ปัญหาองค์การบริหารส่วนตําบลที่ผ่านมา ผู้วิจัยสามารถสรุปประเด็นปัญหาสําคัญๆจากการทบทวนเอกสารการบริหารราชการของ องค์กรบริหารส่วนตําบลสามารถวิเคราะห์ถึงปัญหาขององค์กรบริหารส่วนตําบลได้นับตั้งแต่ที่ได้มี การกระจายอํานาจสู่องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่นในปีพ.ศ. 2540 มีดังนี้ (สมบูรณ์สุขสําราญ 2545, รสคนธ์รัตนเสริมพงศ์ 2546) 1. กฎหมายและระเบียบที่เกี่ยวข้อง หากพิจารณาถึงกระบวนการในการตรากฎหมายและ ระเบียบเหล่านั้น จะเห็นได้ว่ากระบวนการที่เกิดขึ้น มักมีลักษณะเป็นกระบวนการการบัญญัติที่ ราชการส่วนกลางมีบทบาทนํา โดยแทบมิได้เปิดโอกาสให้อบต. ซึ่งเป็นผู้ปฏิบัติมีส่วนร่วม (top– down approach) ทําให้ในท้ายที่สุดเมื่อระเบียบเหล่านั้นต้องนําไปปฏิบัติอาจไม่สอดคล้องกับบริบท ต่างๆ ภายในท้องถิ่น
2. ปัญหาผลประโยชน์ทับซ้อน และวัฒนธรรมทางการเมือง การบริหาร จากความ เปลี่ยนแปลงในเชิงโครงสร้างและความสัมพันธ์ระหว่างราชการส่วนกลาง ภูมิภาคและท้องถิ่น อันเป็น ผลสืบเนื่องมาจากบทบัญญัติแห่งรัฐธรรมนูญ พ.ศ. 2540 ได้ส่งผลให้ราชการส่วนภูมิภาคมีบทบาท และงบประมาณที่ลดลง ดังจะเห็นได้ว่าราชการส่วนภูมิภาคอาจมีงบประมาณที่จํากัด ทําให้การ ผลักดันการดําเนินการในหลายเรื่องให้บรรลุตามเป้าหมายราชการส่วนภูมิภาคต้องอาศัยงบประมาณ และความช่วยเหลือ อบต. ดังนั้น เมื่อกลไกราชการส่วนภูมิภาคจะต้องทําหน้าที่ในการกํากับดูแล องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่นตามลําดับขั้น ราชการส่วนภูมิภาคโดยเฉพาะอย่างยิ่งนายอําเภอและผู้ว่า ราชการจังหวัด จึงอาจเกิดความเกรงใจกัน และในกรณีที่เกิดปัญหา และจําเป็นต้องให้นายอําเภอ หรือผู้ว่าราชการจังหวัดใช้ดุลยพินิจพิจารณา สั่งการต่างๆ จึงมีแนวโน้มที่จะมีความโน้มเอียงที่จะ เข้าข้างส่วนท้องถิ่น และอาจเข้าข่ายผลประโยชน์ทับซ้อน การทํางานของคณะกรรมการเหล่านั้น ถูก ครอบงําการตัดสินใจโดยส่วนกลางส่วนภูมิภาคไปโดยปริยาย