Identification of culturable endoph

Identification of culturable endophytic actinobacteria
The isolated strains were initially characterized by morphological
criteria and cultural characteristics (the properties of colonies
on different media agar plates and slants; the presence and color of
aerial mycelium and substrate mycelium; spore mass color and
spore chain morphology; distinctive reverse colony color and
diffusible pigments). Then, representative strains were selected for
partial and full-length 16S rRNA gene sequencing. Genomic DNA
was extracted from the actinobacterial strains using the method of
Qin et al. (2012). The 16S rRNA genes were amplified with forward
primer 27f (50-CAGAGTTTGATCCTGGCT-30) and reverse primer
1492r (50-AGGAGGTGATCCAGCCGCA-30) as described previously
(Frank et al., 2008). The PCR program used was an initial
denaturation (95
C for 10 min), 35 cycles of denaturation (96
C
for 1 min), annealing (55
C for 1 min) and extension (72
C for
2 min), and a
final extension (72
C for 10 min). Then the 16S rRNA
gene sequence of strains was compared against a database via
BLAST analysis (http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi/; Altschul
et al.,1990) and the EzTaxon-e server (http://eztaxon-e.ezbiocloud.
net/; Kim et al., 2012a) of type strains to retrieve most similar
sequences of recognized species. A phylogenetic tree was
constructed with the neighbour-joining (Saitou and Nei, 1987)
methods using MEGA version 5.0 (Tamura et al., 2011). Bootstrap
analysis was performed based on 1000 replicates.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

รหัส culturable endophytic actinobacteriaสายพันธุ์ที่แยกได้ครั้งแรกลักษณะสัณฐานเกณฑ์และลักษณะทางวัฒนธรรม (คุณสมบัติของอาณานิคมแผ่น agar media ต่าง ๆ และ slants สถานะและสีของmycelium ทางอากาศและพื้นผิว mycelium สปอร์สีโดยรวม และสัณฐานวิทยาสปอร์โซ่ สีโคโลนีกลับโดดเด่น และdiffusible สี) จากนั้น เลือกสายพันธุ์ตัวแทนสำหรับบางส่วน และปราศจาก 16S rRNA ยีนลำดับ Genomic DNAถูกแยกจากสายพันธุ์ actinobacterial ที่ใช้วิธีการชิน et al. (2012) มีขยายยีน 16S rRNA กับไปข้างหน้ารองพื้น 27f (50-CAGAGTTTGATCCTGGCT-30) และกลับพื้น1492r (50-AGGAGGTGATCCAGCCGCA-30) ตามที่อธิบายไว้ก่อนหน้านี้(ตรงไปตรงมาและ al., 2008) โปรแกรม PCR ที่ใช้มีการเริ่มต้นdenaturation (95 C สำหรับ 10 นาที) รอบ 35 ของ denaturation (96 Cใน 1 นาที), การอบเหนียว (55 C ใน 1 นาที) และส่วนขยาย (72 C สำหรับ2 นาที), และสุดท้ายส่วนขยาย (72 C สำหรับ 10 นาที) แล้ว rRNA 16Sลำดับยีนสายพันธุ์ถูกเปรียบเทียบกับฐานข้อมูลผ่านวิเคราะห์ระเบิด (http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi/; Altschulและ al., 1990) และเซิร์ฟเวอร์อี EzTaxon (http://eztaxon-e.ezbiocloudสุทธิ /; คิมและ al., 2012a) ของสายพันธุ์ชนิดเรียกคล้ายกันมากที่สุดลำดับชนิดรู้จัก ต้นไม้ phylogeneticสร้างกับเพื่อนบ้านรวม (Saitou และ Nei, 1987)วิธีใช้ร็อคเวอร์ชัน 5.0 (Tamura et al., 2011) Bootstrapวิเคราะห์ถูกทำตามเหมือนกับ 1000

