดีเอ็นเอ (เนื่องจากสำเนาสูงจำนวนยีนใน rRNA), และข) ระดับสูงของความผันแปรระหว่างสายพันธุ์ที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดแม้มีการ นี้สามารถอธิบาย โดยความดันวิวัฒนาการค่อนข้างต่ำที่กระทำการดังกล่าวลำดับไม่ทำงาน [ต้องการอ้างอิง]ตัวอย่าง ของได้พิสูจน์ประโยชน์สำหรับ elucidating ความสัมพันธ์ระหว่างสปีชีส์ congeneric และสกุลที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดใน Asteraceae [3] รวมถึงสายพันธุ์ยีสต์ที่สำคัญทางคลินิก [4]ภูมิภาคของภูมิภาคอย่างแพร่หลายตามลำดับดีเอ็นเอเป็นโมเลกุลนิเวศวิทยาของเชื้อรา [5] และได้รับการแนะนำเป็นลำดับโค้ดสากลเชื้อรา [6] โดยปกติแล้วในอนุกรมวิธานระดับโมเลกุลของระดับพันธุ์ และแม้กระทั่งภาย ในสปีชีส์ (เช่น การระบุเชื้อชาติภูมิศาสตร์) เนื่องจากความสูงระดับเปลี่ยนแปลงมากกว่าภูมิภาคอื่น ๆ genic ของ rDNA (สำหรับเล็ก - และขนาดใหญ่ย่อย rRNA), เปลี่ยนแปลงระหว่างการทำซ้ำแต่ละ rDNA บางครั้งจะสังเกตได้จากภายในภูมิภาคทั้งของและ IGS นอกจากนี้มาตรฐาน ITS1 + ITS4 ไพรเมอร์ [7] ใช้แล็บใหญ่ หลาย taxon เฉพาะไพรเมอร์มีการอธิบายที่อนุญาตให้ขยายมาตรการลำดับเชื้อรา (เช่น ดูอธิบายขยายลำดับของ basidiomycete ตัวอย่างไมคอไรซาจากกระดาษ Gardes และบรันซ์ 1993) [8]

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

spacer คัดลอก nternal (ITS) หมายถึงดีเอ็นเอ spacer นี้ (ดีเอ็นเอที่ไม่เข้ารหัส) ตั้งอยู่ระหว่างเล็ก subunit โซมอลอาร์เอ็นเอ (rRNA) และขนาดใหญ่ subunit ยีน rRNA ในโครโมโซมหรือภูมิภาคคัดลอกที่สอดคล้องกันในหลักฐานสารตั้งต้น rRNA polycistronic ในแบคทีเรียและเคียอยตั้งอยู่ระหว่าง 16S และ 23S rRNA ยีน ในทางกลับกันมีสอง ITS ในยูคาริโอ; ITS1 ตั้งอยู่ระหว่าง 18S และ 5.8S rRNA ยีนในขณะที่อยู่ระหว่าง ITS2 5.8S และ 25S (ในพืชหรือสัตว์ 28S) ยีน rRNA ITS1 สอดคล้องกับ ITS ในแบคทีเรียและเคีขณะ ITS2 มาเป็นแทรกที่ขัดจังหวะบรรพบุรุษ 23S rRNA ยีน. [1] [2] การเข้ารหัสยีน RNA ไรโบโซมและ spacers เกิดขึ้นในซ้ำควบคู่ที่มีจำนวนสำเนายาวแต่ละคั่นด้วย ภูมิภาคของดีเอ็นเอที่ไม่ได้เรียกว่าคัดลอก spacer intergenic (IGS) หรือไม่คัดลอก spacer (NTS) การเปรียบเทียบลำดับของภูมิภาค ITS ถูกนำมาใช้กันอย่างแพร่หลายในอนุกรมวิธานและโมเลกุลเชื้อชาติเพราะมัน) เป็นเรื่องง่ายที่จะขยายแม้จะมาจากปริมาณขนาดเล็กของดีเอ็นเอ (เนื่องจากจำนวนสำเนาสูงของยีน rRNA) และข) มีระดับสูงของการเปลี่ยนแปลงแม้กระทั่ง ระหว่างสายพันธุ์ที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิด นี้สามารถอธิบายได้ด้วยความดันวิวัฒนาการที่ค่อนข้างต่ำทำหน้าที่ในลำดับที่ไม่ทำงานเช่น. [อ้างจำเป็น] ตัวอย่างเช่น ITS ได้พิสูจน์ประโยชน์อย่างยิ่งสำหรับแจ่มชัดความสัมพันธ์ระหว่างชนิด congeneric และจำพวกที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดในแอสเทอ [3] เช่นเดียวกับความสำคัญทางคลินิก สายพันธุ์ยีสต์. [4] ภูมิภาค ITS คือภูมิภาคดีเอ็นเอส่วนใหญ่ติดใจกันอย่างแพร่หลายในระบบนิเวศโมเลกุลของเชื้อรา [5] และได้รับการแนะนำเป็นลำดับบาร์โค้ดเชื้อราสากล. [6] จะได้รับมักจะมีประโยชน์มากที่สุดสำหรับระบบโมเลกุลที่สายพันธุ์ ระดับและแม้จะอยู่ในสายพันธุ์ (เช่นการระบุการแข่งขันทางภูมิศาสตร์) เพราะการศึกษาระดับปริญญาที่สูงขึ้นของการเปลี่ยนแปลงกว่าภูมิภาคอื่น ๆ ของ genic rDNA (สำหรับ rRNA ขนาดเล็กและขนาดใหญ่ subunit) การเปลี่ยนแปลงในหมู่ของแต่ละบุคคล rDNA ซ้ำบางครั้งสามารถมองเห็นได้ทั้งภายในและภูมิภาค IGS นอกจากนี้ยังมีมาตรฐาน ITS1 + ไพรเมอร์ ITS4 [7] ใช้โดยห้องปฏิบัติการส่วนใหญ่ไพรเมอร์หลายเฉพาะแท็กซอนได้รับการอธิบายที่ช่วยให้การขยายการคัดเลือกลำดับเชื้อรา (เช่นเห็น Gardes & Bruns 1993 กระดาษอธิบายขยายของ basidiomycete ลำดับจากตัวอย่าง mycorrhiza ). [8]

