- ข้อความ
- ประวัติศาสตร์
Salinibacter iranicus sp. nov. and
Salinibacter iranicus sp. nov. and Salinibacter luteus sp. nov., isolated from a salt lake, and emended descriptions of the genus Salinibacter and of Salinibacter ruber
Ali Makhdoumi-Kakhki1,2, Mohammad Ali Amoozegar1,2 and Antonio Ventosa3
+ Author Affiliations
1Extremophile Laboratory, Department of Microbiology, School of Biology, College of Science, University of Tehran, Tehran, Iran
2Microorganisms Bank, Iranian Biological Resource Centre (IBRC), ACECR Tehran, Iran
3Department of Microbiology and Parasitology, Faculty of Pharmacy, University of Sevilla, Spain
Correspondence
Mohammad Ali Amoozegar amoozegar@ibrc.ir or amozegar@khayam.ut.ac.ir
Next Section
Abstract
Two Gram-staining-negative, red- and orange-pigmented, non-motile, rod-shaped, extremely halophilic bacteria, designated strains CB7T and DGOT, were isolated from Aran-Bidgol salt lake, Iran. Growth occurred at NaCl concentrations of between 2 and 5 M NaCl and the isolates grew optimally with 3 M NaCl. The optimum pH and temperature for growth of the two strains were pH 7.5 and 37 °C, and they were able to grow over pH and temperature ranges of pH 6–8 and 25–50 °C. The predominant fatty acids of the two isolates were C18 : 1ω7c, iso-C15 : 0 and summed feature 3 (C16 : 1ω7c and/or iso-C15 : 0 2-OH). The polar lipid pattern of the two isolates consisted of diphosphatidylglycerol, phosphatidylcholine, three unidentified lipids, one unidentified aminolipid and three unidentified glycolipids. The only quinone present was menaquinone 7 (MK-7). The G+C contents of the genomic DNA of strains CB7T and DGOT were 64.8 and 65.6 mol%, respectively. 16S rRNA gene sequence analysis indicated that strains CB7T and DGOT were related to Salinibacter ruber in the phylum Bacteroidetes. Levels of 16S rRNA gene sequence similarity between strains CB7T and DGOT and Salinibacter ruber DSM 13855T were 93.2 and 93.6 %, respectively. The two novel strains shared 98.9 % 16S rRNA gene sequence similarity. DNA–DNA hybridization experiments between strains CB7T and DGOT and Salinibacter ruber DSM 13855T indicated levels of relatedness of 44 and 52 %, respectively, while the level of relatedness between the two new isolates was 53 %. Chemotaxonomic data supported the placement of strains CB7T and DGOT in the genus Salinibacter. DNA–DNA hybridization studies and biochemical and physiological characterization allowed strains CB7T and DGOT to be differentiated from Salinibacter ruber and from each other. They are therefore considered to represent two novel species of the genus Salinibacter, for which the names Salinibacter iranicus sp. nov. (type strain CB7T = IBRC-M 10036T = CGMCC 1.11003T) and Salinibacter luteus sp. nov. (type strain DGOT = IBRC-M 10423T = CGMCC 1.11002T) are proposed. Emended descriptions of the genus Salinibacter and of Salinibacter ruber are also presented.
Previous Section
Next Section
The GenBank/EMBL/DDBJ accession numbers for the 16S rRNA gene sequences of strains CB7T and DGOT are HQ197982 and HQ197983, respectively.
Until recently, halophilic archaea were presumed to be the only inhabitants of environments with high salt concentrations close to saturation. This view changed when molecular approaches were used to study the bacterial diversity of these extreme environments, indicating that saline habitats approaching salt saturation also harbour bacterial communities together with red-pigmented haloarchaea (Benlloch et al., 1995; Martínez-Murcia et al., 1995). Fluorescence in situ hybridization revealed that not only are bacterial populations present in this environment but that they may be abundant and metabolically active (Antón et al., 1999). The predominant bacterial species in this type of habitat has been isolated and characterized as Salinibacter ruber, a member of the family Rhodothermaceae (together with species of the genera Salisaeta and Rhodothermus) in the phylum Bacteroidetes (Antón et al., 2002). This bacterium received considerable attention because of its interesting properties and close similarity to extremely halophilic members of the Archaea: they share the same habitat; are extremely halophilic, aerobic, heterotrophic and red- to pink-pigmented; maintain high intracellular potassium concentrations; have a very high DNA G+C content; and a high proportion of acidic amino acids responsible for an acidic proteome with a median isoelectric point of 5.2 (Antón et al., 2008; Mongodin et al., 2005). The diversity within the genus Salinibacter has been studied by both culture-dependent and culture-independent approaches and Salinibacter ruber or closely related strains/sequences have been detected worldwide. These strains/sequences have been retrieved from crystallizer pond salterns in Spain (Peña et al., 2005), Tuz lake in central Anatolia, Turkey (Mutlu et al., 2008), soda lakes in the Wadi An Natrun depression in Egypt (Mesbah et al., 2007) and from the Andean Maras salterns of Peru (Maturrano et al., 2006). Despite the presence of Salinibacter strains in the hypersaline habitats studied, this genus of extremely halophilic bacteria comprised, at the time of writing, just one recognized species. During a survey of prokaryotic diversity of Aran-Bidgol salt lake in Iran, two extremely halophilic bacterial isolates (designated strains CB7T and DGOT) related to Salinibacter ruber were obtained. In this study, we show that these two strains represent two novel species of the genus Salinibacter. The descriptions of the genus Salinibacter and Salinibacter ruber are also emended.
Samplings were carried out in November 2007 from Aran-Bidgol salt lake. The salt lake is located in the central desert of Iran at an altitude of 800 m and is 1000 km from the coast (35° 70′ 47′′ N 51° 39′ 62′′ E). This playa was formed by deposition of halite sediments over different geological periods. Sediments are dissolved by rainfall in winter and salt is produced by strong evaporation during the dry season and is subsequently commercially harvested. The predominant salts in the lake are NaCl, Na2SO4, MgCl2 and MgSO4 with traces of carbonate ions; hence, it can be considered a thalassohaline lake. The pH of the brine is neutral (about pH 7.0) and its salinity reaches saturation during the dry season. The water temperature was 38 °C at the time of sampling. Modified growth medium (MGM) with 23 % total salt concentration from the online Halohandbook protocol was used for isolation of bacteria (Dyall-Smith, 2008). This medium contains a 23 % salt mixture prepared from a 30 % stock solution, which consists of (per litre): 240 g NaCl, 35 g MgSO4, 30 g MgCl2, 7 g KCl and 1 g CaCl2, supplemented with 1 % (w/v) peptone and 0.2 % (w/v) yeast extract; 1.5 % (w/v) agar was added as necessary. The pH of the medium was adjusted to 7.2–7.4 with Tris-base (Merck). Samples were cultured on 23 % MGM agar after preparing the appropriate dilution at the laboratory. Inoculated plates were incubated at 40 °C for up to 2 months. After successive cultivation, two pure isolates, designated strains CB7T and DGOT, were obtained and routinely grown on 23 % MGM agar at 37 °C. Characterization of these strains was achieved by using a polyphasic approach, including conventional phenotypic features, chemotaxonomic (polar lipid, fatty acid and quinone composition) data, 16S rRNA gene sequence analysis and DNA–DNA hybridization experiments. For phenotypic characterization, the standard methods of Smibert & Krieg (1994) were used after modification to make suitable conditions for growth of extremely halophilic bacteria. Salinibacter ruber DSM 13855T was obtained from the Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen (DSMZ, Braunschweig, Germany) culture collection, grown under the same conditions as the new isolates and used as a reference strain for most experiments.
Cell morphology and motility were examined by using an Olympus BX41 microscope equipped with phase-contrast optics. For photography, drops of exponentially growing MGM broth cultures were used directly without fixing. Colony morphology was observed on MGM agar after incubation at 37 °C for 14 days. The Gram reaction was determined by following the method of Dussault (1955). Physiological tests were conducted with MGM broth or agar, unless stated otherwise. Broth cultures were incubated at 37 °C in an orbital incubator at 200 r.p.m. Growth rates were determined by monitoring the increase in OD600. The growth temperature range was examined in MGM broth at 20–60 °C (at 5 °C intervals). The growth pH range was assessed in MGM broth at pH 5.0–9.0 (at 0.5 pH unit intervals). The pH of the medium was adjusted by using 50 mM of the following buffers: MES (pH 5–6.5), HEPES (pH 7–8) and CHES (pH 8.5–9). The requirement for NaCl and MgCl2 for growth was assessed in MGM broth containing 0–5 M NaCl (at 0.5 M intervals) or 0–1 M MgCl2 (at 0.05 M intervals), respectively.
Acid production from carbohydrates (0.1 %, w/v) was tested in unbuffered MGM broth and was determined by measuring the initial and final pH of the medium. The culture was considered positive for acid production if pH decreased by at least 1 pH unit. To test for carbon source utilization (1 %, w/v), peptone was omitted from MGM broth and yeast extract concentration was reduced to 0.1 g l−1 (Oren et al., 1997). The ability of strains CB7T and DGOT to grow anaerobically in the presence of DMSO (5.0 g l−1) and to ferment arginine (5.0 g l−1) was tested in MGM broth prepared anaerobically in serum tubes according to the procedures described by Bryant (1972) and Balch & Wolfe (1976). Growth and gas formation with nitrate as an electron acceptor were tested in 10 ml stoppered tubes, completely filled with MGM broth to which NaNO3 (5 g l−1) had been added, and containing an inverted Durham tube (Oren et al., 1997). Hydrolysis of Tweens 20, 40, 60 and 80 was tested as described by Gutiérrez & González (1972). Casein, gel
Ali Makhdoumi-Kakhki1,2, Mohammad Ali Amoozegar1,2 and Antonio Ventosa3
+ Author Affiliations
1Extremophile Laboratory, Department of Microbiology, School of Biology, College of Science, University of Tehran, Tehran, Iran
2Microorganisms Bank, Iranian Biological Resource Centre (IBRC), ACECR Tehran, Iran
3Department of Microbiology and Parasitology, Faculty of Pharmacy, University of Sevilla, Spain
Correspondence
Mohammad Ali Amoozegar amoozegar@ibrc.ir or amozegar@khayam.ut.ac.ir
Next Section
Abstract
Two Gram-staining-negative, red- and orange-pigmented, non-motile, rod-shaped, extremely halophilic bacteria, designated strains CB7T and DGOT, were isolated from Aran-Bidgol salt lake, Iran. Growth occurred at NaCl concentrations of between 2 and 5 M NaCl and the isolates grew optimally with 3 M NaCl. The optimum pH and temperature for growth of the two strains were pH 7.5 and 37 °C, and they were able to grow over pH and temperature ranges of pH 6–8 and 25–50 °C. The predominant fatty acids of the two isolates were C18 : 1ω7c, iso-C15 : 0 and summed feature 3 (C16 : 1ω7c and/or iso-C15 : 0 2-OH). The polar lipid pattern of the two isolates consisted of diphosphatidylglycerol, phosphatidylcholine, three unidentified lipids, one unidentified aminolipid and three unidentified glycolipids. The only quinone present was menaquinone 7 (MK-7). The G+C contents of the genomic DNA of strains CB7T and DGOT were 64.8 and 65.6 mol%, respectively. 16S rRNA gene sequence analysis indicated that strains CB7T and DGOT were related to Salinibacter ruber in the phylum Bacteroidetes. Levels of 16S rRNA gene sequence similarity between strains CB7T and DGOT and Salinibacter ruber DSM 13855T were 93.2 and 93.6 %, respectively. The two novel strains shared 98.9 % 16S rRNA gene sequence similarity. DNA–DNA hybridization experiments between strains CB7T and DGOT and Salinibacter ruber DSM 13855T indicated levels of relatedness of 44 and 52 %, respectively, while the level of relatedness between the two new isolates was 53 %. Chemotaxonomic data supported the placement of strains CB7T and DGOT in the genus Salinibacter. DNA–DNA hybridization studies and biochemical and physiological characterization allowed strains CB7T and DGOT to be differentiated from Salinibacter ruber and from each other. They are therefore considered to represent two novel species of the genus Salinibacter, for which the names Salinibacter iranicus sp. nov. (type strain CB7T = IBRC-M 10036T = CGMCC 1.11003T) and Salinibacter luteus sp. nov. (type strain DGOT = IBRC-M 10423T = CGMCC 1.11002T) are proposed. Emended descriptions of the genus Salinibacter and of Salinibacter ruber are also presented.
