and 1 μL (20 ng) of genomic DNA in

and 1 μL (20 ng) of genomic DNA in a final volume of
25 μL. The PCR was performed using the following protocol:
95 °C for 2 min, following by 40 cycles at 95 °C for
10 s, and 55 °C for 30 s. After the PCR was over, a temperature
gradient between 65 and 95 °C was performed
for analysis of dissociation curves. The assay was performed
at least three times for each sample.
To generate standard curves for quantification, two
standard plasmids were used. Standard plasmid was constructed
by pEASY-T1 vector ligation with PCR product
of 16S rRNA, and then transformed to E. coli DH5α.
Copy number was calculated by Eq. (1).
qPCR reactions were run on serial dilutions of each
standard plasmid to relate threshold cycle number(Ct
value) to copy numbers of the target sequence and to
generate standard curves for quantification in unknown
samples. Typically, standard curves were linear across
five orders of magnitude (107–102 copies, R2 = 1–0.98).
Since 16S DNA is expressed with 11 and 13 copies in
the genomes of C. acetobutylicum and B. cereus, respectively,
the abundance of each strain in the co-culture system
was determined by Eqs. (2) and (3).
Analytical methods
Cell density was determined by measuring OD600
using a UV–visible spectrophotometer (UV-2802PC;
Unico, Shanghai, China). During the fermentation
period, 1.0 mL sample was taken on time and centrifuged
at 10,625g for 5 min. The supernatant was used
for ABE andglucose concentrations analyses. ABE
were measured by gas chromatography (GC 2010,
Shimadzu Co., Kyoto, Japan) equipped with a flame
ionization detector (FID) and a glass column (KB-
5MS,25 m × 0.53 mm × 1.00 μm, Kromat Corporration,
US). The temperature of the detector and injector were
maintained at 260 and 240 °C, respectively.
Glucose concentration was determined by high-pressure
liquid chromatography (HPLC) analysis (LC-20AT,
(1)
Copy number =
DNAamount
DNAlength × 660 × 1 × 109
× 6.022 × 1023
(2)
Abundance of C. acetobutylicum
=
16s cace copy number/11
16s cace copy number/11 + 16s bcer copy number/13
(3)
Abundance of B. cereus
=
16s bcer copy number/13
16s cace copy number/11 + 16s bcer copy number/13
ShiShimadzu Co., Kyoto, Japan). A HPX-87 H column
(300 × 7.8 mm) (Bio-Rad, USA) was used with a mobile
phase of 5 mM sulfuric acid and a flow rate of 0.80 mL/
min at 65 °C. The oxygen concentration in the medium
was measured with an oxygen electrode (Hamilton OXYFERM
VP 225, Bonaduz, Switzerland). Butanol concentration
was calculated as butanol produced in g per L of
broth. Butanol yield was calculated as g of butanol produced
