Answer: Both Illumina and the Broad

Answer:
Both Illumina and the Broad institute have carried on genotyping of 1000 genomes and Hapmap samples on the Omni Platform. The most recent set of omni genotypes can be found in two places technical/working/20131122_broad_omni and technical/working/20130812_sanger_omni/ These contain GRCh37 based vcf files for the chip and normalised and raw intensity files.

We also used omni data as part of our phase1 analysis. The set used for this can be found in phase1/analysis_results/supporting/omni_haplotypes/. These are vcf files mapped to GRCh37. There is a single file which contains all the genotypes on the chip and then fully phased vcf files per chromosome. The haplotype estimation was carried out using the ShapeIt2 algorithm.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

คำตอบ: Illumina และสถาบันกว้างได้ดำเนิน genotyping 1000 genomes และตัวอย่าง Hapmap บนแพลตฟอร์มออม ชุดล่าสุดของออมศึกษาจีโนไทป์สามารถพบได้ในสองสถานทำ งาน/เทคนิค/20131122_broad_omni และเทคนิค/ทำ งาน/20130812_sanger_omni/เหล่า นี้ประกอบด้วยแฟ้ม vcf GRCh37 ที่ใช้สำหรับการชิพและแฟ้ม normalised และดิบความเข้มเรายังใช้ข้อมูลการออมเป็นส่วนหนึ่งของการวิเคราะห์ของเราของ phase1 ชุดที่ใช้นี้สามารถพบได้ในของ phase1/analysis_results/สนับสนุน/omni_haplotypes / นี่คือไฟล์ vcf แมปไป GRCh37 มีไฟล์เดียว ที่ประกอบด้วยทั้งหมดการศึกษาจีโนไทป์ในการชิพแล้ว ค่อย ๆ เต็มไฟล์ vcf ต่อโครโมโซม การประเมิน haplotype ที่ดำเนินโดยใช้อัลกอริทึม ShapeIt2

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

คำตอบ:
ทั้งสอง Illumina และสถาบันกว้างได้ดำเนินการเกี่ยวกับ genotyping 1000 จีโนมและตัวอย่าง HapMap บนแพลตฟอร์ม Omni ชุดล่าสุดของยีนรอบสามารถพบได้ในสองสถานที่ทางเทคนิค / ทำงาน / 20131122_broad_omni และทางเทคนิค / ทำงาน / 20130812_sanger_omni / เหล่านี้มี GRCh37 ตามไฟล์ vcf สำหรับชิปและไฟล์เข้มปกติและดิบ. นอกจากนี้เรายังใช้ข้อมูลรอบเป็นส่วนหนึ่งของเรา การวิเคราะห์ phase1 ชุดที่ใช้ในการนี้สามารถพบได้ใน phase1 / analysis_results / สนับสนุน / omni_haplotypes / เหล่านี้เป็นไฟล์ vcf แมปไป GRCh37 มีไฟล์เดียวที่มียีนทั้งหมดที่อยู่ในชิปและจากนั้นจะค่อย ๆ อย่างเต็มที่ไฟล์ vcf ต่อโครโมโซมเป็น การประมาณค่า haplotype ได้รับการดำเนินการโดยใช้อัลกอริทึม ShapeIt2

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ตอบ :
ทั้ง Illumina และสถาบันทั่วโลกได้ดำเนินการในเขต 1000 Genomes และตัวอย่าง hapmap ใน Omni แพลตฟอร์ม ชุดล่าสุดของ Omni พันธุ์สามารถพบได้ในสถานที่สองเทคนิค / ทำงาน / 20131122_broad_omni และเทคนิค / ทำงาน / 20130812_sanger_omni / เหล่านี้ประกอบด้วย grch37 ตามไฟล์ vcf สำหรับชิปและผลกำไรเข้ม

และไฟล์ดิบเรายังใช้ข้อมูลทั้งหมดที่เป็นส่วนหนึ่งของการวิเคราะห์ phase1 ของเรา การตั้งค่าที่ใช้นี้สามารถพบได้ใน phase1 / analysis_results / สนับสนุน / omni_haplotypes / เหล่านี้จะถูกแมปไปยังไฟล์ vcf grch37 . มีไฟล์เดียวซึ่งมีทุกสายพันธุ์ ในชิปแล้วเต็มที่แบ่ง vcf ไฟล์ต่อโครโมโซม ที่พบมีการใช้ประมาณ shapeit2 ขั้นตอนวิธี