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

บัตรประจำตัวของ actinobacteria culturable
เอนโดไฟท์ลักษณะสายพันธุ์ที่แยกได้ถูกขั้นแรกโดยก้านหลักเกณฑ์และลักษณะทางวัฒนธรรม
(คุณสมบัติของอาณานิคมบนจานอาหารเลี้ยงเชื้อสื่อที่แตกต่างกันและ slants; การปรากฏตัวและสีของเส้นใยทางอากาศและเส้นใยพื้นผิวสีมวลของสปอร์และสัณฐานวิทยาห่วงโซ่ของสปอร์; โดดเด่น สีอาณานิคมกลับและเม็ดสีแพร่) จากนั้นสายพันธุ์ที่ได้รับการคัดเลือกเป็นตัวแทนสำหรับบางส่วนและเต็มความยาว 16S rRNA ลำดับยีน ดีเอ็นเอถูกสกัดจากสายพันธุ์ actinobacterial โดยใช้วิธีการของฉินet al, (2012) ยีน 16S rRNA ถูกขยายไปข้างหน้ากับ27 ไพรเมอร์ (50 CAGAGTTTGATCCTGGCT-30) และไพรเมอร์กลับ1492r (50 AGGAGGTGATCCAGCCGCA-30) ในขณะที่อธิบายไว้ก่อนหน้า(แฟรงก์ et al., 2008) โปรแกรม PCR มาใช้เป็นครั้งแรกdenaturation (95 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 10 นาที) 35 รอบของการสูญเสียสภาพธรรมชาติ (96 องศาเซลเซียสเป็นเวลา1 นาที) หลอม (55 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 1 นาที) และการขยาย (72? C เป็นเวลา2 นาที) และขยายสุดท้าย(72 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 10 นาที) จากนั้น 16S rRNA ลำดับยีนของสายพันธุ์ที่ได้รับการเปรียบเทียบกับฐานข้อมูลผ่านการวิเคราะห์ระเบิด (http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi/; Altschul et al, 1990.) และเซิร์ฟเวอร์ EzTaxon อี ( . http: //eztaxon-e.ezbiocloud. สุทธิ /; et al, คิม, 2012a) สายพันธุ์ชนิดเพื่อดึงคล้ายกันมากที่สุดลำดับของสายพันธุ์ที่ได้รับการยอมรับ ต้นไม้สายวิวัฒนาการที่ถูกสร้างด้วยเพื่อนบ้านเข้า (Saitou และ Nei, 1987) วิธีการใช้รุ่น MEGA 5.0 (ทามูระ et al., 2011) เงินทุนการวิเคราะห์ที่ได้ดำเนินการอยู่บนพื้นฐานของ 1000 ซ้ำ

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การจำแนกชนิดของราเอนโดไฟต์ที่แยกเชื้อแอคติโนมัยสีท culturable

เริ่มต้นลักษณะสัณฐานวิทยาและลักษณะทางวัฒนธรรม ( เกณฑ์คุณสมบัติของอาณานิคม
บนสื่อต่าง ๆวุ้นแผ่น และ slants ; การปรากฏตัวและสีของเส้นใยและเส้นใยจากวัสดุ

; สีมวลสปอร์และสปอร์สัณฐาน ; โซ่ที่โดดเด่นกลับสีและ
อาณานิคมสีโดด ) จากนั้น ตัวแทนสายพันธุ์คัดเลือก
บางส่วนและเต็มเบส 16S rRNA ยีนของ
ดีเอ็นเอถูกสกัดจาก actinobacterial สายพันธุ์โดยใช้วิธี
ฉิน et al . ( 2012 ) ส่วนเบส 16S rRNA ยีนของ 27f รองพื้นข้างหน้า
( 50-cagagtttgatcctggct-30 ) และย้อนกลับรองพื้น
1492r ( 50-aggaggtgatccagccgca-30 ) ตามที่อธิบายไว้ก่อนหน้านี้
( Frank et al . ,2008 ) ส่วนโปรแกรมที่ใช้เป็นเชื้อเริ่มต้น (
( 95
C 10 นาที ) , 35 รอบ ( ( 96
C
1 นาที ) การอบ ( 55
องศาเซลเซียสนาน 1 นาที ) และนามสกุล ( 72
C
2 นาที ) , และส่วนขยายสุดท้าย
( 72
C 10 มิน ) แล้วลำดับเบส 16S rRNA ยีนของสายพันธุ์เป็น

เมื่อเทียบกับฐานข้อมูลผ่านการวิเคราะห์ระเบิด ( http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/blast.cgi/ ; แอลเชิล
et al . ,1990 ) และ eztaxon-e เซิร์ฟเวอร์ ( http : / / eztaxon-e.ezbiocloud .
สุทธิ / ; Kim et al . , 2012a ) สายพันธุ์ชนิดเรียกคล้ายกัน
ที่สุดลำดับจำพันธุ์ สร้าง phylogenetic ต้นไม้คือ
กับเพื่อนบ้านที่เข้าร่วม ( ไซโตะกับเนย , 1987 )
ใช้วิธีร็อครุ่น 5.0 ( ทามูระ et al . , 2011 ) การวิเคราะห์การใช้บูตสแตรป
1000 ซ้ํา