Typically, this involves a first BL

Typically, this involves a first BLAST involving BLASTing a query sequence against any sequence database, such as the publicly available NCBI database. BLASTN or TBLASTX
(using standard default values) are generally used when starting from a nucleotide sequence, and BLASTP or TBLASTN (using standard default values) when starting from a protein sequence. The BLAST results may optionally be filtered. The full-length sequences of either the filtered results or non-filtered results are then BLASTed back (second BLAST) against sequences from the organism from which the query sequence is derived. The
results of the first and second BLASTs are then compared. A paralogue is identified if a
high-ranking hit from the first blast is from the same species as from which the query sequence is derived, a BLAST back then ideally results in the query sequence amongst the highest hits; an ออร์โธลอค is identified if a high-ranking hit in the first BLAST is not from the same species as from which the query sequence is derived, and preferably results upon
BLAST back in the query sequence being among the highest hits.


High-ranking hits are those having a low E-value. The lower the E-value, the more significant the score (or in other words the lower the chance that the hit was found by chance). Computation of the E-value is well known in the art. In addition to E-values,
comparisons are also scored by percentage identity. Percentage identity refers to the
number of identical nucleotides (or amino acids) between the two compared nucleic acid (or โพลีเปปไทด์) sequences over a particular length. In the case of large families, ClustalW may be used, followed by a neighbour joining tree, to help visualize clustering of related genes
and to identify ออร์โธลอค and พาราลอค


The term u sequence identity" between two nucleic acid sequences is understood as meaning the percent identity of the nucleic acid sequence over in each case the entire sequence length which is calculated by alignment with the aid of the program algorithm
GAP (Wisconsin Package Version 10.0, University of Wisconsin, Genetics Computer Group
(GCG), Madison, USA), setting the following parameters: Gap Weight: 12 Length Weight: 4
Average Match: 2,912 Average Mismatch:-2,003


The term " sequence identity" between two amino acid sequences is understood as
meaning the percent identity of the nucleic acid sequence over in each case the entire sequence length which is calculated by alignment with the aid of the program algorithm
GAP (Wisconsin Package Version 10.0, University of Wisconsin, Genetics Computer Group setting following

Length Weight: 2
Average Match: 12 Average Mismatch:-2,003


คำว่า "การไฮบริไดซ์" as defined herein is a process wherein substantially homologous complementary nucleotide sequences anneal to each other. The การไฮบริไดซ์ process can occur entirely in solution, i.e. both complementary nucleic acids are in solution.
การไฮบริไดซ์ process can also occur with one of the complementary nucleic acids immobilised to a matrix such as magnetic beads, Sepharose beads or any other resin. The
การไฮบริไดซ์ process can furthermore occur with one of the complementary nucleic acids immobilised to a solid support such as a nitro-cellulose or nylon membrane or immobilised by e.g. photolithography to, for example, a siliceous glass support (the latter known as nucleic acid arrays or microarrays or as nucleic acid chips). In order to allow การไฮบริไดซ์
to occur, the nucleic acid molecules are generally thermally or chemically denatured to melt
a double strand into two single strands and/or to remove hairpins or other secondary structures from single stranded nucleic acids.


คำว่า u ความเข้มงวด" refers to the conditions under which a การไฮบริไดซ์ takes place. The ความเข้มงวด of การไฮบริไดซ์ is influenced by conditions such as temperature, salt
concentration, ionic strength and การไฮบริไดซ์ buffer composition. Generally, low
ความเข้มงวด conditions are selected to be about 30°C lower than the thermal melting point (Tm) for the specific sequence at a defined ionic strength and pH. Medium ความเข้มงวด conditions are when the temperature is 20°C below Tm, and high ความเข้มงวด conditions are when the temperature is 10°C below Tm. High ความเข้มงวด การไฮบริไดซ์ conditions are
typically used for isolating hybridising sequences that have high sequence similarity to the target nucleic acid sequence. However, nucleic acids may deviate in sequence and still encode a substantially identical โพลีเปปไทด์, due to the degeneracy of the genetic code. Therefore medium ความเข้มงวด การไฮบริไดซ์ conditions may sometimes be needed to identify
such nucleic acid molecules.

