New Releases CycleThe wwPDB release

New Releases Cycle

The wwPDB releases new entries once per week. These can be seen by clicking on the most recent release date, shown at the upper right of the main page at PDB.Org. In 2007, 7,280 new entries were released (an average of 140/week). In 2011, 8,101 new entries were released (average 155/week).[4]
While the traditional entry consisted of an atomic coordinate file molecular model, more recently, the experimental data (structure factors in the case of crystallography) have been deposited along with the the model. After February 1, 2008, deposition of experimental data is required along with all new entries.
Many derivative databases copy, derive information from, or add value to the atomic coordinate files available from the wwPDB. Often, these automatically update their databases weekly, shortly after the new releases become available at the PDB. Proteopedia is one example.
PDB Statistics

At pdb.org, at the upper right corner of the main page, click on PDB Statistics for a wealth of interesting information, including proteins solved by multiple experimental methods, sequence redundancy in the PDB, the distribution of resolutions, the 100 journals that have published the most new macromolecular structures, and graphs of the growth of the database (under Content Growth).
Some interesting statistics (maxima, minima, means) for the contents of the PDB are summarized at Believe It or Not.
Remediation

Periodically, the PDB remediates its archived data files. Remediation improves consistency and nomenclature and corrects some errors. Remediation involves changes in the PDB data format. Remediations occurred in August, 2007 and March, 2009. Details will be found at the World Wide PDB.
Here are some examples of changes that occurred in remediations affecting the PDB format.
DNA: Prior to August, 2007, both DNA and RNA nucleotides were named A, C, G, T, and U. After August, 2007, DNA nucleotides were changed to DA, DC, DG, DT and DU, while RNA nucleotides continued to use the older one-letter names. (An example of a model that contains both DNA and RNA is 104d.) This change required changes in software packages such as Jmol, and left unmaintained packages such as Protein Explorer unable to deal properly with the remediated nucleic acids.
Non-standard residues: Some PDB files represented non-standard residues as a standard residue (ATOM records) plus an adduct (HETATM records). Some of these were changed to a uniform name for a non-standard residue, so that all atoms in the same residue have the same name (and all are HETATM records). For example, phosphoserine in 1apm was SER plus PHO; phosphothreonine THR plus PHO. These were remediated to SEP and TPO. In another example, methylated ribonucleotides in 310d had been named e.g. +C1 plus CH3. These were remediated to OMC and so forth.
Order of atoms: In the March, 2009 remediation, the order of chains and atoms changed in some PDB files in a non-systematic manner. This broke some scenes that had been saved in Proteopedia, and required redesign of some portions of Proteopedia (see Proteopedia avoids remediation-related problems).
Obsolete (unremediated) versions of the data files were saved by the PDB before each remediation, and may be obtained: see Getting Unremediated PDB Files.
Sequence Numbering Anomalies

Entries in the PDB often contain anomalies in sequence numbering (see Homology_modeling_servers#Sequence_Numbering_Anomalies).
Improving Published Models

There are several free automated servers that can improve most published models. See Improving published models and Quality assessment for molecular models.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

