However, half of the known drugs fa

However, half of the known drugs fall into only 32 shape categories. The drugs which possess these topological shapes (Chart 1) are quite different in polarity, conformation, hydrogen-bonding potential, and other properties; they bind to different classes of receptor; and they serve different pharmacological needs. And yet, they all have the same topological shape. In part, the results in Chart 1 stem from the simplicity of our classification scheme, but it also may reflect some of the properties which are beneficial for producing drugs. For example, if we consider the set of 32 frameworks in Chart 1, we see that most (23) contain at least two six-rings linked or fused together. We also see that only three of these frameworks have more than five rotatable bonds. A “pharmacological promiscuity” parameter could be provided for each of our frameworks. This was suggested to us by one external reviewer and several internal reviewers. This parameter would be defined by the ratio of targets to frameworks, that is, the number of pharmacological targets acted upon by drugs
composed of a particular framework divided by the number of drugs made from that framework. As an example, the biphenyl molecular framework (Chart 2) constitutes 16 drugs in our database. The CMC lists the following distinct therapeutic classes for these drugs: antiamebic, antifungal, antiinfective, antihypercholesteremic, antihyperlipoproteinemic, fasciolicide, antirheumatic, analgesic, anti-inflammatory, antithrombotic, uricosuric, and antiarrhythmic. The pharmacological promiscuity parameter for this molecular framework is therefore 12/16 or 0.75. This parameter would be extremely useful for several purposes such as choosing a scaffold upon which to begin a combinatorial design effort. Unfortunately, the exact pharmacological target for each drug is not known, and often multiple therapeutic categories are listed for drugs, so this analysis would require either dealing with a very restricted subset of drugs or grouping together similar low-level pharmacological targets. It is intriguing to consider ways in which our analysis might be used to direct a de novo design effort. For example, on the basis of the above-mentioned observation that two six-membered rings are a common motif,

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

อย่างไรก็ตาม ครึ่งหนึ่งของยาเสพติดชื่อดังตกอยู่ในประเภทรูปร่างเฉพาะ 32 ยาเสพติดซึ่งมีรูปร่างเหล่านี้ topological (แผนภูมิ 1) อยู่ในขั้ว conformation ศักยภาพงานไฮโดรเจน และ คุณสมบัติอื่น ๆ พวกเขาผูกกับประเภทต่าง ๆ ของตัวรับ และผู้ให้บริการต้อง pharmacological และยัง พวกเขาทั้งหมดไว้ topological ในส่วน ผลลัพธ์ในแผนภูมิที่ 1 เกิดจากความเรียบง่ายของแผนงานการจัดประเภทของเรา แต่มันยังอาจสะท้อนให้เห็นถึงคุณสมบัติที่เป็นประโยชน์ต่อการผลิตยาเสพติดบางอย่าง ตัวอย่าง ถ้าเราพิจารณาชุดของ 32 กรอบในแผนภูมิ 1 เราเห็นว่า ส่วนใหญ่ (23) ประกอบด้วยน้อยหกวงแหวนทั้งสองลิงค์ หรือ fused กัน เรายังเห็นว่า สามเท่าของกรอบเหล่านี้มีราคาพันธบัตร rotatable มากกว่าห้า พารามิเตอร์ "pharmacological promiscuity" อาจมีให้ในแต่ละกรอบของเรา นี้เขาแนะนำให้เราด้วยหนึ่งผู้ตรวจทานภายนอกทานภายในหลาย พารามิเตอร์นี้จะกำหนด โดยอัตราส่วนของเป้าหมายกับกรอบ คือ จำนวน pharmacological เป้าหมายดำเนินการ โดยยาเสพติดประกอบหาร ด้วยจำนวนของยาที่ทำจากกรอบที่กรอบเฉพาะ เป็นตัวอย่าง กรอบงานโมเลกุล biphenyl (แผนภูมิ 2) ถือยา 16 ในฐานข้อมูลของเรา CMC แสดงรายการต่อไปนี้คลารักษาทั้งยาเสพติดเหล่านี้: antiamebic อาการ antiinfective, antihypercholesteremic, antihyperlipoproteinemic, fasciolicide, antirheumatic ระงับปวด แก้อักเสบ antithrombotic, uricosuric และ antiarrhythmic พารามิเตอร์ pharmacological promiscuity สำหรับกรอบนี้โมเลกุลจึง 12/16 หรือ 0.75 พารามิเตอร์นี้จะเป็นประโยชน์อย่างยิ่งสำหรับวัตถุประสงค์ต่าง ๆ เช่นการเลือกนั่งร้านซึ่งจะเริ่มต้นความพยายามออกแบบปัญหา อับ ไม่รู้จักเป้าหมาย pharmacological แน่นอนสำหรับยาแต่ละ และมักหลายประเภทอยู่ในยาเสพติด เพื่อวิเคราะห์นี้ต้องจัดการกับชุดย่อยจำกัดมากของยาเสพติด หรือจัดกลุ่มเป้าหมาย pharmacological ต่ำเหมือนกัน จึงน่าต้องพิจารณาวิธีอาจใช้การวิเคราะห์ของเราตรงกับ de novo ออกแบบพยายาม โดยการสังเกตดังกล่าวที่แหวนสองหก membered แปลนทั่วไป เช่น