The Tm is the temperature under defined ionic strength and pH, at which 50% of the target sequence ไฮบริไดซ์ to a perfectly matched probe. The Tm is dependent upon the solution conditions and the base composition and length of the probe. For example, longer
sequences ไฮบริไดซ์ specifically at higher temperatures. The maximum rate of
การไฮบริไดซ์ is obtained from about 16°C up to 32°C below Tm. The presence of monovalent cations in the การไฮบริไดซ์ solution reduce the electrostatic repulsion between the two nucleic acid strands thereby promoting hybrid formation; this effect is visible for sodium concentrations of up to 0.4M (for higher concentrations, this effect may be ignored). Formamide reduces the melting temperature of DNA-DNA and DNA-RNA duplexes with 0.6
to O.?°C for each percent formamide, and addition of 50% formamide allows การไฮบริไดซ์ to be performed at 30 to 45°C, though the rate of การไฮบริไดซ์ will be lowered. Base pair mismatches reduce the การไฮบริไดซ์ rate and the thermal stability of the duplexes.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

โดยทั่วไป เกี่ยวข้องกับแรกระเบิดเกี่ยวข้องกับระเบิดลำดับสอบถามกับฐานข้อมูลใด ๆ ลำดับ เช่นฐานข้อมูล NCBI เผย BLASTN หรือ TBLASTX (ใช้ค่าเริ่มต้นมาตรฐาน) โดยทั่วไปจะใช้เมื่อเริ่มต้นจาก ลำดับของนิวคลีโอไทด์ และ BLASTP หรือ TBLASTN (ใช้ค่าเริ่มต้นมาตรฐาน) เมื่อเริ่มต้นจากลำดับโปรตีน หรือสามารถกรองผลการระเบิด ลำดับที่ปราศจากผลลัพธ์การกรองข้อมูลหรือผลลัพธ์กรองไม่ได้ แล้ว BLASTed กลับ (สองระเบิด) กับลำดับจากสิ่งมีชีวิตที่ได้ลำดับแบบสอบถาม ที่ แล้วมีการเปรียบเทียบผลลัพธ์ของ BLASTs และสอง Paralogue ที่ระบุถ้าเป็นนายตีจากระเบิดแรกมาจากชนิดเดียวกันจากการสอบถามลำดับที่ได้ การระเบิดกลับ แล้วเชิญผลลัพธ์ในลำดับสอบถามหมู่ฮิตสูงสุด ออร์โธลอคที่ระบุถ้าตีขนาดในระเบิดแรกจากสายพันธุ์เดียวกันจากที่ลำดับสอบถามได้ และควรทำตาม ระเบิดในลำดับแบบสอบถามที่มีผู้ชมสูงสุดนายชมเป็นผู้มีค่า E ต่ำ ต่ำกว่า E-ค่า สำคัญมากคะแนน (หรือในคำอื่น ๆ ที่ต่ำกว่าโอกาสในการตีมีการค้นพบโดยบังเอิญ) คำนวณค่า E เป็นที่รู้จักกันดีในศิลปะ นอกจากค่า E เปรียบเทียบเป็นคะแนน โดยระบุเปอร์เซ็นต์ ระบุเปอร์เซ็นต์หมายถึงการลำดับหมายเลขเหมือนกันนิวคลีโอไทด์ (หรือกรดอะมิโน) ระหว่างทั้งสองเปรียบเทียบกรดนิวคลีอิก (หรือโพลีเปปไทด์) มากกว่าช่วงเวลาเฉพาะ ในกรณีของครอบครัวขนาดใหญ่ ClustalW อาจใช้ ตาม ด้วยเพื่อนบ้านที่เข้าร่วมแผนภูมิ ช่วยการมองเห็นภาพคลัสเตอร์ของยีนที่เกี่ยวข้องและออร์โธลอคและพาราลอคระยะ u ลำดับรหัสประจำตัว"ระหว่างลำดับกรดนิวคลีอิกสองถูกเข้าใจว่าเป็นหมายถึง การระบุเปอร์เซ็นต์ของลำดับกรดนิวคลีอิกผ่านในแต่ละกรณีความยาวทั้งหมดลำดับซึ่งคำนวณ โดยสอดคล้องกับความช่วยเหลือของอัลกอริทึมโปรแกรมช่องว่าง (รุ่นแพคเกจวิสคอนซิน 10.0 มหาวิทยาลัยวิสคอนซิน กลุ่มคอมพิวเตอร์พันธุศาสตร์ (GCG), เมดิสัน สหรัฐอเมริกา), การตั้งค่าพารามิเตอร์ต่อไปนี้: ช่องว่างน้ำหนัก: น้ำหนักความยาว 12:4เฉลี่ยที่ตรงกัน: ไม่ตรงกันโดยเฉลี่ย 