Previous Section
Next Section
The GenBank/EMBL/DDBJ accession numbers for the 16S rRNA gene sequences of strains CB7T and DGOT are HQ197982 and HQ197983, respectively.
Until recently, halophilic archaea were presumed to be the only inhabitants of environments with high salt concentrations close to saturation. This view changed when molecular approaches were used to study the bacterial diversity of these extreme environments, indicating that saline habitats approaching salt saturation also harbour bacterial communities together with red-pigmented haloarchaea (Benlloch et al., 1995; Martínez-Murcia et al., 1995). Fluorescence in situ hybridization revealed that not only are bacterial populations present in this environment but that they may be abundant and metabolically active (Antón et al., 1999). The predominant bacterial species in this type of habitat has been isolated and characterized as Salinibacter ruber, a member of the family Rhodothermaceae (together with species of the genera Salisaeta and Rhodothermus) in the phylum Bacteroidetes (Antón et al., 2002). This bacterium received considerable attention because of its interesting properties and close similarity to extremely halophilic members of the Archaea: they share the same habitat; are extremely halophilic, aerobic, heterotrophic and red- to pink-pigmented; maintain high intracellular potassium concentrations; have a very high DNA G+C content; and a high proportion of acidic amino acids responsible for an acidic proteome with a median isoelectric point of 5.2 (Antón et al., 2008; Mongodin et al., 2005). The diversity within the genus Salinibacter has been studied by both culture-dependent and culture-independent approaches and Salinibacter ruber or closely related strains/sequences have been detected worldwide. These strains/sequences have been retrieved from crystallizer pond salterns in Spain (Peña et al., 2005), Tuz lake in central Anatolia, Turkey (Mutlu et al., 2008), soda lakes in the Wadi An Natrun depression in Egypt (Mesbah et al., 2007) and from the Andean Maras salterns of Peru (Maturrano et al., 2006). Despite the presence of Salinibacter strains in the hypersaline habitats studied, this genus of extremely halophilic bacteria comprised, at the time of writing, just one recognized species. During a survey of prokaryotic diversity of Aran-Bidgol salt lake in Iran, two extremely halophilic bacterial isolates (designated strains CB7T and DGOT) related to Salinibacter ruber were obtained. In this study, we show that these two strains represent two novel species of the genus Salinibacter. The descriptions of the genus Salinibacter and Salinibacter ruber are also emended.
Samplings were carried out in November 2007 from Aran-Bidgol salt lake. The salt lake is located in the central desert of Iran at an altitude of 800 m and is 1000 km from the coast (35° 70′ 47′′ N 51° 39′ 62′′ E). This playa was formed by deposition of halite sediments over different geological periods. Sediments are dissolved by rainfall in winter and salt is produced by strong evaporation during the dry season and is subsequently commercially harvested. The predominant salts in the lake are NaCl, Na2SO4, MgCl2 and MgSO4 with traces of carbonate ions; hence, it can be considered a thalassohaline lake. The pH of the brine is neutral (about pH 7.0) and its salinity reaches saturation during the dry season. The water temperature was 38 °C at the time of sampling. Modified growth medium (MGM) with 23 % total salt concentration from the online Halohandbook protocol was used for isolation of bacteria (Dyall-Smith, 2008). This medium contains a 23 % salt mixture prepared from a 30 % stock solution, which consists of (per litre): 240 g NaCl, 35 g MgSO4, 30 g MgCl2, 7 g KCl and 1 g CaCl2, supplemented with 1 % (w/v) peptone and 0.2 % (w/v) yeast extract; 1.5 % (w/v) agar was added as necessary. The pH of the medium was adjusted to 7.2–7.4 with Tris-base (Merck). Samples were cultured on 23 % MGM agar after preparing the appropriate dilution at the laboratory. Inoculated plates were incubated at 40 °C for up to 2 months. After successive cultivation, two pure isolates, designated strains CB7T and DGOT, were obtained and routinely grown on 23 % MGM agar at 37 °C. Characterization of these strains was achieved by using a polyphasic approach, including conventional phenotypic features, chemotaxonomic (polar lipid, fatty acid and quinone composition) data, 16S rRNA gene sequence analysis and DNA–DNA hybridization experiments. For phenotypic characterization, the standard methods of Smibert & Krieg (1994) were used after modification to make suitable conditions for growth of extremely halophilic bacteria. Salinibacter ruber DSM 13855T was obtained from the Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen (DSMZ, Braunschweig, Germany) culture collection, grown under the same conditions as the new isolates and used as a reference strain for most experiments.
Cell morphology and motility were examined by using an Olympus BX41 microscope equipped with phase-contrast optics. For photography, drops of exponentially growing MGM broth cultures were used directly without fixing. Colony morphology was observed on MGM agar after incubation at 37 °C for 14 days. The Gram reaction was determined by following the method of Dussault (1955). Physiological tests were conducted with MGM broth or agar, unless stated otherwise. Broth cultures were incubated at 37 °C in an orbital incubator at 200 r.p.m. Growth rates were determined by monitoring the increase in OD600. The growth temperature range was examined in MGM broth at 20–60 °C (at 5 °C intervals). The growth pH range was assessed in MGM broth at pH 5.0–9.0 (at 0.5 pH unit intervals). The pH of the medium was adjusted by using 50 mM of the following buffers: MES (pH 5–6.5), HEPES (pH 7–8) and CHES (pH 8.5–9). The requirement for NaCl and MgCl2 for growth was assessed in MGM broth containing 0–5 M NaCl (at 0.5 M intervals) or 0–1 M MgCl2 (at 0.05 M intervals), respectively.
Acid production from carbohydrates (0.1 %, w/v) was tested in unbuffered MGM broth and was determined by measuring the initial and final pH of the medium. The culture was considered positive for acid production if pH decreased by at least 1 pH unit. To test for carbon source utilization (1 %, w/v), peptone was omitted from MGM broth and yeast extract concentration was reduced to 0.1 g l−1 (Oren et al., 1997). The ability of strains CB7T and DGOT to grow anaerobically in the presence of DMSO (5.0 g l−1) and to ferment arginine (5.0 g l−1) was tested in MGM broth prepared anaerobically in serum tubes according to the procedures described by Bryant (1972) and Balch & Wolfe (1976). Growth and gas formation with nitrate as an electron acceptor were tested in 10 ml stoppered tubes, completely filled with MGM broth to which NaNO3 (5 g l−1) had been added, and containing an inverted Durham tube (Oren et al., 1997). Hydrolysis of Tweens 20, 40, 60 and 80 was tested as described by Gutiérrez & González (1972). Casein, gel
0/5000
