2. Building mass spectral library2.

2. Building mass spectral library
2.1. Library acquisition
Tandem spectra under the study were extracted from the literature/
Internet sources or recorded especially for this research.
To find spectra in the literature and WWW, more than 150 articles
(or Internet sites/pages) on mass spectrometry of microcystins
and related compounds were looked through. Of this amount, 47
articles ([9,13–33] and references [9–33] in the previous article
[12]) with tandem mass spectra of the target compounds were
selected by the following rules. These spectra had to be obtained
for known compounds, e.g. reference materials/analytical standards,
or analytes identified by several independent techniques.
The spectra were rejected which (a) had been acquired in a very
short m/z range and (b) contained very intense peaks not annotated
or improperly annotated with m/z values. However, spectra
with one or a few minor unannotated peaks were incorporated in
the library. The maximum relative intensity of such signals was
on the average of 15–20%. With that, most minor annotated peaks
were taken into account.
Library searches with such or some other incomplete spectra
available in the library may lead to false identification (see below).
Other clear/assumed factors that may induce identification errors
are (a) poor irreproducibility of tandem mass spectra, (b) reporting
unrepresentative spectra in literature sources, (c) isobaric impurities
in analytical standards, or (d) a distortion of mass spectra in
printed/Internet copies. It should be noted we measured/reproduced
peak intensities of spectral graphs with the uncertainty of
not larger than about 1/20 of their values.
‘One-dimension’ literature mass spectra as the special ones
were entered in this library for the first time. These are simply lists
of m/z values without any linked peak intensities. This kind of
defective mass spectral data was the only one available in some
earlier publications, e.g. see [13,14]. In the library, these spectra
were represented as common/’two-dimensional’ ones with the
same provisional relative intensity of 100%. If the last value was
set as 30% or 10%, library searches (see below) tended to be a bit
less efficient.
In generating experimental spectra, ESI and MALDI mass spectrometry
was used (see below). Tens of experimental spectra were
also incorporated in the library. ESI tandem spectra were recorded
for seven pure substances: microcystins-LR, -RR, -LA, and -YR,
alpha- and beta-amanitin, phalloidin. Those are the most cited
microcystins (the first four compounds, see below) and the principal
mushroom toxins. Corresponding MALDI fragment spectra
were obtained for six compounds: microcystins-LR, -RR, and -YR,
alpha- and beta-amanitin, phalloidin.
The m/z values of experimental and literature spectra rounded
off to nearest integer and corresponding relative peak intensities
were transferred to the library created as the low resolution version
using the NIST MS Search 2.0 d software (NIST, Gaithersburg,
MD, USA) [34]. Eventually, the electronic collection contained 263
mass spectra of 59 unique compounds. The spectra acquired by ESI
with the use of mass analyzers of ion trap (IT), triple quadrupole
(TQ), and quadrupole time-of-flight (Q-ToF) predominated. The
most numerous were mass spectra of microcystin-LR, the most
toxic microcystin of the group, and also microcystins-YR, -RR,
-LA, and b-amanitin. These and other performances of the library
are given in Tables 1 and 2. Mass spectra are exemplified in
Fig. 1 for microcystin-LR.
In library searches performed by means of the MS Search program,
settings of ‘Similarity’ and ‘MS/MS’ were selected for the
‘Spectrum Search Type’ option, with the precursor m/z value set
in the ‘Precursor Ion’ box. For other details of searches, see [12].
In order to get realistic rates of different search results for miscellaneous
data which may be relevant to much larger spectral
libraries than built one, the ‘bsa_2011_04_01_it’ library [35] of
725 tandem mass spectra of ‘common’ (non-cyclic) peptides
produced from bovine serum albumin, was added to the our data
collection of cyclic ones. It was supposed that some amino acid
fragments of cyclic and non-cyclic compounds were the same that
might result in false non-identification of cyclic peptides. That
library was provisionally taken and other options of linear-peptide
libraries [35] led to about the same results.
