. However, because geneexpansion pr

. However, because gene
expansion predictions are susceptible to false-positives owing
to pseudogenes and annotation artifacts among other biases,
we applied a stringent filter based on percentage of identity
(Experimental Procedures) that reduced the number of candidate
expansions to 41 (see Supplemental Folder 1 for the
complete list). A functional enrichment analysis of these gene
families, using default parameters in DAVID (Huang et al.,
2009), only revealed a statistically significant enrichment (after
correction for multiple hypothesis testing; Bonferroni

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

. อย่างไรก็ตาม เนื่องจากยีนคาดการณ์การขยายตัวมีความไวต่อการเท็จทำงานผิดพลาด owingpseudogenes และวัตถุคำอธิบายระหว่างยอมอื่น ๆเราใช้ตัวเข้มข้นตามเปอร์เซ็นต์ของตน(ขั้นตอนการทดลอง) ที่ลดลงหมายเลขของผู้สมัครขยายการ 41 (ดู 1 โฟลเดอร์เพิ่มเติมในการรายการทั้งหมด) วิเคราะห์เติมเต็มหน้าที่ของยีนเหล่านี้ครอบครัว ใช้พารามิเตอร์เริ่มต้นในดาวิด (หวา et al.,2009), เติมเต็มอย่างมีนัยสำคัญทางสถิติ (หลังจากที่เปิดเผยเท่านั้นการแก้ไขสำหรับหลายสมมติฐานทดสอบ Bonferroni < 0.001)สำหรับยีนที่เกี่ยวข้องกับแปล/ไรโบโซม กำหนดความสัมพันธ์ระหว่างแปลและอายุ เช่น ในการบริบทของหาย proteostasis (Lo´ ลเปส Otı´n et al., 2013), เป็นเป็นไปได้ว่า ผลลัพธ์เหล่านี้สะท้อนให้เห็นถึงท้องที่เกี่ยวข้องในการปลาวาฬ bowheadเมื่อตรวจสอบด้วยตนเองผลการขยายยีน เราพบซ้ำหลายตั๋ว ตัวอย่าง proliferating เซลล์ตรวจหานิวเคลียร์ (PCNA) ซ้ำกันในปลาวาฬ bowhead ด้วยสำเนา harboring สี่ตกค้างเฉพาะคนเชื้อสายเปลี่ยนแปลง (รูป3B) ตามข้อมูลลำดับอาร์เอ็นเอจีโนมการแม็ป(ดูขั้นตอนการทดลองและผล Supplemental เต็มโฟลเดอร์ 1), สำเนา PCNA ทั้งสองถูกแสดงในวาฬ bowheadกล้ามเนื้อ ไต ตา และ testis ด้วยการแมป lineagespecificตกลงบนโครงสร้างของ PCNA ในคอมเพล็กซ์ด้วยA BCรูปที่ 3 ขยายครอบครัวยีนและ PCNA(A) ยีนครอบครัวขยาย ตัวเลขสีแดงสอดคล้องกับจำนวนยีนขยายเหตุการณ์ที่คาดการณ์ในระหว่างวิวัฒนาการ mammalian หมายถึง เวลา divergenceประเมินได้ใช้จาก TimeTree (ประเมินค่าเฮดจ์และ al., 2006) ในมาตราส่วน(B) หลายลำดับตำแหน่งของตก PCNA 28-107 แสดง bowhead เฉพาะวาฬซ้ำ (ยีนรหัส: bmy 16007 และ bmy 21945) ลินเนจ specicกรดอะมิโนใน PCNA ซ้ำของปลาวาฬ bowhead จะถูกเน้นด้วยสีแดง(C) โครงสร้างคริสตัล (สีเขียว) PCNA และคอมเพล็กซ์ FEN-1 (สีเหลือง) ตกลินเนจเฉพาะโครงสร้าง PCNA มีสีเป็นสีแดง A ขยายการโครงสร้างพบว่า โต้ตอบ putative ระหว่างบีสองแผ่น ภายใน PCNA และภายใน FEN 1 โต้ตอบนี้อาจเปลี่ยนแปลง โดยที่สองโต้ตอบระหว่างแผ่น b PCNA และการเปลี่ยนแปลง specic ลินเนจจาก glutamine histidine ใน PCNA วัดระยะห่างระหว่างคู่อะตอมทำเครื่องหมายในสีดำ เลขทะเบียน PDB: 1UL1ดูยัง S3 ตารางและรูป S3116 เซลล์รายงาน 10, 112-122, 6 มกราคม 2015 ª2015 ผู้เขียนFEN-1 เราเปิดทดแทนกรดอะมิโนหนึ่ง (Q38H)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