วงจรรุ่นใหม่WwPDB นำออกใช้รายการใหม่หนึ่งครั้งต่อสัปดาห์ เหล่านี้สามารถดูได้ โดยคลิกที่วันเข้าฉายล่าสุด แสดงที่มุมบนขวาของหน้าหลักที่ PDB.Org ในปี 2007 รายการ 7,280 ใหม่ถูกปล่อยออกมา (เฉลี่ย 140/สัปดาห์) 2554 รายการ 8,101 ใหม่ถูกนำออกใช้ (เฉลี่ย 155/สัปดาห์) [4]ในขณะที่รายการดั้งเดิมประกอบด้วยการประสานงานแฟ้มอะตอมโมเลกุลแบบจำลอง เพิ่มเติมล่าสุด ข้อมูลทดลอง (โครงสร้างปัจจัยกำหนดผลิกศาสตร์) ได้รับฝากไว้กับตัวแบบ หลังจากเดือน 1 กุมภาพันธ์ 2008 สะสมของข้อมูลทดลองจำเป็นพร้อมกับรายการใหม่ทั้งหมดฐานข้อมูลแบบหลายคัดลอก การได้รับข้อมูลจาก หรือเพิ่มค่าแฟ้มประสานงานอะตอมที่มีจาก wwPDB มักจะ เหล่านี้ปรับปรุงโดยอัตโนมัติฐานข้อมูลของสัปดาห์ ในไม่ช้าหลังจากที่ออกใหม่เป็น PDB มี Proteopedia เป็นตัวอย่างหนึ่งสถิติ PDBใน pdb.org ที่มุมขวาบนของหน้าหลัก คลิกที่ PDB สถิติสำหรับข้อมูลที่น่าสนใจ รวมทั้งโปรตีนที่แก้ไขได้ ด้วยวิธีทดลองหลาย ลำดับสำรองใน PDB การกระจายความละเอียด ราย 100 ที่ได้ประกาศโครงสร้างใหม่ที่สุด macromolecular และกราฟของการเติบโตของฐานข้อมูล (ภายใต้การเจริญเติบโตของเนื้อหา) ให้เลือกมากมายบางอย่างที่น่าสนใจสถิติ (แมก กมินิมา วิธีการ) สำหรับ PDB มีสรุปที่เชื่อหรือไม่ผู้เชี่ยวชาญเป็นระยะ ๆ PDB remediates แฟ้มข้อมูลเก็บถาวร เพื่อปรับปรุงความสอดคล้องและระบบการตั้งชื่อ และแก้ไขข้อผิดพลาด แก้ไขข้อผิดพลาดเกี่ยวข้องกับการเปลี่ยนแปลงในรูปแบบข้อมูล PDB Remediations เกิดขึ้นในเดือนสิงหาคม 2007 และมีนาคม 2009 จะพบรายละเอียดที่ PDB ทั่วโลกนี่เป็นตัวอย่างของการเปลี่ยนแปลงที่เกิดขึ้นใน remediations ที่มีผลต่อรูปแบบ PDBดีเอ็นเอ: ก่อนสิงหาคม 2007 ดีเอ็นเอและอาร์เอ็นเอนิวคลีโอไทด์มีชื่อ A นิวคลีโอดีเอ็นเออย่าง C, G, T และสหรัฐหลังสิงหาคม 2007 ไทด์ถูกเปลี่ยนดา DC กิจ DT และ DU ในขณะที่อาร์เอ็นเอนิวคลีโอไทด์ต่อไปจะใช้ชื่อหนึ่งจดหมายเก่า (ตัวอย่างของรูปแบบที่ประกอบด้วยดีเอ็นเอและอาร์เอ็นเอเป็นดี 104) การเปลี่ยนแปลงนี้ต้องการเปลี่ยนแปลงในซอฟต์แวร์แพคเกจเช่น Jmol และแพคเกจวิบากซ้ายเช่นโปรตีน Explorer ไม่สามารถจัดการได้อย่างถูกต้องกับกรดนิวคลีอิก remediatedตกมาตรฐาน: แฟ้ม PDB บางแสดงตกมาตรฐานสารตกค้างมาตรฐาน (อะตอมระเบียน) บวก adduct การ (HETATM ระเบียน) เหล่านี้ถูกเปลี่ยนเป็นสารตกค้างไม่ได้มาตรฐาน ชื่อรูปเพื่อให้อะตอมทั้งหมดในสารตกค้างที่เดียวกันมีชื่อเดียวกัน (และเป็น HETATM ระเบียน) ตัวอย่าง phosphoserine ใน 1apm ถูก SER บวกโพธิ์ phosphothreonine THR บวกโพธิ์ เหล่านี้ถูก remediated SEP และศูนย์ ในอย่างอื่น ribonucleotides methylated ใน 310 มีการตั้งชื่อเช่น + C1 บวก CH3 เหล่านี้ถูก remediated กับ OMC และต่อ ๆOrder of atoms: In the March, 2009 remediation, the order of chains and atoms changed in some PDB files in a non-systematic manner. This broke some scenes that had been saved in Proteopedia, and required redesign of some portions of Proteopedia (see Proteopedia avoids remediation-related problems).Obsolete (unremediated) versions of the data files were saved by the PDB before each remediation, and may be obtained: see Getting Unremediated PDB Files.Sequence Numbering AnomaliesEntries in the PDB often contain anomalies in sequence numbering (see Homology_modeling_servers#Sequence_Numbering_Anomalies).Improving Published ModelsThere are several free automated servers that can improve most published models. See Improving published models and Quality assessment for molecular models.

