and compared them to that of the 16

and compared them to that of the 16S rRNA gene to evaluate the
utility of tuf as an alternative marker for discriminating Acetobacter
strains. Moreover, the species-specific PCR for species identification
of the A. aceti was also developed.
The Acetobacter reference strains and vinegar samples used in
this study were obtained from the Bioresource Collection and
Research Center (BCRC). The genomic DNA was extracted using the
DNeasy kit (Qiagen, Valencia, CA, USA) following the manufacturers’
instructions. The DNA concentration and purity were
measured using an absorbance ratio of 260/280 nm and checked by
agarose gel electrophoresis. Afterward, the partial fragments of tuf
genes of Acetobacter strains were sequenced using consensus
degenerate primers Tuf-F2 (50
-ATGCC(N:anybase)CAGAC(N:anybase)CG(C/T)GA(G/A)CAC-30
) and Tuf-R2 (50
-CGGAA(G/A)TA(G/A)
AACTG(C/T)GGACG-30
) and aligned using the commercial computer
program Vector NTI Version 9.0 (Invitrogen, San Diego, CA, USA).
Phylogenetic trees were constructed with the PHYLIP computer
program package [13] using the neighbor-joining method with
genetic distances computed by using Kimura’s 2-parameter model
[14,15]. The PCR oligonucleotide primer pair specific for A. aceti,
SpeAceti-F1 (50
-GGGCGATGAAATTCCGGTG-30
) and SpeAceti-R2
(50
-GGTCGTCGGACG(G/A)AT(G/A)CCA-30
) was designed based on
the tuf gene sequences. All reference strains and vinegar samples
were used for species-specific PCR testing. The vinegar samples
were also plated onto (GYC) agar for the isolation and confirmati

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

และเมื่อเปรียบเทียบกับที่ของยีนใน rRNA 16S ประเมินการโปรแกรมอรรถประโยชน์ของ tuf เป็นเครื่องหมายการสำรองสำหรับรับการจำแนก Acetobacterสายพันธุ์ นอกจากนี้ PCR species-specific สำหรับการระบุชนิดของ aceti ถูกพัฒนาสายพันธุ์อ้างอิง Acetobacter และตัวอย่างน้ำส้มสายชูที่ใช้ในการศึกษานี้ได้รับมาจากคอลเลกชัน Bioresource และศูนย์วิจัย (BCRC) ดีเอ็นเอ genomic ถูกสกัดโดยใช้การชุด DNeasy (Qiagen, Valencia, CA, USA) ของผู้ผลิตต่อไปนี้คำแนะนำ ดีเอ็นเอเข้มข้นและความบริสุทธิ์วัดโดยใช้อัตราส่วน absorbance 260/280 nm และตรวจสอบelectrophoresis agarose เจ หลังจากนั้น ชิ้นส่วนบางส่วนของ tufยีนของ Acetobacter สายพันธุ์ที่ถูกเรียงลำดับโดยใช้มติเสื่อมโทรมไพรเมอร์ (50 F2-Tuf-ATGCC (N:anybase) CAGAC(N:anybase) CG (C/T) GA CAC-30 (G/A)) และ Tuf-R2 (50-CGGAA(G/A)TA(G/A)AACTG(C/T) GGACG-30) และการจัดตำแหน่งการใช้งานคอมพิวเตอร์ธุรกิจโปรแกรมเวกเตอร์ NTI รุ่น 9.0 (Invitrogen, San Diego, CA, USA)ต้นไม้ phylogenetic ถูกสร้าง ด้วยคอมพิวเตอร์ PHYLIPโปรแกรมแพคเกจ [13] โดยใช้วิธีใกล้เคียงเข้าร่วมด้วยระยะทางพันธุกรรมที่คำนวณ โดยใช้แบบจำลอง 2-พารามิเตอร์ของคิมุระโย[14,15] การ PCR oligonucleotide เวย์รองพื้นคู่เฉพาะสำหรับ A. acetiSpeAceti-F1 (50-GGGCGATGAAATTCCGGTG-30) และ SpeAceti R2(50-GGTCGTCGGACG (G A) ที่ CCA-30 (G/A)) ถูกออกแบบตามลำดับยีน tuf ทุกสายพันธุ์อ้างอิงและตัวอย่างน้ำส้มสายชูใช้สำหรับทดสอบ species-specific PCR ตัวอย่างน้ำส้มสายชูนอกจากนี้ยังได้ชุบบน agar (GYC) แยกและ confirmati