per g of sugar utilized and was expressed in g/g,
butanol productivity was calculated as butanol produced
in g per liter of broth divided by the fermentation time
and was expressed in g/L h.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

และ 1 μL (20 ฉบับ) ของดีเอ็นเอการในระดับสุดท้าย25 ΜL การ PCR ทำโดยใช้โพรโทคอต่อไปนี้:95 ° C เป็นเวลา 2 นาที ตาม 40 รอบที่ 95 ° C สำหรับ10 s และมี 55 ° C 30 s หลังจากที่การ PCR ได้มากกว่า อุณหภูมิดำเนินการไล่ระดับสีระหว่าง 65 และ 95 ° Cสำหรับการวิเคราะห์กราฟ dissociation ทำการทดสอบแต่ละอย่างน้อย 3 ครั้งการสร้างกราฟมาตรฐานสำหรับด้าน 2ใช้มาตรฐาน plasmids สร้างมาตรฐาน plasmidโดยอักขระควบเวกเตอร์ pEASY T1 กับผลิตภัณฑ์ PCRของ 16S rRNA และจากนั้น แปลงไล DH5αสำเนาเลขคำนวณ โดย Eq. (1)ปฏิกิริยา qPCR ถูกเรียกใช้บน dilutions อนุกรมของแต่ละplasmid มาตรฐานที่เกี่ยวข้องขีดจำกัดจำนวนรอบ (Ctค่า) จะคัดลอกหมายเลข ของลำดับเป้าหมาย และการสร้างกราฟมาตรฐานสำหรับด้านในที่ไม่รู้จักตัวอย่าง โดยทั่วไป กราฟมาตรฐานมีเส้นข้ามห้าอันดับของขนาด (107-102 สำเนา R2 = 1 – 0.98)ตั้งแต่แสดงดีเอ็นเอกับสำเนาที่ 11 และ 13 ใน 16Sgenomes ของ C. acetobutylicum และ B. cereus ตามลำดับความอุดมสมบูรณ์ของแต่ละสายพันธุ์ในระบบวัฒนธรรมร่วมถูกกำหนด โดย Eqs (2) และ (3)วิธีวิเคราะห์กำหนดความหนาแน่นของเซลล์ โดยวัด OD600โดยใช้ spectrophotometer มองเห็น – UV (UV-2802PCยูนิโก้ เซี่ยงไฮ้ จีน) ระหว่างการหมักระยะเวลา 1.0 mL อย่างดำเนินการในเวลา และเหวี่ยงที่จี 10,625 5 นาที ใช้ supernatantสำหรับการวิเคราะห์ความเข้มข้น andglucose อะเบะ อะเบะถูกวัด โดยก๊าซ chromatography (GC 2010บริษัท Shimadzu เกียวโต ญี่ปุ่น) พร้อมกับเปลวไฟเครื่องตรวจจับไอออไนซ์ (FID) และคอลัมน์แก้ว (KB-5MS, 25 m × 0.53 มม.× 1.00 ไมครอน Kromat Corporrationเรา) อุณหภูมิของเครื่องตรวจจับและหัวฉีดได้เก็บรักษาไว้ที่ 240 และ 260 ° C ตามลำดับความเข้มข้นกลูโคสถูกกำหนด โดยแรงดันสูงการวิเคราะห์ของเหลว chromatography (HPLC) (LC-20AT(1)คัดลอกเลข =DNAamountDNAlength × 660 × 1 × 109× 6.022 × 1023(2)C. acetobutylicum มากมาย=16s cace คัดลอกหมายเลข-1116s cace คัดลอกหมายเลข-11 + 16s bcer คัดลอกหมาย เลข/13(3)B. cereus มากมาย=16s bcer คัดลอกหมาย เลข/1316s cace คัดลอกหมายเลข-11 + 16s bcer คัดลอกหมาย เลข/13ShiShimadzu Co. เกียวโต ญี่ปุ่น) คอลัมน์ H HPX 87(300 × 7.8 มม.) ใช้กับโทรศัพท์มือถือ (bio Rad สหรัฐอเมริกา)ของกรดซัลฟูริก 5 มม.และอัตราการไหลที่ 0.80 mL /นาทีที่ 65 องศาเซลเซียส ความเข้มข้นของออกซิเจนในการมีวัดออกซิเจนอิเล็กโทรด (OXYFERM แฮมิลตันทาง VP ที่ 225, Bonaduz สวิตเซอร์แลนด์) ความเข้มข้นวทานอคำนวณเป็นวทานอผลิตในกรัมต่อ Lน้ำซุป คำนวณผลผลิตวทานอเป็นกรัมของวทานอผลิตต่อกรัมของน้ำตาลใช้ และถูกแสดงใน g/gคำนวณผลผลิตวทานอเป็นวทานอผลิตในกรัมต่อลิตรของน้ำซุปที่แบ่งออกตามเวลาหมักและถูกแสดงในบัญชี h