2,912:-2,003เป็นที่เข้าใจคำว่า "รหัสประจำตัวลำดับ" ระหว่างสองลำดับกรดอะมิโนเป็น หมายถึง การระบุเปอร์เซ็นต์ของลำดับกรดนิวคลีอิกผ่านในแต่ละกรณีความยาวทั้งหมดลำดับซึ่งคำนวณ โดยสอดคล้องกับความช่วยเหลือของอัลกอริทึมโปรแกรมช่องว่าง (วิสคอนซินแพคเกจรุ่น 10.0 มหาวิทยาลัยวิสคอนซิน พันธุศาสตร์คอมพิวเตอร์ กลุ่มการตั้งค่าต่อไปนี้น้ำหนักความยาว: 2เฉลี่ยที่ตรงกัน: ไม่ตรงกันโดยเฉลี่ย 12:-2,003 คำว่า "การไฮบริไดซ์" ตามที่กำหนดไว้ซึ่งเป็นกระบวนการลำดับนิวคลีโอไทด์ประกอบมาก homologous หลอมแบบกันนั้น กระบวนการการไฮบริไดซ์อาจเกิดขึ้นทั้งหมดในโซลูชั่น เช่นทั้งเสริมกรดนิวคลีอิกอยู่ในโซลูชันกระบวนการการไฮบริไดซ์อาจเกิดขึ้นกับกรดนิวคลีอิกประกอบที่ immobilised กับเมทริกซ์เช่นแม่เหล็กประคำ ประคำ Sepharose หรือยางอื่น ๆ ที่ กระบวนการการไฮบริไดซ์สามารถนอกจากนี้เกิดขึ้นกับกรดนิวคลีอิกเสริม immobilised เพื่อสนับสนุนเป็นของแข็งเช่นเมมเบรนไนโตรเซลลูโลสหรือไนลอน หรือ immobilised โดย photolithography เช่น เช่น สนับสนุนแก้ว siliceous (หลังหรือที่เรียก เป็นอาร์เรย์ของกรดนิวคลีอิกหรือ microarrays หรือชิเอ็น) เพื่อให้การไฮบริไดซ์เกิดขึ้น โมเลกุลของกรดนิวคลีอิกมีโดยทั่วไปแพ หรือสารเคมี denatured หลอม เป็นคู่สแตรนด์ ในสอง strands เดียว หรือเอา hairpins หรือโครงสร้างอื่น ๆ รองจากกรดนิวคลีอิกเดียวที่ตกค้างคำว่า u ความเข้มงวด"หมายถึงเงื่อนไขที่การไฮบริไดซ์เกิดขึ้น ความเข้มงวดของการไฮบริไดซ์ได้รับอิทธิพลจากเงื่อนไขเช่นอุณหภูมิ เกลือ ความเข้มข้น ความแรงของ ionic และการไฮบริไดซ์บัฟเฟอร์องค์ประกอบ โดยทั่วไป ต่ำมีเลือกเงื่อนไขความเข้มงวดจะ ประมาณ 30° C ต่ำกว่าความร้อนจุดหลอมเหลว (Tm) สำหรับลำดับการกำหนดความแรงของ ionic และ pH ความเข้มงวดกลางเงื่อนไขเป็นเมื่ออุณหภูมิ 20 ° C ต่ำ กว่า Tm และสูงความเข้มงวดเงื่อนไขเป็นเมื่ออุณหภูมิ 10° C ต่ำกว่า Tm เงื่อนไขการไฮบริไดซ์ความเข้มงวดสูง โดยปกติใช้สำหรับแยกลำดับ hybridising ที่มีลำดับสูงคล้ายกับลำดับกรดนิวคลีอิกเป้าหมาย อย่างไรก็ตาม กรดนิวคลีอิกอาจแตกต่างตามลำดับ และยังคง เข้ารหัสโพลีเปปไทด์ที่เหมือนกันมาก เนื่องจากภาวะลดรูปของรหัสพันธุกรรม ดังนั้น เงื่อนไขการไฮบริไดซ์ความเข้มงวดปานกลางอาจบางครั้งจะต้องระบุเช่นโมเลกุลของกรดนิวคลีอิกTm เป็นอุณหภูมิภายใต้แรงกำหนด ionic และ pH ที่ 50% ของไฮบริไดซ์ลำดับเป้าหมายการโพรบตรงกันอย่างสมบูรณ์ Tm ได้ขึ้นแก้ปัญหาเงื่อนไข และองค์ประกอบพื้นฐาน และความยาวของโพรบ ตัวอย่าง อีกต่อไปไฮบริไดซ์ลำดับโดยเฉพาะที่อุณหภูมิสูง อัตราสูงสุด การไฮบริไดซ์ได้รับประมาณ 16° c ถึง 32° C ต่ำกว่า Tm ก็เป็นของหายาก monovalent ในโซลูชันการไฮบริไดซ์ลด repulsion สถิตระหว่าง strands กรดนิวคลีอิกสองจึงส่งเสริมการก่อตัวผสม ลักษณะพิเศษนี้จะมองเห็นได้ในความเข้มข้นของโซเดียมสูง 0.4 เมตร (สำหรับความเข้มข้นสูง ลักษณะพิเศษนี้อาจถูกละเว้น) Formamide ลดอุณหภูมิละลายของ duplexes ดีเอ็นเอดีเอ็นเอและอาร์เอ็นเอดีเอ็นเอกับ 0.6 การโอ ° C สำหรับแต่ละเปอร์เซ็นต์ formamide แห่ง formamide 50% ช่วยให้การไฮบริไดซ์ทำที่ 30-45° C แม้ว่าจะสามารถลดลงอัตราการไฮบริไดซ์ ฐานคู่ mismatches ลดอัตราการไฮบริไดซ์และความมั่นคงความร้อนของ duplexes

