Sequence Analyses and Community Com

Sequence Analyses and Community Comparisons. Sequences were processed and analyzed following the procedures described previously (8, 11). Sequences were removed from the analysis if they were less than 200 or more than 300 bp in length, had a quality score less than 25, contained ambiguous characters, contained an uncorrectable barcode, or did not contain the primer sequence. Remaining sequences were assigned to samples by examining the 12-nt barcode. Similar sequences were clustered into operational taxonomic units (OTUs) using cd-hit (17) with a minimum coverage of 97% and a minimum identity of 97%. A representative sequence was chosen from each OTU by selecting the longest sequence that had the largest number of hits to other sequences in the OTU. Representative sequences were aligned using NAST (18) and the Greengenes database (19) with a minimum alignment length of 150 and a minimum identity of 75%. The PH Lane mask was used to screen out hypervariable regions after alignment. A phylogenetic tree was inferred using Clearcut (20) with Kimura's two-parameter model. Taxonomy was assigned using the RDP classifier with a minimum support threshold of 60% and the RDP taxonomic nomenclature (21).
For each of the samples included in the three studies described above (including those in the database of 270 palm surfaces used to estimate the accuracy of the computer mouse assignments) we obtained a minimum of 800 quality sequences (range 800–1,500 sequences per sample) with sequences averaging 240 bp in length.

To determine the amount of dissimilarity (distance) between any pair of bacterial communities, we used the UniFrac metric (10, 22, 23). UniFrac distances are based on the fraction of branch length shared between two communities within a phylogenetic tree constructed from the 16S rRNA gene sequences from all communities being compared. A relatively small UniFrac distance implies that two communities are compositionally similar, harboring lineages sharing a common evolutionary history. In unweighted UniFrac, only the presence or absence of lineages is considered. In weighted UniFrac, branch lengths are weighted based on the relative abundances of lineages within communities. We used the analysis of similarities (ANOSIM) (24) function in the program PRIMER (25) to test for differences in community composition among groups of samples.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ลำดับวิเคราะห์และเปรียบเทียบชุมชน ลำดับถูกประมวลผล และวิเคราะห์ตามขั้นตอนอธิบายไว้ก่อนหน้านี้ (8, 11) ลำดับออกจากการวิเคราะห์ก็ได้น้อยกว่า 200 หรือ 300 กว่า bp ยาว มีคะแนนคุณภาพต่ำกว่า 25 ประกอบด้วยอักขระชัดเจน ประกอบด้วยการบาร์โค้ดซึ่งไม่สามารถแก้ไข หรือไม่ประกอบด้วยลำดับรองพื้น ลำดับที่เหลือถูกกำหนดให้กับตัวอย่าง โดยตรวจสอบบาร์โค้ด 12-nt ลำดับคล้ายถูกจับกลุ่มเป็นอนุกรมวิธานหน่วยงาน (OTUs) โดยใช้ซีดีตี (17) มีความครอบคลุมอย่างน้อย 97% และตัวอย่างน้อย 97% ลำดับพนักงานถูกเลือกจาก OTU แต่ละ โดยการเลือกลำดับที่ยาวที่สุดมีจำนวนปริมาณการลำดับอื่น ๆ ที่ใหญ่ที่สุดในการ OTU ลำดับพนักงานถูกจัดใช้สำหรับ (18) และฐานข้อมูล Greengenes (19) กับความยาวตำแหน่งขั้นต่ำ 150 ตัวต่ำสุด 75% รูปแบบเลน PH ที่ใช้คัดเลือกภูมิภาค hypervariable หลังจากตำแหน่ง ต้นไม้ phylogenetic ถูกสรุปโดยใช้ Clearcut (20) กับแบบจำลองสองพารามิเตอร์ของคิมุระโย ระบบถูกกำหนดด้วย RDP classifier จำกัดสนับสนุนอย่างน้อย 60% และการ RDP อนุกรมวิธานระบบการตั้งชื่อ (21)สำหรับแต่ละตัวอย่างในการศึกษาสามข้าง (รวมทั้งของพื้นผิวปาล์ม 270 ที่ใช้ในการประเมินความถูกต้องของการกำหนดเมาส์ของคอมพิวเตอร์) เรารับขั้นต่ำ 800 คุณภาพลำดับ (ช่วงลำดับ 800-1500 ต่อตัวอย่าง) กับลำดับที่หาค่าเฉลี่ย 240 bp ความยาวกำหนดจำนวน dissimilarity (ระยะทาง) ระหว่างชุมชนแบคทีเรียคู่ใด ๆ เราใช้การวัด UniFrac (10, 22, 23) UniFrac ระยะทางขึ้นอยู่กับสัดส่วนของความยาวสาขาร่วมกันระหว่างสองชุมชนภายในต้นไม้ phylogenetic สร้างจากลำดับ 16S rRNA การยีนจากชุมชนทั้งหมดที่ถูกเปรียบเทียบ ห่าง UniFrac เล็กหมายถึงสองชุมชนคล้ายกัน compositionally, harboring เชื้อชาติประวัติวิวัฒนาการทั่วไปที่ใช้ร่วมกัน Unweighted UniFrac เฉพาะหรือเชื้อชาติจะพิจารณา ใน UniFrac ถ่วงน้ำหนัก ความยาวสาขาจะถ่วงน้ำหนักจาก abundances สัมพัทธ์ของเชื้อชาติในชุมชน เราใช้การวิเคราะห์ความคล้ายคลึง (ANOSIM) (24) ฟังก์ชันในโปรแกรมรองพื้น (25) การทดสอบความแตกต่างในองค์ประกอบชุมชนระหว่างกลุ่มตัวอย่าง