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ข่าวใหม่รอบwwPDB ออกรายการใหม่ครั้งต่อสัปดาห์ เหล่านี้สามารถมองเห็นได้โดยคลิกที่วันรุ่นล่าสุดที่แสดงให้เห็นที่มุมขวาบนของหน้าหลักที่ PDB.Org ในปี 2007, 7280 รายการใหม่ได้รับการปล่อยตัว (เฉลี่ย 140 / สัปดาห์) ในปี 2011, 8101 รายการใหม่ได้รับการปล่อยตัว (เฉลี่ย 155 / สัปดาห์). [4] ในขณะที่รายการแบบดั้งเดิมประกอบไปด้วยอะตอมประสานงานไฟล์รูปแบบโมเลกุลมากขึ้นเมื่อเร็ว ๆ นี้ข้อมูลการทดลอง (ปัจจัยโครงสร้างในกรณีของผลึก) ที่ได้รับการฝากตาม กับรูปแบบ หลังจากที่ 1 กุมภาพันธ์ 2008, การสะสมของข้อมูลการทดลองจะต้องพร้อมกับรายการใหม่ทั้งหมด. คัดลอกฐานข้อมูลอนุพันธ์จำนวนมากเป็นผลมาจากข้อมูลหรือเพิ่มมูลค่าให้กับพิกัดไฟล์อะตอมที่มีอยู่จาก wwPDB บ่อยครั้งที่เหล่านี้โดยอัตโนมัติปรับปรุงฐานข้อมูลของพวกเขารายสัปดาห์หลังจากที่กลายเป็นรุ่นใหม่ที่มีอยู่ใน PDB Proteopedia เป็นตัวอย่างหนึ่ง. PDB สถิติที่pdb.org ที่มุมขวาบนของหน้าหลักคลิกที่สถิติ PDB สำหรับความมั่งคั่งของข้อมูลที่น่าสนใจรวมทั้งโปรตีนแก้ไขได้โดยวิธีการทดลองหลายซ้ำซ้อนลำดับ PDB การกระจายของ มติ 100 วารสารที่ได้รับการตีพิมพ์โครงสร้างโมเลกุลใหม่ที่สุดและกราฟของการเจริญเติบโตของฐานข้อมูล (ภายใต้การเจริญเติบโตของเนื้อหา). บางสถิติที่น่าสนใจ (สูงสุด, ต่ำสุดหมายถึง) สำหรับเนื้อหาของ PDB ที่มีรายละเอียดที่เชื่อหรือ ไม่. ฟื้นฟูระยะ PDB remediates ไฟล์ข้อมูลที่จัดเก็บ ฟื้นฟูช่วยเพิ่มความมั่นคงและการเรียกชื่อและแก้ไขข้อผิดพลาดบาง อภิมหาเกี่ยวข้องกับการเปลี่ยนแปลงในรูปแบบข้อมูล PDB Remediations ที่เกิดขึ้นในเดือนสิงหาคมปี 2007 และมีนาคม 2009 รายละเอียดจะพบได้ที่ PDB เวิลด์ไวด์. นี่คือตัวอย่างของการเปลี่ยนแปลงที่เกิดขึ้นใน remediations ที่มีผลต่อรูปแบบ PDB มี. ดีเอ็นเอ: ก่อนถึงเดือนสิงหาคม 2007 ทั้ง DNA และ RNA มีนิวคลีโอ ชื่อ A, C, G, T และ U. หลังจากเดือนสิงหาคมปี 2007 นิวคลีโอดีเอ็นเอเปลี่ยน DA, DC, DG, DT และ DU, ในขณะที่นิวคลีโออาร์เอ็นเอยังคงใช้ชื่อที่มีอายุมากกว่าหนึ่งตัวอักษร (. ตัวอย่างของรูปแบบที่มีดีเอ็นเอและอาร์เอ็นเอเป็น 104d ก) การเปลี่ยนแปลงนี้การเปลี่ยนแปลงที่จำเป็นในแพคเกจซอฟต์แวร์เช่น Jmol และออกแพคเกจ unmaintained เช่นโปรตีน Explorer ที่ไม่สามารถที่จะจัดการอย่างถูกต้องกับกรดนิวคลีอิก remediated. ตกค้างที่ไม่ได้มาตรฐาน: บางไฟล์ PDB เป็นตัวแทนของสารตกค้างที่ไม่ได้มาตรฐานเป็นมาตรฐานสารตกค้าง (บันทึก ATOM) พร้อมดึงเข้าหากัน (บันทึก HETATM) บางส่วนของเหล่านี้ถูกเปลี่ยนไปเป็นชื่อชุดสำหรับสารตกค้างที่ไม่ได้มาตรฐานเพื่อให้อะตอมในสารตกค้างเดียวกันมีชื่อเดียวกัน (และทั้งหมดจะถูกบันทึก HETATM) ยกตัวอย่างเช่นใน phosphoserine 1apm เป็น SER บวกโพธิ์; THR phosphothreonine บวกโพธิ์ เหล่านี้ได้รับการ remediated กันยายนและ TPO อีกตัวอย่างหนึ่ง ribonucleotides แอลกอฮอล์ใน 310D ได้รับการแต่งตั้งเช่น C1 + บวก CH3 เหล่านี้ถูก remediated เพื่อ OMC และอื่น ๆ . การสั่งซื้อของอะตอมในเดือนมีนาคม 2009 การแก้ไขคำสั่งของโซ่และอะตอมที่มีการเปลี่ยนแปลงในไฟล์ PDB บางอย่างในลักษณะที่ไม่เป็นระบบ นี้ยากจนบางฉากที่ได้รับการบันทึกไว้ใน Proteopedia และจำเป็นต้องมีการออกแบบของบางส่วนของ Proteopedia (ดู Proteopedia หลีกเลี่ยงปัญหาที่เกี่ยวข้องกับการฟื้นฟู). เลิก (unremediated) รุ่นของแฟ้มข้อมูลที่ถูกบันทึกไว้โดย PDB ก่อนที่จะฟื้นฟูในแต่ละครั้งและอาจจะ ที่ได้รับ:. ดูที่การ Unremediated PDB ไฟล์ผิดปกติลำดับเลขรายการในPDB มักจะมีความผิดปกติในลำดับหมายเลข (ดู Homology_modeling_servers Sequence_Numbering_Anomalies #). การปรับปรุงรุ่นเผยแพร่มีหลายเซิร์ฟเวอร์โดยอัตโนมัติฟรีที่สามารถปรับปรุงรูปแบบการตีพิมพ์มากที่สุดคือ ดูการปรับปรุงรูปแบบการเผยแพร่และการประเมินคุณภาพสำหรับรูปแบบโมเลกุล