2.2. Experimental
Standard solutions of 10 lg/ml microcystins-LR, -RR, -LA, and
–YR (purity >95% by HPLC) were from Abraxis (USA). The methanol
solutions of the same concentration of alpha- and beta-amanitin,
phalloidin were prepared from their solid-state standards (purity
90% by HPLC/high performance capillary electrophoresis,
Sigma-Aldrich, USA). To obtain ESI-MS (MS2) spectra, all the solutions
were diluted twice with the 1:1 mixture of 0.05% trifluoric
acid and acetonitrile and injected into the Maxis 4G ESI-Q-ToF
mass spectrometer (Bruker, Germany). The two chemicals were
of pure grade. The injection rate was 3 ll/min. The standard values
of the needle and cone voltages, collision nitrogen pressure, and
other experimental parameters were set. The high, intermediate,
and low collision energy were set in the range of 10–75 eV. For
each compound, three reference spectra obtained at different
energy and then incorporated into the library were consisted from
30 ToF scans. The precursor ions were [M+H]+ (all the analytes
excluding microcystin-RR) and also [M+2H]2+ species for four compounds
(microcystins-LR, -RR, -YR, and beta-amanitin).
To acquire MALDI mass spectra, 1–2 ll aliquots of 10 lg/ml
solutions of each of those compounds were combined with

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

2. อาคารมวลสเปกตรัมไลบรารี2.1 การซื้อไลบรารีแรมสเป็คตราตัวตามกันไปภายใต้การศึกษาถูกสกัดจากวรรณคดี /อินเทอร์เน็ตแหล่ง หรือบันทึกโดยเฉพาะอย่างยิ่งสำหรับงานวิจัยนี้หาแรมสเป็คตราในวรรณคดีและ WWW มากกว่า 150 บทความ(หรืออินเทอร์เน็ตไซต์/หน้า) บนโตรเมทรีของ microcystinsและสารประกอบที่เกี่ยวข้องได้มองผ่าน จำนวนนี้ 47บทความ ([9,13-33] และการอ้างอิง [9-33] ในบทความก่อนหน้านี้[12]) กับแรมสเป็คตรามวลตัวตามกันไปของเป้าหมาย ได้สารประกอบเลือกตามกฎต่อไปนี้ แรมสเป็คตราเหล่านี้ก็จะได้รับสำหรับสารชื่อดัง เช่นอ้างอิงมาตรฐานวัสดุ/วิเคราะห์หรือระบุเทคนิคอิสระหลาย analytesแรมสเป็คตราถูกปฏิเสธซึ่ง (a) ได้รับมาในตัวมากช่วงสั้น m/z และ (b) ประกอบด้วยยอดเขารุนแรงมากไม่ใส่คำอธิบายประกอบหรือไม่ประกอบ ด้วยค่า m/z อย่างไรก็ตาม แรมสเป็คตรากับ หนึ่งรอง unannotated ยอดถูกรวมอยู่ในไลบรารี ความเข้มสัมพัทธ์สูงสุดของสัญญาณดังกล่าวได้โดยเฉลี่ย 15-20% ที่ สุดจำนวนยอดประกอบถูกนำมาพิจารณาค้นหาไลบรารี ด้วยดังกล่าว หรือบางอื่น ๆ สมบูรณ์แรมสเป็คตราในไลบรารีอาจทำให้รหัสผิด (ดูด้านล่าง)ปัจจัยอื่นๆ/สันนิษฐานล้างที่อาจก่อให้เกิดรหัสข้อผิดพลาดมี irreproducibility (ก) ดีของแรมสเป็คตรามวลของตัวตามกันไป, (ข) รายงานแรมสเป็คตรา unrepresentative ในแหล่งวรรณคดี สิ่งสกปรก isobaric (c)วิเคราะห์มาตรฐาน หรือแรมสเป็คตรา (d) ความผิดเพี้ยนของมวลในสำเนาพิมพ์และอินเตอร์เน็ต ควรสังเกตเราวัด/ทำซ้ำปลดปล่อยก๊าซสูงสุดของกราฟสเปกตรัมกับความไม่แน่นอนของไม่มีขนาดใหญ่กว่าประมาณ 1/20 ของค่า'หนึ่งมิติ' วรรณกรรมมวลแรมสเป็คตราเป็นคนพิเศษถูกป้อนลงในไลบรารีนี้ได้เป็นครั้งแรก เหล่านี้เป็นเพียงรายการค่า m/z โดยไม่ปลดปล่อยก๊าซสูงสุดเชื่อมโยงใด ๆ ชนิดของข้อมูลเสียมวลสเปกตรัมเดียวเท่านั้นในบางสิ่งพิมพ์ก่อนหน้านี้ เช่นดู [13,14] ในไลบรารี แรมสเป็คตราเหล่านี้ได้แสดงเป็นคนทั่วไป / 'สองมิติ' กับการเดียวกันสำรองสัมพันธ์ความเข้ม 100% ถ้าค่าสุดท้ายตั้งค่าเป็น 30% หรือ 10% ค้นหาไลบรารี (ดูด้านล่าง) ที่มีแนวโน้มที่จะ เป็นบิตมีประสิทธิภาพน้อยในการสร้างแรมสเป็คตราทดลอง ESI และ MALDI mass spectrometryใช้ (ดูด้านล่าง) สิบแรมสเป็คตราทดลองได้นอกจากนี้ยัง รวมอยู่ในไลบรารี บันทึก ESI ตัวตามกันไปแรมสเป็คตราสำหรับสารบริสุทธิ์เจ็ด: microcystins- -RR, -LA และ LR -ปีอัลฟา - และบีตา-amanitin, phalloidin ผู้ที่ถูกอ้างอิงสูงสุดmicrocystins (สารห้า ดูด้านล่าง) และหลักการเห็ดพิษ เกี่ยวข้อง MALDI ส่วนแรมสเป็คตราได้รับการสารหก: microcystins- -ปี และ LR, -RRอัลฟา - และบีตา-amanitin, phalloidinปัดค่า m/z ของทดลองและวรรณคดีแรมสเป็คตราปิดจำนวนเต็มที่ใกล้ที่สุดและปลดปล่อยก๊าซสูงสุดสัมพันธ์สอดคล้องกันมีการถ่ายโอนในไลบรารีที่ถูกสร้างขึ้นเป็นรุ่นความละเอียดต่ำใช้ 2.0 ค้นหา MS NIST d ซอฟต์แวร์ (NIST, GaithersburgMD สหรัฐอเมริกา) [34] ในที่สุด ชุดอิเล็กทรอนิกส์อยู่ 263แรมสเป็คตรามวลสารเฉพาะที่ 59 แรมสเป็คตรามา โดย ESIมีการใช้เครื่องวิเคราะห์มวลของไอออนกับดัก (IT), ทริปเปิ้ล quadrupole(TQ), และ quadrupole เวลา--เที่ยว (Q-ToF) predominated ที่มากที่สุดมากมายได้แรมสเป็คตรามวลของ microcystin-LR มากที่สุดmicrocystin พิษกลุ่ม และยัง microcystins-ปี -RR-ลา และ b amanitin เหล่านี้และการแสดงอื่น ๆ ของไลบรารีที่กำหนดในตารางที่ 1 และ 2 แรมสเป็คตรามวลมี exemplified ใน1 fig. สำหรับ microcystin LRค้นหาไลบรารีที่ดำเนินการโดยใช้โปรแกรมค้นหา MSการตั้งค่า 'คล้าย' และ' MS/MS' ถูกเลือกสำหรับการตัวเลือก 'ชนิดสเปกตรัมค้นหา มีการตั้งค่าค่า m/z สารตั้งต้นในกล่อง 'ไอออนสารตั้งต้น' สำหรับรายละเอียดอื่น ๆ ของการค้นหา ดู [12]เพื่อให้ได้ราคาจริงของผลการค้นหาแตกต่างกันสำหรับเบ็ดเตล็ดข้อมูลที่อาจเกี่ยวข้องกับมากสเปกตรัมไลบรารีมากกว่าสร้าง ไลบรารี 'bsa_2011_04_01_it' [35] ของแรมสเป็คตรามวล