Comprehensive Investigations of Mol

Comprehensive Investigations of Molecules and Reactions

Researchers have used these fundamental capabilities of Gaussian 09 to study isopenicillin N synthase (IPNS), a member of a family of mononuclear nonheme iron enzymes (illustrated at the bottom right of the next image). Transition metal enzymes catalyze some of the most important biochemical processes, and they can also serve as inspiration for novel biomimetic catalysis. In the latter context, these researchers wanted to determine how the metal center and the protein matrix separately contribute to the enzyme system’s catalytic activity. They analyzed the catalytic mechanism of IPNS, exploring the potential energy surface for the transformation of the tripeptide substrate δ-(l-α-aminoadipoyl)-l-cysteinyl-d-valine (ACV) to isopenicillin N (IPN). The ONIOM facility in Gaussian 09 enables the transition structures and reaction paths to be computed for the reactions involving large proteins like this system.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ตรวจสอบที่ครอบคลุมของโมเลกุลและปฏิกิริยานักวิจัยได้ใช้ความสามารถเหล่านี้พื้นฐานของ Gaussian 09 เรียน isopenicillin N synthase (IPNS), เป็นสมาชิกของครอบครัวของเอนไซม์เหล็ก mononuclear nonheme (แสดงที่ด้านล่างขวาของรูปถัดไป) โลหะทรานซิชันเอนไซม์สถาบันของกระบวนการชีวเคมีสำคัญ และพวกเขายังสามารถใช้เป็นแรงบันดาลใจสำหรับเร่งปฏิกิริยา biomimetic นวนิยาย ในบริบทหลัง เหล่านี้นักวิจัยต้องกำหนดว่าศูนย์โลหะและเมทริกซ์โปรตีนแยกร่วมกิจกรรมระบบเอนไซม์เป็นตัวเร่งปฏิกิริยา พวกเขาวิเคราะห์กลไกตัวเร่งปฏิกิริยาของ IPNS การสำรวจศักยภาพพลังงานพื้นผิวสำหรับการเปลี่ยนแปลงของ tripeptide พื้นผิว δ-(l-α-aminoadipoyl)-l-cysteinyl-d-valine (ACV) isopenicillin N (IPN) สิ่งอำนวยความสะดวก ONIOM ใน Gaussian 09 ช่วยให้โครงสร้างเปลี่ยนแปลงและเส้นทางของปฏิกิริยาจะถูกคำนวณสำหรับปฏิกิริยาที่เกี่ยวข้องกับโปรตีนขนาดใหญ่เช่นระบบนี้

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ที่ครอบคลุมการตรวจสอบโมเลกุลและปฏิกิริยา

นักวิจัยเหล่านี้ได้ใช้พื้นฐานความสามารถของเกาส์ 09 เพื่อศึกษา isopenicillin N synthase ( ipns ) , สมาชิกของครอบครัวของเอนไซม์ปกติปริมาณเหล็ก ( ภาพประกอบที่ด้านล่างขวาของรูปถัดไป ) การกระตุ้นเอนไซม์โลหะบางส่วนของที่สำคัญที่สุดในกระบวนการทางชีวเคมี ,และพวกเขายังสามารถทำหน้าที่เป็นแรงบันดาลใจสำหรับนวนิยายไบโอมิเมติคปฏิกิริยา ในบริบทหลัง นักวิจัยเหล่านี้ต้องการที่จะตรวจสอบว่าศูนย์โลหะและเมตริกซ์โปรตีนแยกไปสู่ระบบเอนไซม์เป็นตัวเร่งปฏิกิริยาในกิจกรรม พวกเขาวิเคราะห์กลไกการ ipns ,การสำรวจพื้นผิวพลังงานที่มีศักยภาพสำหรับการเปลี่ยนแปลงของพื้นผิวδไตรเพปไทด์ ( L - แอลฟา aminoadipoyl ) - l-cysteinyl-d-valine ( ACV ) isopenicillin N ( IPN ) สิ่งอำนวยความสะดวกในการ oniom เสียน 09 ช่วยให้เปลี่ยนแปลงโครงสร้างและปฏิกิริยาเส้นทางจะคำนวณสำหรับปฏิกิริยาที่เกี่ยวข้องกับโปรตีนขนาดใหญ่เช่นระบบ