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

โดยปกติแล้วจะเกี่ยวข้องกับการระเบิดครั้งแรกที่เกี่ยวข้องกับการระเบิดลำดับแบบสอบถามกับฐานข้อมูลลำดับใด ๆ เช่นฐานข้อมูล NCBI ที่เปิดเผยต่อสาธารณชน BLASTN หรือ TBLASTX
(ใช้ค่าเริ่มต้นมาตรฐาน) โดยทั่วไปจะใช้เมื่อเริ่มต้นจากลำดับเบสและ BLASTP หรือ TBLASTN (ใช้ค่าเริ่มต้นมาตรฐาน) เมื่อเริ่มต้นจากลำดับโปรตีน ผลการระเบิดอาจเลือกที่จะกรอง ลำดับยาวเต็มรูปแบบของทั้งผลการกรองหรือผลลัพธ์ที่ไม่ผ่านการกรองแล้วกลับมาระเบิด (ระเบิดสอง) กับลำดับจากสิ่งมีชีวิตที่ลำดับการสอบถามมา
ผลของการระเบิดครั้งแรกและครั้งที่สองเมื่อเทียบแล้ว paralogue ระบุถ้า
ตีระดับสูงจากการระเบิดครั้งแรกจากสายพันธุ์เดียวกันกับที่ลำดับแบบสอบถามจะมากลับมาแล้วระเบิดส่งผลให้อยู่ในลำดับแบบสอบถามหมู่ฮิตสูงสุด ออร์โธลอคจะถูกระบุหากการจัดอันดับสูงตีในการระเบิดครั้งแรกที่ไม่ได้มาจากสายพันธุ์เดียวกันเป็นลำดับจากการที่สอบถามมาและโดยเฉพาะอย่างยิ่งเมื่อผล
ระเบิดกลับมาอยู่ในลำดับแบบสอบถามเป็นหนึ่งในความนิยมมากที่สุดฮิตระดับสูงเป็นผู้ที่มี E-ค่าต่ำ ต่ำกว่า E-ค่าคะแนนอย่างมีนัยสำคัญ (หรืออีกนัยหนึ่งที่ต่ำกว่าโอกาสที่ตีถูกพบโดยบังเอิญ) คำนวณ E-ค่าที่รู้จักกันดีในงานศิลปะ นอกจากนี้ทาง E-ค่าเปรียบเทียบคะแนนโดยร้อยละตัวตน บัตรประจำตัวร้อยละหมายถึงจำนวนของนิวคลีโอเหมือนกัน (หรือกรดอะมิโน) ระหว่างทั้งสองเมื่อเทียบกับกรดนิวคลีอิก (หรือโพลีเปปไทด์) ลำดับมากกว่าความยาวโดยเฉพาะอย่างยิ่ง ในกรณีที่มีครอบครัวขนาดใหญ่, ClustalW อาจจะใช้ตามเพื่อนบ้านมาร่วมงานกับต้นไม้ที่จะช่วยให้เห็นภาพการจัดกลุ่มของยีนที่เกี่ยวข้องและเพื่อระบุออร์โธลอคและพาราลอคระยะลำดับบัตรยู "ระหว่างสองกรดนิวคลีอิก ลำดับเป็นที่เข้าใจกันหมายถึงตัวตนเปอร์เซ็นต์ของลำดับกรดนิวคลีอิกมากกว่าในแต่ละกรณีความยาวลำดับทั้งหมดซึ่งคำนวณได้จากการจัดตำแหน่งด้วยความช่วยเหลือของอัลกอริทึมโปรแกรมGAP (วิสคอนซินแพคเกจรุ่น 10.0 มหาวิทยาลัยวิสคอนซินพันธุศาสตร์กลุ่มคอมพิวเตอร์(GCG) เมดิสันสหรัฐอเมริกา), การตั้งค่าพารามิเตอร์ต่อไปนี้: Gap น้ำหนัก: 12 ความยาวน้ำหนัก: 4 Match โหวต: 2912 เฉลี่ยไม่ตรงกัน: -2003 คำว่า "ลำดับตัวตน" ระหว่างสองลำดับกรดอะมิโนที่เป็นที่เข้าใจกันหมายถึงตัวตนร้อยละของกรดนิวคลีอิก ลำดับมากกว่าในแต่ละกรณีความยาวลำดับทั้งหมดซึ่งคำนวณได้จากการจัดตำแหน่งด้วยความช่วยเหลือของอัลกอริทึมโปรแกรมGAP (วิสคอนซินแพคเกจรุ่น 10.0 มหาวิทยาลัยวิสคอนซินพันธุศาสตร์การตั้งค่าคอมพิวเตอร์กลุ่มต่อไปนี้น้ำหนักความยาว: 2 มาตรฐานในการแข่งขัน: 12 ไม่ตรงกันโหวต: -2003 คำว่า "การไฮบริไดซ์" ตามที่กำหนดไว้ในเอกสารฉบับนี้เป็นกระบวนการที่ขัดแย้งอย่างมากประกอบคล้ายคลึงกันลำดับเบสหลอมให้กันและกัน