2.1. Multiple sequence alignments a

2.1. Multiple sequence alignments and selection of representative
sequences
The genome sequence of O. sativa ssp. japonica cv. Nipponbare
(IRGSP build 4) (International Rice Genome Sequencing Project,2005) was retrieved from http://rapdb.dna.affrc.go.jp, and that of O.
sativa ssp. indica cv. 93-11 (BGI-RIS assembly) (Yu et al., 2002) was
retrieved from http://rice.genomics.org.cn/rice/index2.jsp. The
FLcDNA sequences from O. rufipogon W1943 were downloaded from
http://202.127.18.228/ricd/dym/ftp.php (Lu et al., 2008). RepeatMasker
(http://www.repeatmasker.org/) and the MIPS repeat element
database were used to mask repetitive sequences. In addition, vector
sequences and poly-A stretches were removed using custom-made
Perl scripts

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

2.1 การจัดแนวหลายลำดับและการเลือกตัวแทน

ลำดับลำดับจีโนมของ o sativa เอสเอส จาปอพันธุ์ Nipponbare
(irgsp สร้าง 4) (ข้าวโครงการลำดับจีโนมระหว่างประเทศ 2005) ได้รับการเรียกข้อมูลจาก http://rapdb.dna.affrc.go.jp และของ o.
sativa เอสเอส indica พันธุ์ 93-11 (BGI-RIS ประกอบ) (yu, et al., 2002) เป็น
เรียกข้อมูลจาก http://rice.genomics.org.cn/rice/index2jsp ที่
ลำดับ flcdna จาก o rufipogon w1943 ถูกดาวน์โหลดจาก
http://202.127.18.228/ricd/dym/ftp.php (lu และคณะ. 2008) repeatmasker
(http://www.repeatmasker.org/) และ mips องค์ประกอบซ้ำ
ฐานข้อมูลถูกนำมาใช้เพื่อหน้ากากลำดับซ้ำ นอกจากนี้เวกเตอร์
ลำดับและโพลีเหยียดถูกถอดออกโดยใช้ perl สคริปต์ที่กำหนดเองทำ

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

2.1 จัดแนวลำดับและเลือกตัวแทนหลาย
ลำดับ
ลำดับกลุ่มของพันธุ์ japonica ssp. ซา O. Nipponbare
(IRGSP build 4) (นานาจีโนมลำดับเบสโครงการข้าว 2005) ถูกดึงจาก http://rapdb.dna.affrc.go.jp และที่โอ
ซา ssp. indica พันธุ์ 93-11 (BGI RIS ประกอบ) (Yu et al., 2002) ได้
เรียกจาก http://rice.genomics.org.cn/rice/index2สาทร ใน
ดาวน์โหลดจาก FLcDNA ลำดับจาก O. rufipogon W1943
http://202.127.18.228/ricd/dym/ftp.php (Lu et al., 2008) RepeatMasker
(http://www.repeatmasker.org/) และ MIPS ทำซ้ำองค์ประกอบ
ฐานข้อมูลใช้หน้ากากลำดับซ้ำ นอกจากนี้ เวกเตอร์
ลำดับและโพลี-A เหยียดออกใช้ทำเอง
สคริปต์ภาษาเพิร์ล

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

2.1 . การเลือกและหลาย alignments ตามลำดับของตัวแทน

ลำดับหมายเลขยีนของ O กระท่อม Sativa Sanur มีระดับ ssp. cv. japonica nipponbare
( irgsp สร้าง 4 )(ยีนข้าวระหว่างประเทศการจัดลำดับ project, 2005 )ดึงข้อมูล Seed จาก http://rapdb.dna.affrc.go.jp, และกระท่อม Sativa Sanur มีระดับ O
ssp. ยี่เข่ง cv. 93-11 (ชุด bgi - RIS )( Yu et al . 2002 )เป็น
ซึ่งจะช่วยดึงข้อมูลจาก http://rice.genomics.org.cn/rice/index2.jsp ซีเควนซ์
flcdna จาก O rufipogon W 1943 ดาวน์โหลดจาก
http://202.127.18.228/ricd/dym/ftp.php (ลักเซมเบิร์ก et al . 2008 ) repeatmasker
( http://www.repeatmasker.org/) และ mips
ซึ่งจะช่วยทำซ้ำส่วนฐานข้อมูลที่จะถูกใช้เพื่อหน้ากากซีเควนซ์ซ้ำๆ นอกจากนี้เวกเตอร์
ลำดับและแบ่งทอดตัวอยู่ได้ถูกลบออกโดยใช้สคริปต์
Perl ,กำหนดเอง - ทำ