Sp. iranicus ใน Salinibacter nov และ Salinibacter sp. luteus พฤศจิกายน แยกต่างหากจากทะเลสาบเกลือ emended คำอธิบาย ของพืชสกุล Salinibacter และ Salinibacter ruberAli Makhdoumi Kakhki1, 2, Mohammad Ali Amoozegar1, 2 และ Antonio Ventosa3+ เข้าสังกัดผู้เขียนห้องปฏิบัติการ 1Extremophile ภาควิชาจุลชีววิทยา โรงเรียนวิชาชีววิทยา สาขา มหาวิทยาลัยเตหะราน เตหะราน อิหร่าน2Microorganisms ธนาคาร ศูนย์ทรัพยากรชีวภาพอิหร่าน (IBRC) ACECR เตหะราน อิหร่าน3Department จุลชีววิทยาและปรสิตวิทยา คณะเภสัชศาสตร์ มหาวิทยาลัยเซวิลล่า สเปนติดต่อAmoozegar@ibrc.ir Mohammad Ali Amoozegar หรือ amozegar@khayam.ut.ac.ir ส่วนถัดไปบทคัดย่อกรัม 2 ย้อมสีลบ แดง - และส้มหมึก แบคทีเรียไม่ใช่ motile เหล็กรูป ชอบเกลือมาก กำหนดสายพันธุ์ CB7T และ DGOT ถูกแยกจากอรัญ Bidgol เกลือ อิหร่าน เจริญเติบโตเกิดขึ้นที่ NaCl ที่ความเข้มข้นของระหว่าง 2 และ 5 M NaCl และแยกการเติบโตอย่างเหมาะสมกับ 3 M NaCl ค่า pH ที่เหมาะสมและอุณหภูมิสำหรับการเจริญเติบโตของสายพันธุ์สองได้ค่า pH 7.5 และ 37 ° C และพวกเขาสามารถเติบโตผ่านช่วงค่า pH และอุณหภูมิ 25 – 50 องศาเซลเซียสและ pH 6 – 8 กรดไขมันกันของแยกสองถูก C18: 1ω7c, iso-C15: 0 และรวมคุณลักษณะ 3 (C16: 1ω7c / iso-C15: 0 2-OH) รูปแบบเชิงขั้วไขมันแยกสองประกอบด้วย diphosphatidylglycerol สำคัญ โครงการไม่สามารถระบุได้ 3, aminolipid หนึ่งไม่สามารถระบุได้ และ glycolipids ไม่สาม Quinone เท่านั้นปัจจุบันถูก menaquinone 7 (MK-7) ราย G + C ใน DNA genomic ของสายพันธุ์ CB7T และ DGOT มี 64.8 และโมล 65.6% ตามลำดับ ยีน 16S rRNA ลำดับวิเคราะห์ระบุว่า สายพันธุ์ CB7T และ DGOT เกี่ยวข้องกับ Salinibacter ruber ในไฟลัม Bacteroidetes ระดับของ 16S rRNA ยีนลำดับความคล้ายคลึงกันระหว่างสายพันธุ์ CB7T และ DGOT และ Salinibacter ruber DSM 13855T ได้ 93.2 และ 93.6% ตามลำดับ สายพันธุ์นวนิยายสองร่วม 98.9% 16S rRNA ยีนลำดับความคล้ายคลึงกัน -ดีเอ็นเอ DNA hybridization ทดลองระหว่างสายพันธุ์ CB7T และ DGOT และ Salinibacter ruber DSM 13855T ระบุระดับของ relatedness 44 และ 52% ตามลำดับ ในขณะที่ระดับของ relatedness ระหว่างสองใหม่แยกเป็น 53% Chemotaxonomic ข้อมูลสนับสนุนการวางสายพันธุ์ CB7T และ DGOT ใน Salinibacter การศึกษาดีเอ็นเอ-DNA hybridization และสมบัติเชิงชีวเคมี และสรีรวิทยาได้สายพันธุ์ CB7T และ DGOT เพื่อแยกแยะ จาก Salinibacter ruber และอื่น ๆ ดังนั้นว่าถึงพันธุ์นวนิยายสองสกุล Salinibacter ที่ชื่อ Salinibacter iranicus sp. nov (พิมพ์ต้องใช้ CB7T = IBRC-M 10036T = CGMCC 1.11003T) และ Salinibacter sp. luteus nov (พิมพ์ต้องใช้ DGOT = IBRC-M 10423T = CGMCC 1.11002T) มีการนำเสนอ นอกจากนี้ยังมีแสดงคำอธิบาย emended สกุล Salinibacter และ Salinibacter ruberส่วนก่อนหน้านี้ส่วนถัดไปหมายเลขทะเบียน GenBank/EMBL/DDBJ สำหรับ 16S rRNA ยีนลำดับของสายพันธุ์ CB7T และ DGOT มี HQ197982 และ HQ197983 ตามลำดับจนล่าสุด อาร์เคียที่ชอบเกลือถูก presumed เป็น คนเดียวของสภาพแวดล้อมมีความเข้มข้นเกลือสูงใกล้อิ่มตัว มุมมองนี้เปลี่ยนใช้วิธีโมเลกุลเพื่อศึกษาแบคทีเรียหลากหลายเหล่านี้มากสภาพแวดล้อม ระบุที่ อยู่อาศัย saline ใกล้อิ่มตัวเกลือยังฮาร์เบอร์แบคทีเรียชุมชนพร้อมกับมีสีแดง haloarchaea (Benlloch และ al., 1995 Martínez-Murcia และ al., 1995) Fluorescence ใน hybridization ซิเปิดเผยว่า ไม่เพียงแต่จะอยู่ในสภาพแวดล้อมนี้ประชากรแบคทีเรีย แต่ว่า พวกเขาอาจจะอุดมสมบูรณ์ และใช้งาน metabolically พรม (Antón et al., 1999) สายพันธุ์แบคทีเรียกันในชนิดนี้อยู่อาศัยได้รับแยกต่างหาก และมีลักษณะเป็น Salinibacter ruber สมาชิกของครอบครัว Rhodothermaceae (พร้อมกับสปีชีส์ของสกุล Salisaeta และ Rhodothermus) ในไฟลัม Bacteroidetes (Antón et al., 2002) แบคทีเรียนี้ได้รับความสนใจมากเนื่องจากคุณสมบัติที่น่าสนใจความปิดคล้ายคลึงกับสมาชิกของอาร์เคียชอบเกลือมาก: พวกเขาใช้ร่วมกันอยู่อาศัยกัน ใจมากชอบเกลือ แอโรบิก heterotrophic แดง - ให้สีชมพู หมึก รักษาความเข้มข้นของโพแทสเซียมสูง intracellular มีเนื้อหาดีเอ็นเอ G + C สูงมาก และมีสัดส่วนกรดอะมิโนกรดชอบ proteome เป็นกรดมีค่ามัธยฐานที่ isoelectric ของ 5.2 (Antón et al., 2008 Mongodin et al., 2005) มีการศึกษาความหลากหลายภายในพืชสกุล Salinibacter โดยวิธีขึ้นอยู่ กับวัฒนธรรม และวัฒนธรรมอิสระ และ Salinibacter ruber หรือสายพันธุ์ลำดับที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดพบทั่วโลก สายพันธุ์/ลำดับเหล่านี้ได้ถูกดึงมาจาก salterns บ่อ crystallizer ในสเปน (Peña et al., 2005), ทะเลสาบ Tuz ศูนย์กลางอานาโตเลีย ตุรกี (Mutlu et al., 2008), ทะเลสาบโซดาในโรคซึมเศร้า Natrun วดีอัน ในอียิปต์ (Mesbah et al., 2007) และ จาก salterns Andean Maras ของเปรู (Maturrano และ al., 2006) แม้ มีของ Salinibacter สายพันธุ์ในอยู่อาศัย hypersaline ศึกษา พืชสกุลนี้ของแบคทีเรียที่ชอบเกลือมากประกอบด้วย ในขณะเขียน เพียงหนึ่งรู้จักพันธุ์ ในระหว่างการสำรวจความหลากหลาย prokaryotic ของทะเลสาบเกลืออรัญ Bidgol ในอิหร่าน สองชอบเกลือมากแบคทีเรียที่แยกได้ (กำหนดสายพันธุ์ CB7T และ DGOT) ที่เกี่ยวข้องกับ Salinibacter ruber ได้รับการ ในการศึกษานี้ เราแสดงว่า สายพันธุ์ที่สองเหล่านี้แสดงถึงพันธุ์นวนิยายสองสกุล Salinibacter คำอธิบายของพืชสกุล Salinibacter และ Salinibacter ruber จะ emended ยังSamplings ได้ดำเนินการ 2550 พฤศจิกายนจากทะเลสาบเกลืออรัญ-Bidgol ทะเลสาบน้ำเค็มอยู่กลางทะเลทรายของอิหร่านที่ระดับความสูง 800 เมตร และ 1000 กิโลเมตรจากชายฝั่ง (35° 70′ 47′′ N 51° 39′ 62′′ E) พลาญ่านี้ก่อตั้งขึ้น โดยการสะสมของตะกอนเกลือหินผ่านรอบระยะเวลาต่าง ๆ ธรณีวิทยา ตะกอนจะละลาย โดยปริมาณน้ำฝนในฤดูหนาว และเกลือผลิตแข็งแรงระเหยในฤดูแล้ง และจะเก็บเกี่ยวผลผลิตในเชิงพาณิชย์ต่อมา เกลือกันในทะเลสาบมี NaCl, Na2SO4, MgCl2 และ MgSO4 กับร่องรอยของประจุคาร์บอเนต ดังนั้น จึงถือได้ว่าเล thalassohaline PH ของน้ำเกลือเป็นกลาง (เกี่ยวกับค่า pH 7.0) และความเค็มถึงเข้มในฤดูแล้ง อุณหภูมิน้ำ 38 ° C ในขณะสุ่มตัวอย่าง แก้ไขการเจริญเติบโตปานกลาง (MGM) กับ 23% รวมเข้มข้นเกลือจากโพรโทคอล Halohandbook ออนไลน์ที่ใช้สำหรับแยกของแบคทีเรีย (Dyall-สมิธ 2008) สื่อประเภทนี้ประกอบด้วยผสมเกลือ 23% จาก 30% หุ้นโซลูชัน ซึ่งประกอบด้วย (ต่อลิตร) เตรียม: 240 g NaCl, MgSO4 กรัม 30 กรัม MgCl2, 7 g KCl และ 1 g CaCl2 เสริม ด้วย peptone 1% (w/v) และสารสกัดจากยีสต์ 0.2% (w/v) agar 1.5% (w/v) มีเพิ่มตามความจำเป็น PH ของตัวกลางมีการปรับปรุงการ 7.2-7.4 มีตรี- (เมอร์ค) ตัวอย่างได้อ่างใน agar MGM 23% หลังจากการเตรียมที่เจือจางที่เหมาะสมที่ห้องปฏิบัติการ แผ่น inoculated ได้ incubated ที่ 40 ° C ถึง 2 เดือน หลังจากปลูกต่อเนื่อง สองบริสุทธิ์ที่แยกได้ กำหนดสายพันธุ์ CB7T และ DGOT ได้รับ และปลูกเป็นประจำใน agar MGM 23% ที่ 37 องศาเซลเซียส คุณสมบัติของสายพันธุ์เหล่านี้สำเร็จ โดยใช้การ polyphasic วิธี รวมปกติไทป์คุณลักษณะ chemotaxonomic (โพลาร์ไขมัน กรดไขมัน และองค์ประกอบ quinone) ข้อมูล ยีน 16S rRNA ลำดับวิเคราะห์ และดีเอ็นเอ-DNA hybridization ทดลอง จำแนกไทป์ วิธีการมาตรฐานของ Smibert Krieg (1994) ได้ใช้การทำเงื่อนไขเหมาะสำหรับการเจริญเติบโตของแบคทีเรียที่ชอบเกลือมาก Salinibacter ruber DSM 13855T ได้รับจากแดน Deutsche Sammlung ฟอน Mikroorganismen Zellkulturen (DSMZ เบราน์ชไวก์ เยอรมนี) ชุดวัฒนธรรม เติบโตขึ้นภายใต้เงื่อนไขเดียวกันเป็นแยกใหม่ และใช้สำหรับการทดลองส่วนใหญ่ต้องใช้อ้างอิงสัณฐานวิทยาของเซลล์และ motility ถูกตรวจสอบ โดยใช้กล้องจุลทรรศน์โอลิมปัส BX41 เพียบพร้อมไป ด้วยเลนส์ความคมชัดระยะ สำหรับการถ่ายภาพ หยดของเอ็มจีเอ็มซุปใช้ได้โดยตรง โดยการแก้ไขวัฒนธรรมการเจริญเติบโตสร้าง สัณฐานวิทยาของโคโลนีที่สังเกตในเอ็มจีเอ็ม agar หลังจากบ่มที่ 37 ° C สำหรับ 14 วัน กำหนดปฏิกิริยากรัมตามวิธีของ Dussault (1955) สรีรวิทยาได้ดำเนินการทดสอบกับเอ็มจีเอ็มซุปหรือ agar เว้นแต่จะระบุเป็นอย่างอื่น วัฒนธรรมซุปได้ incubated ที่ 37 ° C ในการบ่มเพาะวิสาหกิจของวงโคจรที่ 200 รอบต่อนาทีเจริญเติบโตราคาถูกกำหนด โดยการตรวจสอบเพิ่มขึ้นใน OD600 เจริญเติบโตอุณหภูมิตรวจสอบในเอ็มจีเอ็มซุปที่ 20 – 60 ° C (ในช่วงเวลา 5 ° C) ช่วงการวัดการเจริญเติบโตถูกประเมินในเอ็มจีเอ็มซุปที่ pH 5.0 – 9.0 (ที่ 0.5 pH ช่วงหน่วย) PH ของตัวกลางถูกปรับปรุง โดยใช้ 50 มม.ของข้อมูลต่อไปนี้: MES (pH 5-6.5), HEPES (pH 7-8) และบำรุงทรวงอก (pH 8.5-9) มีประเมินข้อกำหนด NaCl และ MgCl2 สำหรับการเจริญเติบโตในเอ็มจีเอ็มซุปประกอบด้วย 0-5 M NaCl (ในช่วง 0.5 M) หรือ 0 – 1 M MgCl2 (0.05 M ตามช่วงเวลา), ตามลำดับผลิตกรดจากคาร์โบไฮเดรต (0.1%, w/v) ได้รับการทดสอบในซุป MGM unbuffered และถูกกำหนด โดยการวัด pH เริ่มต้น และสิ้นสุดของสื่อ วัฒนธรรมถือว่าบวกสำหรับการผลิตกรดถ้าลดค่า pH โดยค่า pH น้อย 1 หน่วย การทดสอบใช้แหล่งคาร์บอน (1%, w/v), peptone ถูกตัดออกจากเอ็มจีเอ็มซุป และถูกลดความเข้มข้นของสารสกัดจากยีสต์ l−1 0.1 g (Oren et al., 1997) ทดสอบความสามารถของสายพันธุ์ CB7T และ DGOT โต anaerobically ในต่อหน้าของ DMSO (5.0 g l−1) และอาร์จินีน (l−1 5.0 กรัม) หมักในเอ็มจีเอ็มซุปที่เตรียมไว้ในหลอดซีรั่มตามกล่าว โดย Wolfe (1976) ไบรอันท์ (1972) และ Balch anaerobically ก่อตัวเจริญเติบโตและก๊าซ ด้วยไนเตรตเป็นอิเล็กตรอน acceptor การทดสอบในหลอด 10 ml stoppered กรอกข้อมูลครบถ้วนพร้อมซุปเอ็มจีเอ็มกับ NaNO3 ที่มีเพิ่ม (5 g l−1) และประกอบด้วยเดอรัมกลับหลอด (Oren et al., 1997) ไฮโตรไลซ์ Tweens 20, 40, 60 และ 80 ได้รับการทดสอบตามที่อธิบายไว้ โดย Gutiérrez & González (1972) เคซีน เจล
การแปล กรุณารอสักครู่..