tandem 725 ของเปป 'ทั่วไป' (ไม่ใช่ทุกรอบ)ผลิตจากวัว serum albumin ถูกเพิ่มเข้าไปข้อมูลของเราคอลเลกชันของคนทุกรอบ มันสมควรที่บางกรดอะมิโนชิ้นส่วนของสารวัฏจักร และทุกร อบไม่มีเหมือนกันที่อาจทำเท็จไม่-รหัสของเปปไทด์ทุกรอบ ว่าไลบรารีเลือกเพปไทด์เส้นสู่ถ่าย และอื่น ๆไลบรารี [35] นำไปเกี่ยวกับผลลัพธ์เดียวกัน2.2 การทดลองโซลูชั่นมาตรฐานที่ 10 microcystins lg/ml-LR, -RR, -LA และ– ปี (ความบริสุทธิ์ > 95% โดย HPLC) ได้จาก Abraxis (สหรัฐอเมริกา) ในเมทานอลโซลูชั่นที่ความเข้มข้นเดียวของอัลฟา - และบีตา-amanitinphalloidin ถูกเตรียมจากมาตรฐานของโซลิดสเตต (ความบริสุทธิ์90% โดย HPLC/สูง ประสิทธิภาพรูพรุน electrophoresisSigma-Aldrich สหรัฐอเมริกา) รับแรมสเป็คตรา ESI-MS (MS2) โซลูชั่นทั้งหมดถูกผสมกับส่วนผสม 1:1 ของ trifluoric 0.05% สองกรดและ acetonitrile และฉีดเข้าไปในตัวเรา 4 G ESI-Q-ToFโดยรวมสเปกโตรมิเตอร์ (Bruker เยอรมนี) สารเคมีที่สองได้เกรดแท้ อัตราการฉีดจะ 3 นาที ค่ามาตรฐานของเข็มและกรวยแรงดัน ความดันชนไนโตรเจน และพารามิเตอร์อื่น ๆ ทดลองก็ได้ ปานกลางสูงและพลังงานต่ำชนถูกตั้งค่าในช่วง 10 – 75 eV สำหรับแต่ละสารประกอบ สามอ้างอิงแรมสเป็คตรารับที่แตกต่างกันพลังงาน และรวมอยู่ในไลบรารีจากนั้น ได้ประกอบด้วยจาก30 ToF สแกน ประจุสารตั้งต้นถูก [M + H] + (ทั้งหมด analytesไม่รวม microcystin RR) และ [M + 2 H] 2 + ไม้ 4 สารประกอบ(microcystins-LR, -RR -ปี และเบต้า-amanitin)เพื่อซื้อ MALDI มวลแรมสเป็คตรา aliquots จะ 1 – 2 ของ lg 10 mlโซลูชั่นของสารประกอบเหล่านั้นได้ร่วมกับ

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

2 . อาคารมวลสเปกตรัมห้องสมุด
2.1 . ห้องสมุดการตีคู่ภายใต้การศึกษาสเปกตรัม
สกัดจากวรรณกรรม /
แหล่งอินเทอร์เน็ตหรือบันทึกโดยเฉพาะสำหรับการวิจัย .
หาสเปกตรัมในวรรณคดีและ www มากกว่า 150 บทความ
( หรือเว็บไซต์ / หน้าเว็บอินเทอร์เน็ต ) ในมวลสารของไมโครซิสติน
และสารประกอบที่เกี่ยวข้องกับถูกมองผ่าน เงินนี้ , 47
บทความ ( [ 913 – 33 ] และอ้างอิง [ 9 – 33 ] ในบทความก่อนหน้า
[ 12 ] ) กับสเปกตรัมของเป้าหมายจากมวลสารที่
เลือกตามกฎต่อไปนี้ ตรวจสอบเหล่านี้ต้องได้รับ
สำหรับสารที่เรียกว่า เช่นวัสดุอ้างอิง / มาตรฐานวิเคราะห์
หรือสารระบุเทคนิคอิสระหลาย
นี้ถูกปฏิเสธซึ่ง ( ) เคยได้รับในมาก
ช่วง M / Z สั้นและ ( b ) มีความรุนแรงมากยอดไม่แสดงหรือไม่แสดงกับ
M / Z ค่า อย่างไรก็ตาม , Spectra
กับหนึ่งหรือเพียงเล็กน้อย unannotated ยอดเป็นนิติบุคคลที่จัดตั้งขึ้นใน
ห้องสมุด ความเข้มของสัญญาณสูงสุดสัมพัทธ์ดังกล่าว
โดยเฉลี่ย 15 - 20 % กับที่เล็กที่สุดที่บันทึกย่อถูกถ่ายลงในบัญชียอด
.