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

แต่ครึ่งหนึ่งของยาเสพติดที่รู้จักกันตกอยู่ในเพียง 32 ประเภทรูปร่าง ยาเสพติดที่มีรูปทรงเหล่านี้ทอพอโลยี (ตารางที่ 1) มีความแตกต่างกันมากในขั้วโครงสร้างที่มีศักยภาพพันธะไฮโดรเจนและคุณสมบัติอื่น ๆ พวกเขาผูกกับชั้นเรียนที่แตกต่างกันของการรับ; และพวกเขาตอบสนองความต้องการที่แตกต่างกันทางเภสัชวิทยา และยังพวกเขาทั้งหมดมีรูปร่างทอพอโลยีเดียวกัน ในส่วนผลในตารางที่ 1 ต้นกำเนิดจากความเรียบง่ายของรูปแบบการจัดหมวดหมู่ของเรา แต่ก็ยังอาจสะท้อนให้เห็นบางส่วนของคุณสมบัติที่เป็นประโยชน์ในการผลิตยาเสพติด ตัวอย่างเช่นถ้าเราพิจารณาชุดของกรอบ 32 ในตารางที่ 1 เราจะเห็นว่าส่วนใหญ่ (23) มีอย่างน้อยสองหกแหวนที่เชื่อมโยงหรือหลอมรวมกัน นอกจากนี้เรายังเห็นว่าเพียงสามกรอบเหล่านี้มีมากกว่าห้าพันธบัตรหมุนได้ A "สำส่อนทางเภสัชวิทยาพารามิเตอร์" อาจจะให้สำหรับแต่ละกรอบของเรา นี้ได้รับการแนะนำให้เราโดยนักวิจารณ์คนหนึ่งแสดงความคิดเห็นที่ภายนอกและภายในหลาย พารามิเตอร์นี้จะถูกกำหนดโดยอัตราส่วนของเป้าหมายที่จะกรอบ, ที่อยู่, หมายเลขของเป้าหมายเภสัชวิทยาดำเนินการใด ๆ
จากยาเสพติดประกอบด้วยกรอบโดยเฉพาะอย่างยิ่งหารด้วยจำนวนของยาเสพติดที่ทำจากกรอบที่ ในฐานะที่เป็นตัวอย่างเช่น biphenyl กรอบโมเลกุล (ผัง 2) 16 ถือว่ายาเสพติดในฐานข้อมูลของเรา CMC แสดงรายการดังต่อไปนี้การเรียนการรักษาที่แตกต่างกันสำหรับยาเสพติดเหล่านี้: antiamebic เชื้อรา antiinfective, antihypercholesteremic, antihyperlipoproteinemic, fasciolicide, antirheumatic, ยาแก้ปวด, ต้านการอักเสบลิ่มเลือด, uricosuric และ antiarrhythmic พารามิเตอร์สำส่อนทางเภสัชวิทยาสำหรับกรอบโมเลกุลนี้จึงเป็น 12/16 หรือ 0.75 พารามิเตอร์นี้จะเป็นประโยชน์อย่างยิ่งสำหรับวัตถุประสงค์หลายอย่างเช่นการเลือกนั่งร้านซึ่งจะเริ่มต้นความพยายามออกแบบ combinatorial แต่น่าเสียดายที่เป้าหมายทางเภสัชวิทยาที่แน่นอนสำหรับยาเสพติดแต่ละคนจะไม่เป็นที่รู้จักและบ่อยครั้งที่การรักษาหลายประเภทมีการระบุไว้สำหรับยาเสพติดดังนั้นการวิเคราะห์นี้จะต้องมีทั้งการจัดการกับเซต จำกัด มากของยาเสพติดหรือการจัดกลุ่มเข้าด้วยกันคล้ายกันในระดับต่ำเป้าหมายทางเภสัชวิทยา มันเป็นเรื่องที่น่าสนใจที่จะต้องพิจารณาวิธีการที่การวิเคราะห์ของเราอาจจะใช้ในการกำกับเดพยายามออกแบบโนโว ยกตัวอย่างเช่นบนพื้นฐานของการดังกล่าวข้างต้นสังเกตว่าทั้งสองวงหกสมาชิกเป็นบรรทัดฐานร่วมกัน

