By correlating the hydrogen bond in

By correlating the hydrogen bond interaction at each subsite of the substrates with the corresponding NS2B/NS3pro pocket (Table 1), the decomposition energies (DCs; the interaction energy of individual NS2B/NS3pro residues with the substrate and vice versa) were plotted (Fig. 5). At subsite P1, residue R was able to bind very well, as was residue K, in the DV2 NS2B/NS3pro, where the interaction between the P1(R) subsite with the S1 pocket of all systems was around −18 kcal mol−1 (except for 2B/3) and around −12 kcal mol−1(3/4A) in the case of P1(K). This result also implies that the S1 pocket of NS2B/NS3pro is rather specific for charged residues, such as R or K. Comparison of the pair interaction at the other substrate subsites with the NS2B/NS3pro protein pocket concluded that the preference of the interaction between the P2 subsite with the S2 pocket is R > K > Q; between the P3 subsite with the S3 pocket is R/Q/T > K/G, and no attractive interaction occurs between the P4 and P5 subsites with the S4 and S5 pockets. Note that only these P1–P3subsites were considered for the relative interaction because the non-prime site are more important than the prime site for interacting with the NS2B/NS3pro, as discussed before. These theoretically derived results broadly agree with the reported experimental data [39] that the preference of each subsite for interacting with NS2B/NS3pro are R > K, R > T > Q/N/K, K > R > N and Nle > L > K for P1, P2, P3 and P4, respectively.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

พลังงานการสลายตัว (DCs พลังงานโต้ NS2B/NS3pro ตกค้างแต่ละกับพื้นผิวหรือกลับ) ถูกพล็อต โดยกำลังรวบรวมสำหรับการโต้ตอบพันธะไฮโดรเจนที่แต่ละไซต์ย่อยของพื้นผิวกับกระเป๋า NS2B/NS3pro ที่สอดคล้องกัน (ตารางที่ 1), (รูป 5) เมื่อย่อยที่ P1 กาก R ก็สามารถผูกได้ดี เป็นสาร K ใน DV2 NS2B/NS3pro ซึ่งเป็นการโต้ตอบระหว่างย่อย P1(R) กับกระเป๋า S1 ของระบบทั้งหมด mol−1 kcal −18 (ยกเว้น 2B 3) และ รอบ −12 mol−1(3/4A) kcal ในกรณี P1(K) ผลลัพธ์นี้หมายถึงการที่กระเป๋า S1 ของ NS2B/NS3pro จะค่อนข้างเฉพาะเจาะจงสำหรับเก็บตก เป็น R หรือเปรียบเทียบคุณของการโต้ตอบคู่ที่ย่อยพื้นผิวอื่น ๆ ที่มีในโปรตีน NS2B/NS3pro สรุปว่า การกำหนดลักษณะของการโต้ตอบระหว่างย่อย P2 กับกระเป๋า S2 เป็น R > K > Q ระหว่าง P3 ย่อยกับกระเป๋า S3 เป็น R/Q/T > K/G และไม่โต้ตอบที่น่าสนใจที่เกิดขึ้นระหว่างย่อย P4 และ P5 กับกระเป๋า S4 และ S5 หมายเหตุว่า เฉพาะเหล่า P1 – P3subsites ได้รับการพิจารณาสำหรับการโต้ตอบที่เกี่ยวข้องเนื่องจากเว็บไซต์ไม่ใช่นายกจะสำคัญกว่าเว็บไซต์สำคัญสำหรับการโต้ตอบกับ NS2B/NS3pro ตามที่กล่าวไว้ก่อน ผลลัพธ์เหล่านี้ได้รับมาทางทฤษฎีทั่วไปตกลงกับข้อมูลทดลองรายงาน [39] ความต้องการของแต่ละไซต์ย่อยสำหรับการโต้ตอบกับ NS2B/NS3pro R > K, R > T > Q/N/K, K > R > N และ Nle > L > K P1, P2, P3 และ P4 ตามลำดับ