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ออกใหม่รอบ

wwpdb ออกรายการใหม่หนึ่งครั้งต่อสัปดาห์ เหล่านี้สามารถดูได้โดยคลิกที่วันที่ล่าสุด , แสดงที่มุมบนขวาของหน้าหลักที่ pdb.org . ใน 2007 , 0 รายการใหม่ถูกปล่อยออกมา ( เฉลี่ย 140 / สัปดาห์ ) ใน 2011 , 8101 รายการใหม่ถูกปล่อยออกมา ( เฉลี่ย 155 / สัปดาห์ ) [ 4 ]
ในขณะที่รายการแบบดั้งเดิมประกอบด้วยอะตอมในโมเลกุลประสานงานแฟ้มรูปแบบเมื่อเร็วๆ นี้ ข้อมูลจากการทดลอง ( ปัจจัยโครงสร้างในกรณีของผลึกศาสตร์ ) ได้รับเงินตามแบบ หลังจากที่กุมภาพันธ์ 1 , 2008 , การสะสมของข้อมูลที่จำเป็นพร้อมกับรายการใหม่ทั้งหมด .
หลายฐานข้อมูลดัดแปลง คัดลอก ได้รับข้อมูลจากหรือเพิ่มคุณค่าให้กับอะตอมประสานไฟล์ที่มีอยู่จาก wwpdb . มักจะเหล่านี้โดยอัตโนมัติ update ฐานข้อมูลของรายสัปดาห์ หลังจากที่ออกใหม่กลายเป็นใช้ได้ใน PDB . proteopedia เป็นหนึ่งตัวอย่าง สถิติที่ pdb.org


