A cattle database of candidate gene

A cattle database of candidate genes and genetic markers for milk production and mastitis has been developed to provide an integrated research tool incorporating different types of information supporting a genomic approach to study lactation, udder development and health. The database contains 943 genes and genetic markers involved in mammary gland development and function, representing candidates for further functional studies. The candidate loci were drawn on a genetic map to reveal positional overlaps. For identification of candidate loci, data from seven different research approaches were exploited: (i) gene knockouts or transgenes in mice that result in specific phenotypes associated with mammary gland (143 loci); (ii) cattle QTL for milk production (344) and mastitis related traits (71); (iii) loci with sequence variations that show specific allele-phenotype interactions associated with milk production (24) or mastitis (10) in cattle; (iv) genes with expression profiles associated with milk production (207) or mastitis (107) in cattle or mouse; (v) cattle milk protein genes that exist in different genetic variants (9); (vi) miRNAs expressed in bovine mammary gland (32) and (vii) epigenetically regulated cattle genes associated with mammary gland function (1). Fourty-four genes found by multiple independent analyses were suggested as the most promising candidates and were further in silico analysed for expression levels in lactating mammary gland, genetic variability and top biological functions in functional networks. A miRNA target search for mammary gland expressed miRNAs identified 359 putative binding sites in 3′UTRs of candidate genes.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ฐานข้อมูลกระบือผู้สมัครยีนและพันธุเครื่องหมายสำหรับการผลิตน้ำนมและ mastitis ได้รับการพัฒนาให้เป็นเครื่องมือวิจัยรวมเพจข้อมูลสนับสนุนวิธี genomic เพื่อศึกษาด้านการให้นม เต้านมพัฒนา และสุขภาพชนิดต่าง ๆ ฐานข้อมูลประกอบด้วยยีน 943 และเครื่องหมายทางพันธุกรรมที่เกี่ยวข้องกับการพัฒนาของต่อมน้ำนมและการทำงาน ตัวแทนผู้สมัครเพิ่มเติมทำงานศึกษา Loci ผู้สมัครได้วาดแผนที่พันธุเฉลยตำแหน่งทับซ้อน รหัส loci ผู้สมัคร ข้อมูลจากเจ็ดวิธีวิจัยต่าง ๆ ได้สามารถ: (i) ยีน knockouts หรือ transgenes ในหนูที่ทำให้ฟีเฉพาะที่เกี่ยวข้องกับต่อมน้ำนม (143 loci); (ii) วัว QTL mastitis และผลิตน้ำนม (344) ที่เกี่ยวข้องกับลักษณะ (71); (iii) loci ด้วยรูปแบบลำดับที่แสดง allele phenotype การโต้ตอบเกี่ยวข้องกับการผลิตน้ำนม (24) หรือ mastitis (10) ในวัว (iv) ยีนกับส่วนกำหนดค่านิพจน์ที่เกี่ยวข้องกับการผลิตน้ำนม (207) หรือ mastitis (107) ในโคกระบือหรือเมาส์ (v) วัวนมโปรตีนยีนที่มีอยู่ในตัวแปรทางพันธุกรรมแตกต่างกัน (9); (vi) แสดงในต่อมน้ำนมวัว (32) และ (vii) epigenetically miRNAs ควบคุมวัวยีนที่เกี่ยวข้องกับฟังก์ชันต่อมน้ำนม (1) พบ โดยอิสระวิเคราะห์หลายยีนโฟร์ตี้โฟร์ถูกแนะนำเป็นผู้ว่า และได้เพิ่มเติมใน silico analysed ระดับนิพจน์ในต่อมน้ำนมการศึกษา ความแปรผันทางพันธุกรรม และฟังก์ชันด้านชีวภาพที่เครือข่ายที่ทำงาน การค้นหาเป้าหมาย miRNA ในต่อมน้ำนมแสดง miRNAs ระบุ 359 putative รวมไซต์ใน 3′UTRs ของผู้สมัคร