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

โดยความสัมพันธ์ระหว่างการมีปฏิสัมพันธ์พันธะไฮโดรเจนที่ไซต์ย่อยของพื้นผิวที่มีความสอดคล้องกัน NS2B / NS3pro กระเป๋า (ตารางที่ 1) พลังงานจากการสลายตัวของแต่ละ (DCS; พลังงานปฏิสัมพันธ์ของ NS2B บุคคล / ตกค้าง NS3pro กับพื้นผิวและในทางกลับกัน) ได้รับการพล็อต (รูปที่ . 5) ที่ไซต์ย่อย P1 ตกค้าง R ก็สามารถที่จะผูกเป็นอย่างดีเช่นเดียวกับสารตกค้าง K ใน DV2 NS2B / NS3pro ที่ปฏิสัมพันธ์ระหว่าง P1 (R) ไซต์ย่อยกับกระเป๋า S1 ของระบบทั้งหมดอยู่ที่ประมาณ -18 กิโลแคลอรี mol-1 (ยกเว้น 2B / 3) และรอบ -12 กิโลแคลอรี mol-1 (3 / 4A) ในกรณีของ P1 นี้ (K) ผลที่ได้นี้ยังแสดงให้เห็นว่ากระเป๋า S1 ของ NS2B / NS3pro ค่อนข้างเฉพาะเจาะจงสำหรับการเรียกเก็บสารตกค้างเช่น R หรือเปรียบเทียบเคของปฏิสัมพันธ์คู่ที่ไซต์ย่อยอื่น ๆ ที่มีพื้นผิว NS2B / การกระเป๋าโปรตีน NS3pro ได้ข้อสรุปว่าการตั้งค่าของการมีปฏิสัมพันธ์ระหว่าง ไซต์ย่อย P2 กับกระเป๋า S2 นั้น R> K> Q; ระหว่างไซต์ย่อย P3 กับกระเป๋า S3 เป็น R / Q / T> K / G และไม่มีปฏิสัมพันธ์ที่น่าสนใจเกิดขึ้นระหว่าง P4 P5 และไซต์ย่อยกับ S4 S5 และกระเป๋า โปรดทราบว่าเฉพาะเหล่านี้ P1-P3subsites ได้รับการพิจารณาสำหรับการปฏิสัมพันธ์ญาติเพราะเว็บไซต์ที่ไม่ได้ที่สำคัญมีความสำคัญมากกว่าเว็บไซต์ที่สำคัญสำหรับการโต้ตอบกับ NS2B / NS3pro ตามที่กล่าวไว้ก่อน ผลลัพธ์เหล่านี้มาในทางทฤษฎีในวงกว้างเห็นด้วยกับการรายงานข้อมูลการทดลอง [39] ที่ความชอบของแต่ละไซต์ย่อยสำหรับการโต้ตอบกับ NS2B / NS3pro เป็น R> K, R> T> Q / N / K, K> R> n และ Nle> L > K สำหรับ P1, P2, P3 และ P4 ตามลำดับ

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ทสไฮโดรเจนบอนด์ปฏิสัมพันธ์ในแต่ละไซต์ย่อยของพื้นผิวกับพ็อกเก็ตโปรตีเอส / ns3pro สอดคล้องกัน ( ตารางที่ 1 ) , สลายพลัง ( DCS ; ปฏิกิริยาพลังงานของโปรตีเอส / ns3pro ตกค้าง บุคคล ( และในทางกลับกัน ) วางแผน ( ภาพที่ 5 ) ในไซต์ย่อยกาก P1 R สามารถมัดอย่างดี เป็นกาก K ใน dv2 โปรตีเอส / ns3pro ที่ปฏิสัมพันธ์ระหว่าง P1 ( R ) ไซต์ย่อยกับ S1 กระเป๋าของทุกระบบประมาณ 18 กิโล mol −− 1 ( ยกเว้น 2B / 3 ) และประมาณ 12 กิโล mol −− 1 ( 3 / 4 ) ในกรณีของ P1 ( K ) ผลลัพธ์นี้ยังแสดงให้เห็นว่า S1 กระเป๋าของโปรตีเอส / ns3pro ค่อนข้างเฉพาะเจาะจงสำหรับค่าใช้จ่ายที่ตกค้าง เช่น R หรือ K . การเปรียบเทียบคู่ปฏิสัมพันธ์ที่พื้นผิวลักษณะอื่น ๆด้วยโปรตีเอส / ns3pro กระเป๋าโปรตีน พบว่า ความพึงพอใจของปฏิสัมพันธ์ระหว่างไซต์ย่อย P2 กับกระเป๋า S2 R > K > Q ; ระหว่าง ไซต์ย่อย P3 กับ S3 R / Q / T กระเป๋า > K / g และมีเสน่ห์ปฏิสัมพันธ์เกิดขึ้นระหว่าง P4 P5 และลักษณะกับ S4 และ S5 กระเป๋า . โปรดทราบว่าเหล่านี้เท่านั้น ถือว่าเป็น p3subsites P1 –สำหรับการโต้ตอบญาติเพราะไม่เฉพาะเว็บไซต์สำคัญกว่าเฉพาะเว็บไซต์สำหรับการโต้ตอบกับโปรตีเอส / ns3pro ดังที่กล่าวมาก่อน ในทางทฤษฎีเหล่านี้ได้ผลในวงกว้าง เห็นด้วยกับรายงานข้อมูล [ 39 ] ว่า ความชอบของแต่ละไซต์ย่อยสำหรับการโต้ตอบกับโปรตีเอส / ns3pro r > r > T > K , Q / n / k , k > r > N > L > nle และ K P1 , P2 , P3 และ P4 ตามลำดับ