PDB ที่มุมขวาบนของหน้าหลักคลิกสถิติ PDB เพื่อความมั่งคั่งของข้อมูลที่น่าสนใจ ได้แก่ โปรตีน ไข โดยวิธีการทดลองหลายลำดับความซ้ำซ้อนในเส้นใยการกระจายของความละเอียด 100 วารสารที่ตีพิมพ์มากที่สุดใหม่แมคโครโมเลกุลโครงสร้างและกราฟของการเติบโตของฐานข้อมูล ( ภายใต้การเติบโตเนื้อหา ) .
บางสถิติที่น่าสนใจ ( Maxima ไม่นี่ ม๊า หมายถึง , ) สำหรับเนื้อหาของเส้นใย สรุปที่ เชื่อหรือไม่ ฟื้นฟูเป็นระยะๆ

, PDB remediates ของมันเก็บข้อมูลไฟล์การฟื้นฟูและแก้ไขข้อผิดพลาดและเพิ่มความสอดคล้องการตั้งชื่อบาง การเกี่ยวข้องกับการเปลี่ยนแปลงใน PDB จัดรูปแบบข้อมูล remediations เกิดขึ้นในเดือนสิงหาคม 2550 และเดือนมีนาคม 2552 รายละเอียดจะพบโลกกว้าง PDB .
นี่คือบางตัวอย่างของการเปลี่ยนแปลงที่เกิดขึ้นใน remediations มีผลต่อ PDB รูปแบบดีเอ็นเอ .
: ก่อนเดือนสิงหาคม ปี 2007 ทั้งดีเอ็นเอและอาร์เอ็นเอนิวคลีโอไทด์ที่ชื่อ A , C , G , T ,และสหรัฐอเมริกา หลังสิงหาคม , 2007 , ดีเอ็นเอ nucleotides ถูกดา , DC , DG DT , อาร์เอ็นเอนิวคลีโอไทด์และ Du ในขณะที่ยังคงใช้ชื่อหนึ่งจดหมายเก่า ( ตัวอย่างของแบบจำลองที่ประกอบด้วย DNA และ RNA เป็น 104d ) การเปลี่ยนแปลงนี้ต้องอาศัยการเปลี่ยนแปลงซอฟต์แวร์สำเร็จรูป เช่น jmol แล้วแพคเกจ unmaintained เช่นโปรตีน Explorer ไม่สามารถจัดการอย่างถูกต้องกับ remediated
กรดนิวคลีอิกตกค้างไม่ได้มาตรฐาน : บางไฟล์ PDB แสดงมาตรฐานสารตกค้างเป็นสารตกค้างมาตรฐาน ( ประวัติอะตอม ) พร้อมปุ่มตัวเลือก ( ประวัติ hetatm ) เหล่านี้บางส่วนถูกเปลี่ยนไปเป็นชื่อชุดมาตรฐานสารตกค้าง ดังนั้นอะตอมทั้งหมดในคราบเดียวกันที่มีชื่อเดียวกัน ( และมีประวัติ hetatm ) ตัวอย่างเช่น phosphoserine ใน 1apm คือเซอร์พลัสโพธิ์ ; phosphothreonine Thr บวกโพธิ์เหล่านี้ remediated กันยายน และ TPO นะคะ ในตัวอย่างอื่น methylated ไรโบนิวคลีโอไทด์ใน 310d ได้รับชื่อเช่น C1 Plus CH3 . เหล่านี้ remediated กับ OMC และอื่น ๆ .
สั่งของอะตอมในมีนาคม 2552 แก้ไข คำสั่งของ โซ่ และอะตอมเปลี่ยนไป ในบางไฟล์ PDB นอกระบบในลักษณะ นี้ทำฉากบางฉากที่ถูกบันทึกไว้ใน proteopedia ,การออกแบบและใช้บางส่วนของ proteopedia ( ดู proteopedia หลีกเลี่ยงปัญหาการฟื้นฟูที่เกี่ยวข้อง ) .
ล้าสมัย ( unremediated ) รุ่นของแฟ้ม ข้อมูลที่ถูกบันทึกโดย PDB ก่อนแต่ละการฟื้นฟู และอาจจะได้เห็นการ unremediated ไฟล์ PDB .

ลำดับหมายเลขความผิดปกติรายการใน PDB มักจะประกอบด้วยความผิดปกติในลำดับเลข ( ดู homology_modeling_servers # sequence_numbering_anomalies ) .
ปรับปรุงเผยแพร่แบบ

มีหลายเซิร์ฟเวอร์โดยอัตโนมัติฟรีที่สามารถปรับปรุงเผยแพร่มากที่สุดรุ่น เห็นการปรับปรุงและเผยแพร่แบบประเมินคุณภาพแบบโมเลกุล