Salinibacter iranicus sp. nov. and Salinibacter luteus sp. nov., isolated from a salt lake, and emended descriptions of the genus Salinibacter and of Salinibacter ruber
Ali Makhdoumi-Kakhki1,2, Mohammad Ali Amoozegar1,2 and Antonio Ventosa3
+ Author Affiliations
1Extremophile Laboratory, Department of Microbiology, School of Biology, College of Science, University of Tehran, Tehran, Iran
2Microorganisms Bank, Iranian Biological Resource Centre (IBRC), ACECR Tehran, Iran
3Department of Microbiology and Parasitology, Faculty of Pharmacy, University of Sevilla, Spain
Correspondence
Mohammad Ali Amoozegar amoozegar@ibrc.ir or amozegar@khayam.ut.ac.ir
Next Section
Abstract
Two Gram-staining-negative, red- and orange-pigmented, non-motile, rod-shaped, extremely halophilic bacteria, designated strains CB7T and DGOT, were isolated from Aran-Bidgol salt lake, Iran. Growth occurred at NaCl concentrations of between 2 and 5 M NaCl and the isolates grew optimally with 3 M NaCl. The optimum pH and temperature for growth of the two strains were pH 7.5 and 37 °C, and they were able to grow over pH and temperature ranges of pH 6–8 and 25–50 °C. The predominant fatty acids of the two isolates were C18 : 1ω7c, iso-C15 : 0 and summed feature 3 (C16 : 1ω7c and/or iso-C15 : 0 2-OH). The polar lipid pattern of the two isolates consisted of diphosphatidylglycerol, phosphatidylcholine, three unidentified lipids, one unidentified aminolipid and three unidentified glycolipids. The only quinone present was menaquinone 7 (MK-7). The G+C contents of the genomic DNA of strains CB7T and DGOT were 64.8 and 65.6 mol%, respectively. 16S rRNA gene sequence analysis indicated that strains CB7T and DGOT were related to Salinibacter ruber in the phylum Bacteroidetes. Levels of 16S rRNA gene sequence similarity between strains CB7T and DGOT and Salinibacter ruber DSM 13855T were 93.2 and 93.6 %, respectively. The two novel strains shared 98.9 % 16S rRNA gene sequence similarity. DNA–DNA hybridization experiments between strains CB7T and DGOT and Salinibacter ruber DSM 13855T indicated levels of relatedness of 44 and 52 %, respectively, while the level of relatedness between the two new isolates was 53 %. Chemotaxonomic data supported the placement of strains CB7T and DGOT in the genus Salinibacter. DNA–DNA hybridization studies and biochemical and physiological characterization allowed strains CB7T and DGOT to be differentiated from Salinibacter ruber and from each other. They are therefore considered to represent two novel species of the genus Salinibacter, for which the names Salinibacter iranicus sp. nov. (type strain CB7T = IBRC-M 10036T = CGMCC 1.11003T) and Salinibacter luteus sp. nov. (type strain DGOT = IBRC-M 10423T = CGMCC 1.11002T) are proposed. Emended descriptions of the genus Salinibacter and of Salinibacter ruber are also presented.
Previous Section
Next Section
The GenBank/EMBL/DDBJ accession numbers for the 16S rRNA gene sequences of strains CB7T and DGOT are HQ197982 and HQ197983, respectively.
Until recently, halophilic archaea were presumed to be the only inhabitants of environments with high salt concentrations close to saturation. This view changed when molecular approaches were used to study the bacterial diversity of these extreme environments, indicating that saline habitats approaching salt saturation also harbour bacterial communities together with red-pigmented haloarchaea (Benlloch et al., 1995; Martínez-Murcia et al., 1995). Fluorescence in situ hybridization revealed that not only are bacterial populations present in this environment but that they may be abundant and metabolically active (Antón et al., 1999). The predominant bacterial species in this type of habitat has been isolated and characterized as Salinibacter ruber, a member of the family Rhodothermaceae (together with species of the genera Salisaeta and Rhodothermus) in the phylum Bacteroidetes (Antón et al., 2002). This bacterium received considerable attention because of its interesting properties and close similarity to extremely halophilic members of the Archaea: they share the same habitat; are extremely halophilic, aerobic, heterotrophic and red- to pink-pigmented; maintain high intracellular potassium concentrations; have a very high DNA G+C content; and a high proportion of acidic amino acids responsible for an acidic proteome with a median isoelectric point of 5.2 (Antón et al., 2008; Mongodin et al., 2005). The diversity within the genus Salinibacter has been studied by both culture-dependent and culture-independent approaches and Salinibacter ruber or closely related strains/sequences have been detected worldwide. These strains/sequences have been retrieved from crystallizer pond salterns in Spain (Peña et al., 2005), Tuz lake in central Anatolia, Turkey (Mutlu et al., 2008), soda lakes in the Wadi An Natrun depression in Egypt (Mesbah et al., 2007) and from the Andean Maras salterns of Peru (Maturrano et al., 2006). Despite the presence of Salinibacter strains in the hypersaline habitats studied, this genus of extremely halophilic bacteria comprised, at the time of writing, just one recognized species. During a survey of prokaryotic diversity of Aran-Bidgol salt lake in Iran, two extremely halophilic bacterial isolates (designated strains CB7T and DGOT) related to Salinibacter ruber were obtained. In this study, we show that these two strains represent two novel species of the genus Salinibacter. The descriptions of the genus Salinibacter and Salinibacter ruber are also emended.
Samplings were carried out in November 2007 from Aran-Bidgol salt lake. The salt lake is located in the central desert of Iran at an altitude of 800 m and is 1000 km from the coast (35° 70′ 47′′ N 51° 39′ 62′′ E). This playa was formed by deposition of halite sediments over different geological periods. Sediments are dissolved by rainfall in winter and salt is produced by strong evaporation during the dry season and is subsequently commercially harvested. The predominant salts in the lake are NaCl, Na2SO4, MgCl2 and MgSO4 with traces of carbonate ions; hence, it can be considered a thalassohaline lake. The pH of the brine is neutral (about pH 7.0) and its salinity reaches saturation during the dry season. The water temperature was 38 °C at the time of sampling. Modified growth medium (MGM) with 23 % total salt concentration from the online Halohandbook protocol was used for isolation of bacteria (Dyall-Smith, 2008). This medium contains a 23 % salt mixture prepared from a 30 % stock solution, which consists of (per litre): 240 g NaCl, 35 g MgSO4, 30 g MgCl2, 7 g KCl and 1 g CaCl2, supplemented with 1 % (w/v) peptone and 0.2 % (w/v) yeast extract; 1.5 % (w/v) agar was added as necessary. The pH of the medium was adjusted to 7.2–7.4 with Tris-base (Merck). Samples were cultured on 23 % MGM agar after preparing the appropriate dilution at the laboratory. Inoculated plates were incubated at 40 °C for up to 2 months. After successive cultivation, two pure isolates, designated strains CB7T and DGOT, were obtained and routinely grown on 23 % MGM agar at 37 °C. Characterization of these strains was achieved by using a polyphasic approach, including conventional phenotypic features, chemotaxonomic (polar lipid, fatty acid and quinone composition) data, 16S rRNA gene sequence analysis and DNA–DNA hybridization experiments. For phenotypic characterization, the standard methods of Smibert & Krieg (1994) were used after modification to make suitable conditions for growth of extremely halophilic bacteria. Salinibacter ruber DSM 13855T was obtained from the Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen (DSMZ, Braunschweig, Germany) culture collection, grown under the same conditions as the new isolates and used as a reference strain for most experiments.
Cell morphology and motility were examined by using an Olympus BX41 microscope equipped with phase-contrast optics. For photography, drops of exponentially growing MGM broth cultures were used directly without fixing. Colony morphology was observed on MGM agar after incubation at 37 °C for 14 days. The Gram reaction was determined by following the method of Dussault (1955). Physiological tests were conducted with MGM broth or agar, unless stated otherwise. Broth cultures were incubated at 37 °C in an orbital incubator at 200 r.p.m. Growth rates were determined by monitoring the increase in OD600. The growth temperature range was examined in MGM broth at 20–60 °C (at 5 °C intervals). The growth pH range was assessed in MGM broth at pH 5.0–9.0 (at 0.5 pH unit intervals). The pH of the medium was adjusted by using 50 mM of the following buffers: MES (pH 5–6.5), HEPES (pH 7–8) and CHES (pH 8.5–9). The requirement for NaCl and MgCl2 for growth was assessed in MGM broth containing 0–5 M NaCl (at 0.5 M intervals) or 0–1 M MgCl2 (at 0.05 M intervals), respectively.