. แต่เนื่องจากยีนการคาดการณ์การขยายตัวมีความอ่อนไหวต่อผลบวกเท็จเนื่องจากการpseudogenes และสิ่งประดิษฐ์คำอธิบายประกอบในหมู่อคติอื่น ๆที่เรานำมาใช้ตัวกรองที่เข้มงวดในอัตราร้อยละของตัวตน(ขั้นตอนการทดลอง) ที่ลดจำนวนของผู้สมัครที่ขยายถึง41 (ดูโฟลเดอร์เพิ่มเติม 1 สำหรับรายการที่สมบูรณ์) การวิเคราะห์การเพิ่มคุณค่าการทำงานของยีนเหล่านี้. (Huang et al, ครอบครัวโดยใช้พารามิเตอร์ค่าเริ่มต้นใน DAVID 2009) เปิดเผยเพียงการตกแต่งอย่างมีนัยสำคัญ (หลังจากการแก้ไขสำหรับการทดสอบสมมติฐานหลายBonferroni <0.001) ยีนที่เกี่ยวข้องกับการแปล / ไรโบโซม ได้รับการเชื่อมโยงระหว่างการแปลและการริ้วรอยเช่นในบริบทของการสูญเสียของproteostasis (Lo' Pez-Otı'n et al., 2013) มันเป็นไปได้ว่าผลลัพธ์เหล่านี้สะท้อนให้เห็นถึงการปรับตัวที่เกี่ยวข้องในbowhead ปลาวาฬ. เมื่อตรวจสอบด้วยตนเอง ผลการขยายตัวของยีนที่เราพบที่ซ้ำกันหลายทราบ ยกตัวอย่างเช่นเซลล์ proliferating แอนติเจนนิวเคลียร์ (PCNA) จะทำซ้ำในวาฬ bowhead กับสำเนาเก็บงำเปลี่ยนแปลงสี่ตกค้างเชื้อสายเฉพาะ(รูปที่3B) บนพื้นฐานของข้อมูล RNA-หมายเลขของเราแมปกับจีโนม(ดูขั้นตอนการทดลองและผลเต็มรูปแบบในเสริมโฟลเดอร์ 1) ทั้งสำเนา PCNA จะแสดงใน bowhead ปลาวาฬกล้ามเนื้อ, ไต, จอประสาทตาและลูกอัณฑะ โดยการทำแผนที่ lineagespecific ตกค้างบนโครงสร้างของ PCNA ในที่ซับซ้อนที่มีAB C รูปที่ 3 การขยายตัวของยีนในครอบครัวและ PCNA (A) การขยายตัวของครอบครัวยีน ตัวเลขในสีแดงสอดคล้องกับจำนวนที่คาดการณ์การขยายตัวของกิจกรรมระหว่างการวิวัฒนาการของยีนที่เลี้ยงลูกด้วยนม หมายถึงความแตกต่างเวลา(. พุ่มไม้, et al, 2006). การประมาณการถูกนำมาใช้จาก TimeTree สำหรับการปรับ(B) ลำดับการจัดเรียงหลายตกค้าง PCNA 28-107 แสดงความซ้ำซ้อน bowhead ปลาวาฬเฉพาะ (รหัสยีน: BMY 16,007 และ 21,945 BMY) เชื้อสาย specic กรดอะมิโนใน PCNA ซ้ำของปลาวาฬ bowhead จะถูกเน้นด้วยสีแดง. (C) โครงสร้างผลึกของ PCNA (สีเขียว) และ FEN-1 (สีเหลือง) ที่ซับซ้อน ตกค้าง Lineage ที่เฉพาะเจาะจงเกี่ยวกับโครงสร้าง PCNA มีสีเป็นสีแดง ซูมในเมื่อโครงสร้างเผยให้เห็นการทำงานร่วมกันระหว่างสองสมมุติขแผ่นหนึ่งภายใน PCNA และอีกภายใน FEN-1 ปฏิกิริยานี้อาจมีการเปลี่ยนแปลงผ่านสองปฏิสัมพันธ์ระหว่าง PCNA แผ่นขและการเปลี่ยนแปลงเชื้อสาย specic จาก glutamine จะ histidine ภายใน PCNA การวัดระยะทางระหว่างคู่ของอะตอมจะทำเครื่องหมายในสีดำ จำนวนการเข้า PDB. 1UL1. ดูตาราง S3 และรูปที่ S3 116 รายงานเซลล์ 10, ​​112-122, 6 มกราคม 2015 ª2015กลุ่มผู้FEN-1 เราเปิดทดแทนกรดอะมิโนหนึ่ง (Q38H)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