การไฮบริไดซ์กระบวนการทั้งหมดสามารถเกิดขึ้นได้ในการแก้ปัญหาคือทั้งกรดนิวคลีอิกที่สมบูรณ์อยู่ในการแก้ปัญหา. การไฮบริไดซ์กระบวนการยังสามารถเกิดขึ้นกับหนึ่งในกรดนิวคลีอิกเสริมตรึงเมทริกซ์เช่นลูกปัดแม่เหล็ก Sepharose ลูกปัดหรือเรซินอื่น ๆ การไฮบริไดซ์กระบวนการนอกจากนี้สามารถเกิดขึ้นได้กับหนึ่งในกรดนิวคลีอิกประกอบการตรึงการสนับสนุนที่เป็นของแข็งเช่นไนโตรเซลลูโลสหรือเยื่อไนลอนหรือตรึงโดย photolithography เช่นการยกตัวอย่างเช่นการสนับสนุนแก้วทราย (หลังที่รู้จักกัน เป็นกรดนิวคลีอิกอาร์เรย์หรือ microarrays หรือเป็นกรดนิวคลีอิกชิป) เพื่อให้การไฮบริไดซ์ที่จะเกิดขึ้น, กรดนิวคลีอิกโมเลกุลโดยทั่วไปจะมีความร้อนหรือสารเคมีจะละลายเอทิลแอลกอฮอล์เกลียวคู่เป็นสองเส้นเดียวและ / หรือการเอาปักหรือโครงสร้างอื่น ๆ รองจากควั่นเดียวกรดนิวคลีอิก. คำว่า ยูความเข้มงวด "หมายถึงภายใต้เงื่อนไขที่การไฮบริไดซ์จะเกิดขึ้น. ความเข้มงวดของการไฮบริไดซ์ได้รับอิทธิพลจากสภาพเช่นอุณหภูมิเกลือความเข้มข้นของความแรงของไอออนิกและการไฮบริไดซ์ องค์ประกอบบัฟเฟอร์. โดยทั่วไปต่ำความเข้มงวดเงื่อนไขที่เลือกให้เป็นประมาณ 30 องศาเซลเซียสต่ำกว่าจุดหลอมละลายด้วยความร้อน (TM) สำหรับลำดับที่เฉพาะเจาะจงที่ความแรงของไอออนิกที่กำหนดไว้และพีเอช. กลางความเข้มงวดเงื่อนไขเมื่ออุณหภูมิอยู่ที่ 20 องศาเซลเซียส ด้านล่าง Tm และเงื่อนไขความเข้มงวดสูงเมื่ออุณหภูมิอยู่ที่ 10 องศาเซลเซียสด้านล่าง Tm. สูงความเข้มงวดการไฮบริไดซ์เงื่อนไขที่ใช้โดยทั่วไปสำหรับการแยกลำดับ hybridising ที่มีความคล้ายคลึงกันลำดับสูงในการลำดับกรดนิวคลีอิกเป้าหมาย. อย่างไรก็ตาม กรดนิวคลีอิกอาจเบี่ยงเบนไปในลำดับและยังคงเข้ารหัสอย่างมากเหมือนกันโพลีเปปไทด์เนื่องจากความเสื่อมของรหัสพันธุกรรม ดังนั้นสื่อความเข้มงวดการไฮบริไดซ์เงื่อนไขบางครั้งอาจมีความจำเป็นที่จะระบุเช่นกรดนิวคลีอิกโมเลกุล. Tm คืออุณหภูมิภายใต้ความแข็งแรงของอิออนและพีเอชที่กำหนดไว้ที่ 50% ของเป้าหมายลำดับไฮบริไดซ์ไปอย่างสมบูรณ์แบบ สอบสวนจับคู่ Tm ขึ้นอยู่กับเงื่อนไขการแก้ปัญหาและองค์ประกอบฐานและความยาวของการสอบสวน ตัวอย่างเช่นอีกต่อไปลำดับไฮบริไดซ์โดยเฉพาะที่อุณหภูมิสูง อัตราสูงสุดของการไฮบริไดซ์จะได้รับจากประมาณ 16 ° C ถึง 32 ° C Tm ด้านล่าง การปรากฏตัวของ monovalent ไพเพอในการไฮบริไดซ์โซลูชั่นที่ช่วยลดไฟฟ้าสถิตเขม่นระหว่างสองเส้นกรดนิวคลีอิกจึงส่งเสริมการก่อตัวไฮบริด; ผลกระทบนี้จะมองเห็นได้สำหรับความเข้มข้นของโซเดียมถึง 0.4M (ความเข้มข้นสูงกว่าผลกระทบนี้อาจจะไม่สนใจ) Formamide ช่วยลดอุณหภูมิการละลายของดีเอ็นเอดีเอ็นเอและแฝดดีเอ็นเออาร์เอ็นเอที่มี 0.6 การทุม? ° C เป็นเวลา formamide เปอร์เซ็นต์ในแต่ละครั้งและนอกจากนี้ 50% formamide ช่วยให้การไฮบริไดซ์ที่จะดำเนินการที่ 30 ถึง 45 องศาเซลเซียส แม้ว่าอัตราการไฮบริไดซ์จะลดลง คู่ที่ไม่ตรงกันฐานลดการไฮบริไดซ์อัตราและเสถียรภาพทางความร้อนของแฝด