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

การวิเคราะห์และการเปรียบเทียบลำดับชุมชน ลำดับที่ถูกประมวลผลและวิเคราะห์ต่อไปนี้ขั้นตอนที่อธิบายก่อนหน้านี้ (8, 11) ลำดับที่ถูกถอดออกจากการวิเคราะห์ว่าพวกเขาน้อยกว่า 200 หรือมากกว่า 300 bp ยาวมีคะแนนคุณภาพน้อยกว่า 25 ตัวอักษรที่มีอยู่ไม่ชัดเจนที่มีบาร์โค้ดไม่สามารถแก้ไขหรือไม่ได้มีลำดับไพรเมอร์ ลำดับที่เหลือได้รับมอบหมายให้กลุ่มตัวอย่างด้วยการตรวจสอบบาร์โค้ด 12 เอ็นที ลำดับที่คล้ายกันคลัสเตอร์เป็นหน่วยจัดหมวดหมู่ในการดำเนินงาน (Otus) โดยใช้แผ่นซีดีตี (17) ที่มีความคุ้มครองขั้นต่ำ 97% และเป็นเอกลักษณ์ไม่ต่ำกว่า 97% ลำดับที่ได้รับเลือกเป็นตัวแทนจากแต่ละ OTU โดยการเลือกลำดับที่ยาวที่สุดที่มีจำนวนมากที่สุดของความนิยมในลำดับอื่น ๆ ใน OTU ลำดับแทนถูกจัดชิดโดยใช้สำนักงานวิทยาศาสตร์ (18) และฐานข้อมูล Greengenes (19) ที่มีความยาวการจัดตำแหน่งไม่ต่ำกว่า 150 และความเป็นเอกลักษณ์ที่ไม่ต่ำกว่า 75% หน้ากาก PH เลนได้ถูกใช้ในหน้าจอออกภูมิภาค hypervariable หลังจากการจัดตำแหน่ง ต้นไม้สายวิวัฒนาการที่ถูกอ้างถึงโดยใช้ clearcut (20) ที่มีรูปแบบสองพารามิเตอร์ของคิมูระ อนุกรมวิธานได้รับมอบหมายให้ใช้ลักษณนาม RDP กับเกณฑ์การสนับสนุนขั้นต่ำ 60% และการตั้งชื่อการจัดหมวดหมู่ RDP (21).
สำหรับแต่ละตัวอย่างที่รวมอยู่ในสามการศึกษาอธิบายไว้ข้างต้น (รวมทั้งผู้ที่อยู่ในฐานข้อมูลของ 270 พื้นผิวปาล์มที่ใช้ในการประเมิน ความถูกต้องของการกำหนดเมาส์คอมพิวเตอร์) เราได้รับขั้นต่ำ 800 ลำดับที่มีคุณภาพ (ช่วง 800-1,500 ลำดับต่อตัวอย่าง) ที่มีลำดับเฉลี่ย 240 bp. ความยาวการตรวจสอบปริมาณของความแตกต่างกัน(ระยะทาง) ระหว่างคู่ของชุมชนแบคทีเรียใด ๆ ที่เรานำมาใช้ ตัวชี้วัด UniFrac (10, 22, 23) ระยะทาง UniFrac จะขึ้นอยู่กับระยะเวลาในส่วนของสาขาที่ใช้ร่วมกันระหว่างสองชุมชนที่อยู่ในต้นไม้สายวิวัฒนาการสร้างจาก 16S rRNA ลำดับยีนจากชุมชนทั้งหมดถูกเปรียบเทียบ ระยะ UniFrac ค่อนข้างเล็กหมายความว่าทั้งสองชุมชนมีส่วนประกอบคล้ายคลึงกัน, ร่วมกันเก็บงำ lineages ประวัติความเป็นมาวิวัฒนาการที่พบบ่อย ในการชั่ง UniFrac เพียงการมีหรือไม่มีของ lineages ถือว่าเป็น ใน UniFrac ถ่วงน้ำหนักความยาวสาขามีน้ำหนักขึ้นอยู่กับญาติของอนุภาค lineages ภายในชุมชน เราใช้การวิเคราะห์ความคล้ายคลึงกัน (ANOSIM) (24) ฟังก์ชั่นในโปรแกรมรองพื้น (25) เพื่อทดสอบความแตกต่างในองค์ประกอบชุมชนของกลุ่มตัวอย่าง

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การวิเคราะห์ลำดับและการเปรียบเทียบของชุมชน ลำดับถูกประมวลผลและวิเคราะห์ข้อมูลตามขั้นตอนที่อธิบายไว้ก่อนหน้านี้ ( 8 , 11 ) ลำดับถูกเอาออกจากการวิเคราะห์หากพวกเขาน้อยกว่า 200 หรือมากกว่า 300 BP ในความยาว มีคุณภาพ คะแนนน้อยกว่า 25 มีตัวอักษรคลุมเครือ ที่มีบาร์โค้ด uncorrectable หรือไม่มีหลักลำดับ