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

อย่างไรก็ตาม ครึ่งหนึ่งของที่รู้จักยาตกอยู่เพียง 32 รูปประเภท ยาซึ่งมีรูปร่างรูปแบบเหล่านี้ ( แผนภูมิที่ 1 ) จะค่อนข้างแตกต่างกันในชนิดของพันธะไฮโดรเจนที่มีศักยภาพและคุณสมบัติอื่น ๆ พวกเขาผูกกับชั้นเรียนที่แตกต่างกันของตัวรับ และเขาแสดงความต้องการใช้ที่แตกต่างกัน แต่พวกเขาทั้งหมดมีรูปร่างรูปแบบเดียวกัน ในส่วนผลลัพธ์ในแผนภูมิที่ 1 เกิดจากความเรียบง่ายของหมวดหมู่โครงการของเรา แต่มันอาจจะสะท้อนให้เห็นคุณสมบัติบางอย่างซึ่งจะเป็นประโยชน์สำหรับการผลิตยา ตัวอย่างเช่น ถ้าเราพิจารณาชุด 32 กรอบในแผนภูมิที่ 1 เราพบว่า ส่วนใหญ่ ( 23 ) มีอย่างน้อยสองหกแหวนเชื่อมโยงหรือผสมกัน นอกจากนี้เรายังเห็นเพียงสามของเหล่านี้ในปัจจุบันมีมากกว่าห้า rotatable พันธบัตร" ความสำส่อน " เภสัชวิทยาและอาจจะให้แต่ละกรอบของเรา นี้ก็แนะนำให้เราทานทานภายในและภายนอกโดยหนึ่งหลาย พารามิเตอร์นี้จะถูกกำหนดโดยอัตราส่วนของกรอบเป้าหมาย นั่นคือ หมายเลขของเป้าหมายทางเภสัชวิทยาแสดงบนยา
โดยประกอบด้วยเฉพาะกรอบแบ่งตามจำนวนยาที่ทำจากกรอบ เป็นตัวอย่าง , ไบโมเลกุล ( ตารางที่ 2 ) ถือเป็นกรอบ 16 ยาในฐานข้อมูลของเรา บริษัทรายการต่อไปนี้ที่แตกต่างกันในชั้นเรียนสำหรับยาเหล่านี้ : antiamebic เชื้อรา antiinfective antihypercholesteremic , , , , antihyperlipoproteinemic fasciolicide antirheumatic ยาแก้ปวด , , , ,ต้านการอักเสบ , , uricosuric และแอนติอะริทึมมิก . พารามิเตอร์ความสำส่อนทางเภสัชวิทยาสำหรับโครงสร้างโมเลกุลนี้จึงเป็น 12 / 16 หรือ 0.75 . พารามิเตอร์นี้จะเป็นประโยชน์อย่างมากสำหรับวัตถุประสงค์ต่างๆเช่นการเลือกนั่งร้านซึ่งเมื่อเริ่มต้นความพยายามในการออกแบบการ . แต่น่าเสียดายที่เป้าหมายสำหรับแต่ละใช้ยาไม่เป็นที่รู้จักและมักจะหลายประเภทไว้ในยารักษาโรค ดังนั้น การวิเคราะห์นี้จะต้องเจอกับอะไรมาก จำกัด บางส่วนของยาหรือการจัดกลุ่มเข้าด้วยกันในทางเภสัชวิทยาคล้ายกับเป้าหมาย มันน่าสนใจที่จะต้องพิจารณาวิธีการที่การวิเคราะห์ของเราอาจจะใช้ให้ตรงอีกครั้งการออกแบบความพยายาม ตัวอย่างเช่นบนพื้นฐานของการสังเกตดังกล่าวว่า สองหกซึ่งเป็นสมาชิกวงเป็นบรรทัดฐานทั่วไป