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

nternal การทับศัพท์ ( PRRSV ) อ้างถึง spacer ดีเอ็นเอ ( รหัสดีเอ็นเอไม่ใช่ ) ตั้งอยู่ระหว่างไรโบโซมอล อาร์เอ็นเอ ( rRNA ) ใบเล็กใบใหญ่และ rRNA ยีนในโครโมโซมหรือที่สอดคล้องกันในภูมิภาค polycistronic rRNA และนำใบรับรองผลการศึกษา ในแบคทีเรียและอาร์เคีย , ตั้งอยู่ระหว่าง 16S 23s rRNA และยีน บนมืออื่น ๆมี สอง มันเป็นยูแคริโอต ;its1 ตั้งอยู่ระหว่าง 18S rRNA ยีน และ 5.8s ในขณะที่ its2 ระหว่าง 5.8s 25s ( และในพืช หรือสัตว์ใน 28s ) rRNA ยีน its1 สอดคล้องกับในแบคทีเรียและอาร์เคียขณะที่ its2 ที่มาเป็นแทรกขัดจังหวะ 23s rRNA ยีนที่บรรพบุรุษ [ 1 ] [ 2 ]

ยีนไรโบโซมอล อาร์เอ็นเอเข้ารหัสและ spacers เกิดขึ้นควบคู่ทำซ้ำที่มีหลายพันเล่มยาวแต่ละภูมิภาคที่ไม่แยกโดยคัดลอกดีเอ็นเอเรียกว่าส่า spacer ( igs ) หรือไม่และ spacer ( NTS ) การเปรียบเทียบลำดับของภูมิภาคมีการใช้กันอย่างแพร่หลายในอนุกรมวิธานและโมเลกุลระบบเชื้อชาติ เพราะมันเป็นเรื่องง่ายที่จะขยาย ) แม้ปริมาณขนาดเล็กของ DNA ( เนื่องจากการคัดลอกตัวเลขสูงของ rRNA ยีน ) , และ B ) ได้ระดับสูงของการเปลี่ยนแปลงระหว่างชนิดที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิด .นี้สามารถอธิบายได้โดยการทำเช่นความดันต่ำไม่ใช่หน้าที่ดังนี้ . [ อ้างอิงที่จำเป็น ]

ตัวอย่างเช่น มันได้รับการพิสูจน์ที่มีประโยชน์โดยเฉพาะอย่างยิ่งสำหรับการศึกษาความสัมพันธ์ระหว่าง eneric ชนิดที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดสกุลใน COMPOSITAE [ 3 ] เช่นเดียวกับสปีชีส์ยีสต์ทางคลินิกที่สำคัญ [ 4 ]