In order to study phylogenetic rela

In order to study phylogenetic relationship of the pathogen to other Passalora spp and
genetically related genera, ITS sequences were obtained from Genbank, including those of
Passalora spp, Cercospora spp, and Pseudocercospora spp (Table 1). Phylogenetic trees were
constructed using maximum likelihood (ML) and Bayesian analyses of nucleotide sequences.
The general time reversible (GTR) model with six substitution categories was determined to
be the most suitable model with the Modeltest v3.6 software (Posada and Crandall, 1998), and was used for all subsequent nucleotide analyses. ML trees based on nucleotide sequences were
inferred using PHYML v2.4.5 (Guindon and Gascuel, 2003) with an estimated rate distribution shape parameter and bootstrap consensus values calculated using 1000 replicates.

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

เพื่อที่จะศึกษาความสัมพันธ์ของสายวิวัฒนาการของเชื้อโรคที่จะ spp Passalora อื่น ๆ
และจำพวกที่เกี่ยวข้องกับพันธุกรรมลำดับย่อยที่ได้รับจากGenbank
รวมทั้งพวกเอสพีพีPassalora, เอสพีพี Cercospora และเอสพีพี Pseudocercospora (ตารางที่ 1) ต้นไม้ที่ถูกสร้างขึ้นโดยใช้ความน่าจะเป็นสูงสุด (ML) และเบย์วิเคราะห์ลำดับเบส. เวลาทั่วไปย้อนกลับ (GTR) รุ่นที่มีหกประเภททดแทนได้กำหนดให้เป็นรูปแบบที่เหมาะสมที่สุดกับซอฟต์แวร์v3.6 Modeltest (ด้าและแครนดอล 1998 ) และถูกนำมาใช้เพื่อการวิเคราะห์เบื่อหน่ายที่ตามมาทั้งหมด ต้นไม้ ML ขึ้นอยู่กับลำดับเบสที่ถูกอ้างถึงโดยใช้PHYML v2.4.5 (Guindon และ Gascuel, 2003) มีอัตราการประมาณพารามิเตอร์รูปร่างการจัดจำหน่ายและค่าบูตฉันทามติ 1000 คำนวณโดยใช้ซ้ำ

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

เพื่อศึกษาความสัมพันธ์ของชนิดของเชื้อโรคอื่น ๆซึ่งเกี่ยวข้องกับพันธุกรรมและ passalora
สกุลเป็นลำดับได้จากขนาด รวมทั้งบรรดา
passalora โรคระยะยาวและระยะยาว pseudocercospora SPP ( ตารางที่ 1 ) ต้นไม้ phylogenetic ถูก
สร้างโดยใช้ความน่าจะเป็นสูงสุด ( ML ) และคชกรรมการวิเคราะห์ลำดับเบส ลำดับ
โดยทั่วไปเวลากลับ ( GTR ) รุ่นที่ 6 การกำหนดประเภท

เป็นแบบจำลองที่เหมาะสมที่สุดกับซอฟต์แวร์ v3.6 modeltest ( โป และ Crandall , 1998 ) และใช้สำหรับวิเคราะห์ลำดับเบสที่ตามมา . มล. ตามลำดับนิวคลีโอไทด์ของต้นไม้ได้ถูก
phyml v2.4.5 ( และใช้ gascuel กินเดิ้น ,2003 ) มีประมาณค่าพารามิเตอร์และค่าอัตราการบูทจากรูปร่างที่คำนวณโดยใช้ 1000 ซ้ํา