Acid production from carbohydrates (0.1 %, w/v) was tested in unbuffered MGM broth and was determined by measuring the initial and final pH of the medium. The culture was considered positive for acid production if pH decreased by at least 1 pH unit. To test for carbon source utilization (1 %, w/v), peptone was omitted from MGM broth and yeast extract concentration was reduced to 0.1 g l−1 (Oren et al., 1997). The ability of strains CB7T and DGOT to grow anaerobically in the presence of DMSO (5.0 g l−1) and to ferment arginine (5.0 g l−1) was tested in MGM broth prepared anaerobically in serum tubes according to the procedures described by Bryant (1972) and Balch & Wolfe (1976). Growth and gas formation with nitrate as an electron acceptor were tested in 10 ml stoppered tubes, completely filled with MGM broth to which NaNO3 (5 g l−1) had been added, and containing an inverted Durham tube (Oren et al., 1997). Hydrolysis of Tweens 20, 40, 60 and 80 was tested as described by Gutiérrez & González (1972). Casein, gel
Ali Makhdoumi-Kakhki1,2, Mohammad Ali Amoozegar1,2 and Antonio Ventosa3
+ Author Affiliations
1Extremophile Laboratory, Department of Microbiology, School of Biology, College of Science, University of Tehran, Tehran, Iran
2Microorganisms Bank, Iranian Biological Resource Centre (IBRC), ACECR Tehran, Iran
3Department of Microbiology and Parasitology, Faculty of Pharmacy, University of Sevilla, Spain
Correspondence
Mohammad Ali Amoozegar amoozegar@ibrc.ir or amozegar@khayam.ut.ac.ir
Next Section
Abstract
Two Gram-staining-negative, red- and orange-pigmented, non-motile, rod-shaped, extremely halophilic bacteria, designated strains CB7T and DGOT, were isolated from Aran-Bidgol salt lake, Iran. Growth occurred at NaCl concentrations of between 2 and 5 M NaCl and the isolates grew optimally with 3 M NaCl. The optimum pH and temperature for growth of the two strains were pH 7.5 and 37 °C, and they were able to grow over pH and temperature ranges of pH 6–8 and 25–50 °C. The predominant fatty acids of the two isolates were C18 : 1ω7c, iso-C15 : 0 and summed feature 3 (C16 : 1ω7c and/or iso-C15 : 0 2-OH). The polar lipid pattern of the two isolates consisted of diphosphatidylglycerol, phosphatidylcholine, three unidentified lipids, one unidentified aminolipid and three unidentified glycolipids. The only quinone present was menaquinone 7 (MK-7). The G+C contents of the genomic DNA of strains CB7T and DGOT were 64.8 and 65.6 mol%, respectively. 16S rRNA gene sequence analysis indicated that strains CB7T and DGOT were related to Salinibacter ruber in the phylum Bacteroidetes. Levels of 16S rRNA gene sequence similarity between strains CB7T and DGOT and Salinibacter ruber DSM 13855T were 93.2 and 93.6 %, respectively. The two novel strains shared 98.9 % 16S rRNA gene sequence similarity. DNA–DNA hybridization experiments between strains CB7T and DGOT and Salinibacter ruber DSM 13855T indicated levels of relatedness of 44 and 52 %, respectively, while the level of relatedness between the two new isolates was 53 %. Chemotaxonomic data supported the placement of strains CB7T and DGOT in the genus Salinibacter. DNA–DNA hybridization studies and biochemical and physiological characterization allowed strains CB7T and DGOT to be differentiated from Salinibacter ruber and from each other. They are therefore considered to represent two novel species of the genus Salinibacter, for which the names Salinibacter iranicus sp. nov. (type strain CB7T = IBRC-M 10036T = CGMCC 1.11003T) and Salinibacter luteus sp. nov. (type strain DGOT = IBRC-M 10423T = CGMCC 1.11002T) are proposed. Emended descriptions of the genus Salinibacter and of Salinibacter ruber are also presented.
Previous Section
Next Section
The GenBank/EMBL/DDBJ accession numbers for the 16S rRNA gene sequences of strains CB7T and DGOT are HQ197982 and HQ197983, respectively.
Until recently, halophilic archaea were presumed to be the only inhabitants of environments with high salt concentrations close to saturation. This view changed when molecular approaches were used to study the bacterial diversity of these extreme environments, indicating that saline habitats approaching salt saturation also harbour bacterial communities together with red-pigmented haloarchaea (Benlloch et al., 1995; Martínez-Murcia et al., 1995). Fluorescence in situ hybridization revealed that not only are bacterial populations present in this environment but that they may be abundant and metabolically active (Antón et al., 1999). The predominant bacterial species in this type of habitat has been isolated and characterized as Salinibacter ruber, a member of the family Rhodothermaceae (together with species of the genera Salisaeta and Rhodothermus) in the phylum Bacteroidetes (Antón et al., 2002). This bacterium received considerable attention because of its interesting properties and close similarity to extremely halophilic members of the Archaea: they share the same habitat; are extremely halophilic, aerobic, heterotrophic and red- to pink-pigmented; maintain high intracellular potassium concentrations; have a very high DNA G+C content; and a high proportion of acidic amino acids responsible for an acidic proteome with a median isoelectric point of 5.2 (Antón et al., 2008; Mongodin et al., 2005). The diversity within the genus Salinibacter has been studied by both culture-dependent and culture-independent approaches and Salinibacter ruber or closely related strains/sequences have been detected worldwide. These strains/sequences have been retrieved from crystallizer pond salterns in Spain (Peña et al., 2005), Tuz lake in central Anatolia, Turkey (Mutlu et al., 2008), soda lakes in the Wadi An Natrun depression in Egypt (Mesbah et al., 2007) and from the Andean Maras salterns of Peru (Maturrano et al., 2006). Despite the presence of Salinibacter strains in the hypersaline habitats studied, this genus of extremely halophilic bacteria comprised, at the time of writing, just one recognized species. During a survey of prokaryotic diversity of Aran-Bidgol salt lake in Iran, two extremely halophilic bacterial isolates (designated strains CB7T and DGOT) related to Salinibacter ruber were obtained. In this study, we show that these two strains represent two novel species of the genus Salinibacter. The descriptions of the genus Salinibacter and Salinibacter ruber are also emended.
Samplings were carried out in November 2007 from Aran-Bidgol salt lake. The salt lake is located in the central desert of Iran at an altitude of 800 m and is 1000 km from the coast (35° 70′ 47′′ N 51° 39′ 62′′ E). This playa was formed by deposition of halite sediments over different geological periods. Sediments are dissolved by rainfall in winter and salt is produced by strong evaporation during the dry season and is subsequently commercially harvested. The predominant salts in the lake are NaCl, Na2SO4, MgCl2 and MgSO4 with traces of carbonate ions; hence, it can be considered a thalassohaline lake. The pH of the brine is neutral (about pH 7.0) and its salinity reaches saturation during the dry season. The water temperature was 38 °C at the time of sampling. Modified growth medium (MGM) with 23 % total salt concentration from the online Halohandbook protocol was used for isolation of bacteria (Dyall-Smith, 2008). This medium contains a 23 % salt mixture prepared from a 30 % stock solution, which consists of (per litre): 240 g NaCl, 35 g MgSO4, 30 g MgCl2, 7 g KCl and 1 g CaCl2, supplemented with 1 % (w/v) peptone and 0.2 % (w/v) yeast extract; 1.5 % (w/v) agar was added as necessary. The pH of the medium was adjusted to 7.2–7.4 with Tris-base (Merck). Samples were cultured on 23 % MGM agar after preparing the appropriate dilution at the laboratory. Inoculated plates were incubated at 40 °C for up to 2 months. After successive cultivation, two pure isolates, designated strains CB7T and DGOT, were obtained and routinely grown on 23 % MGM agar at 37 °C. Characterization of these strains was achieved by using a polyphasic approach, including conventional phenotypic features, chemotaxonomic (polar lipid, fatty acid and quinone composition) data, 16S rRNA gene sequence analysis and DNA–DNA hybridization experiments. For phenotypic characterization, the standard methods of Smibert & Krieg (1994) were used after modification to make suitable conditions for growth of extremely halophilic bacteria. Salinibacter ruber DSM 13855T was obtained from the Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen (DSMZ, Braunschweig, Germany) culture collection, grown under the same conditions as the new isolates and used as a reference strain for most experiments.
Cell morphology and motility were examined by using an Olympus BX41 microscope equipped with phase-contrast optics. For photography, drops of exponentially growing MGM broth cultures were used directly without fixing. Colony morphology was observed on MGM agar after incubation at 37 °C for 14 days. The Gram reaction was determined by following the method of Dussault (1955). Physiological tests were conducted with MGM broth or agar, unless stated otherwise. Broth cultures were incubated at 37 °C in an orbital incubator at 200 r.p.m. Growth rates were determined by monitoring the increase in OD600. The growth temperature range was examined in MGM broth at 20–60 °C (at 5 °C intervals). The growth pH range was assessed in MGM broth at pH 5.0–9.0 (at 0.5 pH unit intervals). The pH of the medium was adjusted by using 50 mM of the following buffers: MES (pH 5–6.5), HEPES (pH 7–8) and CHES (pH 8.5–9). The requirement for NaCl and MgCl2 for growth was assessed in MGM broth containing 0–5 M NaCl (at 0.5 M intervals) or 0–1 M MgCl2 (at 0.05 M intervals), respectively.
Acid production from carbohydrates (0.1 %, w/v) was tested in unbuffered MGM broth and was determined by measuring the initial and final pH of the medium. The culture was considered positive for acid production if pH decreased by at least 1 pH unit. To test for carbon source utilization (1 %, w/v), peptone was omitted from MGM broth and yeast extract concentration was reduced to 0.1 g l−1 (Oren et al., 1997). The ability of strains CB7T and DGOT to grow anaerobically in the presence of DMSO (5.0 g l−1) and to ferment arginine (5.0 g l−1) was tested in MGM broth prepared anaerobically in serum tubes according to the procedures described by Bryant (1972) and Balch & Wolfe (1976). Growth and gas formation with nitrate as an electron acceptor were tested in 10 ml stoppered tubes, completely filled with MGM broth to which NaNO3 (5 g l−1) had been added, and containing an inverted Durham tube (Oren et al., 1997). Hydrolysis of Tweens 20, 40, 60 and 80 was tested as described by Gutiérrez & González (1972). Casein, gel
การแปล กรุณารอสักครู่..