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

1 ไมโครลิตร (20 นาโนกรัม) ของดีเอ็นเอในเล่มสุดท้ายของ
25 ไมโครลิตร PCR ได้ดำเนินการโดยใช้โปรโตคอลต่อไปนี้:
95 ° C เป็นเวลา 2 นาทีต่อไป 40 รอบที่ 95 ° C เป็นเวลา
10 วินาทีและ 55 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 30 วินาที หลังจาก PCR
ได้มากกว่าอุณหภูมิลาดระหว่าง65 และ 95
องศาเซลเซียสได้ดำเนินการวิเคราะห์เส้นโค้งที่แยกออกจากกัน
การทดสอบที่ได้รับการดำเนินการอย่างน้อยสามครั้งสำหรับแต่ละตัวอย่าง. เพื่อสร้างเส้นโค้งมาตรฐานปริมาณสองพลาสมิดมาตรฐานถูกนำมาใช้ พลาสมิดมาตรฐานที่ถูกสร้างขึ้นโดย Peasy-T1 ligation เวกเตอร์กับผลิตภัณฑ์ PCR ของ 16S rRNA และเปลี่ยนไปแล้วเชื้อ E. coli DH5α. จำนวนคัดลอกที่คำนวณได้จากสมการ (1). ปฏิกิริยา qPCR วิ่งบนเจือจางอนุกรมของแต่ละพลาสมิดมาตรฐานที่จะเกี่ยวข้องกับจำนวนรอบการเกณฑ์(กะรัตค่า) เพื่อคัดลอกหมายเลขลำดับเป้าหมายและการสร้างเส้นโค้งมาตรฐานในปริมาณที่ไม่รู้จักตัวอย่าง โดยปกติเส้นโค้งมาตรฐานเป็นเชิงเส้นข้ามห้าคำสั่งของขนาด (107-102 เล่ม R2 = 1-0.98). ตั้งแต่ 16S ดีเอ็นเอจะแสดงกับ 11 และ 13 เล่มในจีโนมของซีacetobutylicum และ B. cereus ตามลำดับความอุดมสมบูรณ์ความเครียดในระบบวัฒนธรรมร่วมแต่ละคนถูกกำหนดโดย EQS (2) และ (3). วิธีการวิเคราะห์ความหนาแน่นของเซลล์ที่ถูกกำหนดโดยการวัด OD600 ใช้ spectrophotometer ยูวีที่มองเห็นได้ (UV-2802PC; ยูนิโก้, เซี่ยงไฮ้, จีน) ในระหว่างการหมักระยะเวลา 1.0 มิลลิลิตรตัวอย่างถูกนำตัวในเวลาและหมุนเหวี่ยงที่10,625g เป็นเวลา 5 นาที สารละลายที่ใช้สำหรับ ABE andglucose วิเคราะห์ความเข้มข้น ABE ถูกวัดโดยวิธี Gas Chromatography (GC 2010 Shimadzu Co. , เกียวโตญี่ปุ่น) พร้อมกับเปลวไฟตรวจจับไอออนไนซ์(FID) และคอลัมน์แก้ว (KB- 5MS, 25 มมม× 0.53 × 1.00 ไมโครเมตร Kromat Corporration, สหรัฐ) . อุณหภูมิของเครื่องตรวจจับและหัวฉีดที่ถูกเก็บรักษาไว้ที่ 260 และ 240 องศาเซลเซียสตามลำดับ. ความเข้มข้นของน้ำตาลกลูโคสถูกกำหนดโดยแรงดันสูงของเหลว chromatography (HPLC) การวิเคราะห์ (LC-20AT, (1) คัดลอกจำนวน = DNAamount DNAlength × 660 × 1 × 109 × 6.022 × 1023 (2) ความอุดมสมบูรณ์ของซี acetobutylicum = 16s CACE จำนวนสำเนา / 11 16s CACE จำนวนสำเนา / 11 + 16s bcer จำนวนสำเนา / 13 (3) ความอุดมสมบูรณ์ของเชื้อ B. cereus = 16s bcer คัดลอกหมายเลข / 13 16s CACE จำนวนสำเนา / 11 + 16s bcer สำเนาจำนวน / 13 ShiShimadzu Co. , เกียวโตญี่ปุ่น) HPX H-87 คอลัมน์(300 × 7.8 มิลลิเมตร) (Bio-Rad สหรัฐอเมริกา) ถูกนำมาใช้กับโทรศัพท์มือถือขั้นตอนของกรดกำมะถัน5 มิลลิและอัตราการไหล 0.80 มิลลิลิตร / นาทีที่ 65 องศาเซลเซียส ความเข้มข้นของออกซิเจนในกลางวัดที่มีขั้วไฟฟ้าออกซิเจน (แฮมิลตัน OXYFERM VP 225, Bonaduz วิตเซอร์แลนด์) ความเข้มข้นของบิวทานอที่คำนวณได้เป็นบิวทานอผลิตในกรัมต่อลิตรน้ำซุป บิวทานอผลผลิตที่คำนวณได้เป็นกรัมของบิวทานอผลิตต่อกรัมน้ำตาลนำมาใช้และได้รับการแสดงในกรัม / g การผลิตบิวทานอที่คำนวณได้เป็นบิวทานอผลิตในกรัมต่อลิตรของน้ำซุปโดยแบ่งเวลาการหมักและได้รับการแสดงในกรัม/ ลิตรต่อชั่วโมง