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ฐานข้อมูลวัวของยีนและเครื่องหมายทางพันธุกรรมสำหรับการผลิตนมและเต้านมที่ได้รับการพัฒนาเพื่อให้เครื่องมือในการวิจัยแบบบูรณาการผสมผสานที่แตกต่างกันของข้อมูลที่สนับสนุนแนวทางในการศึกษาจีโนมให้นมบุตร, การพัฒนาเต้านมและสุขภาพ ฐานข้อมูลที่มี 943 ยีนและเครื่องหมายทางพันธุกรรมมีส่วนร่วมในการพัฒนาต่อมน้ำนมและฟังก์ชั่นที่เป็นตัวแทนของผู้สมัครสำหรับการศึกษาการทำงานต่อไป สถานะผู้สมัครที่ได้รับการวาดบนแผนที่ทางพันธุกรรมที่จะเปิดเผยคาบเกี่ยวตำแหน่ง เพื่อระบุตัวตนของผู้สมัครสถานะข้อมูลจากเจ็ดวิธีการวิจัยที่แตกต่างกันได้รับประโยชน์ (i) knockouts ยีนหรือยีนในหนูที่มีผลใน phenotypes เฉพาะที่เกี่ยวข้องกับต่อมน้ำนม (143 สถานะ); (ii) QTL วัวสำหรับการผลิตนม (344) และลักษณะที่เกี่ยวข้องกับโรคเต้านมอักเสบ (71); (iii) สถานะที่มีรูปแบบลำดับที่แสดงปฏิสัมพันธ์อัลลีล-ต้นเฉพาะที่เกี่ยวข้องกับการผลิตนม (24) หรือโรคเต้านมอักเสบ (10) ในวัว; (iv) ยีนที่มีการแสดงออกที่เกี่ยวข้องกับการผลิตนม (207) หรือโรคเต้านมอักเสบ (107) ในวัวหรือเมาส์; (v) และยีนโปรตีนนมโคที่มีอยู่ในสายพันธุ์ทางพันธุกรรมที่แตกต่างกัน (9); (vi) miRNAs แสดงในต่อมวัวนม (32) และ (vii) ควบคุม epigenetically ยีนวัวที่เกี่ยวข้องกับการทำงานของต่อมน้ำนม (1) สี่สิบสี่ยีนพบโดยการวิเคราะห์อิสระหลายได้รับการแนะนำให้เป็นผู้สมัครที่มีแนวโน้มมากที่สุดและมีความต่อเนื่องใน silico วิเคราะห์ระดับการแสดงออกในการให้นมบุตรต่อมน้ำนม, ความแปรปรวนทางพันธุกรรมและการทำงานทางชีวภาพชั้นนำในเครือข่ายการทำงาน ค้นหาเป้าหมาย miRNA สำหรับ miRNAs ต่อมแสดงนมระบุ 359 เว็บไซต์ที่มีผลผูกพันในสมมุติ 3'UTRs ของยีน

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

เป็นฐานข้อมูลของผู้สมัคร และโคยีนเครื่องหมายพันธุกรรมเพื่อผลิตนมและเต้านมที่ได้รับการพัฒนาให้มีการวิจัยแบบบูรณาการเครื่องมือรวมชนิดที่แตกต่างกันของข้อมูลสนับสนุนแนวทางการศึกษาระดับจีโนม , การพัฒนาเต้านมและสุขภาพ ฐานข้อมูลมี 943 ยีนและพันธุกรรมที่เกี่ยวข้องในการพัฒนาต่อมเต้านมและฟังก์ชันตัวแทนผู้สมัคร ในการศึกษาหน้าที่ ผู้สมัครตำแหน่งสุ่มบนแผนที่พันธุกรรมเพื่อเปิดเผยตำแหน่งซ้อน สำหรับการระบุ loci ผู้สมัคร ข้อมูลจากเจ็ดแนวทางการวิจัยที่แตกต่างกันถูก : ( i ) ของยีน knockouts หรือ transgenes ในหนูที่ส่งผลให้เกิดเฉพาะที่เกี่ยวข้องกับต่อมน้ำนม ( 143 ตำแหน่ง )( 2 ) ความวัวผลิตนม ( 344 ) และลักษณะเต้านมอักเสบที่เกี่ยวข้อง ( 71 ) ; ( 3 ) รูปแบบด้วยรูปแบบลำดับที่แสดงเฉพาะในการปฏิสัมพันธ์ที่เกี่ยวข้องกับการผลิตน้ำนม ( 24 ) ( 10 ) หรือโรคเต้านมอักเสบในโค ; ( 4 ) รูปแบบการแสดงออกของยีนที่เกี่ยวข้องกับการผลิตน้ำนม ( 207 ) เต้านม ( หรือ 107 ) สัตว์หรือเมาส์ ;( 5 ) วัวนมโปรตีนยีนที่มีอยู่ในสายพันธุ์ที่แตกต่างกันทางพันธุกรรม ( 9 ) ; ( ไว ) mirnas แสดงออกใน pantip.com ต่อมน้ำนม ( 32 ) และ ( 7 ) epigenetically โคยีนที่เกี่ยวข้องกับการควบคุมฟังก์ชั่นต่อมเต้านม ( 1 )44 ยีนที่พบโดยวิเคราะห์อิสระหลาย แนะนำเป็นผู้สมัครที่มีแนวโน้มมากที่สุดและเพิ่มเติมสำหรับวิเคราะห์หาระดับการแสดงออก ? ต่อมน้ำนม การผันแปรทางพันธุกรรมและฟังก์ชันทางชีวภาพสูงสุดในเครือข่ายที่ใช้งานได้ ค้นหาเป้าหมาย mirna สำหรับต่อมน้ำนมแสดง mirnas ระบุ 359 ซึ่งผูกเว็บไซต์ใน 3 ได้รับยีน utrs ของผู้สมัคร