RNA extractionSamples for RNA extra

RNA extraction

Samples for RNA extraction were treated shortly with HCl in order to solubilize the CaCO3. Subsequently, the samples were filtered through Miracloth (Calbiochem, San Diego, CA, USA), the filter cake was shock frozen in liquid nitrogen
and stored at −80 °C.

For RNA extraction, the frozen mycelium was ground to a powder in a prechilled mortar with a
prechilled pestle.

RNA was extracted from the mycelium powder using the RNeasy Plant Mini Kit (Qiagen) according to the manufacturer’s recommendations. In order to remove the remaining traces of genomic DNA, the samples were treated with DNase (Nolan et al. 2006; Udvardi et al. 2008).

The successful removal of genomic DNAwas proven by PCR using the primer pair mae3_F and mae3_R. The quality of the
extracted RNA was assessed with the NanoDrop 2000 determining the abundance of nucleic acid (260 nm), proteins (280 nm), and other contaminations (230 nm).

The 28S, 18S, and 5S ribosomal RNA was visualized by gel electrophoresis.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

สกัด RNAตัวอย่างสำหรับสกัดอาร์เอ็นเอได้รับการรักษาไม่นานกับ HCl เพื่อ solubilize CaCO3 ต่อมา ตัวอย่างถูกกรองผ่าน Miracloth (Calbiochem, San Diego, CA, USA) กรองเป็นช็อตที่แช่แข็งในไนโตรเจนเหลวและเก็บไว้ที่ −80 ° c สกัด RNA ยังแช่แข็งเป็นพื้นดินจะเป็นผงในครก prechilled กับการprechilled สาก RNA ถูกสกัดจากผงยังใช้ชุดโรงงานขนาดเล็ก RNeasy (Qiagen) ตามคำแนะนำของผู้ผลิต เพื่อที่จะลบร่องรอยที่เหลือของ DNA ออก ตัวอย่างได้รับการรักษากับ DNase (โนแลน et al. 2006 Udvardi et al. 2008)การกำจัดความสำเร็จของ DNAwas ออกพิสูจน์ โดย PCR โดยใช้ไพรเมอร์คู่ mae3_F และ mae3_R คุณภาพของการสกัด RNA ถูกประเมินกับ 2000 NanoDrop ที่กำหนดความอุดมสมบูรณ์ของกรดนิวคลีอิก (260 nm), โปรตีน (280 nm), และปนเปื้อนอื่น ๆ (230 nm) 28S, 18 ปี และ 5S ribosomal RNA ถูกแสดงเป็นภาพ โดยเจอิ

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

สกัด RNA

ตัวอย่างสำหรับการสกัดอาร์เอ็นเอได้รับการรักษาโดยเร็ว HCl เพื่อละลาย CaCO3 ต่อจากนั้นกลุ่มตัวอย่างถูกกรองผ่าน Miracloth (Calbiochem, San Diego, CA, USA), เค้กกรองถูกช็อตแช่แข็งในไนโตรเจนเหลว
และเก็บไว้ที่ -80 ° C.

สำหรับการสกัดอาร์เอ็นเอเส้นใยแช่แข็งเป็นพื้นดินเป็นผงใน ปูน prechilled กับ
สาก prechilled.

ถูกสกัดจากผงเส้นใยโดยใช้ชุด RNeasy โรงงานขนาดเล็ก (Qiagen) RNA ตามคำแนะนำของผู้ผลิต เพื่อที่จะลบร่องรอยที่เหลืออยู่ของดีเอ็นเอตัวอย่างได้รับการรักษาด้วย DNase (โนแลน et al, 2006. Udvardi et al, 2008)..

ลบที่ประสบความสำเร็จของจีโนม DNAwas พิสูจน์โดยวิธี PCR โดยใช้ไพรเมอร์คู่ mae3_F และ mae3_R คุณภาพของ
RNA ที่สกัดได้รับการประเมินด้วย NanoDrop 2000 กำหนดความอุดมสมบูรณ์ของกรดนิวคลีอิก (260 นาโนเมตร) โปรตีน (280 นาโนเมตร) และการปนเปื้อนอื่น ๆ (230 นาโนเมตร).

28S, 18S และ 5S RNA โซมอลได้รับการมองเห็นโดยเจล electrophoresis

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การสกัดอาร์เอ็นเอตัวอย่างการสกัด DNA ได้รับในไม่ช้ากับ HCl ในการ solubilize มี CaCO3 . ต่อมาจำนวนกรองผ่าน miracloth ( calbiochem , San Diego , CA , USA ) , กรองเค้กช็อกแช่แข็งในไนโตรเจนเหลวเก็บไว้ที่อุณหภูมิ− 80 องศาสำหรับการสกัด DNA , แช่แข็งเส้นใยเป็นดินผงใน prechilled ครกกับprechilled สากซึ่งสกัดจากพืชเส้นใย ผงที่ใช้ rneasy Mini Kit ( เพิ่ม ) ตามคำแนะนำของผู้ผลิต เพื่อลบร่องรอยที่เหลืออยู่ของ genomic DNA , จำนวนการตรวจหา ADNase ( โนแลน et al . 2006 ; udvardi et al . 2008 )การกำจัดที่ประสบความสำเร็จของจีโนม dnawas พิสูจน์ด้วยวิธี PCR โดยใช้ไพรเมอร์คู่ mae3_f และ mae3_r คุณภาพของสกัด RNA และมี nanodrop 2000 กำหนดปริมาณกรดนิวคลีอิก ( 260 nm ) , โปรตีน ( 280 nm ) และสิ่งเจือปนอื่น ๆ ( 230 nm )การ 28s 18S , 5S , อาร์เอ็นเอไรโบโซมถูกมองเห็นโดยเจล