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

โดยทั่วไป , นี้เกี่ยวข้องกับข่าวแรกที่เกี่ยวข้องกับการต่อต้านใด ๆลำดับลำดับฐานข้อมูลการระเบิดเช่นฐานข้อมูล ncbi ที่เปิดเผยต่อสาธารณชน blastn หรือ tblastx
( ใช้ค่าเริ่มต้นมาตรฐาน ) โดยทั่วไปจะใช้เมื่อเริ่มต้นจากลำดับนิวคลีโอไทด์ และ blastp หรือ tblastn ( ใช้ค่าเริ่มต้นมาตรฐาน ) เมื่อเริ่มจากโปรตีน ตามลำดับระเบิดผลลัพธ์อาจเลือกที่จะกรอง ลำดับเต็มตัวของทั้งกรองไม่กรองผลลัพธ์หรือผลแล้วระเบิดกลับ ( ระเบิดที่สอง ) กับลำดับจากสิ่งมีชีวิตซึ่งแบบสอบถามลำดับได้มา .
ผลการระเบิดครั้งแรกและครั้งที่สองแล้วเปรียบเทียบ เป็น paralogue ระบุถ้า
ระดับสูงตี จากระเบิดแรก เป็นชนิดเดียวกับที่แบบสอบถามลำดับได้มา , ระเบิดตอนนั้นซึ่งผลในการลำดับในหมู่ที่ฮิตสูงสุด เป็นออร์โธลอคระบุถ้าตีระดับสูงในการระเบิดครั้งแรกไม่ใช่จากชนิดเดียวกับที่แบบสอบถามลำดับได้มา , และโดยเฉพาะอย่าง ผลลัพธ์เมื่อ
ระเบิดกลับในการลำดับการเป็นหนึ่งในความนิยมสูงสุด