ห้องสมุดค้นหาด้วยเช่นสเปกตรัมที่สมบูรณ์หรือบางอื่น ๆ
ที่มีในห้องสมุดอาจนำไปสู่การระบุเท็จ ( ดูด้านล่าง ) .
อื่นชัดเจนว่าปัจจัยที่อาจทำให้เกิดการผิดพลาด
( a ) irreproducibility ยากจนควบคู่มวลสเปกตรัม ( ข ) รายงาน
unrepresentative spectra ในแหล่งวรรณกรรม ( c )
2 16 มาตรฐานในการวิเคราะห์หรือ ( D ) การบิดเบือนของมวลสเปกตรัมใน
พิมพ์ / อินเทอร์เน็ตชุด มันควรจะสังเกตเราวัด / ทำซ้ำ
สูงสุดความเข้มของกราฟสเปกตรัมกับความไม่แน่นอนของ
ไม่ใหญ่กว่าประมาณ 1 / 20 ของค่าของพวกเขา .
วรรณกรรม 'one-dimension ' มวลสเปกตรัมเป็น
พิเศษ ถูกป้อนในห้องสมุดนี้เป็นครั้งแรก เหล่านี้เป็นเพียงรายการ
M / Z ค่าโดยไม่ต้องเชื่อมโยงสูงสุดความเข้ม .ชนิดนี้ของ
บกพร่องมวลข้อมูลสเปกตรัมเป็นคนเดียวที่มีอยู่ในสิ่งพิมพ์บาง
ก่อนหน้านี้ เช่น เห็น [ 13,14 ] ในห้องสมุด โดยมีตัวแทนเป็นคนทั่วไปนี่

/ 'two-dimensional กับญาติชั่วคราว ความเข้มเดียวกัน 100 % ถ้าค่าสุดท้าย
ตั้งเป็น 30 % หรือ 10 % , ค้นหาห้องสมุด ( ดูด้านล่าง ) มีแนวโน้มที่จะเป็นบิต

ในสเปกตรัมมีประสิทธิภาพน้อยลง การ ทดลองESI และมวลสารมา ดิ
ใช้ ( ดูด้านล่าง ) นับจากช่วงทดลอง
ยังรวมอยู่ในห้องสมุด ESI ตีคู่สเปกตรัมได้ถูกบันทึกไว้
7 บริสุทธิ์สาร : วิธีการใช้ LR - RR - LA - ปี
แอลฟาและเบต้า มานิติน phalloidin , . พวกที่อ้าง
วิธีการใช้ ( สี่ชนิดแรกดูด้านล่าง ) และอาจารย์ใหญ่
เห็ดพิษส่วนแสงที่ได้รับมา ดิ
6 สารประกอบ : วิธีการใช้ LR - RR และ - ปี
แอลฟาและเบต้า มานิติน phalloidin , .
M / Z ค่าทดลองและวรรณกรรม
ไปจำนวนเต็มที่ใกล้ที่สุดให้โค้งมนและสอดคล้องความเข้มสูงสุดสัมพัทธ์
ถูกย้ายไปห้องสมุดที่สร้างขึ้นเป็นรุ่นที่ความละเอียดต่ำ
ใช้มาตรฐาน MS การค้นหา 2.0 D ซอฟต์แวร์ ( NIST , ตัวแทน ,
แมรี่แลนด์ สหรัฐอเมริกา ) [ 34 ] ในที่สุด , คอลเลกชันอิเล็กทรอนิกส์ที่มีอยู่ 263
มวลสเปกตรัม 59 สารประกอบที่เป็นเอกลักษณ์ สเปกตรัมที่ได้จาก ESI
ด้วยการใช้วิเคราะห์มวลของไอออนกับดัก ( มัน ) , สามคำ
( พิมพ์ดีด ) และคำเวลา - การบิน ( q-tof ) ทะเลสาบสงขลา .