salinibacter iranicus sp พฤศจิกายนและ salinibacter luteus sp . ที่แยกได้จากทะเลสาบ และ emended คำอธิบายของประเภท salinibacter และ salinibacter รูบี้
อาลี makhdoumi-kakhki1,2 Mohammad Ali และ , amoozegar1,2 อันโตนิโอ ventosa3
1extremophile ผู้เขียนเข้าห้องปฏิบัติการ ภาควิชาจุลชีววิทยา สาขาวิชาชีววิทยา คณะวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยเตหะราน , เตหะราน , อิหร่าน
2microorganisms ธนาคาร ศูนย์ทรัพยากรชีวภาพ ( ibrc ) acecr อิหร่าน , เตหะราน , อิหร่าน 3department
จุลชีววิทยาและปรสิตวิทยา ภาควิชาเภสัชกรรม คณะเภสัชศาสตร์ มหาวิทยาลัยแห่งเซวิลล์ , สเปน amoozegar
ติดต่อ Mohammad Ali amoozegar@ibrc.ir หรือ amozegar@khayam.ut.ac.ir
ต่อไป
2 . นามธรรมกรัมลบ สีแดง - ส้ม สีและไม่เคลื่อนที่ rod-shaped , , แบคทีเรียที่ชอบเค็มมาก ,เขต cb7t dgot และสายพันธุ์ที่แยกได้จาก อรัญ bidgol , ทะเลสาบ , อิหร่าน การเกิดที่ความเข้มข้นของเกลือระหว่าง 2 และ 5 M NaCl และสามารถเติบโตได้อย่างดีที่สุดด้วย 3 M NaCl . pH และอุณหภูมิที่เหมาะสมสำหรับการเจริญเติบโตของทั้งสองสายพันธุ์มี pH 7.5 และ 37 ° C และพวกเขาสามารถเติบโตกว่าช่วง pH และอุณหภูมิ พีเอช 6 – 8 และ 25 – 50 องศากรดไขมันที่เด่นของทั้งสองสายพันธุ์เป็น c18 : 1 ω 7c iso-c15 , : 0 และสรุปคุณลักษณะ 3 ( c16 : 1 ωธัน และ / หรือ iso-c15 : 0 2-oh ) ขั้วต่อแบบสองสายพันธุ์ คือ diphosphatidylglycerol ฟอสฟาติดิลโคลีน , สาม , ความไม่ปรากฏหลักฐานหนึ่งที่ aminolipid สามไกลโคไลปิดนิรนาม ปัจจุบันควิโนนเป็นเมนาควิโนน 7 ( mk-7 )G C เนื้อหาของดีเอ็นเอของสายพันธุ์และมี cb7t dgot 64.8 65.6 และโมล ตามลำดับ การวิเคราะห์ลำดับเบสของยีน 16S rRNA พบว่าสายพันธุ์ cb7t dgot และมีความสัมพันธ์กับ salinibacter รูบี้ในไฟลัม bacteroidetes . ระดับของลำดับเบส 16S rRNA ยีนและความคล้ายคลึงกันระหว่างสายพันธุ์ cb7t dgot salinibacter รูบี้และ DSM 13855t เป็น 93.6 และต่ำตามลำดับสองนวนิยายสายพันธุ์ที่แบ่งปัน 98.9 % เบส 16S rRNA ลำดับยีนที่คล้ายคลึงกัน ดีเอ็นเอ DNA hybridization ) ระหว่างสายพันธุ์และการทดลองและ cb7t dgot salinibacter รูบี้ DSM 13855t พบระดับสัมพันธ์ 44 52 ตามลำดับ ในขณะที่ระดับของการแบ่งงานกันทำระหว่างสองสายพันธุ์ใหม่ 53 %ข้อมูล chemotaxonomic สนับสนุนการ cb7t dgot ในสายพันธุ์และสกุล salinibacter . ดีเอ็นเอ - ดีเอ็นเอ hybridization และการศึกษาทางชีวเคมี และสรีรวิทยาการจำแนกสายพันธุ์และอนุญาตให้ cb7t dgot แตกต่างจาก salinibacter รูบี้และจากแต่ละอื่น ๆ พวกเขาจึงถือว่าเป็นตัวแทนสองชนิดใหม่ของ salinibacter สกุล ,ที่ชื่อ salinibacter iranicus sp . ( ชนิดสายพันธุ์ cb7t = ibrc-m 10036t = cgmcc 1.11003t ) และ salinibacter luteus sp . ( ชนิดสายพันธุ์ dgot = ibrc-m 10423t = cgmcc 1.11002t ) เสนอ emended คำอธิบายของประเภท salinibacter และ salinibacter รูบี้ยังนำเสนอ
ต่อไป ส่วนก่อนหน้านี้ขนาด / สัตว / ddbj หมายเลขภาคยานุวัติสำหรับเบส 16S rRNA ยีนและลำดับของสายพันธุ์ cb7t dgot และเป็น hq197982 hq197983 ตามลำดับ
จนกระทั่งเมื่อเร็ว ๆ , เอนไซม์อาร์เคียถูกสันนิษฐานว่าเป็นชาวคนเดียวของสภาพแวดล้อมที่มีความเข้มข้นของเกลือสูงใกล้อิ่มตัว มุมมองนี้เปลี่ยนไปเมื่อใช้วิธีโมเลกุลเพื่อศึกษาความหลากหลายของเชื้อแบคทีเรียในสภาพแวดล้อมเหล่านี้มากระบุว่า แหล่งเกลือใกล้อิ่มตัว เกลือยังท่าเรือชุมชนแบคทีเรียร่วมกับ haloarchaea สีแดงสี ( benlloch et al . , 1995 ; มาร์ตีเนซ Murcia et al . , 1995 ) เรืองแสงใน situ hybridization พบว่าไม่เพียง แต่เป็นแบคทีเรียที่มีอยู่ในสิ่งแวดล้อมประชากรนี้ แต่พวกเขาอาจจะชุกชุม และ metabolically ปราดเปรียว ( มดเลออง et al . , 1999 )ชนิดเด่นในที่อยู่อาศัยของแบคทีเรียชนิดนี้ได้ถูกแยก และลักษณะเป็น salinibacter รูบี้ เป็นสมาชิกของ rhodothermaceae ครอบครัว ( ด้วยกันกับชนิดและสกุล salisaeta rhodothermus ) ในไฟลัม bacteroidetes ( มดเลออง et al . , 2002 )แบคทีเรียนี้ได้รับความสนใจมากเพราะคุณสมบัติที่น่าสนใจของมัน และปิดที่คล้ายคลึง กับสมาชิกของอาร์เคียชอบเค็มมาก : พวกเขาแบ่งปันที่อยู่อาศัยเดียวกัน ชอบเค็มมาก , แบบแอโรบิค และสีแดง - ชมพูสี ; การรักษาโพแทสเซียมสูง มีสูงมาก ดีเอ็นเอ G C เนื้อหาและสัดส่วนของกรดกรดอะมิโนรับผิดชอบโปรตีนกรดที่มีจุดไอโซอิเล็กทริกเฉลี่ย 5.2 ( มดเลออง et al . , 2008 ; mongodin et al . , 2005 ) ความหลากหลายภายในสกุล salinibacter ได้ถูกศึกษา โดยทั้งวัฒนธรรม และวัฒนธรรมแนวอิสระ และ salinibacter รูบี้หรือเกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดสายพันธุ์ / ลำดับได้ถูกพบทั่วโลกเหล่านี้สายพันธุ์ / ลำดับได้รับการช่วยเหลือจากถังตกผลึก บ่อ salterns ในประเทศสเปน ( PE 15 คน et al . , 2005 ) , tuz ทะเลสาบกลางตุรกี , ตุรกี ( Mutlu et al . , 2008 ) , โซดาทะเลสาบในวาดิ เป็น natrun depression ในอียิปต์ ( mesbah et al . , 2007 ) และ Andean Maras salterns เปรู ( maturrano et al . , 2006 ) แม้จะมีการแสดงตนของ salinibacter สายพันธุ์ใน hypersaline ถิ่นศึกษาสกุลของแบคทีเรียชอบเค็มมาก นี้ประกอบด้วย เวลาเขียน แค่รู้จักชนิด ในระหว่างการสำรวจความหลากหลายของโพรคาริโอติกของอรัญ bidgol เกลือทะเลสาบในประเทศอิหร่าน สองสายพันธุ์ ( สายพันธุ์แบคทีเรียชอบเค็มมาก และเขต cb7t dgot ) ที่เกี่ยวข้องกับ salinibacter รูบี้ที่ได้รับ ในการศึกษานี้เราพบว่า 2 สายพันธุ์แสดงสองชนิดใหม่ของพืชสกุล salinibacter . ลักษณะของพืชและ salinibacter salinibacter รูบี้ยัง emended
ตัวอย่าง พบว่า ในเดือนพฤศจิกายน 2007 จากอรัญ bidgol เกลือทะเลสาบ ทะเลสาบเกลือตั้งอยู่ในกลางทะเลทรายของอิหร่านที่ระดับความสูง 800 เมตร และ 1 , 000 กม. จากชายฝั่ง ( 35 / 70 ’ 47 ′′ N 51 ° 39 ได้รับ 62 ′′ E )Playa นี้เกิดจากการทับถมของตะกอนในช่วงเวลาทางธรณีวิทยาเกมสปอตแตกต่างกัน ตะกอนจะละลายด้วย ฝนตกในฤดูหนาว และเกลือที่ผลิตโดยการระเหยที่แข็งแกร่งในฤดูแล้ง และภายหลังการเก็บเกี่ยวในเชิงพาณิชย์ เด่นในทะเลสาบเกลือเป็นเกลือ , ชุด na2so4 MgSO4 ใ , และกับร่องรอยของคาร์บอเนตไอออน ดังนั้น ถือว่า thalassohaline ทะเลสาบpH ของน้ำเกลือเป็นกลาง ( pH 7.0 ) และความเค็มถึงจุดอิ่มตัวในฤดูแล้ง น้ำ 38 ° C ในเวลาเรียน แก้ไขการเจริญเติบโตปานกลาง ( MGM ) ที่มี 23 มีปริมาณความเข้มข้นของเกลือจากออนไลน์ halohandbook โปรโตคอลถูกใช้เพื่อแยกแบคทีเรีย ( ไดเอิล สมิธ , 2008 )สื่อนี้ประกอบด้วยส่วนผสมเกลือ 23 % ที่เตรียมจากสารละลาย หุ้น 30 % ซึ่งประกอบด้วย ( ต่อลิตร ) ขนาด 240 กรัม MgSO4 ใ 35 กรัม , 30 กรัมชุด 7 g . ผลิต 1 กรัมและเติม 1 % ( w / v ) ตามลำดับและ 0.2 เปอร์เซ็นต์ ( น้ำหนัก / 5 ) สารสกัดจากยีสต์ ; 1.5 % ( w / v ) วุ้นถูกเพิ่มเมื่อจำเป็น พีเอชของอาหารปรับ 7.2 – 7.4 กับบริษัทฐาน ( Merck )จำนวนที่เลี้ยงบน 23 % MGM วุ้นหลังจากการเตรียมการเจือจางที่เหมาะสมที่ห้องปฏิบัติการ ใส่แผ่นอุณหภูมิ 40 องศา C เป็นเวลาถึง 2 เดือน หลังจากการปลูกต่อเนื่องสองบริสุทธิ์สายพันธุ์และเชื้อเขต cb7t dgot กลุ่มตัวอย่างและประจําที่ปลูกบน 23 % MGM วุ้นที่ 37 องศา ลักษณะของสายพันธุ์เหล่านี้ได้โดยใช้วิธีการ polyphasic ,รวมทั้งคุณสมบัติของเซลล์ปกติ chemotaxonomic ( Polar ไขมัน กรดไขมัน และองค์ประกอบควิโนน ) ข้อมูล เบส 16S rRNA ลำดับยีนดีเอ็นเอ DNA hybridization และการวิเคราะห์การทดลอง สำหรับคุณสมบัติลักษณะ วิธีการ มาตรฐานของ smibert &ครีก ( 1994 ) ใช้หลังปรับให้เงื่อนไขที่เหมาะสมสำหรับการเจริญเติบโตของแบคทีเรียชอบเค็มมาก .salinibacter รูบี้ DSM 13855t ได้จาก Deutsche sammlung ฟอน mikroorganismen และ zellkulturen ( dsmz บราวน์ชไวก์ , เยอรมัน , ทรัพยากรวัฒนธรรมที่ปลูกภายใต้เงื่อนไขเดียวกันเป็นสายพันธุ์ใหม่ และใช้เป็นข้อมูลอ้างอิงสำหรับการทดสอบความเครียดมากที่สุด