สูงการจัดอันดับฮิตเป็นผู้ที่มีประโยชน์น้อย . กว่า ประโยชน์ เพิ่มเติมอย่างมีนัยสำคัญ คะแนน ( หรือในคำอื่น ๆลดโอกาสที่ถูกพบโดยบังเอิญ ) การคำนวณของประโยชน์เป็นที่รู้จักกันดีในศิลปะ นอกจาก e-values
เปรียบเทียบ , ยังมีคะแนนร้อยละของตัวตนอัตลักษณ์ หมายถึง เปอร์เซ็นต์
จำนวนนิวคลีโอไทด์เหมือนกัน ( หรือกรดอะมิโน ) ระหว่างสองเทียบกรดนิวคลีอิก ( หรือโพลีเปปไทด์ ) ลำดับเกินความยาวที่เฉพาะเจาะจง ในกรณีของครอบครัวขนาดใหญ่ clustalw อาจใช้ตามเพื่อนบ้านร่วมต้น เพื่อช่วยให้เห็นภาพกลุ่มของยีนที่เกี่ยวข้องกับ
และระบุออร์โธลอคพาราลอค


และคำว่า U ลำดับเอกลักษณ์ " ระหว่างสองลำดับกรดนิวคลีอิกจะเข้าใจความหมายและตัวตนของลำดับกรดนิวคลีอิกในแต่ละกรณีทั้งลำดับความยาวซึ่งคำนวณโดยจัดด้วยความช่วยเหลือของขั้นตอนวิธี
โปรแกรมช่องว่าง ( วิสคอนซินแพคเกจรุ่น 10.0 , University of Wisconsin , กลุ่มคอมพิวเตอร์พันธุศาสตร์
( gcg ) เมดิสัน สหรัฐอเมริกา ) , การตั้งค่าพารามิเตอร์ต่อไปนี้ :น้ำหนัก : น้ำหนักช่องว่าง 12 ความยาว : 4
ราคาเฉลี่ย : 2912 เฉลี่ยไม่ตรงกัน : - 2003


" ระยะ ดับตัวตน " ระหว่างสองลำดับกรดอะมิโนจะเข้าใจเป็น
ความหมายเปอร์เซ็นต์เอกลักษณ์ของกรดนิวคลีอิกลำดับในแต่ละกรณีทั้งลำดับความยาวซึ่งคำนวณโดยจัดด้วยความช่วยเหลือของโปรแกรม ขั้นตอนวิธี
ช่องว่าง ( วิสคอนซินแพคเกจรุ่น 10.0 ของมหาวิทยาลัยวิสคอนซินพันธุศาสตร์คอมพิวเตอร์กลุ่มการตั้งค่าต่อไปนี้

ความยาว : 2
ราคาเฉลี่ยเฉลี่ย 12 ไม่ตรงกัน : - 2003


คำว่า " การไฮบริไดซ์ " ตามที่กำหนดไว้ในที่นี้ คือ กระบวนการเพื่อเปรียบเทียบลำดับนิวคลีโอไทด์ดังกล่าวประกอบหลอมกับแต่ละอื่น ๆ กระบวนการการไฮบริไดซ์สามารถเกิดขึ้นทั้งหมดในสารละลาย เช่น ทั้งประกอบกรดนิวคลีอิกเป็น
ในสารละลายการไฮบริไดซ์กระบวนการยังสามารถเกิดขึ้นกับหนึ่งในประกอบกรดนิวคลีอิกตรึงกับเมทริกซ์เช่นลูกปัดแม่เหล็กที่เกี่ยวข้องหรืออื่น ๆ , ลูกปัดเรซิน
กระบวนการการไฮบริไดซ์สามารถนอกจากนี้ยังเกิดขึ้นกับหนึ่งในประกอบกรดนิวคลีอิกตรึงเพื่อสนับสนุนของแข็ง เช่น ไนโตรเซลลูโลสหรือไนลอน หรือขยับไม่ได้เลย เช่น เยื่อจาก 43 ,ตัวอย่างเช่น สนับสนุนแก้วทดลอง ( หลังที่เรียกว่ากรดนิวคลีอิกกรดนิวคลีอิกเป็นอาร์เรย์หรือการแสดงหรือชิป ) เพื่อให้การไฮบริไดซ์
เกิดขึ้น , โมเลกุลของกรดนิวคลีอิกซึ่งโดยทั่วไปหรือใช้สารเคมีละลาย
เส้นคู่เป็นเดี่ยว 2 เส้น และ / หรือ เอาปิ่นปักผมหรือโครงสร้างทุติยภูมิอื่นจากเดียว