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

และเมื่อเทียบกับพวกเขากับของ 16S rRNA ยีนในการประเมินผล
ประโยชน์ของ TUF เป็นเครื่องหมายทางเลือกสำหรับการแบ่งแยก Acetobacter
สายพันธุ์ นอกจากนี้สายพันธุ์เฉพาะ PCR ในการจำแนกสายพันธุ์
ของ Aceti A. ยังได้รับการพัฒนา.
สายพันธุ์ Acetobacter อ้างอิงและตัวอย่างน้ำส้มสายชูที่ใช้ในการ
ศึกษาครั้งนี้ได้มาจากการเก็บทรัพยากรชีวภาพและ
ศูนย์การวิจัย (BCRC) ดีเอ็นเอที่ถูกสกัดโดยใช้
ชุด DNeasy (Qiagen, วาเลนเซีย, CA, USA) ดังต่อไปนี้ผู้ผลิต
คำแนะนำ ความเข้มข้นของดีเอ็นเอและความบริสุทธิ์ถูก
วัดโดยใช้อัตราการดูดกลืนแสงของ 260/280 นาโนเมตรและตรวจสอบโดย
agarose เจลอิเล็ก ต่อจากนั้นชิ้นส่วนบางส่วนของ TUF
ยีนของเชื้อ Acetobacter มีลำดับขั้นตอนการใช้ฉันทามติ
ไพรเลว Tuf-F2 (50
-ATGCC (n: anybase) CAGAC (n: anybase) บรรษัทภิบาล (C / T) จอร์เจีย (G / A) CAC-30
) และ Tuf-R2 (50
-CGGAA (G / A) TA (G / A)
AACTG (C / T) GGACG-30
) และสอดคล้องการใช้คอมพิวเตอร์ในเชิงพาณิชย์
โปรแกรมเวกเตอร์ NTI Version 9.0 (Invitrogen, ซานดิเอโก, CA, USA ).
ต้นไม้ที่ถูกสร้างขึ้นด้วยคอมพิวเตอร์ PHYLIP
แพคเกจโปรแกรม [13] โดยใช้วิธีเพื่อนบ้านเข้ากับ
ระยะทางพันธุกรรมคำนวณโดยใช้คิมูระ 2 พารามิเตอร์แบบ
[14,15] ไพรเมอร์ oligonucleotide PCR คู่ที่เฉพาะเจาะจงสำหรับ Aceti A. ,
SpeAceti-F1 (50
-GGGCGATGAAATTCCGGTG-30
) และ SpeAceti-R2
(50
-GGTCGTCGGACG (G / A) AT (G / A) CCA-30
) ได้รับการออกแบบบนพื้นฐานของ
TUF ลำดับยีน สายพันธุ์อ้างอิงและตัวอย่างน้ำส้มสายชู
ถูกนำมาใช้สำหรับการขยายพันธุ์โดยเฉพาะการทดสอบ PCR ตัวอย่างน้ำส้มสายชู
ก็ชุบลง (GYC) วุ้นสำหรับแยกและ confirmati

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

และเมื่อเปรียบเทียบกับยีน 16S rRNA ของการประเมินมูลค่าเป็นเครื่องหมาย
อรรถประโยชน์ของทางเลือกสำหรับจำแนก Acetobacter
สายพันธุ์ นอกจากนี้ ร่วมเผ่าพันธุ์ - เฉพาะสำหรับการใช้ชนิดของ A .

ยังพัฒนา Acetobacter สายพันธุ์อ้างอิง และน้ำส้มสายชู กลุ่มตัวอย่างที่ใช้ในการวิจัยได้จาก

ชุดชีวภาพและศูนย์วิจัย ( บาเซล )ดีเอ็นเอจีโนมถูกสกัดโดยใช้
dneasy Kit ( QIAGEN , Valencia , CA , USA ) ตามคำแนะนำของผู้ผลิต
. DNA ความเข้มข้นและความบริสุทธิ์ คือการวัดค่า
อัตราส่วน 260 / 280 nm และตรวจสอบโดย
กาโรสเจล หลังจากนั้น ชิ้นส่วนบางส่วนของบริษัท
ยีนของ Acetobacter สายพันธุ์นี้ใช้กัน

- ( 50 tuf-f2 degenerate primers atgcc ( N :anybase ) cagac ( N : anybase ) CG ( C / T ) Ga ( G / A ) cac-30
) และ tuf-r2 ( 50
- cggaa ( G / A ) ตา ( G / A )
aactg ( C / T ) ggacg-30
) และสามารถใช้คอมพิวเตอร์โปรแกรมเชิงพาณิชย์
NTI เวกเตอร์รุ่น 9.0 Invitrogen , San Diego , CA , USA ) .
ต้นไม้ ซึ่งถูกสร้างขึ้นด้วยคอมพิวเตอร์ โปรแกรมสำเร็จรูป phylip
[ 13 ] ใช้เพื่อนบ้านร่วมด้วยวิธีทางพันธุกรรมระยะทางคำนวณโดยใช้คิมูระ

สองแบบ [ 1415 ] ร่วม ซึ่งไพรเมอร์คู่ที่เฉพาะเจาะจงเพื่อ ใช้ speaceti-f1 ( 50
-
, gggcgatgaaattccggtg-30

( 50 ) และ speaceti-r2
- ggtcgtcggacg ( G / A ) ( G / A ) cca-30

) ได้รับการออกแบบขึ้นอยู่กับไฮยีน ลำดับ ทุกสายพันธุ์อ้างอิงและน้ำส้มสายชูตัวอย่าง
ใช้สำหรับการทดสอบโดยเฉพาะ - ขยายพันธุ์ . ตัวอย่างน้ำส้ม
ยังชุบลงบน ( gyc ) วุ้นสำหรับการแยกและ confirmati