เซลล์สัณฐานวิทยาและการเคลื่อนที่ถูกตรวจสอบโดยใช้กล้องจุลทรรศน์ Olympus bx41 พร้อมกับระยะความคมชัด เลนส์ . สำหรับการถ่ายภาพชี้แจงการหยดของ MGM ซุปวัฒนธรรมถูกใช้โดยตรงโดยไม่ต้องแก้ไข ลักษณะของโคโลนีบนอาหารวุ้น ) แต่หลังจากบ่มที่ 37 ° C เป็นเวลา 14 วัน กรัมปฏิกิริยาถูกกำหนดตามวิธีการของ dussault ( 1955 ) การทดสอบทางสรีรวิทยาการทดลองกับ MGM ซุป หรือวุ้น เว้นแต่ที่ระบุไว้เป็นอย่างอื่นวัฒนธรรมคือ broth บ่มที่ 37 ° C ในตู้อบที่ 200 อัตราการเจริญเติบโตของ r.p.m. ถูกกำหนดโดยการตรวจสอบเพิ่มใน od600 . ช่วงอุณหภูมิการตรวจสอบน้ำ MGM ที่ 20 – 60 °องศาเซลเซียส ( ในช่วงเวลา 5 ° C ) ช่วง pH ของการประเมินใน MGM broth ที่พีเอช 5.0 – 9.0 pH 0.5 หน่วยครั้ง ) ความเป็นกรดของอาหารจะปรับใช้ 50 mm ของบัฟเฟอร์ ดังต่อไปนี้เดือน ( pH 5 และ 6.5 ) , ฮีเปส ( pH 7 – 8 ) และ เชส ( pH 8.5 - 9 ) ความต้องการสำหรับโซเดียมคลอไรด์และชุดสำหรับการเจริญเติบโตและใน MGM อาหารที่มี 0 – 5 M NaCl ( ในช่วง 0.5 M ) หรือ 0 – 1 M ชุด ( ในช่วงเวลา 0.05 M ) ตามลำดับ
ผลิตกรดจากคาร์โบไฮเดรต ( 0.1 % W / V ) คือการทดสอบในน้ำซุป unbuffered MGM และตั้งใจโดยวัดแรกและสุดท้าย ของสื่อวัฒนธรรมที่เป็นบวกสำหรับการผลิตกรดถ้า pH ลดลงอย่างน้อย 1 หน่วย PH เพื่อทดสอบการใช้แหล่งคาร์บอน ( 1 % W / V ) เปปโตนถูกละเว้นจาก MGM และยีสต์สกัดน้ำมีค่าลดลง 0.1 g L − 1 ( Oren et al . , 1997 ) ความสามารถของสายพันธุ์และ cb7t dgot เติบโตพในการแสดงตนของ DMSO ( 5.0 g L − 1 ) และหมักอาร์ ( 50 G L − 1 ) คือการทดสอบน้ำใน MGM เตรียมพเซรั่มหลอดตามขั้นตอนที่อธิบายโดยไบรอัน ( 1972 ) และแบลช์&วูล์ฟ ( 1976 ) การเจริญเติบโตและก๊าซก่อตัวกับไนเตรทเป็นอิเล็กตรอนพระนาสิกทดสอบ 10 ml stoppered หลอด เต็มไปด้วยซุป MGM ซึ่ง NaNO3 ( 5 G L − 1 ) เพิ่มเข้ามา และมีการคว่ำหลอด Durham ( Oren et al . , 1997 )การย่อยสลายของ tweens 20 , 40 , 60 และ 80 ได้รับการทดสอบตามที่อธิบายไว้โดยกูติ ) rrez & . kgm gonz lez ( 1972 ) เคซีน , เจล
อาลี makhdoumi-kakhki1,2 Mohammad Ali และ , amoozegar1,2 อันโตนิโอ ventosa3
1extremophile ผู้เขียนเข้าห้องปฏิบัติการ ภาควิชาจุลชีววิทยา สาขาวิชาชีววิทยา คณะวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยเตหะราน , เตหะราน , อิหร่าน
2microorganisms ธนาคาร ศูนย์ทรัพยากรชีวภาพ ( ibrc ) acecr อิหร่าน , เตหะราน , อิหร่าน 3department
จุลชีววิทยาและปรสิตวิทยา ภาควิชาเภสัชกรรม คณะเภสัชศาสตร์ มหาวิทยาลัยแห่งเซวิลล์ , สเปน amoozegar
ติดต่อ Mohammad Ali amoozegar@ibrc.ir หรือ amozegar@khayam.ut.ac.ir
ต่อไป
2 . นามธรรมกรัมลบ สีแดง - ส้ม สีและไม่เคลื่อนที่ rod-shaped , , แบคทีเรียที่ชอบเค็มมาก ,เขต cb7t dgot และสายพันธุ์ที่แยกได้จาก อรัญ bidgol , ทะเลสาบ , อิหร่าน การเกิดที่ความเข้มข้นของเกลือระหว่าง 2 และ 5 M NaCl และสามารถเติบโตได้อย่างดีที่สุดด้วย 3 M NaCl . pH และอุณหภูมิที่เหมาะสมสำหรับการเจริญเติบโตของทั้งสองสายพันธุ์มี pH 7.5 และ 37 ° C และพวกเขาสามารถเติบโตกว่าช่วง pH และอุณหภูมิ พีเอช 6 – 8 และ 25 – 50 องศากรดไขมันที่เด่นของทั้งสองสายพันธุ์เป็น c18 : 1 ω 7c iso-c15 , : 0 และสรุปคุณลักษณะ 3 ( c16 : 1 ωธัน และ / หรือ iso-c15 : 0 2-oh ) ขั้วต่อแบบสองสายพันธุ์ คือ diphosphatidylglycerol ฟอสฟาติดิลโคลีน , สาม , ความไม่ปรากฏหลักฐานหนึ่งที่ aminolipid สามไกลโคไลปิดนิรนาม ปัจจุบันควิโนนเป็นเมนาควิโนน 7 ( mk-7 )G C เนื้อหาของดีเอ็นเอของสายพันธุ์และมี cb7t dgot 64.8 65.6 และโมล ตามลำดับ การวิเคราะห์ลำดับเบสของยีน 16S rRNA พบว่าสายพันธุ์ cb7t dgot และมีความสัมพันธ์กับ salinibacter รูบี้ในไฟลัม bacteroidetes . ระดับของลำดับเบส 16S rRNA ยีนและความคล้ายคลึงกันระหว่างสายพันธุ์ cb7t dgot salinibacter รูบี้และ DSM 13855t เป็น 93.6 และต่ำตามลำดับสองนวนิยายสายพันธุ์ที่แบ่งปัน 98.9 % เบส 16S rRNA ลำดับยีนที่คล้ายคลึงกัน ดีเอ็นเอ DNA hybridization ) ระหว่างสายพันธุ์และการทดลองและ cb7t dgot salinibacter รูบี้ DSM 13855t พบระดับสัมพันธ์ 44 52 ตามลำดับ ในขณะที่ระดับของการแบ่งงานกันทำระหว่างสองสายพันธุ์ใหม่ 53 %ข้อมูล chemotaxonomic สนับสนุนการ cb7t dgot ในสายพันธุ์และสกุล salinibacter . ดีเอ็นเอ - ดีเอ็นเอ hybridization และการศึกษาทางชีวเคมี และสรีรวิทยาการจำแนกสายพันธุ์และอนุญาตให้ cb7t dgot แตกต่างจาก salinibacter รูบี้และจากแต่ละอื่น ๆ พวกเขาจึงถือว่าเป็นตัวแทนสองชนิดใหม่ของ salinibacter สกุล ,ที่ชื่อ salinibacter iranicus sp . ( ชนิดสายพันธุ์ cb7t = ibrc-m 10036t = cgmcc 1.11003t ) และ salinibacter luteus sp . ( ชนิดสายพันธุ์ dgot = ibrc-m 10423t = cgmcc 1.11002t ) เสนอ emended คำอธิบายของประเภท salinibacter และ salinibacter รูบี้ยังนำเสนอ
ต่อไป ส่วนก่อนหน้านี้ขนาด / สัตว / ddbj หมายเลขภาคยานุวัติสำหรับเบส 16S rRNA ยีนและลำดับของสายพันธุ์ cb7t dgot และเป็น hq197982 hq197983 ตามลำดับ
จนกระทั่งเมื่อเร็ว ๆ , เอนไซม์อาร์เคียถูกสันนิษฐานว่าเป็นชาวคนเดียวของสภาพแวดล้อมที่มีความเข้มข้นของเกลือสูงใกล้อิ่มตัว มุมมองนี้เปลี่ยนไปเมื่อใช้วิธีโมเลกุลเพื่อศึกษาความหลากหลายของเชื้อแบคทีเรียในสภาพแวดล้อมเหล่านี้มากระบุว่า แหล่งเกลือใกล้อิ่มตัว เกลือยังท่าเรือชุมชนแบคทีเรียร่วมกับ haloarchaea สีแดงสี ( benlloch et al . , 1995 ; มาร์ตีเนซ Murcia et al . , 1995 ) เรืองแสงใน situ hybridization พบว่าไม่เพียง แต่เป็นแบคทีเรียที่มีอยู่ในสิ่งแวดล้อมประชากรนี้ แต่พวกเขาอาจจะชุกชุม และ metabolically ปราดเปรียว ( มดเลออง et al . , 1999 )ชนิดเด่นในที่อยู่อาศัยของแบคทีเรียชนิดนี้ได้ถูกแยก และลักษณะเป็น salinibacter รูบี้ เป็นสมาชิกของ rhodothermaceae ครอบครัว ( ด้วยกันกับชนิดและสกุล salisaeta rhodothermus ) ในไฟลัม bacteroidetes ( มดเลออง et al . , 2002 )แบคทีเรียนี้ได้รับความสนใจมากเพราะคุณสมบัติที่น่าสนใจของมัน และปิดที่คล้ายคลึง กับสมาชิกของอาร์เคียชอบเค็มมาก : พวกเขาแบ่งปันที่อยู่อาศัยเดียวกัน ชอบเค็มมาก , แบบแอโรบิค และสีแดง - ชมพูสี ; การรักษาโพแทสเซียมสูง มีสูงมาก ดีเอ็นเอ G C เนื้อหาและสัดส่วนของกรดกรดอะมิโนรับผิดชอบโปรตีนกรดที่มีจุดไอโซอิเล็กทริกเฉลี่ย 5.2 ( มดเลออง et al . , 2008 ; mongodin et al . , 2005 ) ความหลากหลายภายในสกุล salinibacter ได้ถูกศึกษา โดยทั้งวัฒนธรรม และวัฒนธรรมแนวอิสระ และ salinibacter รูบี้หรือเกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดสายพันธุ์ / ลำดับได้ถูกพบทั่วโลกเหล่านี้สายพันธุ์ / ลำดับได้รับการช่วยเหลือจากถังตกผลึก บ่อ salterns ในประเทศสเปน ( PE 15 คน et al . , 2005 ) , tuz ทะเลสาบกลางตุรกี , ตุรกี ( Mutlu et al . , 2008 ) , โซดาทะเลสาบในวาดิ เป็น natrun depression ในอียิปต์ ( mesbah et al . , 2007 ) และ Andean Maras salterns เปรู ( maturrano et al . , 2006 ) แม้จะมีการแสดงตนของ salinibacter สายพันธุ์ใน hypersaline ถิ่นศึกษาสกุลของแบคทีเรียชอบเค็มมาก นี้ประกอบด้วย เวลาเขียน แค่รู้จักชนิด ในระหว่างการสำรวจความหลากหลายของโพรคาริโอติกของอรัญ bidgol เกลือทะเลสาบในประเทศอิหร่าน สองสายพันธุ์ ( สายพันธุ์แบคทีเรียชอบเค็มมาก และเขต cb7t dgot ) ที่เกี่ยวข้องกับ salinibacter รูบี้ที่ได้รับ ในการศึกษานี้เราพบว่า 2 สายพันธุ์แสดงสองชนิดใหม่ของพืชสกุล salinibacter . ลักษณะของพืชและ salinibacter salinibacter รูบี้ยัง emended