ติด กรดนิวคลีอิกคำว่า u ความเข้มงวด หมายถึง สภาวะที่การไฮบริไดซ์ใช้เวลาสถานที่ การความเข้มงวดของการไฮบริไดซ์ขึ้นอยู่กับเงื่อนไข เช่น อุณหภูมิ , เกลือ
สมาธิ ความแรงไอออนและองค์ประกอบบัฟเฟอร์การไฮบริไดซ์ . โดยทั่วไปต่ำ
เงื่อนไขความเข้มงวด ถูกเลือกให้เป็นประมาณ 30 ° C ต่ำกว่าจุดหลอมเหลวความร้อน ( TM ) สำหรับลำดับเฉพาะเจาะจงที่กำหนดความแรงของไอออนด่างปานกลางและความเข้มงวดเงื่อนไขเมื่ออุณหภูมิ 20 ° C ด้านล่าง TM และเงื่อนไขความเข้มงวดสูงเมื่ออุณหภูมิ 10 องศา C ด้านล่าง สงวนลิขสิทธิ์เงื่อนไขการไฮบริไดซ์ความเข้มงวดสูง
มักจะใช้สำหรับแยก hybridising ลำดับนั้นมีความเหมือนลำดับสูงไปยังเป้าหมายกรดนิวคลีอิกลำดับ อย่างไรก็ตาม กรดนิวคลีอิกอาจผิดเพี้ยนในลำดับและยังเข้ารหัสเป็นโพลีเปปไทด์อย่างมากเหมือนกัน เนื่องจากความเสื่อมของรหัสทางพันธุกรรมดังนั้นสื่อความเข้มงวดการไฮบริไดซ์เงื่อนไขบางครั้งอาจจะต้องระบุเช่นโมเลกุลของกรดนิวคลีอิก


TM คืออุณหภูมิภายใต้การกําหนดความแรงไอออนและ pH ที่ 50% ของเป้าหมายลำดับไฮบริไดซ์ไปจับคู่อย่างสมบูรณ์แบบด้วย ซึ่งขึ้นอยู่กับเงื่อนไขและองค์ประกอบของสารละลายเบส และความยาวของการสอบสวนตัวอย่างเช่นลำดับอีกต่อไป
ไฮบริไดซ์เป็นพิเศษที่อุณหภูมิที่สูงขึ้น อัตราสูงสุดของ
การไฮบริไดซ์ได้รับจากประมาณ 16 ° C ถึง 32 ° C ด้านล่าง สงวนลิขสิทธิ์ การปรากฏตัวของไอออนในสารละลายการไฮบริไดซ์มก. ลดไฟฟ้าสถิตเขม่นระหว่างสองเส้นเพื่อการส่งเสริมการสร้างกรดนิวคลีอิกไฮบริด ;ผลกระทบนี้จะเห็นความเข้มข้นของโซเดียมถึง 0.4m ( ความเข้มข้นสูง ผลกระทบนี้อาจจะถูกละเว้น ) ฟอร์มาไมด์ ช่วยลดอุณหภูมิของ dna-dna dna-rna ละลายและแฝดกับ 0.6
เพื่อ . ? ° C สำหรับแต่ละเปอร์เซ็นต์ฟอร์มาไมด์ และเพิ่ม 50% Formamide ช่วยให้การไฮบริไดซ์จะดําเนินการใน 30 ถึง 45 ° C , แม้ว่าอัตราการไฮบริไดซ์จะลดลงความไม่การไฮบริไดซ์คู่ฐานลดอัตราและเสถียรภาพทางความร้อนของแฝด