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

1 μ L ( 20 กรัม ) ของดีเอ็นเอในระดับสุดท้าย25 μล. ปฏิกิริยาลูกโซ่โพลีเมอเรสโดยใช้ขั้นตอนต่อไปนี้ :95 องศา C เป็นเวลา 2 นาที ตามด้วย ที่ 95 องศา C 40 รอบ10 และ 55 องศา C เป็นเวลา 30 วินาที หลังจากตรวจเสร็จ อุณหภูมิลาดระหว่าง 65 และ 95 องศา C ได้สำหรับการวิเคราะห์การเส้นโค้ง ( คือแสดงอย่างน้อยสามครั้งในแต่ละตัวอย่างการสร้างเส้นโค้งมาตรฐาน ปริมาณ สองเบสมาตรฐานมาใช้ มาตรฐานสร้างพลาสมิดโดย peasy-t1 Ligation ผลิตภัณฑ์ PCR กับเวกเตอร์ของ 16S rRNA และจากนั้นเปลี่ยนเป็น E . coli DH5 α .จำนวนสำเนาถูกคำนวณโดยอีคิว ( 1 )ปฏิกิริยา qpcr ถูกวิ่งบนซีเรียลเจือจาง ของแต่ละคนมาตรฐานสายพันธุ์ที่เกี่ยวข้องกับเกณฑ์จํานวนรอบ ( CTค่า ) เพื่อคัดลอกตัวเลขของลำดับเป้าหมาย และสร้างเส้นโค้งมาตรฐานสำหรับปริมาณในที่ไม่รู้จักตัวอย่าง โดยทั่วไปแล้ว มาตรฐานเชิงเส้นโค้งข้ามอันดับของขนาดห้า ( 107 ) 102 ฉบับ 1 ( R2 = 0.98 )เมื่อใช้ดีเอ็นเอแสดงกับ 11 และ 13 เล่มในในจีโนมของ C และ B . cereus acetobutylicum ตามลำดับความอุดมสมบูรณ์ของแต่ละสายพันธุ์ในระบบวัฒนธรรมร่วมที่ถูกกำหนดโดย EQS . ( 2 ) และ ( 3 )วิธีการเชิงวิเคราะห์ความหนาแน่นเซลล์ที่ถูกกำหนดโดยการวัด od600การมองเห็นและ UV Spectrophotometer ( uv-2802pc ;ยูนิโก้ , เซี่ยงไฮ้ , จีน ) ในระหว่างการหมักระยะเวลา , 1.0 มล. ตัวอย่างถ่ายในเวลาและระดับที่ 10625g 5 นาทีนำใช้สำหรับ andglucose อาเบะ ) วิเคราะห์ข้อมูล อาเบะถูกวัดโดยวิธีแก๊สโครมาโตกราฟฟี ( GC 2010Shimadzu Co . , เกียวโต , ญี่ปุ่น ) พร้อมกับเปลวไฟเครื่องตรวจจับไอออนไนซ์ ( FID ) และคอลัมน์ ( KB - แก้ว5ms 25 m × 0.53 มิลลิเมตร× 1.00 μ corporration kromat , Mเรา ) อุณหภูมิของเครื่องและหัวฉีดคือยังคงที่และ 240 องศาองศาเซลเซียส ตามลำดับความเข้มข้นของกลูโคสโดยการวัดแรงดันสูงของเหลว chromatography ( HPLC ) ( lc-20at การวิเคราะห์ ,( 1 )คัดลอกหมายเลข =dnaamountdnalength ×× 2 × 109 6606.022 × 1023 ×( 2 )ความอุดมสมบูรณ์ของ acetobutylicum C=คัดลอก ( cace หมายเลข 11คัดลอก ( cace หมายเลข 11 + ( bcer คัดลอกหมายเลข 13( 3 )ความอุดมสมบูรณ์ของ B . cereus=คัดลอก ( bcer หมายเลข 13คัดลอก ( cace หมายเลข 11 + ( bcer คัดลอกหมายเลข 13shishimadzu Co . , เกียวโต , ญี่ปุ่น ) เป็น hpx-87 H คอลัมน์( 300 × 7.8 มม. ) ( USA ไบแรด ) ใช้กับมือถือระยะที่ 5 มิลลิเมตร กรดซัลฟูริก และอัตราการไหลของ 0.80 มล.นาทีที่ 65 องศา ความเข้มข้นของออกซิเจนในกลางเป็นวัดที่มีออกซิเจน ( แฮมิลตัน oxyferm ขั้วไฟฟ้าVP 225 , bonaduz , สวิตเซอร์แลนด์ ) ความเข้มข้นของบิวทานอลคำนวณเป็นบิวทานอลที่ผลิตในกรัมต่อลิตรซุป ผลิตบิวทานอลเป็นคิดเป็นกรัมผลิตบิวทานอลต่อ กรัม น้ำตาลที่ใช้และถูกแสดงในกรัม / กรัมการผลิตบิวทานอลที่ผลิตบิวทานอลถูกคำนวณเป็นในกรัมต่อลิตรของน้ำซุป หารด้วยเวลาหมักและได้แสดงออกในกรัมต่อลิตรต่อชั่วโมง