. อย่างไรก็ตาม เนื่องจากการคาดการณ์การขยายยีน

บวกเท็จ เพราะเสี่ยงต่อการจะ pseudogenes หมายเหตุของอคติและสิ่งประดิษฐ์อื่น ๆที่เราใช้กรอง
เข้มงวดขึ้นอยู่กับเปอร์เซ็นต์ของตัวตน
( ขั้นตอนการทดลอง ) ที่ลดจํานวนขยายผู้สมัคร
ถึง 41 ( ดูเพิ่มเติมในโฟลเดอร์ 1
รายการที่สมบูรณ์ ) การวิเคราะห์การทำหน้าที่ของครอบครัวยีน
เหล่านี้การใช้ค่าพารามิเตอร์เริ่มต้นในเดวิด ( Huang et al . ,
2009 ) เท่านั้น เผยเสริมอย่างมีนัยสำคัญทางสถิติ ( หลังจาก
แก้ไขสำหรับการทดสอบสมมติฐานหลายบอนเฟอร์โรนี < 0.001 )
สำหรับยีนที่เกี่ยวข้องกับการแปล / ไรโบโซม . ให้สมาคม
ระหว่างการแปลและอายุ ตัวอย่างเช่น ในบริบทของการสูญเสียของ proteostasis
( โลเปซใหม่ ot ı´ n et al . , 2013 ) , มันเป็น
เป็นไปได้ว่าเกี่ยวข้องผลเหล่านี้สะท้อนให้เห็นถึงการปรับตัวใน

bowhead ปลาวาฬ เมื่อตรวจสอบคู่มือการขยายยีนเรา
พบหลายสำเนาของข้อความ ตัวอย่างเช่น proliferating เซลล์
นิวเคลียร์แอนติเจน ( PCNA ) ภาพใน bowhead ปลาวาฬกับ
1 ฉบับ ที่ 4 โคตรกาก เปลี่ยนไป ( เฉพาะรูป
3B ) บนพื้นฐานของข้อมูล seq อาร์เอ็นเอของเราที่แมปจีโนม
( ดูวิธีการทดลองและผลเต็มในโฟลเดอร์เพิ่มเติม
1 ) ทั้งชุด bowhead PCNA แสดงเป็นปลาวาฬ
กล้ามเนื้อ ไต จอตา และลูกอัณฑะ โดยการทำแผนที่และ lineagespecific
บนโครงสร้างของ PCNA ในซับซ้อนกับ
B
C
รูปที่ 3 การขยายยีนและครอบครัว PCNA
( ) การขยายตัวของครอบครัวจีนตัวเลขสีแดงสอดคล้องกับคาดการณ์จำนวนของเหตุการณ์การขยายยีนในสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมวิวัฒนาการ . หมายถึงความแตกต่างเวลา
ประมาณการใช้จาก timetree ( เฮดจ์ et al . , 2006 ) สำหรับการ
( b ) การลำดับหลาย PCNA ตกค้าง 28 – 107 , แสดง bowhead ปลาวาฬเฉพาะสำเนา ( ยีนรหัส : bmy และ 16007 bmy 21945 ) สายเลือด specic
กรดอะมิโนในซ้ำ PCNA ของปลาวาฬ bowhead จะเน้นสีแดง .
( C ) โครงสร้างผลึกของ PCNA ( สีเขียว ) และ fen-1 ( สีเหลือง ) ที่ซับซ้อน สายเลือดตกค้างเฉพาะในโครงสร้าง PCNA สีสีแดง ซูมใน
โครงสร้างพบปฏิสัมพันธ์ระหว่างสอง B ซึ่งแผ่นหนึ่งภายใน PCNA และอีกใน fen-1 . ปฏิสัมพันธ์นี้อาจจะมีการเปลี่ยนแปลงผ่านสอง
ปฏิสัมพันธ์ระหว่าง PCNA B แผ่นและการเปลี่ยนแปลงจากกลูตาเพื่อ specic ีนภายใน PCNA . วัดระยะทางระหว่างคู่ของอะตอม
เครื่องหมายสีดำ PDB ภาคยานุวัติเลขที่ : 1ul1 .
ดูรูปโต๊ะ S3 และ S3
116 เซลล์รายงาน 10 , 112 – 122 , 6 มกราคม 2015 ª 2015 ผู้เขียน
fen-1 เราเปิดหนึ่งกรดอะมิโนทดแทน ( q38h )