Molecular dynamics (MD) simulations

Molecular dynamics (MD) simulations play an important role in materials design. However, the effective use of the most widely used MD simulators require significant expertise of the scientific domain and deep knowledge of the given software tool itself. In this paper, we present a tool that offers an intuitive, component-oriented approach to design complex molecular systems and set up initial conditions of the simulations. We integrate this tool into a web- and cloud-based software infrastructure, called MetaMDS, that lowers the barrier of entry into MD simulations for practitioners. The web interface makes it possible for experts to build a rich library of simulation components and for ordinary users to create full simulations by parameterizing and composing the components. A visual programming interface makes it possible to create optimization workflows where the simulators are invoked multiple times with various parameter configurations based on results of earlier simulation runs. Simulation configurations including the various parameters, the version of tools utilized and the results are stored in a database to support searching and browsing of existing simulation outputs and facilitating the reproducibility of scientific results.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

จำลองโมเลกุล dynamics (MD) มีบทบาทสำคัญในการออกแบบวัสดุ อย่างไรก็ตาม การใช้ประสิทธิภาพของ MD ที่ใช้กันอย่างแพร่หลายในขณะใช้ความเชี่ยวชาญอย่างมีนัยสำคัญของโดเมนทางวิทยาศาสตร์และความรู้ลึกของเครื่องมือซอฟต์แวร์ที่กำหนดเอง ในเอกสารนี้ เรานำเสนอเครื่องมือที่มีวิธีการใช้งานง่าย เน้นส่วนประกอบการออกแบบระบบโมเลกุลซับซ้อน และตั้งค่าเงื่อนไขเริ่มต้นของแบบจำลอง เรารวมเครื่องมือที่ใช้เว็บ และเมฆซอฟต์แวร์โครงสร้างพื้นฐาน เรียกว่า MetaMDS ที่ช่วยลดอุปสรรคของเข้า MD จำลองสำหรับผู้ เว็บอินเทอร์เฟสทำ สำหรับผู้เชี่ยวชาญเพื่อสร้างรีรวยของคอมโพเนนต์การจำลอง และ สำหรับผู้ใช้ธรรมดาจะสร้างจำลองเต็มรูปแบบ โดย parameterizing และเขียนคอมโพเนนต์ อินเทอร์เฟซการเขียนโปรแกรมแบบภาพทำให้สามารถสร้างลำดับงานการปรับให้เหมาะสมซึ่งขณะนี้ถูกเรียกหลายครั้งกับการกำหนดค่าพารามิเตอร์ต่าง ๆ ที่ยึดตามผลลัพธ์ของการรันการจำลองก่อนหน้า โครงแบบจำลองรวมทั้งพารามิเตอร์ต่าง ๆ รุ่นของเครื่องมือที่ใช้และผลลัพธ์จะถูกเก็บในฐานข้อมูลเพื่อสนับสนุนการค้นหา และเรียกดูแสดงผลการจำลองที่มีอยู่ และอำนวยความสะดวก reproducibility ของผลลัพธ์ทางวิทยาศาสตร์

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

การเปลี่ยนแปลงของโมเลกุล (MD) จำลองมีบทบาทสำคัญในการออกแบบวัสดุ อย่างไรก็ตามการใช้ที่มีประสิทธิภาพมากที่สุดใช้กันอย่างแพร่หลายจำลอง MD ต้องมีความเชี่ยวชาญอย่างมีนัยสำคัญของโดเมนทางวิทยาศาสตร์และความรู้ลึกของเครื่องมือซอฟต์แวร์ที่กำหนดเอง ในบทความนี้เรานำเสนอเครื่องมือที่มีใช้งานง่ายวิธีส่วนประกอบที่มุ่งเน้นในการออกแบบระบบโมเลกุลที่ซับซ้อนและการตั้งค่าเงื่อนไขเริ่มต้นของการจำลอง เรารวมเครื่องมือนี้เป็นโครงสร้างพื้นฐานของซอฟแวร์เว็บและเมฆที่ใช้เรียก MetaMDS, ที่ช่วยลดอุปสรรคของการเข้าสู่ MD จำลองสำหรับผู้ปฏิบัติงาน อินเตอร์เฟซเว็บทำให้มันเป็นไปได้สำหรับผู้เชี่ยวชาญในการสร้างห้องสมุดที่อุดมไปด้วยส่วนประกอบจำลองและสำหรับผู้ใช้สามัญในการสร้างแบบจำลองเต็มรูปแบบโดย parameterizing และเขียนส่วนประกอบ อินเตอร์เฟซการเขียนโปรแกรมภาพทำให้มันเป็นไปได้ที่จะสร้างเวิร์กโฟลว์ที่จำลองการเพิ่มประสิทธิภาพถูกเรียกหลายครั้งกับการกำหนดค่าพารามิเตอร์ต่างๆขึ้นอยู่กับผลของการจำลองก่อนหน้านี้วิ่ง การกำหนดค่าการจำลองรวมทั้งพารามิเตอร์ต่างๆรุ่นของเครื่องมือที่ใช้และผลที่จะถูกเก็บไว้ในฐานข้อมูลเพื่อสนับสนุนการค้นหาและการเรียกดูของผลการจำลองที่มีอยู่และอำนวยความสะดวกในการทำสำเนาของผลทางวิทยาศาสตร์

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การจำลองพลศาสตร์เชิงโมเลกุล ( MD ) มีบทบาทสำคัญในการออกแบบวัสดุ อย่างไรก็ตาม ประสิทธิภาพในการใช้กันอย่างแพร่หลายใน MD จำลองต้องใช้ความเชี่ยวชาญที่สำคัญของโดเมนทางวิทยาศาสตร์และความรู้ลึกของเครื่องมือซอฟต์แวร์ที่กำหนดเอง ในกระดาษนี้เรา ปัจจุบันมีเครื่องมือที่ง่ายส่วนประกอบที่มุ่งเน้นแนวทางการออกแบบระบบโมเลกุลที่ซับซ้อนและตั้งค่าเงื่อนไขเริ่มต้นของแบบจำลอง . เรารวมเครื่องมือนี้ลงในเว็บและเมฆตามซอฟต์แวร์โครงสร้างพื้นฐาน เรียกว่า metamds ที่ช่วยลดอุปสรรคของการเข้าสู่จำลอง MD สำหรับผู้ปฏิบัติงาน .เว็บอินเตอร์เฟซทำให้มันเป็นไปได้สำหรับผู้เชี่ยวชาญในการสร้างห้องสมุดที่อุดมไปด้วยส่วนประกอบจำลองและผู้ใช้สามัญเพื่อสร้างแบบเต็มรูปแบบ โดย parameterizing และการเขียนส่วนประกอบอินเตอร์เฟซการเขียนโปรแกรม Visual ทำให้มันเป็นไปได้ในการสร้างเวิร์กโฟลว์ที่เพิ่มประสิทธิภาพที่ simulators จะเรียกใช้หลายครั้งด้วยพารามิเตอร์การกำหนดค่าต่าง ๆขึ้นอยู่กับผลลัพธ์ที่ได้จากการจำลองก่อนวิ่ง รูปแบบจำลองรวมทั้งพารามิเตอร์ต่างๆรุ่นของเครื่องมือที่ใช้และผลลัพธ์จะถูกเก็บไว้ในฐานข้อมูลเพื่อสนับสนุนการค้นหาและเรียกดูจากผลการจำลองที่มีอยู่และอำนวยความสะดวกยักษาทางวิทยาศาสตร์