ตัวอย่าง พบว่า ในเดือนพฤศจิกายน 2007 จากอรัญ bidgol เกลือทะเลสาบ ทะเลสาบเกลือตั้งอยู่ในกลางทะเลทรายของอิหร่านที่ระดับความสูง 800 เมตร และ 1 , 000 กม. จากชายฝั่ง ( 35 / 70 ’ 47 ′′ N 51 ° 39 ได้รับ 62 ′′ E )Playa นี้เกิดจากการทับถมของตะกอนในช่วงเวลาทางธรณีวิทยาเกมสปอตแตกต่างกัน ตะกอนจะละลายด้วย ฝนตกในฤดูหนาว และเกลือที่ผลิตโดยการระเหยที่แข็งแกร่งในฤดูแล้ง และภายหลังการเก็บเกี่ยวในเชิงพาณิชย์ เด่นในทะเลสาบเกลือเป็นเกลือ , ชุด na2so4 MgSO4 ใ , และกับร่องรอยของคาร์บอเนตไอออน ดังนั้น ถือว่า thalassohaline ทะเลสาบpH ของน้ำเกลือเป็นกลาง ( pH 7.0 ) และความเค็มถึงจุดอิ่มตัวในฤดูแล้ง น้ำ 38 ° C ในเวลาเรียน แก้ไขการเจริญเติบโตปานกลาง ( MGM ) ที่มี 23 มีปริมาณความเข้มข้นของเกลือจากออนไลน์ halohandbook โปรโตคอลถูกใช้เพื่อแยกแบคทีเรีย ( ไดเอิล สมิธ , 2008 )สื่อนี้ประกอบด้วยส่วนผสมเกลือ 23 % ที่เตรียมจากสารละลาย หุ้น 30 % ซึ่งประกอบด้วย ( ต่อลิตร ) ขนาด 240 กรัม MgSO4 ใ 35 กรัม , 30 กรัมชุด 7 g . ผลิต 1 กรัมและเติม 1 % ( w / v ) ตามลำดับและ 0.2 เปอร์เซ็นต์ ( น้ำหนัก / 5 ) สารสกัดจากยีสต์ ; 1.5 % ( w / v ) วุ้นถูกเพิ่มเมื่อจำเป็น พีเอชของอาหารปรับ 7.2 – 7.4 กับบริษัทฐาน ( Merck )จำนวนที่เลี้ยงบน 23 % MGM วุ้นหลังจากการเตรียมการเจือจางที่เหมาะสมที่ห้องปฏิบัติการ ใส่แผ่นอุณหภูมิ 40 องศา C เป็นเวลาถึง 2 เดือน หลังจากการปลูกต่อเนื่องสองบริสุทธิ์สายพันธุ์และเชื้อเขต cb7t dgot กลุ่มตัวอย่างและประจําที่ปลูกบน 23 % MGM วุ้นที่ 37 องศา ลักษณะของสายพันธุ์เหล่านี้ได้โดยใช้วิธีการ polyphasic ,รวมทั้งคุณสมบัติของเซลล์ปกติ chemotaxonomic ( Polar ไขมัน กรดไขมัน และองค์ประกอบควิโนน ) ข้อมูล เบส 16S rRNA ลำดับยีนดีเอ็นเอ DNA hybridization และการวิเคราะห์การทดลอง สำหรับคุณสมบัติลักษณะ วิธีการ มาตรฐานของ smibert &ครีก ( 1994 ) ใช้หลังปรับให้เงื่อนไขที่เหมาะสมสำหรับการเจริญเติบโตของแบคทีเรียชอบเค็มมาก .salinibacter รูบี้ DSM 13855t ได้จาก Deutsche sammlung ฟอน mikroorganismen และ zellkulturen ( dsmz บราวน์ชไวก์ , เยอรมัน , ทรัพยากรวัฒนธรรมที่ปลูกภายใต้เงื่อนไขเดียวกันเป็นสายพันธุ์ใหม่ และใช้เป็นข้อมูลอ้างอิงสำหรับการทดสอบความเครียดมากที่สุด
เซลล์สัณฐานวิทยาและการเคลื่อนที่ถูกตรวจสอบโดยใช้กล้องจุลทรรศน์ Olympus bx41 พร้อมกับระยะความคมชัด เลนส์ . สำหรับการถ่ายภาพชี้แจงการหยดของ MGM ซุปวัฒนธรรมถูกใช้โดยตรงโดยไม่ต้องแก้ไข ลักษณะของโคโลนีบนอาหารวุ้น ) แต่หลังจากบ่มที่ 37 ° C เป็นเวลา 14 วัน กรัมปฏิกิริยาถูกกำหนดตามวิธีการของ dussault ( 1955 ) การทดสอบทางสรีรวิทยาการทดลองกับ MGM ซุป หรือวุ้น เว้นแต่ที่ระบุไว้เป็นอย่างอื่นวัฒนธรรมคือ broth บ่มที่ 37 ° C ในตู้อบที่ 200 อัตราการเจริญเติบโตของ r.p.m. ถูกกำหนดโดยการตรวจสอบเพิ่มใน od600 . ช่วงอุณหภูมิการตรวจสอบน้ำ MGM ที่ 20 – 60 °องศาเซลเซียส ( ในช่วงเวลา 5 ° C ) ช่วง pH ของการประเมินใน MGM broth ที่พีเอช 5.0 – 9.0 pH 0.5 หน่วยครั้ง ) ความเป็นกรดของอาหารจะปรับใช้ 50 mm ของบัฟเฟอร์ ดังต่อไปนี้เดือน ( pH 5 และ 6.5 ) , ฮีเปส ( pH 7 – 8 ) และ เชส ( pH 8.5 - 9 ) ความต้องการสำหรับโซเดียมคลอไรด์และชุดสำหรับการเจริญเติบโตและใน MGM อาหารที่มี 0 – 5 M NaCl ( ในช่วง 0.5 M ) หรือ 0 – 1 M ชุด ( ในช่วงเวลา 0.05 M ) ตามลำดับ
ผลิตกรดจากคาร์โบไฮเดรต ( 0.1 % W / V ) คือการทดสอบในน้ำซุป unbuffered MGM และตั้งใจโดยวัดแรกและสุดท้าย ของสื่อวัฒนธรรมที่เป็นบวกสำหรับการผลิตกรดถ้า pH ลดลงอย่างน้อย 1 หน่วย PH เพื่อทดสอบการใช้แหล่งคาร์บอน ( 1 % W / V ) เปปโตนถูกละเว้นจาก MGM และยีสต์สกัดน้ำมีค่าลดลง 0.1 g L − 1 ( Oren et al . , 1997 ) ความสามารถของสายพันธุ์และ cb7t dgot เติบโตพในการแสดงตนของ DMSO ( 5.0 g L − 1 ) และหมักอาร์ ( 50 G L − 1 ) คือการทดสอบน้ำใน MGM เตรียมพเซรั่มหลอดตามขั้นตอนที่อธิบายโดยไบรอัน ( 1972 ) และแบลช์&วูล์ฟ ( 1976 ) การเจริญเติบโตและก๊าซก่อตัวกับไนเตรทเป็นอิเล็กตรอนพระนาสิกทดสอบ 10 ml stoppered หลอด เต็มไปด้วยซุป MGM ซึ่ง NaNO3 ( 5 G L − 1 ) เพิ่มเข้ามา และมีการคว่ำหลอด Durham ( Oren et al . , 1997 )การย่อยสลายของ tweens 20 , 40 , 60 และ 80 ได้รับการทดสอบตามที่อธิบายไว้โดยกูติ ) rrez & . kgm gonz lez ( 1972 ) เคซีน , เจล
การแปล กรุณารอสักครู่..
ภาษาอื่น ๆ
การสนับสนุนเครื่องมือแปลภาษา: กรีก, กันนาดา, กาลิเชียน, คลิงออน, คอร์สิกา, คาซัค, คาตาลัน, คินยารวันดา, คีร์กิซ, คุชราต, จอร์เจีย, จีน, จีนดั้งเดิม, ชวา, ชิเชวา, ซามัว, ซีบัวโน, ซุนดา, ซูลู, ญี่ปุ่น, ดัตช์, ตรวจหาภาษา, ตุรกี, ทมิฬ, ทาจิก, ทาทาร์, นอร์เวย์, บอสเนีย, บัลแกเรีย, บาสก์, ปัญจาป, ฝรั่งเศส, พาชตู, ฟริเชียน, ฟินแลนด์, ฟิลิปปินส์, ภาษาอินโดนีเซี, มองโกเลีย, มัลทีส, มาซีโดเนีย, มาราฐี, มาลากาซี, มาลายาลัม, มาเลย์, ม้ง, ยิดดิช, ยูเครน, รัสเซีย, ละติน, ลักเซมเบิร์ก, ลัตเวีย, ลาว, ลิทัวเนีย, สวาฮิลี, สวีเดน, สิงหล, สินธี, สเปน, สโลวัก, สโลวีเนีย, อังกฤษ, อัมฮาริก, อาร์เซอร์ไบจัน, อาร์เมเนีย, อาหรับ, อิกโบ, อิตาลี, อุยกูร์, อุสเบกิสถาน, อูรดู, ฮังการี, ฮัวซา, ฮาวาย, ฮินดี, ฮีบรู, เกลิกสกอต, เกาหลี, เขมร, เคิร์ด, เช็ก, เซอร์เบียน, เซโซโท, เดนมาร์ก, เตลูกู, เติร์กเมน, เนปาล, เบงกอล, เบลารุส, เปอร์เซีย, เมารี, เมียนมา (พม่า), เยอรมัน, เวลส์, เวียดนาม, เอสเปอแรนโต, เอสโทเนีย, เฮติครีโอล, แอฟริกา, แอลเบเนีย, โคซา, โครเอเชีย, โชนา, โซมาลี, โปรตุเกส, โปแลนด์, โยรูบา, โรมาเนีย, โอเดีย (โอริยา), ไทย, ไอซ์แลนด์, ไอร์แลนด์, การแปลภาษา.
- สัญญาณไม่ดี
- เราอยากให้คุณ ช่วยเราซื้อครีมหน่อย
- @wineoyousei: #Elle 17. Favorite TV Prog
- How do you find eng247
- That mean report you know
- เป็นอนุสาวรีย์ที่ยิ่งใหญ่และมีคุณค่าทางจ
- supply
- the winner is me
- ดวงตาคุณหายแดงหรือยัง
- secret papers
- ในคืนที่ฝนตกฉันพบกับความเหงา
- I don't know why you are so pretty more
- Certainly for larger values of n, adding
- 高德忠听到这话，头埋得更低，他很早便在皇上身边伺候，对后宫一些阴私也有所了解，当
- คุณจะพาฉันไปเที่ยวหรอ?
- จัด
- Don't think like that
- dilemma
- phenomenon
- I bully you?
- If you find mehormony can do
- ฉันพูดกับคุณ ฉันเป็นตัวเอง ฉันไม่รู้สึกอ
- การทำงานนอกเวลาทำให้เรารู้สึกไม่ค่อยดี
- Let me have a look. i don't think it's b