มากมายส่วนใหญ่เป็นมวลสเปกตรัมที่มี LR ที่สุด
เป็นพิษที่มีในกลุ่ม และยัง วิธีการใช้ปี - RR
- ลาและ b-amanitin . เหล่านี้ และการแสดงอื่น ๆของห้องสมุด
ยกให้เป็นตารางที่ 1 และ 2 มวลสเปกตรัมเป็น exemplified ในรูปที่ 1

ที่มี LR ห้องสมุดค้นหาโดยวิธีการของการตั้งค่าของ MS โปรแกรม
' กัน ' และ ' MS / MS ' เลือก ' ตัวเลือกการค้นหา
'spectrum ประเภทที่มีสารตั้งต้น M / Z ค่าชุด
ในช่อง ' ' สารไอออน .สำหรับรายละเอียดอื่น ๆของการค้นหา ดู [ 12 ] .
เพื่อให้ได้อัตราการมีเหตุผลของผลลัพธ์การค้นหาที่แตกต่างกันสำหรับข้อมูลเบ็ดเตล็ด
ซึ่งอาจเกี่ยวข้องกับการสร้างห้องสมุดที่มีขนาดใหญ่มาก
กว่า 1 , bsa_2011_04_01_it ' ห้องสมุด ' [ 3 ] ของ
725 ตีคู่มวลสเปกตรัม ' ทั่วไป ' ( ไม่ใช่วงกลม ) เปป
ที่ผลิตจากอัลบูมิน ถูกเพิ่มไปยังข้อมูล
คอลเลกชันของวัฏจักรที่มันควรจะมีกรดอะมิโน
เศษและไม่มีสารที่เป็นแบบเดียวกันที่อาจส่งผลในการเท็จ
ไม่ใช่ของไซคลิกเปปไทด์ ที่ห้องสมุด ซึ่ง
ถ่ายและตัวเลือกอื่น ๆของเส้นเปปไทด์
ห้องสมุด [ 35 ] นำเกี่ยวกับผลลัพธ์เดียวกัน .
2.2 . ทดลอง
มาตรฐานโซลูชั่น 10 LG / มล. วิธีการใช้ LR - RR - ลาและ
- ปี ( ความบริสุทธิ์ > 95% โดย HPLC ) จาก abraxis ( USA ) เมทานอล
โซลูชั่นของความเข้มข้นเดียวกันของแอลฟาและเบต้าอะมานิติน
phalloidin , เตรียมจากมาตรฐานของพวกเขา ( ความบริสุทธิ์
 90% โดย HPLC / ประสิทธิภาพสูง capillary electrophoresis
ซิกม่า Aldrich , USA ) เพื่อให้ได้ esi-ms ( MS2 ) สเปกตรัมทั้งหมดโซลูชั่น
ลด 2 ครั้งกับ 1 : 1 ผสม 0.05 % trifluoric
และกรดไนและฉีดเข้าไปใน Data 4G esi-q-tof
แมสสเปกโตรมิเตอร์ ( บรุคเกอร์ , เยอรมัน ) เคมีสองถูก
แท้เกรด อัตราการฉีด 3 จะต่อนาทีค่ามาตรฐาน
ของเข็มและกรวยที่มีการปะทะ ความดันของแก๊สไนโตรเจน และพารามิเตอร์อื่น ๆ
ทดลองถูกตั้ง สูง , กลาง , ต่ำและพลังงานการชน
ถูกตั้งค่าในช่วงของ 10 – 75 EV สำหรับ
สารแต่ละ สามสเปกตรัมอ้างอิงที่ได้รับแตกต่างกัน
พลังงานและรวมอยู่ในห้องสมุด ประกอบด้วย จาก
30 สแกน tof . สารตั้งต้นไอออนถูก [ M ] ( ทั้งหมดยกเว้นสาร
ที่มี RR ) และ [ M ] 4 สารประกอบ 2 ชนิด 2H
( วิธีการใช้ LR - RR - ปี และเบต้า มานิติน ) .
ที่จะได้รับมา ดิ มวลแสง 1 – 2 จะเฉยๆ 10 LG / ml
โซลูชั่นของแต่ละสารประกอบเหล่านั้นถูกรวมกับ